HsaINT0131466 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138738 | PRDM5
Description
PR domain containing 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:9349]
Coordinates
chr4:121720816-121732604:-
Coord C1 exon
chr4:121732525-121732604
Coord A exon
chr4:121720901-121732524
Coord C2 exon
chr4:121720816-121720900
Length
11624 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
GTCTATTTAACCTTTTGCAGATT
3' ss Score
8.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATCCTAAGAAAAAGCTTATATGTTCAGTGTGCAATAAAAAGTGTTCTTCAGCATCAAGCCTACAGGAACATAGAAAG
Seq A exon
GTCAGTAAGATAAAAATTCATCACAGTTTAATATCTATCTTTAATAATTTTAATATGTTTTATAGTAAGTATAAAAGTTACCAAGTTATTTTGATGTGAAAAGATAATCTGAAAAATCAATGGCAATTATTAACTCTAACAACATTAGCAACTATTTAATATAATTTGTAATAAAATAGAATTAATGGAGTTTTAATTTTTGCTCTTGTTATGACAAGGTCCAATATATTCATACTATATTTTATTATTATAACAAAGATGTAAATGATCATTGTTAATTTCACATATTGTTTCTTTTAGCATAGCTATGAGCATGAGATATTTTCTTTACAAAAGAGAAGGAGATGGTATTCGTGAAAATAAAATTTTACTTTTGTTATGGTTTGTAAAATGAATTTTTGTTTCTGTTTATATATAGATGTATTACAAAGTAATTTGACAGGACTTAAAATTTATATGATTTTTAATCCAGTAGCTCCAACCATGTGCTGTGGGTTTAACTTATAACATGTGAGGCAGCTAAATTATTGTGTTGATATGTCTGAGGTTATATCTTGTATGTTTAGTGATTTTGATACTTAAGGAGAAATAATAGGACAAGCACCAGACCAGGAATCAGGGTAGTGGGTTTCTTTTTCTATCACTAACCTTCCATGTAACATTAGGCCTTTCTTCTCCCATTTATAAAATGGGACACTGAATTGATCAGTATTCTCTTGTTTGTTTGTTCTCTATGTACCATGAAACTACTTTTTTTTTTTGGTTTTCAGTTTTCAAGTGGCAGTCTTATTAGATTGTTTAGAGATATGGAATGCTTTATGAATTTGTGTGTCCTCCTTGTGCAGAGGCCATGCTAATCTTCTTTGTTACATTCCAATTTCGGTGCTGCTAAAATGAGCACTGAGATTACTTTTAAAGGAAAAATTTTATGCAGAATGCCAATCCAGAGGACCCTTTTATAGGTCTTTTTTCCTCCTTCCCCCTCACCCTTATGGCTTCTGAAGCAGAACCCTTATGGCTGAAGCAGTTCATCTTCTGCAGAGACAAAACAATTAAGTCTACTGGAATAGATCTCTTCTAAGCATCCTCTTTTATAATTCTATGATTTATTTTTCTGACCCATTTAAATCTTAGAGGTTGAAATTTAAGCTATTTTACCAAATAGAGCAATGGTTCCCAACCTTCTTGGTACTAGGGACCGTTTTCCTGGAAGACAAGTTTTCCAAGGACCAGGGGGTGGGGGAGGAGGTTTTAGGATGATTCAAGCACATTACATTTATTGTGTACTTTATTTCTATTATTATTACATTAAAATGTATAATGAAATATTTATAAAACTCACCATAATATAGAATCAGTGAGAGCCCTGAGCCTGTTCTCTTGTAGCTAGACAGTCCCATCTGGGGGTGATGGGAGACAGTGACAGATCATCAGGCATCAGACACTCCTATGTGATGGTAATGGAATACAGAAACTATAACTCATGCCTCCTGAGTGGTCTTTGCAGAATGTTAATAAGTTGCTAGCTCAATGCAGCCCTTCCTCCATTTCAGCCATAGTCCTTCACTATTCAGCCTTTCCGAATCCATAGTCAACTTTTATTGACTCCAATTGGAACTTTTCCTATAGTTGAGAATGTCTAATGTCTAATAGAGTTAGGTTGCAGTATTTCACCTTGCCAGTAGATGATGCTATATGACAATGCCAAATTATACTATAGTCTAGTATCTTAAATTACTATTTATTATCTCCTATAATGATAAGGTATATTATGATTCTTCTTGAAAATAATTTGGGAGTTCAAATTTTAAAATATTACCCTCCAAATTAATTTGGTACACTGTAAATTTTATAAAATCTCATAAAAATATACTTTATTTAGCATTTGGCATAATTAAATAGTATTACTTGTCATTTTCACTTTAAATATGATCTTTTTATTAAGCATTTTTTTGTTTTTTTTAAAAGTATTTTTTTATTATACTTTAAGTTCTAGGGAACATGTGCACAACGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACATGGGCCATGTTGTTGTGCTGCACCCATTGACTTGTCATTTACATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCTCACCCCACGACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCACCCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTTTTCAGTTCCCACCTATGAGTGAGAACATGCAGTGTTTGGCTTTTTGTCCTTGCGATAATGAGAGGTGACAGTGTGCTGGCAGCCCTCGCAGCCTTCGCTCCATCTTGATGCCTCCTCGGCCCTTGGCGCCCGCTCTGGCCATGCTTGAGGAGCCTTTCAGCCCACTGCTGCACTGTGGGAGCCCCCTTCTGGGCTGGACAAGGCCGGAGCCGGCTCCCTCAGCTTGCCAGGAGGTGTGGAGGGAGAGGGCCAGGCGGGAACCGGGGCTGCCTGCGGCGCTTGCGGGCCAGCGTGAGTTCCAGGTGGGCGTGGGCTAGGTGGGCCCCTCACTTGAAGCAGCCGGCCAGCCCGCAAACCCTGGGCAGTGAGGGACTTAGCACCTGGGCCAGCAGCTGCTGTGCTCAATTTCTCACAGGGCCTTAGCTACCTCCCTGTAGGGGAGGGCACGGGACCTGCAGCCCACCGTGCCTGAGCCTCCCCATTGCCGTGGGCTCCTGTGCAGCCCGAGCCTCTCAGGAGGAGTGCCTCCCCCTGCTCCATGGTGCCTGGTCCCATCGACCACCCAAGGGCTGAGGAGTGTGGGCACACAGCGCGGGACTGGCAGGCAGCTCCACCTGTGACCCCAGTGTAGGATCCACTGGGTGAAGCCAGCTGGGCTCCTGAGTCTGGTGGGGACTTGGAGAACCTTTATGTCTAGCTAAGGGATTGTAAATACACCAATTGGTACTCTGTATCTAGTTCAAGGTTTATAAACACACCAATCAGCACCCTGTGTCTAGCTCAGGGTTTGTGAATGCACCAATCAACACTCTGTATCTAGCTAATGGGGACGTGGAGAACTTTTGTGTCCACACTCTGTATCTAGCTAATCTAGTGGGGAGGTGGAGAACTGTTGTCTCTAGCTCAGGGATTGTGAATGCACCAATCAGCACCCTGTCAAAACGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCAGGATGTGGGTAGGGCCAGATAAGAGAATAAAAGCAGGCTGCCCCAGCCAGCAGTGGCAACCCGCTCAGGTCCCCTTCCACACTGTGGAAGCTTTGTTCTTTTGCTCTTTGCAATAAGTCTTGCTGCTGCTCACTCTTTGGGTCCACACTGCCTTTATGAGCTGTAACACTCACTGCAAAGGTCTGCAGCTTCTCTCCTGAGGCCAGTGAGACCGTGAACCCACCGGGAGGAGCAAACAACTCCAGATGTGCCGCCTTTAAGAACTGTAACACTCACCGCGAAGGTCTGCAGCTTCACTTCTGAAGCCAGCGAGACCATGAACCCACCAGAAGGAAGAAACTCCAAACACATCTGAACCTCAGAAGGAACAAACTCCGGACACACCACCTTTAAGAACTGTAACACTCACCGTGAAAGTCTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGCGAGACCATGAACCCACCAGAAGGAAGAAACTCCAAACACATCCGAACCTCAGAAGGAACAAACTCCGGACACACCGCCTTTAAGAACTGTAACACTCACTGTGAGGGTCTGCGGCTTCATTCTTGAAGTCAGTGAGACCAAGAACCCACCAATTCCGGACACATAGTTTGCTGACAGTGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGGCTGTGTAGTATTCCATGGTGTATGTGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTGTCATTGATGGACATTTGGGTTGGTTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGTTGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATATTCCTTTGGGTATAACCCAGTAATGGTATATACCCATATATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGCTCCCGGAGGAATCACTACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACAGTCCCACCAACAGTGTGAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCTCTGACTTTTTAGTGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTGTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTCTGTTGGCTACATAAATCTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTATGTCCTTCACCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTTCTTGTAACTTTGTTTGAATTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGATTGCAAAAATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCGCTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGAGATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGTCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAGGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACCTATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGTCTTTGTCAGGTTTGTCAAAAATCAGATGGTTGTAGATGTGTGGTATTATTTCTGAGGCCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTATAGATCTGTTTTTGTACCAGTGCCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGGGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGCATTGTCTTGGCAATGTGGGCTTTGTTT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Seq C2 exon
ATTCATGAGATATTTGATTGTCAAGAATGTATGAAGAAATTTATTTCAGCTAATCAGCTAAAACGTCATATGATCACCCACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138738-PRDM5:NM_018699:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128742=zf-met=PU(87.0=74.1),PF144711=DUF4428=PU(38.0=70.4)
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PD(4.3=3.4),PF144711=DUF4428=FE(56.0=100),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=34.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)