RnoINT0117094 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023679 | Prdm5
Description
PR/SET domain 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1588700]
Coordinates
chr4:96739878-96744304:+
Coord C1 exon
chr4:96739878-96739957
Coord A exon
chr4:96739958-96744219
Coord C2 exon
chr4:96744220-96744304
Length
4262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGT
5' ss Score
8.23
3' ss Seq
GTCAATTTAATCTTTTTCAGATT
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATCCTAAGAGAAAGCTCATATGCTCGGTGTGCAATAGAAGGTGCACCTCATTGTCGAGCCTGCAGGAGCACAGGAAG
Seq A exon
GTGGGTGAGAGCCTGTCTGTTGGCTGGAAGGCCTTCTGTCACGATCTGCAGCAACCACTTGGTGGATGTTATACTAAGACAGAGCTTAGCTAGCTGGGGATGATGTGTTCCACAGGGCAGAAGCAGTGTACAGAGGAGGGAGCTGCAGATTAGTTTGTGTTGTGTCGTTCATAATTTGTTAACAGATTCTTCAATGTCGGTTGTCACGTCTAGCTGATTCCCACAGAGCATCCACCACGTTTTCAAGATTTTTTCAGTTGGTGTTTGCTCAGGTAACATAAATCAGTGATTTCAAAACTAATGCTTTTATTGTAATAAAACTTTGCCTTTTTTATTAAAATGAATACATATAGTAGTTGAGTTTGGTATAGAATGAGAGCTCAATTATTTCTAGAAGTCTGAAGCTAGTGTGATAGATAGACCAATTGGCACTGGGATGTCTCTCTCTCCCTCTTGGCTTCAGTCTATTCAGGACAGTAAAGTGATAAAGCACATAGATCAATAGCTTTGTGTGTCCCAGTGTCATTAAAGAAATAAATTATTATATTAATAGGAAGTATATTTAACATTTTGCAGTAAGTATAAAAATTACTGTTATCTTTGTATGTAAGTCTAATGTGAAAATTAAACATCAATCTAGCAATCAGCGAATAGTTGATAGTGAATACAATTTAATAAATTAAATTTAGATTTTGTTTATGTTATGATAGGTCCACAATATTTCCCATTTTATGTTGACTATTTGGGACAACTAAGAACATGAAAAAACATTCAATAACTTGGTACCCAGAAGAGATATTGCTGATGAGTGTAAAAATCTTATTTTTCTTGTGATTTGTAAAATGCTTTTTATGTATTTGTATGCATGCAGGACTTAAACTCATACCATGTTTCCTCTATTTGTCCCAAAGTTTATGGATTTAAATTATGACATGTGAAATAGTTACTGTCATACTGACATGTGTGAAGCTGTCTTCTGGATGTAGAGGGATTTTTATCATCTTTGGGAGAAATAACAGATTGCAAATAAAAGCGTTCTTTTTCTGTCAGAAGTTCTCCATGTAACATTGGGCTGGGTTTCTCTTCTCTGAACAGGGACATTGAAATGATTTGAAGTCTCTGCTCATTCTCTTGGTTTCTGCAGTTTCCAGCTGGTGATTTTACCCGGCTGTTTGAAGATGTACTTTGCTTCTTGGATTTGTTTGTCCTTGGACAGGGGCCAGGATATTCTGCTCAGTAGCCTTCAGACTTTAGAATGTGTGCTAAAATTGCAGAACGCCAGTCTAGATACTTCTCTTCTAGCACCAACTATTAAGTTGTGTATGTATGTGTGTGCACATGGGAGTGCAGGCACACATGTGCCAAGCACACATGTGGAGACCAGAAGACAGTCTCCATTGTTGGTCCTCGCTTCTACCTTGTTTGAAGGTGACTCTTGTTCTCTCTGCATACCAGACTGTCTGGCTCAGGAGCTTCTGAGCACCTCCTTCCCTGCCTTTTGTGTCATCATAGGAACTCTGGAGTTGCAGCCAAGCCTTTCTGTGGGTTCCGTGAACGTAGAACTTCATGCTTGCACAGAACACACTTTACCCACTGAGTGTCTCAAGGCCCTGCAACTGCCCCTTTTCTCACTTATAAATGCTAGGACTTGGAGAATAGAGACTTAGTCTAAGGCAAAAATATTAAGTCCGTTGAAGTTTATTTCTAAATATCCTCATGCAAATACTATGATTTATTTCCTCGGTATATTTAATCTTAGATTATGATGTTTAAGATACTTTAGCAGAATATTTTAGCAAACTTAGTCATGGAGCCTTTTTCTTCATAATGCCTCATTTTCCATTTATTTCCTAATATAGACACCTCCATAAAAATTGACTTGGTAGGGAAAAAAAAGGTGTAACTCTTGGTGGAATGCAGAAGGTACAGCTGTGCCTTGAGGTTGTGAACATTTGCAGAATGTTAATAAATTCTTAGTGCGAGTGTACTTGCCTCTACTCTAGAGCAGTCCTTCAAAGCCATCTCAATACAAAGATTTTAGTAACTCCAAAAATGTCAATCATTTAGTCAGCTCTAATGTCTAATAGAGTTTAGCTGTAGTATTTTATCTTGACAGCAGATGGTGCTTTATGACAATACTAAATTACAGCATAGTATATAGCCTTTTATATTACAGTATACTACTTTGTATTGAAATAACGTATAGTATGATTTTTATCTAGGGTTTCATTTAGGACTTACAGTAGTAAATTATCACCCTAAAAATCATCATGGAAATTTGTAAATTTAACAAAACATGTTTTCTTAATATTAGGCATGATTAAATAGTATTGCCTGTCATTTGTCTGTTAAGTTTTGTTAAAAGTTTAAAAATTACCCATGGCCCTAAGTTTCTGCTATAAATAGATAGTTTAGTTAATGCAAAAAAAGCTTTTATGTTCAGTAAATGCTGTCATTTATTTCATTAATTCAACCTTGAAAAGTGTCTCATGTTTCAAAAATATTGAATAACTAAGAATGTCTCATAATATTTTAACAATTATTTTATCCACAGATTAATTTTGACACTTTCTATAGCAATAACATTTGGATATTACAAATAATGTCTTCTTTTCTATATGACACCAAAGATCTGTCATTTACATTACCTTGTCATCATTATAAAATTGTATATTACATATTTTACATGCGGTGTTCAAGAATAAAAATCTTCACTCATTAGCTTTAAATTAACATTGTATGTCTTGTCCTCATTATTTAAACGTGGGTGTTTAGCTGAAGTTCCCTTAGGCGTTCAACAGTGAGAGGCTGCATGTCCTTCCTACATGTCCTCTGGAACTTGTGTTCCTAGTTCTTCCACCCATAGCTGCCCAAGCTCCACACTGAGACCCTTCCCTGCTCAGAAGGGGGGGTTGCTGAACCTCTGCATTGATAGACCCCAGAGGACTGAGGTCTGTCAGTGACTGCCTGCTCTATCCCTGTCTCGGTTCTCACAGTGAATTCTGCTCACTGAAGAGTAGAGTAGTTAGAGGAGGGCTTTCAAGCTCTGATCTACCATGACATGGCATGGAGTAAGGCCAGCTGGCAGGCCTTGGATCTGTTGGCCTTGCTGCCTCCAGTTTTTCTCCTTCTTTTCACTCTTCCTGCCGGGGGGCAGCCTCATCTTCCACTCCTGCACTGTATCGTCTTGCTAATCTTTCCTTCAGTGGCATCTACTTATTCTTCAGTAACAGACAAAGTCTTGGCTCTCAGAAGAAGGATATACTTGCCTGAGGTTTATTATTTTTCCTTCAACAGAAACAGTTCTGTTGCTTGATGCCCTCGCTCATTGACTGGTGAGCATTTCTCAAAGCAGGCTTCATGCCCTCCTCCTCTTAGAGCTGAATACCTTTCACGTCATGATAAACTGAATTCTATTTCCATACCAACTGTTTTATGGTTTGAGATAGAAAGAACCAATATAGTACCTGATTATAACATTTATATTAACCAATGTGTTAAAGCTCTTTTCTGAATGAATTACTTTCAAAATACATTTTATTCATCTATATTTAAAATATACAACATGCCCTGAGATAAGCATGTGTTAGAATAGTTACAATAGTGAACCAATTTCACATCCGCATCTCATATGTTCATCCAACCTCTACCGCATGTCAGAGTTCCTGTAATATATTCATTTAATTAAGAATTCCTGACCACGCCATTGTTAATGTATCGCTATTGGCCATATTGCCTATGTTTAAGGTTAGATCTGTAGACTCAGTCACTGTATGCACAAGCTACTTTATATATAGTTCATCATTTCTATTGCAGTCCTCCTGTCCTGAGAAGCCTCATTGGCAGCTTAGAGCTTTCAGATCAGAGCTGTACTGACCTGGCTCTGCAGTTGATAGTTTGCTCAGTACTCTCATTTGAAGGATTAAGCCTACTGTAAAAGGAAAATTATGTCTCAGTTATCATACATCCCATGCTAAATTTTATGTGTAACACAAGTTAATATGTTGGTCGCAAACTTTTTTTCACAGTTTGTATATTTACTACATACAAATAGGGAAGATGCACTGCATCCTCCATTGTGGCTATTTTCTGATAATGATATATTAGCTAGACAGTATGTCATGGCATTTTCAATGTACATGAAGCAAACAGGGAAGAGTTGACCCAACACTAGCAACTGTCCATGTTTATAATTTTGCTTCAGCCATGTATAATTCATCAGTTTTTAACCCTTGGTTAACTGTCAATTTAATCTTTTTCAG
Seq C2 exon
ATTCATGAGATATTTGATTGCCAAGAATGTATGAAAAAGTTTATTTCTGCTAATCAGCTGAAACGTCACATGATTACCCATTCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023679:ENSRNOT00000009569:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128742=zf-met=PU(87.0=74.1)
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PD(4.3=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=34.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]