GgaINT0068812 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011963 | PRDM5
Description
PR domain containing 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9349]
Coordinates
chr4:53681449-53687012:+
Coord C1 exon
chr4:53681449-53681528
Coord A exon
chr4:53681529-53686927
Coord C2 exon
chr4:53686928-53687012
Length
5399 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATTAAACACTCATTTTGCAGGTT
3' ss Score
7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTCTAGGAAAAAGCTGACGTGTTCAGTGTGCAATAAGAAATGTTCCTCAACAACAAATCTCCAGGAGCATCGAAAG
Seq A exon
GTCAGTAAGATGAAGGCTAACCCACAGCAGGCTTTGACTTCCCTGAGATGTAATGCTGTGGTGCTTAGGTCACTTGAAAGATGCTGTAATGCAAACCTTTGGCTAATATCTGTCACGGTTACAAAATCAATGTGTTTTGTGGTGGGTATTTATTTTTGTAATCACAGCTGTTTACGTCAAAAGTCTTCCTAGTGTTGTAGTGCATTTTTACCAAATACAAAAATGTTTGTGCTTGTATCTTCTGCAGTTTTCTACATAAAGTCAAATCTGCATACTGTTCTTTAACACTAAGCTAAATGTAAAAATATGTTATATAACTATATGATACACGCAGGCCTTAAAATAGGTTCATGAGCCTTCAGTTTTTGTACAAAATGCATTCAGTCTTTCTTATTACCTTCTGACGTAACAGTAAGGTTATTATTTGTAATTTAGTTATGAGGAAGTTAAAAAAAAAAAGTGCTTCCTCAGGAAAAAAAATTGCAGTGGATTTTTGTTTTGTGTATTACTACATCAGGAAGAGTTAACAGTTTTTAAAGCATCTACTGGAAATAAGGAGGTTCATACAGAAATGCAGATGGTCTACGAATATGAGATTCTGAATCCATTATACCCAAAGGTAGTCCTTGCAAGATTAATTTGATAAATTGCTAAAACTCAGGAGATCCTGCTTTTACAAAAAGCTACAATTTACTGTTTATCAGATTAACTATAAGTCTTTAATAATGCCCTGGGTATAACCTGAGTACATTGAGGATATAGGTTATAACAATTAAAATATGTTGTTGTAAAGCAAATGATGGGGCCTCTCCTTTTTTTCTTCAATTTGTCTATTTATTTATTTACTTACTTCCCTTTTCCTTTTGCCCCTTAATTGTGTTAACGTGCCTTGCATTTCTTGGCTAACAGAGCTTCAGTTTGTTCCTCCCCATATCAAACTATGGTATGCCATGCCACTCATCATTACAGATTTTATATGTCACTGTGCCTTTTGATGGCCTCTGAGAATTTAAAATATCATGGGTAACGTGTTCATTTTATGAAAAGGTTTACTTTGTCTCTGCATAGTGCGGGCACTAGGACACAAGCTTCTCTTTTAAGACATCCAGAAAATAGATATTACAGATTCACACATCTATATCACATAGTGAAGGAAACTGCATGTAGGACTCATACCTTCTGTTGTTTGAACTACTTTGCTTTTGTATGAAATATGTGTTATCAAAGATAGTTAGGTAAGAAAACAATAAGTAAAATGGAGAGGAAAGACTTTTTTCACTGAATTTCCTGTCAATATAAAGAGATAAAACTAGGAAGTAGGTAAAATAACAGAAAATAAGTCTGAACAACTGACAATTCTGACAATCAAAGAGAAAGAAGATAAAAAGGATGACTAGAGGGGAGATTGAGATCAATTCACTCTATGAAGACTTGGTCAGTCACTTCTGTAGCTTTCATGTCATTGTTGATTTAAACCTATTTTAGCTTTGTGTGATTTACCATTTGTTTCTGCCTTAAATATCTAAAGATAAGCCCTTTCTTAGCCATTCACAATTGAACTTTGGCATCATCATCTTCAGTCCCTTAGTCGTACTGTTTTGTTTTCCAGACTGTTACTTGTGCCTCACTAATTTTTGGTGGCTATTTTTTTTTTTTTTAATCACAGTGCATTCAATGAAGTGTCAGGCTGAAAGAGACCCTAAAAAGTTTTTCACCCTTTCTACTCTGCTGAAAGTTTTACCACATCTGTTGGTATATTTTTGAATACTGACTTGCAACTTAAGTGCCTTGAACTTTCTTGAACTGTGTCAATTTTGTTTTTTTTCCAGATAACCTTCTTAAATATTCTTTGATACAAATTGATTTAATAACTCTTTCTCTCATCTCAGAGTATGCCAAGAAAAACTCATCACCATCATCTTTGTAACAGATTAGCATTCTGTAAAATCCTTACGAACACACTTGTCTTTCCTGGACTATACAAACACAGTTGTCTCAACCTTTCTTCATGCATCTTTTTTCTGAAATATTTAGTTTTTGTAAGTATTCTCAGCTTCTGCCCAAAGAAGTCATGATGCTTAGTCGAGTCCTTATAATCCCCAGGTAGAGGGGAATGATTGTCTTGAGATCATCCGTACAAAGAACATGTCTACTAATACATCTCAAAATAGAAGTGCTTTCTGAGCAGCAGAATCAAACTTTTTTTCATATTGTATTGGGAATTCATTATTATTCTCTTTAATGGTGCTATGTAAGCTTACAGACTGTATGGTATTCATTTCTTTGATTTCTCTATCCAAAAGTTTGAGTGTATTAGAACTTCATTCAGTGAGCAGAACTAGTTTTGGATTCTTACCTTGAATTAGTGATTACTGTCCTACCCAGAACAGTCTCACAACATCTTTTTTGCTTCATATATGTTTTTCAAAACTATATATGCTACTACAGCACTCATCGTGTGTGATGCTTGTAAATCTTTAACAACACTTATTATATCAGTCCACCAACATAATTGCTTGTTGAGGTCATCCATACCTTCTTATTTTCCTTTCTGTCTACATCTACTTGTTCTCTTTTGCATTGTCCTCCACTTGAAAAGTGACATCCTTCTACCTGATATTTATTTTAATCCATGATTTGGACTGCTAAACTACATAGTAGTATAAAAAAAGAAAAGAAAAAAATACTAAGCCCAGTAATTGTGACTCAGCAAATGCACTACAGGAGCTTACAGTGTAAGTAATGGAGCTTACACTGAGTAATGGAAGTGTTGTAAAACAAATGCCTATGTGAGATGCAGGATTGTACTTGACTGTTAAGACTTGTTTCTACTGTTTCATTTTTGTATTTCTTAGTGGACTTAGAAGAATTTATAAGATTCTATTAAGAGATGTGCTGTGGTGTGGTGTCTCAAAGATAAAGTGACAGAACCAAGGAGGAGCCGCTAATTTGTTCTAAGAGATTATATGAAAAAAAAACCCAAACCTTGATTCCTTCTTAGCTTAGTGCTCTTTCTGTCTTACAGAGAGAGATTTCCTGCAGAATTGTGCCAGGGAAGGTTGCGCCTAAACATTCTCTGTGATTTTCTTTTTCATGCCTTTTTTTCTGTCTTCACCTGCCAGTTCCATGTGTCTTCCCATTATTTTCTCTATCCTTTTTTATTTCAACACTGTTTTTACTGTGCAGTCTTTGTTGTGATCACTATAAAGTCACAGAAATGCAGTGAAAATAAAATGTCAAATGTTATTTTAAAAATGTCGAATTGCAGAGTAATTTCAGTTGAATGCAATATGCTGATGTCTTTGCCCTTTTAAAACTTGGTTTTCCAATGCAGAGTCTTATCCAGCTCTTGGTTTGGTAGTATGAAATTCAAACTAGTTTTTGGAAATATTTATCATGGGTGACATGTACCTTAGAAGTTTTGCTTCGGTTGCTCCCCCAAAGCTCCTTTGAATGACCTTTTGCTTTTCAGTAGACGTTGTGAAAAGTTTAAGGTTGTTGGTTTTGTTAATGAAGGCATATATTTTTGTGAGTAAACATTAATTTTGGTCACATGCTTGCTAGCTTCTGTAGCACCTAACAAGCTGTTGTCTGAAAAGGCAGCTCTTCAAAGCCCTATGAAACAATTTGTAAGGATGTTTTGACTGCAATGAAACTGATGTTTATGGTGATAGCTGTTACAGTCCCCTAATGGGAGTAATTTTGTTATACTAATAAATCTTTGCACAGTCACTTGTCTGTGATACTGCAGGCTGACTGAATTTGCATAGTGTACTCATAAATACTTTACTTCACAGGTTTTCTTAATGAAAATTTGGTTGAATATTTTTATTTGTAACAATATTTGCTCTATTTATATTTGTTATCTATTACTGCTTTACTATGCATTTGTGTAGTTTTCTAAATAATTCATTGAAGAGTGACAGCTATGGATATATTCTTGATAGCTACAGCTGTTTAATGCATACGCACACCAGTCAGTGCCTGATTCTTTTCTGAAGAATTGATAAGAGTACCAGCTATAGAATATATATTTGATAGCTCTAGCTTTTTAATGTGTGCACACAAGCCTTTGTCTGAACACAGATATATTCAGTGAGACTATTTAAAAAAACAGTGGTCATAAATTGAAATCAGACGACTGGATAGAAGTATAGCACAACCTCAGGTTCTGATGTGTTAAATAATAGATTTAAGAGCGCCTTACAAGTCGTTTCAAATAACACCAGAACGCTGTTGTGCTATTAACACTTACTCAGCTGAAACCAGGAGACTGGCAGGATTCTGATAGTACTTGGTTGCAGAGTTAGTGTAAGCTTCAGTCAACAATCTGAGTCAAAATTGAGATAATTTTGGAAAAGGTAGAATAGTAGACTGTATATATCAGGGAATTTACCCAGGAATACCCTGGGTAAACAGGGTATTTCAAATGAATGATTATTATTTGAGCTTACCACCTGGTTCTGGATAAGTATTTGATTGAACATTGCTGTCCAAGGTATGCAAGTTTGTAGAGATTGTAGGAAACAGCATAACTACTTGTTAGAGCAAGTTTTTTAATAAACTAATGTTAGTTGAGGAGTAACAGCATAGAAACACAAGAGGTTTTTATGGAGAATTTCATTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTCCTCTGTTTGTTTTAAGTGGAAGTCATTACTGTGCTGTCTGCAAATGTTTTTCCTTCAGATGTGGTGTTGAAGATTTAATGTTTGTTATTTTTAGCTGCTAGATTCTTCTACTGAAAGTTTAGAGATCTCCAAAACTGCTTCATGAAATGTGATCTCTGCCAGGAAGTTTTGCTGTCTAAGGCTGCAGTTCTAAAAGGCTGAAATGTATGTTAATGAAATGTATGCTAAATTCTCAACAGAAGTGTCCCTAAGCGATTTGATGAAGTGCAGTCATTTTAAAATCACACCTGTATTTAGTCAGATTTCTACAAGTAGAGAGAGAAGTCCTAGTAAAGTTTGATTGTACTGGTA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Seq C2 exon
GTTCATGAGACCTTTGAGTGTCAGGAATGTGACAAGAGATTTATTTCAGCTAACCAGCTAAAACGCCATATGATAACTCATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011963:ENSGALT00000019510:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.009 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128742=zf-met=WD(100=77.8)
A:
NA
C2:
PF121713=zf-C2H2_jaz=PU(75.8=86.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]