GgaINT0068812 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011963 | PRDM5
Description
NA
Coordinates
chr4:55807754-55813316:+
Coord C1 exon
chr4:55807754-55807833
Coord A exon
chr4:55807834-55813231
Coord C2 exon
chr4:55813232-55813316
Length
5398 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATTAAACACTCATTTTGCAGGTT
3' ss Score
7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTCTAGGAAAAAGCTGACGTGTTCAGTGTGCAATAAGAAATGTTCCTCAACAACAAATCTCCAGGAGCATCGAAAG
Seq A exon
GTCAGTAAGATGAAGGCTAACCCACAGCAGGCTTTGACTTCCCTGAGATGTAATGCTGTGGTGCTTAGGTCACTTGAAAGATGCTGTAATGCAAACCTTTGGCTAATATCTGTCACGGTTACAAAATCAATGTGTTTTGTGGTGGGTATTTATTTTTGTAATCACAGCTGTTTACGTCAAAAGTCTTCCTAGTGTTGTAGTGCATTTTTACCAAATACAAAAATGTTTGTGCTTGTATCTTCTGCAGTTTTCTACATAAAGTCAAATCTGCATACTGTTCTTTAACACTAAGCTAAATGTAAAAATATGTTATATAACTATATGATACACGCAGGCCTTAAAATAGGTTCATGAGCCTTCAGTTTTTGTACAAAATGCATTCAGTCTTTCTTATTACCTTCTGACGTAACAGTAAGGTTATTATTTGTAATTTAGTTATGAGGAAGTTAAAAAAAAAAAGTGCTTCCTCAGGAAAAAAAATTGCAGTGGATTTTTGTTTTGTGTATTACTACATCAGGAAGAGTTAACAGTTTTTAAAGCATCTACTGGAAATAAGGAGGTTCATACAGAAATGCAGATGGTCTACGAATATGAGATTCTGAATCCATTATACCCAAAGGTAGTCCTTGCAAGATTAATTTGATAAATTGCTAAAACTCAGGAGATCCTGCTTTTACAAAAAGCTACAATTTACTGTTTATCAGATTAACTATAAGTCTTTAATAATGCCCTGGGTATAACCTGAGTACATTGAGGATATAGGTTATAACAATTAAAATATGTTGTTGTAAAGCAAATGATGGGGCCTCTCCTTTTTTTCTTCAATTTGTCTATTTATTTATTTACTTACTTCCCTTTTCCTTTTGCCCCTTAATTGTGTTAACGTGCCTTGCATTTCTTGGCTAACAGAGCTTCAGTTTGTTCCTCCCCATATCAAACTATGGTATGCCATGCCACTCATCATTACAGATTTTATATGTCACTGTGCCTTTTGATGGCCTCTGAGAATTTAAAATATCATGGGTAACGTGTTCATTTTATGAAAAGGTTTACTTTGTCTCTGCATAGTGCGGGCACTAGGACACAAGCTTCTCTTTTAAGACATCCAGAAAATAGATATTACAGATTCACACATCTATATCACATAGTGAAGGAAACTGCATGTAGGACTCATACCTTCTGTTGTTTGAACTACTTTGCTTTTGTATGAAATATGTGTTATCAAAGATAGTTAGGTAAGAAAACAATAAGTAAAATGGAGAGGAAAGACTTTTTTCACTGAATTTCCTGTCAATATAAAGAGATAAAACTAGGAAGTAGGTAAAATAACAGAAAATAAGTCTGAACAACTGACAATTCTGACAATCAAAGAGAAAGAAGATAAAAAGGATGACTAGAGGGGAGATTGAGATCAATTCACTCTATGAAGACTTGGTCAGTCACTTCTGTAGCTTTCATGTCATTGTTGATTTAAACCTATTTTAGCTTTGTGTGATTTACCATTTGTTTCTGCCTTAAATATCTAAAGATAAGCCCTTTCTTAGCCATTCACAATTGAACTTTGGCATCATCATCTTCAGTCCCTTAGTCGTACTGTTTTGTTTTCCAGACTGTTACTTGTGCCTCACTAATTTTTGGTGGCATTTTTTTTTTTTTTAATCACAGTGCATTCAATGAAGTGTCAGGCTGAAAGAGACCCTAAAAAGTTTTTCACCCTTTCTACTCTGCTGAAAGTTTTACCACATCTGTTGGTATATTTTTGAATACTGACTTGCAACTTAAGTGCCTTGAACTTTCTTGAACTGTGTCAATTTTGTTTTTTTTCCAGATAACCTTCTTAAATATTCTTTGATACAAATTGATTTAATAACTCTTTCTCTCATCTCAGAGTATGCCAAGAAAAACTCATCACCATCATCTTTGTAACAGATTAGCATTCTGTAAAATCCTTACGAACACACTTGTCTTTCCTGGACTATACAAACACAGTTGTCTCAACCTTTCTTCATGCATCTTTTTTCTGAAATATTTAGTTTTTGTAAGTATTCTCAGCTTCTGCCCAAAGAAGTCATGATGCTTAGTCGAGTCCTTATAATCCCCAGGTAGAGGGGAATGATTGTCTTGAGATCATCCGTACAAAGAACATGTCTACTAATACATCTCAAAATAGAAGTGCTTTCTGAGCAGCAGAATCAAACTTTTTTTCATATTGTATTGGGAATTCATTATTATTCTCTTTAATGGTGCTATGTAAGCTTACAGACTGTATGGTATTCATTTCTTTGATTTCTCTATCCAAAAGTTTGAGTGTATTAGAACTTCATTCAGTGAGCAGAACTAGTTTTGGATTCTTACCTTGAATTAGTGATTACTGTCCTACCCAGAACAGTCTCACAACATCTTTTTTGCTTCATATATGTTTTTCAAAACTATATATGCTACTACAGCACTCATCGTGTGTGATGCTTGTAAATCTTTAACAACACTTATTATATCAGTCCACCAACATAATTGCTTGTTGAGGTCATCCATACCTTCTTATTTTCCTTTCTGTCTACATCTACTTGTTCTCTTTTGCATTGTCCTCCACTTGAAAAGTGACATCCTTCTACCTGATATTTATTTTAATCCATGATTTGGACTGCTAAACTACATAGTAGTATAAAAAAAGAAAAGAAAAAAATACTAAGCCCAGTAATTGTGACTCAGCAAATGCACTACAGGAGCTTACAGTGTAAGTAATGGAGCTTACACTGAGTAATGGAAGTGTTGTAAAACAAATGCCTATGTGAGATGCAGGATTGTACTTGACTGTTAAGACTTGTTTCTACTGTTTCATTTTTGTATTTCTTAGTGGACTTAGAAGAATTTATAAGATTCTATTAAGAGATGTGCTGTGGTGTGGTGTCTCAAAGATAAAGTGACAGAACCAAGGAGGAGCCGCTAATTTGTTCTAAGAGATTATATGAAAAAAAAACCCAAACCTTGATTCCTTCTTAGCTTAGTGCTCTTTCTGTCTTACAGAGAGAGATTTCCTGCAGAATTGTGCCAGGGAAGGTTGCGCCTAAACATTCTCTGTGATTTTCTTTTTCATGCCTTTTTTTCTGTCTTCACCTGCCAGTTCCATGTGTCTTCCCATTATTTTCTCTATCCTTTTTTATTTCAACACTGTTTTTACTGTGCAGTCTTTGTTGTGATCACTATAAAGTCACAGAAATGCAGTGAAAATAAAATGTCAAATGTTATTTTAAAAATGTCGAATTGCAGAGTAATTTCAGTTGAATGCAATATGCTGATGTCTTTGCCCTTTTAAAACTTGGTTTTCCAATGCAGAGTCTTATCCAGCTCTTGGTTTGGTAGTATGAAATTCAAACTAGTTTTTGGAAATATTTATCATGGGTGACATGTACCTTAGAAGTTTTGCTTCGGTTGCTCCCCCAAAGCTCCTTTGAATGACCTTTTGCTTTTCAGTAGACGTTGTGAAAAGTTTAAGGTTGTTGGTTTTGTTAATGAAGGCATATATTTTTGTGAGTAAACATTAATTTTGGTCACATGCTTGCTAGCTTCTGTAGCACCTAACAAGCTGTTGTCTGAAAAGGCAGCTCTTCAAAGCCCTATGAAACAATTTGTAAGGATGTTTTGACTGCAATGAAACTGATGTTTATGGTGATAGCTGTTACAGTCCCCTAATGGGAGTAATTTTGTTATACTAATAAATCTTTGCACAGTCACTTGTCTGTGATACTGCAGGCTGACTGAATTTGCATAGTGTACTCATAAATACTTTACTTCACAGGTTTTCTTAATGAAAATTTGGTTGAATATTTTTATTTGTAACAATATTTGCTCTATTTATATTTGTTATCTATTACTGCTTTACTATGCATTTGTGTAGTTTTCTAAATAATTCATTGAAGAGTGACAGCTATGGATATATTCTTGATAGCTACAGCTGTTTAATGCATACGCACACCAGTCAGTGCCTGATTCTTTTCTGAAGAATTGATAAGAGTACCAGCTATAGAATATATATTTGATAGCTCTAGCTTTTTAATGTGTGCACACAAGCCTTTGTCTGAACACAGATATATTCAGTGAGACTATTTAAAAAAACAGTGGTCATAAATTGAAATCAGACGACTGGATAGAAGTATAGCACAACCTCAGGTTCTGATGTGTTAAATAATAGATTTAAGAGCGCCTTACAAGTCGTTTCAAATAACACCAGAACGCTGTTGTGCTATTAACACTTACTCAGCTGAAACCAGGAGACTGGCAGGATTCTGATAGTACTTGGTTGCAGAGTTAGTGTAAGCTTCAGTCAACAATCTGAGTCAAAATTGAGATAATTTTGGAAAAGGTAGAATAGTAGACTGTATATATCAGGGAATTTACCCAGGAATACCCTGGGTAAACAGGGTATTTCAAATGAATGATTATTATTTGAGCTTACCACCTGGTTCTGGATAAGTATTTGATTGAACATTGCTGTCCAAGGTATGCAAGTTTGTAGAGATTGTAGGAAACAGCATAACTACTTGTTAGAGCAAGTTTTTTAATAAACTAATGTTAGTTGAGGAGTAACAGCATAGAAACACAAGAGGTTTTTATGGAGAATTTCATTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTCCTCTGTTTGTTTTAAGTGGAAGTCATTACTGTGCTGTCTGCAAATGTTTTTCCTTCAGATGTGGTGTTGAAGATTTAATGTTTGTTATTTTTAGCTGCTAGATTCTTCTACTGAAAGTTTAGAGATCTCCAAAACTGCTTCATGAAATGTGATCTCTGCCAGGAAGTTTTGCTGTCTAAGGCTGCAGTTCTAAAAGGCTGAAATGTATGTTAATGAAATGTATGCTAAATTCTCAACAGAAGTGTCCCTAAGCGATTTGATGAAGTGCAGTCATTTTAAAATCACACCTGTATTTAGTCAGATTTCTACAAGTAGAGAGAGAAGTCCTAGTAAAGTTTGATTGTACTGGTAT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Seq C2 exon
GTTCATGAGACCTTTGAGTGTCAGGAATGTGACAAGAGATTTATTTCAGCTAACCAGCTAAAACGCCATATGATAACTCATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011963:ENSGALT00000019510:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.012 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128742=zf-met=WD(100=77.8)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=34.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]