HsaINT0132636 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196504 | PRPF40A
Description
PRP40 pre-mRNA processing factor 40 homolog A (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:16463]
Coordinates
chr2:153508107-153514534:-
Coord C1 exon
chr2:153514403-153514534
Coord A exon
chr2:153512913-153514402
Coord C2 exon
chr2:153508107-153512912
Length
1490 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
TGTAATCAATGTCTTTTCAGGGT
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTCCAGAATCCGATGCTGAGCGAGAGAAGGATAAAAAAGAAAAAGATCGGGAAAGTGAAAAAGACAGAACTAGACAAAGATCAGAATCAAAACACAAATCGCCTAAGAAAAAGACTGGAAAGGATTCT
Seq A exon
GTAAGTATTTAGAATTGTTTCATGCCTGTATTTTCAAAATGCAAAAATGTATTCTGTGGTTAAACCATGATGGTGTTGAAAGAATAGGCTTTTTTCCAGGTGTGCTACCATTGAAGAAAACAGTGAAAATTCAGTTAAGTACATTTCACACAATATCATAGTTTTTGGTCATGCATGATCCTAGATTTTATTCTCCTAAATTTGATATTTTTTAAATATAGCATTTCATAACTATAGCCTTATTAACTCACTAAGAAAGGATATGGTCACTAAGAAGTGCCACTGGACATTTTTTACCTAATTTTCAAATTTTTTTTTTAAGTGAGAGACTAAATCTGGGATTCTACAGATGTCTACAGTTGTCACTGTTATTAAATCCTTTGTTTCAAAAGGTAGCAATTCCAGTAACTTTTAGAAATACTGATTTGGGGTGGAGGAAGGGCAAATAAATAGGAGAGGAGAATATAAGCCAAAGTTAGTATTTCAATAACAGATTACATAATTAGTCCTTTTCAAATATATGTATATATGAATGACAGAGCCTAATAATGCAAATGCTGTGGGTTTAGCAAGGGTAAATGCCTATGAATCATCACTGGAGAGCATAAACTATGTAGGTAAAACCCTATTAGGGATCTCTGGATATTCTGATTCGTTGGTATAGGGTGGGTTTTTTTTTAGAGCTGAAACAGGTGAGTCTGAGTCACATCGTAAGTGAAGAGTGAATGTTTCCTTTGTACTTTCTAGCAGCTTATGGTGGGTTAAATGAAATCCCTGGAGTGAATGAAAGAGGACGATATGGGAACTATCCACTTTTCAAAGGTTGTGTCTTACGGTGCAGTATTATTTTTGTTTGTTCAGCCTAAATCTTGTCCTGCTCATTAGTCTTGTGTATTTATTTGGCACAGGAATCCATATGCTTAAAGCATACTACTTCTGTTTCTGTGATAATACTTGTGGAACCAGGGGGAAGCTACAAAATTAGCAAGGAATAGGCCAGGTGCAGTGGCTCACACCTGTGATCCTAGCCCTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATGAGCCGGGCTTGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGAGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAACAAGACTCTGTCTCAACAAAAAAATTAGCAAGGAATGTATTATCTAGGAAATGAATACCTGGCTTCCATTAAATGGAAATATTGCTTCATATTCACACAGTCTTTAAACCCTGTGAAATGTGTTTCTTTGGAAGAGAGTTTATATAGATATTGGATTCTTTTTTCAAAGGCTCAGCCCGTAAACCTCTGAGTACTGATGTCAACTATAATTGTAATCAATGTCTTTTCAG
Seq C2 exon
GGTAATTGGGATACTTCTGGCAGCGAACTGAGTGAAGGGGAATTGGAAAAGCGCAGAAGAACCCTTTTGGAGCAACTGGATGATGATCAATAAATTATACCAAATATATGTTTACAGTATGATTTAAAGTCTGATTCAGACCAGGGACTCTATTTTAAGTTCAACTGAAATAACACTGGGTTTTAATTATATCACAGGAAAAAAAAAGTGCATTTAAGTATTGTTATCGTGGACTTTATAAAAGCAAAGGAAATTGAAAGTAACTTTTGATTCTGTATCAAGAATCATATTTTCATACAGTCATAACTGTCTTTCTGTGACCCTTTCACAGGGCACTGTAGGATGGATTAAAGGTGGCAATTTACTGATAACTGCAGATGTCTCTACTTTGTTCTAAAATCTAAGTCATGAGGTGATTTGATTTACTTTATAGAAGCTGGATTTTGAAGATCTAATGAAAAATTTTTTGATAATATAGTAGTACAAAAAAAGCACCAGCAACTGATAAAAATTGCTTTTTTGTGCGCTACCCAACTGGTTAAAGCCAATGTGATCTTTTATGGTGAAACTCCTAAGAAACAGGTGGTTTTGCTGGAAACTTGGTAGACCCTTAATTATAGTGGTGCTAATGAGCACTACTGTAATATAAAGCCACCATTATTTTTTATCAAACATCTGAATACATTTTACAAAGGCTATTGTGAGGGCATTATTTTGAGCATCTATTTTGAGGTGATGTTTAAAAAAACTTTAACATCAAATCAAATTGTAAATTAATTTAAATATATTGCCTTAAGGACCTACTAAAGAATGTGCCACCAGACTTTAAGTGATAGTTGCAATATCCTTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAGTTGACTTAAACATTTTCTTTAACAGTTGTCTTTTTTTTCTAAATTCAGTCTTTCTCTTGCTTTTTTTTCCCTGCTATTGAGGAAGTATTTTGCCTTCCCTACTCACTGAGAAGTATTGACTTCGTGGTACACATTCTAAAGCATTTCTGATTTGAATATTTTTGTACATTTTTATCAATTATTAAACCTTCTCTTCTAGTGTGTACTAGTATTTATTTCTACTTAAACTGCTCAGCTCTAAAGAAATTGTATGATCACTTTAAAGGTACTAAATCCCTGAAATTTTGCTTCATCTTACCCACACCGCTAGTTTACTTTCCTTTTTTAATATTTAAGAATATTATAAATCAGTGCATTTGAGGTCCCTAGATTTGTTTTTCACCTATGAATTTTTTACAGACTATTTTAGAGAGGCTGTGGTTTGAAGACAGAATACTCTTTACATGCTAACTTTTGAAGGTTGGTAATGTAATTTATACTATTTTCCTTCAGTGCAGGAGATTTTTTAAGTAAATAAGTAAATTTTAGCACCTATTCTTCGGTATTATCTGTGTTATTCTTTTAATGTGTACACTTGAAGAGATCCTATTTCAAAGTTGGGATTTTGAAGAACAAAAAGTTTTTTTCTTACCCATCCTAGTGAGTTTTGAAAGTGGGCCTGACCAGAATGTCTCTTTCCCATTTTGCCCCGTTTGAATTAAATATAATGTCTACTCTTTAAAGGCTGAAGGGGTGGGTGAGGGGATTGTTTCTCATTTTGTCTCCCAAGTCATTTTTCTGCTGTGAAATATGACCAGGCTTGTAGGAAGACTCATCTTGGAGAAAATGTGAAGTAATCAAATTGCTTGAGATTAGTCTCCTATTGTATATTAGAGCCAAAACACATAATAACTTTGGCAACAGGGAGTTGTCTAGACTCAATTTTCAGAGGTCCCATTGTAGTGAGTTAATATTGCTAATCATGTCAATCACTTGACATGGAAGTCAGTGGCAAATCTTTAAAGTATGCATTTGATACTGGCAAATATATACTACTGATGTTTCACAAAAGAATCTTAGAATCTGTAGAAAACATTAATTACTTCCATGAATTATTTCTAAAGTATAACTTTAAAGTTTTGATTTTTCTATTTAAATAAAAAGCTATTGATGTGTTTTAGCATGTCCTCAAAATAGATTCCTGTATTTCTTACAGAGATAATCTTACTATAACCGCAAATCCCTACAACACAGTATAAAGTTTCCCTGTAGTTCACCCATGAAAATTATTTGACTTAAAAACAACCATAGTAGTAAGCCAATTGCAATTCAAAATGCAACATCCTTGCCATAAAAGATGTAACTTAAGTGACTGTGATCCTTTGTCTACCTTTCAGGATCCCATCAAATGGGATTTAGTTGCTAGAAAGATACTTGACAGTCTGAAGGCACAGGTGATAAGATTTTGTTCTCTGTGAATATTTTTAAACTAATAGGTTATGTTTTTAAATCTTCAATTTGGTAAAAAACTGAAACGTCTTGGAATATTGGTTCTATTAGAGTTAAATATGGTAAAACAGGAAAGCGTGTTTATTTTCAGATAAGGGGAATTTATACTTTTCATTAAAGTCTTGGAGTCTTAGGAAAATGTTGAGGGTTTGTCTTCCCCCAGTGTCATTAATACTAATGAACTATTAGATCAAATTCACTTATACATTTAATATCATAGTTATTCAAAATCAGGACTTTAAATATTTTTTTCTCCCAGTTCATATTTCTTTGTGCGAAAATTGAATTTGTATGAAAAGTTAGATAATTAAGCTAATCAAGTATGAAGTATACACTCTTCCTAAGTGAATTTAAATAATGTAATGCTTTTAAATAAAAGCAGTGGTCCCACCACATTTTTTTCAGCATAGTAGCTGGCATTTTGTTATCATTAGCCAGAGTAGCTTCAGCATATAAGTTATTGATGTTTTCCAACTTCAAAAGTGCATTTTATGCCTCCCAGTAAATTTGATAATGATTTGTCACAGCTTTGTCATCTTTTGACTTTTGCTTATGGGCCTCACTTCGTACAACTATAACATGAAAAAGGATTGTCCTAAAGTAAGGGAATCAGTTAATGGTAGGATGAAGAAACTGTAAAAACTCCTAGAAAAAAACCTGTGTGCATTTTTCTGGAAAGTTTTCAAACTGTGTAATTCAGTTTTCATTCAATTATATAATTTGGTTATATGCTTTAAAAAACATTTGTCTAAATGTTCCCGGTTTTCTTCTGGTCTTAGAGTCAGCTGAGTGCTGGCTATGCAGCCACTCGTATTTTTGCATCCAGAAAGGAGTAACTCCCTTTATATGAAGATTTTTTTTTTTAAGCTTAGATGCTATGTAAGAGAAAACTATTTGTAATCACATAGTACCCAGGGAGGAGTGATGAATGCTTTTTTAAAAAAGGATATTTAAGTATATTATGTAATTTAAATATAAATTATCAAACTAAAAAACTTCAGCTTTTAAAACTTTCTAAACAAAATGAAGCAAAGTACATTAATTCCTTCTATCTTAAATCTGAGACTTTTTATTTTCCCTTGGGTATATATTTCTCTCAGTGTTAGGTAGATGTTAATTCAACCATCCTACATTCTCTATATAAAATTACACTCATTTTACATGAAAGCAAAATAATGTCGTTACTTTCATGGAACTGTGTTCTAACAGGCTTATAATCTCATTCTGTGCTTCTGGTAATGGCGTATACCAGTCTGATGATTCTTACCATCCTTATTCTTACATTACTCTTCCAATTGTTTTGATTTTAACTGGTGGTCATGTAAGTTCCTCGGTGGCAGGGATTTATCTGGTTCATTTACTGTTATATATCCTTGTGGAATAGGACAGTGCCTGGCATATAATAGGCACTTTTGGAATGAATGTAAAATACTAGTTGAAATATGTATTCATCTGGCATCCATGGTACCCATCATCTGTATTAAAGGGCTTAAAAAAGCATCATTGCAATAAACCATACTAACCCACCACTAAAGTCACAGTCATAATTGAAGTGCACCCAAAATAAGGTCCAGTGACTGTACCTTAGCTTTTACTTCAGACATGTCCAAAACTTGTGAGAACATACAATTTAAAGTTGAAAACTCATCATTTTGGGCTATTTTTGAATAGGGCTGAAATATGGTGACATGTCAGGCACTCAGTTTTTTGGAGCTGTCTTAAAGGTGAGGTGGAAAGTGAGAGATGATTTTGCTCTAATTACCCACACATTCTCCCTAACCCTCCATTTTAAGACACTTAGCTATAATAGCTTAAGACTATCAAAACTGCTTTTGTGATTCTCAGTAGGATCTAGTTCAAAGCCATCTCAGTGCTAGTGATTGGTAATTGTTAATTTGATGGTAATTACCCTACTTGTAAAGTTGACATTCATACTGGCTAATCCTCCCTGCCCCTAGTCGTGGACAATGAAACAGTGAGTGGCTGGTGAATTAGATCAGATTCAAACTAAGCCATTCCTTGATGCTATTCTTCACTGCTGTTCCTTAGGGTATCTAAATGTGTTATTTATAAACATTTTTGGGGGCTCCTGCCTGCAAACTTCGGTAGGTGTTGGTCTTCCCCACCTCTACAACTGAGCCAAGGACTTGTTCTGAAAGGTGAGTAATAAATAAGGGAACAAGGTTTCTATTTTCTGTGTTTGTAATTACCAGATTTTCACCTCTGTTTATATATTATTCTGATGTAAAAGAACCTCATAGTTATATAAAATTAGACCTTTTGTAAATAAATATAATTTATTAGAAAAAATGGTATCTTTTACTAAATTGGATTTGTGTCAGTTTTTTCCTTTAAGCACCACTCAGGCAGCAAGCTCTATGCTGTGAGAGTTGCTGGAGGCCCACGTTATGTTTTCTCAGTGTAATTCCTCTTTTTCTTGATAAAAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196504-PRPF40A:NM_017892:25
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CGCCTAAGAAAAAGACTGGAAAGG
R:
TGAAAGGGTCACAGAAAGACAGT
Band lengths:
357-1847
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)