HsaINT0133728 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121390 | PSPC1
Description
paraspeckle component 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:20320]
Coordinates
chr13:20283682-20304484:-
Coord C1 exon
chr13:20304379-20304484
Coord A exon
chr13:20283740-20304378
Coord C2 exon
chr13:20283682-20283739
Length
20639 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ACAACTATGTTTACTTACAGAGA
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATGAAGAGGAGCATCGGCGGCGTGAGGAAGAAATGATCCGACACAGAGAACAGGAGGAACTGAGGCGACAGCAAGAGGGCTTTAAGCCAAACTACATGGAAAAT
Seq A exon
GTAAGTAAACTACTAGTTAACTAAAATGATTTTATATTTTCAGGTTTATGATGCATATTTAGAATGCTTTAGATTTTGGTTTATACAGTAGTCTTTTCTAATCTTTCTAAATTCATCATGTTTGATAAATTAGTGATTTTCTTAACCTCTCATAGGTGGTAAAGTAAAATTAGTTTCTGAAGATATCTATGTTTTATGAAGTGGATGTTATATTTTTTCCTATTATTTTGGTTGATCTTTAAAAAAACATATGCTATTAAGTTAGAAATCTTGATATATACATCATTTCCACTTGACTGATTTTCACCACATACTAATATTGAAACATCTCTATTTTGGAAGATTTCAGACATGTACAGAAGAATTGTAGTGAACACTTATAAACATATGGCCAATCTTTTACATCTTTAAGTATAACCACTTTATTTCCCAATTTATGTTATTTGAAATACCTGATTTCATATAATTTTATTTTCAGTATGTATCTCTAAAAGATGAGGACTTTTTAAAAAAATCTTTATCATATTTTAAAAATGGTCAGCTCTTTCATCTTAACTAATTAAAGCCCAGATTTGCACAGGTCTTAATTTTTTTTTTTTTAAACATTTGGTTTCTTTGAATTGACTGTTATATCCAGCCTCTTTTAGTCTATAGGTTTTCTCTTCCTGTCTTTAATATTTTAGTAACCTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTTGCTCTGTCAACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCGCACCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATATTGGCCAGGCTGGTGTCGAACTCTTTACCTCAAGTGATCTGCCCACCTCAGCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTCAGCCACCATGCCCAGCCGACATTTCTAAAATAGATCATCTATTGTTTCATAAGATTATGCTTATAGAAAAGCATTAGGTGACAATATACCTTCTTTTCTAGTAGTTACTTAAAGTATGTATCGCATACTTGAAGCATCATGATAAAATTAATTTGGCTAGAGTGTAAGTTGGCAAGCTCTAGCCTGGGACTACTGCCTGGTTTTTATTACTCCACCACAGAGATACTGATGGTGCTTCTGTTTTTAAAGGGTTATTGCAAAAGAAAGAAGAATATTAGAAATGATTTGTGACTCGCAATAACTTAAAATATTTTTTTCTGACCTTTTTATAGTGTCTGTGGAAACCTGGGCTGGAATATTTATGTTTTTTAAAAAATTTTAAAATTAGTATTTATGGTAGATAGACCACAAAGTTACTATGCTCTTAACTTTTTGGGATATCCGTATTTCAAATAGTATGTAAATGAGGTATGATAATTGTGTAACACTGACTAGTGTTCTATAAGTTTATTTGTGATTAGAAGTGATATGAATCTACACAAGTTTTTCATTATTTTGGTGTCAGTTTTATTTGGTTCCAAGCTTCACAGTGCCTCTTACTACTGCAAACTTAAGCACTAAAAGCAATATGAATGAAAGCTCTACCTATCTCAAATATTTTGTGTTAATGGGAGTATATTAATAGGAAAGCATTGTATTAAGAATGCATTGAGGCCATTCTGGCAGTTGTTCTTCATTTACTTTGAAAACTGTCTTTGGAGAAAATTGTTAAACAATTTTAATGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAGCTTTGAAATTAGGCCCTCTTATGTGCTTTCTCTTTATTTCACTGTTCAGTTTAAAGGGAGGAATCAAATGGTAAGTGTTCAACTTGTCCAAGTAATGAGTAAAGTTGATTTTCTTTGTTAATTTTAAGATGCCACCTCTCTCTTCTTGCCTTCCTAATAGAAATATTCCAACAAAACTAAGAGTTATGGGACTTTTAAGTATAAAATAAATATTGATTTACATATTTCACATTTTAAATAATAATTTCATGTAACAAAGAAAGAGTGAAAACACTTGTCATATCTGGTCATCTTTTTGTTTGTCAGCCTTCAACTTGATCATAATTTTATGACACATGGGAATATATTTTTAAGAGTTTCAAGGATGTAAGCCAGTACTTCATCAATATCAGTTGTCAGTTTTATTTAATACTTGATTTTTCCTTAGAAGACAAACTTTTTGATAATTACTGTTGTAACTATAAATTAAACAACATTTTTTACTCATTTAGGATAACATTCAACTGCCTTAAGAATGTATACATTTTAATAATATGTCTTAATTGCATTTAGGTTTGTCTTTACCATAATATAGAGTGTATTCAATTTTTTTCCAGGCAGTATTTACTAAGTGGAAATTTTCTACTTATCACAATTTTTGGACACATTAAAAGCTATTATTCTGGAAGCAATGAGAATTTTATGAGATTGTTTTTTATAATTGTCTTGTGATTGTTTTCATATTAGGTTACTCCACCAACTGTAGATTAAGTAGTTTAAACACTTCAGTACTTACCAGTCTTTATGGGAAAAATCTGCATTGGACTAAATGACAGATTTTAGTTCTAGCATTTGGTTGATGCAGTTTCTTGGAGTAAACATTGCTTCTTGGGAAAATGTTAATGTCATAAAAATATCCAAACGTCCATCTTATTTTAGCTTTAGTTATTGTATCATGTAGTTATGAAATATTTGGGTTAGGAAAATTGGGGTGATGTTTAAATTGTATGTTACTTGGTTTTAAAATTTGAGAAGTTTCTTTTTTTTTTTATTTATTTATTGAGGCAGAGTTTCACTCTTGTCGTTCAGGCTGGAGTGCAATGGGATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGACTCTCCTGCCTTAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATAGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTGGCTTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCAGCTGAGAAGTTTCTTTTTCTTGTATGGTACATATTAATGTTTGCCTTTTCAATAAAGAAAAGAATAATTCTTCATACCCTTTTCAGGTTTCCTGCATTGAACTAAATATATACCTGACTTACTATTAAAGCTTATTAGTCCCATTTGAGTAGTTGGGAATAGCCCTAGGTGTTTCAACACAGTTTATTCAACACACATAATAAACTTGAGAATAAAGGTATGTTGTATGCTAAGGCAACAGTTTGACTCAGTTGTATTTCTTTGCTTGTCAGAGGCATTCCATTGTAGCACCCGAGGGACTGTGAGGCCAGAATGATTAAGGGAATGTTGGCAGAGGCTAGCAGTGTAGTGCTTCTTCCAAGGACAATGTAAAACATTTTTTTTCTTTTAGAGATGGGGTCTTGATATGTTGCCCAGGCTGGGCTCAAGCAGTCCTCTTTCCTCATCCTCCTGAGTGGCTGAGACAACAAGCACATGCCACTGTGCCCAGCAGAACAGTGTTTTTCCAATGTACGTAATAAACACTCAAGGAGCTTTTAAAAAATGTGGGTTCTTAGATCATACTACTAATAATTGATTTGTTTTGTGATCCAGGTAGATTGTAATACATTGATCTTTGATCACATTTTTTTGCTAAATCCAGTAGTTTTCAACCTTGCAATATATTTGTGGAACTTAAGGAAAAATGCCTGAGATTCAGTCCTCCAAGTATTTTGATTCAGTGTGTCTAGGTTGGTACCAGGAGATATACGTGTTAAAGAAAACTCTACACCTTGCTTATTTCTTTTTGGTAGCGAAGATTCAAAACTACTGGCCTTGTATTGAAATGAGACATACTGAAATGAAAATAGTTGAATTTTTCATGGATCCTGGGAGTGTTAGTGGAAGGCATGCTTGATGTGGTTCAACATGGTGTAAGATTTATATAGGATGCAATTTATTTATTTATTGATGGTATCTTGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTATTGACAAGTGTGATTATAGCACACTACAGCCTCAAACTCCTGGGCTTAAGTGAATCTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAGAGTAGGCATGCTGCTGTACCCATCTTTCTTCATTTTTTTCTTTCTTTTGATTGGGTCTCCCTGTGTTACCCAGGCTGGTCTTGACCTCCTGAAGCTATCCTCCTGTCTCAGTCTCCTGAATAGTGGGACTACAGTTGCCTACCACTGCATATGGTTATATATCCATCTTTAGAACACGGTTCAAACAGTATGACATTCTACGTGAATAGTACCCTGCAGAATTTGGGTGTGGCAACCTTGATTTGGGCTTTCAGACTATATGTGCAGGACATATTATCTCAAACTATGCATTAATTTTGCGTGCATAGTTCTAATAATTTTAATTGTCTCATCCAGTCGAGGGGTTGACAGACTAGAACAGACCAGGCTCAGTTCACATGCTGCCTATTTTTGTAACACTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTTGCCCTACAAAAACTGATTTGAGTAGTTGTGACACAACTATGTGAGACTGTATTGAGACTACATGGCCTGCCAAGCCTAAAAAATATTTACACCTGACCCTTTACCTGAAATGTTTGCTGACCTCTGAATCCGAGAGTTGAAGGGAATCTATAAAAGTGGCTCATATTACCAAACTCGTAGAGCTTGTGAAGAATAATGCAAATCTATTCATTTATATATTCTTTTCCAGTGTTTTTAGAAGGCTCACTGAGCACAGTACCTCATATTCCAGATCCAAGGATTCCTGAGGAATCCAAATTAGTATCCAGAAGGTTCATTGGTAGTCATGGTTATAAACCAGAGCAAAAGTTAATGGGAAGAA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Seq C2 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121390-PSPC1:NM_001042414:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.931 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)