MmuINT0128251 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021938 | Pspc1
Description
paraspeckle protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1913895]
Coordinates
chr14:56728520-56748943:-
Coord C1 exon
chr14:56748835-56748943
Coord A exon
chr14:56728578-56748834
Coord C2 exon
chr14:56728520-56728577
Length
20257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ACAACTATGTTTACTTACAGAGA
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021938:ENSMUST00000022507:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types