RnoINT0119453 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020782 | Pspc1
Description
paraspeckle component 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310122]
Coordinates
chr15:36976228-36997120:-
Coord C1 exon
chr15:36997015-36997120
Coord A exon
chr15:36976286-36997014
Coord C2 exon
chr15:36976228-36976285
Length
20729 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020782:ENSRNOT00000028219:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]