DreINT0121355 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006621 | pspc1
Description
paraspeckle component 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9530]
Coordinates
chr1:27148568-27164082:+
Coord C1 exon
chr1:27148568-27148673
Coord A exon
chr1:27148674-27164024
Coord C2 exon
chr1:27164025-27164082
Length
15351 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTGAGT
5' ss Score
6.96
3' ss Seq
AACATCTCCTTCACTTTCAGAGA
3' ss Score
9.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AGAGAACAGGATATGAGAATGAATGAAATGGGAACACGTGGAGCCATTAATATAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006621:ENSDART00000160524:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]