HsaINT0133736 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121390 | PSPC1
Description
paraspeckle component 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:20320]
Coordinates
chr13:20251864-20304484:-
Coord C1 exon
chr13:20304379-20304484
Coord A exon
chr13:20251964-20304378
Coord C2 exon
chr13:20251864-20251963
Length
52415 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TGATTTCATTGTATTTCTAGGGT
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGATAAAAGAAAATGTGGCTGAAGTTACCCGAAGTTCAGCTTGCAGTGTAATTCAGAAGAGTTAAGACCAGAAGTACTGGAATCATACTTCCTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121390-PSPC1:NR_003272:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.931 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)