MmuINT0128251 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021938 | Pspc1
Description
paraspeckle protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1913895]
Coordinates
chr14:57347357-57367780:-
Coord C1 exon
chr14:57367672-57367780
Coord A exon
chr14:57347415-57367671
Coord C2 exon
chr14:57347357-57347414
Length
20257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ACAACTATGTTTACTTACAGAGA
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTGAGATACCGGCTAGCCAAGATGATTCTATATATTGTATGATGTATACTTATATTTCTTTAGATTTTCTTTTTTTAATAGTGTATTTTCTACTTTCTGAATTTTTCAGGGCTGTTAAACTAGTGGTTTTGTTAATGTCTTGTAAGTAGTACATTAGTTTCTGAAGTCATTCATAGCTTATAAAATGGCTGTTATAGTTCTTCTGTTTTAGTTGATTGGTAAAAAATACATGCTCTTCGTAGGATACCTTGATATGAGCATCAGCTCTACCTGAATTTGTATTGTATTGTTTTGTGTGTTTATTTTTGAAAGTTTCAGATATATACAGTCTCTAACCATAAAGCCTCTAAACATAGAACTGAACCTTTTCATCTTGCACATTACCTTTTCTGAATTATTTTGTATAAAATATCTAACTTCATCCAGTTTTGTTAGTCGGTATGTTCATATTAACTGTTTAAAGCCCAAATTTGCAAAGGTCTTAAATAGATGTGTAAAGTGGCCTCTGACTGTTTGTTCCCTGATGCATTCATTCCCTTTAGTTTGATTTTGTAGGAGCTTCCCCCTCTCCTTTTCTTCTTCCTTTTCACACCATGCACCATTATGTAGACTATGGGCCTTCCTTCCTAGTTACAGAGTAGTCTACAGTTTTTATCTCTGAATTTCTTTCAAGGTAGTCCAGGCTTAAATTTTTTAAAAAAATTATTCATTAGGTGTTGGTAGCTTGTTCCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTAGGTAGGTTATAGGGCAACTTTGGAGTCCTTTTTACGCGTATTCAGGAATCAAACTCAGTTTTTCAGGTTTGCTCAGCGAATGCCTTCTTGCTGAGTTTAGGTGTTTGTTCTCTGGTTTTGTTATTCCCCAATGATGGCGGCTCCATAAATACTTCATAAGTACCATATTCTCCAAGTTCTTAATGATAGTTAAGTGAGAGTTTCACTGTTCACCTGAAAGAATACCAGCTATAGTCTTTATTCTGAAAAATAGTCGGTGTTAGTTTTTTTCTATTGTCAAAAGCAATGATTCTTTCACAACTAAAACTTAATACATTTCTGAGGCTGAAAGTATTAAGTCTTTGGTGCTAGCTACTTATTTATTTATTTCAAATTCCCTTTCTCATTTTTTTGTATTTGGAAATGTTAGTTTTGTTTTTAACTAGAACTTATAAACATAGTGAAACCTTAACTGATAATAACAGGGAAAATGTTTATCCTATTATCAACTAAATATTTTTGGTTGGAAAATATCTGGCATTTAAATTTAGTTGAAGAAATGTTCATAATTATTCTATCAACAAATTAACTGCTGAAGAAATTTTAAGTCCTATTGAAATTTCTATTTATTTAATTTCTTTCTTTCTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTTCTTTCTTCTTTTTTTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTTTGTTTTGCCCTGGTTATTCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGACTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCTTCTGCCTCCCGAGTGCGGGGAGTAAAGGCGTGCGCCACCACTGCCGGGCTAGCTTTACTTTTCTGTTGTCTTTTCTTCCTTGATATTAAGTATTTAACAACTTATTTTAAACTACAGTTTCGATTTTGAACATAAATCTGTTGGAATTATCAATGTAAAGATACTGTTTAAAAGGAAGTGGAAGTTAACATTTTCAGGCTAATACTGCTTTTTAGTCTTTAATAATCATATGTAAGCCATATGTGATATATTTCTTACAGAATTTCCATTGAGAATTAAGAAATAATACCTATTATTTTTATTTATCTGAATATTTACAAAAAGATTTTCTCATAGTAAAATAGGTAAATATTAACTTCCTTGGTATTTTTCCTGACATGAGCTGTACATGTTTTATAATGAACATAGTTATTTGTAGTATTATTAATACTGTCATTGCAGTGGACTAGAAAGGAAAGATTTAGTAAAGTATTCCATTTCTAAACTTGTAAAGAATCTTTTTATTTATAAATATTAGTTTATCATACCATAAATGCAGTTGTAGAATGTTTTTGAAATAATGCCATTTTTTGCTTTGTGGAAATTAACATAGATATTAATATGCCTGTAGATATAATCATGAATGGCTGGTTTTAATTTTACTTTTCTACCATACAACGTAATGTTATATGTTCTGTGGCTGGGAAACATTTTAGTTTAAAATTGAGTTATGAACTCCTTAAATTTGCTAAGGTAAAATTGGCGCGTGTGAGTAGGGTGGTTGTGAATGGATGAGGTAGCCAGGTGTGGAGTTCAGAGGACAGCTTTTGGGAGTTGGCTTTTTCTTTTCATTATGGGTTCCAAGGATGGAACTTCAGGTCTCCTTGTTGAGACATGTTTCTGGCCCTGAAAGATTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTCCAAGACAGGATTTCTCTAGTCATGGCTGTCCTGAACTTCATTTTGTAGACCAGGCTGCCTTCAAACTTATAGTGATCCTCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGTAATCAAAGGCATGCACCACCTTTACTCTGTGGCTTTTTGACTTTCTTTTTTAATGATAAAAAAAAAATTAGGATGCATATCTCTGGTTGCGTGTATTGTGTGTGCTGGCTGGGATTTCCTGGAGCTGGAGTGAACTGAATTGATCTGAACCCTGCTCTTTTGGCAGAGCTGCAAGTGCTCTTAACTGCTAAGCCATCTCATCAGCCTCTAAATTCATAAAAAAATACAATTTTCCTTCAGAAAATTTTTAAGTTGATAAAATTTTATAACTATCTAGTGAACTTGGGGAATAAGAGATATTAGATATTTAAAATACTCAGGCTGAATTTATTGCCTTTTGTAAAGTATATAGTTTATTCTTTCACAAGATTATTTTACTAGAATAGGATTAGATAGTATATTTAAACATTTAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTAAAGACTTATTTATGTCATTTATCTGAGAACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGACATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGTTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGCAAGAGCAGTCAGTGATTTTAACCACTGAGCCGTCTCTCCAGCGCAATTTAGATATTTTTCAAATTATTTAAAAAACTATGTTTTGCATGCTTAAAGCCGCATAATAAAAATCTGATTAGAATATTAAATTACAGCCTGTGACTACTGCCCTTTGTCATACTACCAAAATTTAAAGATAAACATGCTCCTTTCGTTTTTAAAAAAGGTTTTGAGGAGGCTTCTAAGTGGCTGAGTGTATCAAAGCACTTTATGCCAGGTTTCTGGGATCTACACCTTGGAAGGACACAAAAGACTTGCAGAAGTTGTCCTCTGACCTCCACACAGGCTGTATCATATGTACAGAAACACTCAGAAAGATTGTTGTCATGTCTGGGATGTGAAGAGAGATTCGGTGTTGACTGCAAGCAGGAGGACTTGAGATTAATACATGGCCAGGCTTGCTTAGTTTCAGCAGGAACAGTGGGCCAGAGAGGGTAGATGGTGGAGTCAGGCAAAGACTGGCCCATTTCCAATTGTCTGGCCAGGTAAGGGAGCACCAGGTTCCGTGAGAGGCCTTACCTCACAAGCTAAGTTAGAGAAGACAGGGAGGAAGACAAGCCCCTGTCACCTTGTGCACTTCACCTGGCATCCCATGACAGACACAAGCTATTGAAGGGTTGAACGTGATAGCATATACTTGTATTCCAAGTACTTTGGAGGTAGAGGCCTGAGGTGTGCTGCAAGTTCAAGACTCGCCTGTCTCAAAAAACAACAGAACCAAAAATAAAAGTAAATCGTTGTTAAAATGAAAGAAGCTAGGTTGGTGCAAGTTAACAGTGGCATTTGCTTCAAAGTCAGATGACTTTAGAGTCTCAGGACTATACAGTTAGTTTAGAACAGCTCTCAAGTCAAAGGAGCTGTTATCTTTTGACCTTCAAATGCATAAAATAGAAAAGCATAAGTGTTTAAATTACATAAACACATGCATAATGAATGAATGAACAAAAAAGAAAAAGTGGAAGAAAGATACTAAAGACTCATTCCAATTTACTTAAACATTTGAATTATGTTGAGTACATCGGTTGGAATATTTGTAATTTATTCTTAAAATAACACTTAGTTTGTAAGTCTATATAGCTACTATTTTCTGGAGAGCAGTCATATTTTGACTATACTTAATGAGCTTGATCATGAAATAACAATGTAATTAATACAGGGAAAATCAGAGGTTCTGCTTAGATTTTTTTATTTTTAATTTTTCCTATTTTTAAAAAAATATTTATTTATTTATTTATTTAATTTATTTTCGAGACAGGGTTTCCCTGTGTAGCCCTGACTGTCCTGGAACCAGTCTTTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCAGAAATCCATCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGTTGGGATTAAAGGCATGCACCATCACTGCCTGGCCTTAAAATTTCTTTTAAAGAATTGTTTCATGTATATGAATGCTGTTTACATGTATACTTGCATGCAAAAACAGGGCATCAGATCCCATTATAGGTGGTTGTGAGCCACTGTATGGTTTCTGAGAATTGAATTCAGGACCTCTAGAAGAGCTGACAGTACTCTTACTGCTGAGCCATCTCTGAAGCCCTGTTTTTGTTTTTTGAGATAGGGTCTGACTATGTAGTCCAGGCTCACTTGGAACTCACAGAGATCCCCTGCATATGCCTCTGGAGTGCTGCAACTAAAGGAATGTATCACCGCGTCTGGTTGTTCAGAATTTTTTAGTAGATAAGAAACTTTAAGCACAAGTTCTTTAGCTTTATAATGCTTACTGTTATTGTAAGTAAACTAAACTTACTAGGTTGCTCAGTGTATCAAAGCACTTTGTAGCTAAAAGAAGTAGTAGAATAGTTTTTTGTTCATGG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Seq C2 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021938-Pspc1:NM_025682:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: