HsaINT0133736 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121390 | PSPC1
Description
paraspeckle component 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20320]
Coordinates
chr13:19677724-19730344:-
Coord C1 exon
chr13:19730239-19730344
Coord A exon
chr13:19677824-19730238
Coord C2 exon
chr13:19677724-19677823
Length
52415 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TGATTTCATTGTATTTCTAGGGT
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGATAAAAGAAAATGTGGCTGAAGTTACCCGAAGTTCAGCTTGCAGTGTAATTCAGAAGAGTTAAGACCAGAAGTACTGGAATCATACTTCCTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121390:ENST00000471658:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.951 A=NA C2=0.432
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development