Special

HsaINT0133736 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
paraspeckle component 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20320]
Coordinates
chr13:19677724-19730344:-
Coord C1 exon
chr13:19730239-19730344
Coord A exon
chr13:19677824-19730238
Coord C2 exon
chr13:19677724-19677823
Length
52415 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TGATTTCATTGTATTTCTAGGGT
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATGAAGAGGAGCATCGGCGGCGTGAGGAAGAAATGATCCGACACAGAGAACAGGAGGAACTGAGGCGACAGCAAGAGGGCTTTAAGCCAAACTACATGGAAAAT
Seq A exon
GTAAGTAAACTACTAGTTAACTAAAATGATTTTATATTTTCAGGTTTATGATGCATATTTAGAATGCTTTAGATTTTGGTTTATACAGTAGTCTTTTCTAATCTTTCTAAATTCATCATGTTTGATAAATTAGTGATTTTCTTAACCTCTCATAGGTGGTAAAGTAAAATTAGTTTCTGAAGATATCTATGTTTTATGAAGTGGATGTTATATTTTTTCCTATTATTTTGGTTGATCTTTAAAAAAACATATGCTATTAAGTTAGAAATCTTGATATATACATCATTTCCACTTGACTGATTTTCACCACATACTAATATTGAAACATCTCTATTTTGGAAGATTTCAGACATGTACAGAAGAATTGTAGTGAACACTTATAAACATATGGCCAATCTTTTACATCTTTAAGTATAACCACTTTATTTCCCAATTTATGTTATTTGAAATACCTGATTTCATATAATTTTATTTTCAGTATGTATCTCTAAAAGATGAGGACTTTTTAAAAAAATCTTTATCATATTTTAAAAATGGTCAGCTCTTTCATCTTAACTAATTAAAGCCCAGATTTGCACAGGTCTTAATTTTTTTTTTTTTAAACATTTGGTTTCTTTGAATTGACTGTTATATCCAGCCTCTTTTAGTCTATAGGTTTTCTCTTCCTGTCTTTAATATTTTAGTAACCTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTTGCTCTGTCAACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCGCACCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATATTGGCCAGGCTGGTGTCGAACTCTTTACCTCAAGTGATCTGCCCACCTCAGCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTCAGCCACCATGCCCAGCCGACATTTCTAAAATAGATCATCTATTGTTTCATAAGATTATGCTTATAGAAAAGCATTAGGTGACAATATACCTTCTTTTCTAGTAGTTACTTAAAGTATGTATCGCATACTTGAAGCATCATGATAAAATTAATTTGGCTAGAGTGTAAGTTGGCAAGCTCTAGCCTGGGACTACTGCCTGGTTTTTATTACTCCACCACAGAGATACTGATGGTGCTTCTGTTTTTAAAGGGTTATTGCAAAAGAAAGAAGAATATTAGAAATGATTTGTGACTCGCAATAACTTAAAATATTTTTTTCTGACCTTTTTATAGTGTCTGTGGAAACCTGGGCTGGAATATTTATGTTTTTTAAAAAATTTTAAAATTAGTATTTATGGTAGATAGACCACAAAGTTACTATGCTCTTAACTTTTTGGGATATCCGTATTTCAAATAGTATGTAAATGAGGTATGATAATTGTGTAACACTGACTAGTGTTCTATAAGTTTATTTGTGATTAGAAGTGATATGAATCTACACAAGTTTTTCATTATTTTGGTGTCAGTTTTATTTGGTTCCAAGCTTCACAGTGCCTCTTACTACTGCAAACTTAAGCACTAAAAGCAATATGAATGAAAGCTCTACCTATCTCAAATATTTTGTGTTAATGGGAGTATATTAATAGGAAAGCATTGTATTAAGAATGCATTGAGGCCATTCTGGCAGTTGTTCTTCATTTACTTTGAAAACTGTCTTTGGAGAAAATTGTTAAACAATTTTAATGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAGCTTTGAAATTAGGCCCTCTTATGTGCTTTCTCTTTATTTCACTGTTCAGTTTAAAGGGAGGAATCAAATGGTAAGTGTTCAACTTGTCCAAGTAATGAGTAAAGTTGATTTTCTTTGTTAATTTTAAGATGCCACCTCTCTCTTCTTGCCTTCCTAATAGAAATATTCCAACAAAACTAAGAGTTATGGGACTTTTAAGTATAAAATAAATATTGATTTACATATTTCACATTTTAAATAATAATTTCATGTAACAAAGAAAGAGTGAAAACACTTGTCATATCTGGTCATCTTTTTGTTTGTCAGCCTTCAACTTGATCATAATTTTATGACACATGGGAATATATTTTTAAGAGTTTCAAGGATGTAAGCCAGTACTTCATCAATATCAGTTGTCAGTTTTATTTAATACTTGATTTTTCCTTAGAAGACAAACTTTTTGATAATTACTGTTGTAACTATAAATTAAACAACATTTTTTACTCATTTAGGATAACATTCAACTGCCTTAAGAATGTATACATTTTAATAATATGTCTTAATTGCATTTAGGTTTGTCTTTACCATAATATAGAGTGTATTCAATTTTTTTCCAGGCAGTATTTACTAAGTGGAAATTTTCTACTTATCACAATTTTTGGACACATTAAAAGCTATTATTCTGGAAGCAATGAGAATTTTATGAGATTGTTTTTTATAATTGTCTTGTGATTGTTTTCATATTAGGTTACTCCACCAACTGTAGATTAAGTAGTTTAAACACTTCAGTACTTACCAGTCTTTATGGGAAAAATCTGCATTGGACTAAATGACAGATTTTAGTTCTAGCATTTGGTTGATGCAGTTTCTTGGAGTAAACATTGCTTCTTGGGAAAATGTTAATGTCATAAAAATATCCAAACGTCCATCTTATTTTAGCTTTAGTTATTGTATCATGTAGTTATGAAATATTTGGGTTAGGAAAATTGGGGTGATGTTTAAATTGTATGTTACTTGGTTTTAAAATTTGAGAAGTTTCTTTTTTTTTTTATTTATTTATTGAGGCAGAGTTTCACTCTTGTCGTTCAGGCTGGAGTGCAATGGGATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGACTCTCCTGCCTTAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATAGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTGGCTTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCAGCTGAGAAGTTTCTTTTTCTTGTATGGTACATATTAATGTTTGCCTTTTCAATAAAGAAAAGAATAATTCTTCATACCCTTTTCAGGTTTCCTGCATTGAACTAAATATATACCTGACTTACTATTAAAGCTTATTAGTCCCATTTGAGTAGTTGGGAATAGCCCTAGGTGTTTCAACACAGTTTATTCAACACACATAATAAACTTGAGAATAAAGGTATGTTGTATGCTAAGGCAACAGTTTGACTCAGTTGTATTTCTTTGCTTGTCAGAGGCATTCCATTGTAGCACCCGAGGGACTGTGAGGCCAGAATGATTAAGGGAATGTTGGCAGAGGCTAGCAGTGTAGTGCTTCTTCCAAGGACAATGTAAAACATTTTTTTTCTTTTAGAGATGGGGTCTTGATATGTTGCCCAGGCTGGGCTCAAGCAGTCCTCTTTCCTCATCCTCCTGAGTGGCTGAGACAACAAGCACATGCCACTGTGCCCAGCAGAACAGTGTTTTTCCAATGTACGTAATAAACACTCAAGGAGCTTTTAAAAAATGTGGGTTCTTAGATCATACTACTAATAATTGATTTGTTTTGTGATCCAGGTAGATTGTAATACATTGATCTTTGATCACATTTTTTTGCTAAATCCAGTAGTTTTCAACCTTGCAATATATTTGTGGAACTTAAGGAAAAATGCCTGAGATTCAGTCCTCCAAGTATTTTGATTCAGTGTGTCTAGGTTGGTACCAGGAGATATACGTGTTAAAGAAAACTCTACACCTTGCTTATTTCTTTTTGGTAGCGAAGATTCAAAACTACTGGCCTTGTATTGAAATGAGACATACTGAAATGAAAATAGTTGAATTTTTCATGGATCCTGGGAGTGTTAGTGGAAGGCATGCTTGATGTGGTTCAACATGGTGTAAGATTTATATAGGATGCAATTTATTTATTTATTGATGGTATCTTGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTATTGACAAGTGTGATTATAGCACACTACAGCCTCAAACTCCTGGGCTTAAGTGAATCTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAGAGTAGGCATGCTGCTGTACCCATCTTTCTTCATTTTTTTCTTTCTTTTGATTGGGTCTCCCTGTGTTACCCAGGCTGGTCTTGACCTCCTGAAGCTATCCTCCTGTCTCAGTCTCCTGAATAGTGGGACTACAGTTGCCTACCACTGCATATGGTTATATATCCATCTTTAGAACACGGTTCAAACAGTATGACATTCTACGTGAATAGTACCCTGCAGAATTTGGGTGTGGCAACCTTGATTTGGGCTTTCAGACTATATGTGCAGGACATATTATCTCAAACTATGCATTAATTTTGCGTGCATAGTTCTAATAATTTTAATTGTCTCATCCAGTCGAGGGGTTGACAGACTAGAACAGACCAGGCTCAGTTCACATGCTGCCTATTTTTGTAACACTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTTGCCCTACAAAAACTGATTTGAGTAGTTGTGACACAACTATGTGAGACTGTATTGAGACTACATGGCCTGCCAAGCCTAAAAAATATTTACACCTGACCCTTTACCTGAAATGTTTGCTGACCTCTGAATCCGAGAGTTGAAGGGAATCTATAAAAGTGGCTCATATTACCAAACTCGTAGAGCTTGTGAAGAATAATGCAAATCTATTCATTTATATATTCTTTTCCAGTGTTTTTAGAAGGCTCACTGAGCACAGTACCTCATATTCCAGATCCAAGGATTCCTGAGGAATCCAAATTAGTATCCAGAAGGTTCATTGGTAGTCATGGTTATAAACCAGAGCAAAAGTTAATGGGAAGAA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Seq C2 exon
GGTGATAAAAGAAAATGTGGCTGAAGTTACCCGAAGTTCAGCTTGCAGTGTAATTCAGAAGAGTTAAGACCAGAAGTACTGGAATCATACTTCCTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121390:ENST00000471658:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.951 A=NA C2=0.432
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development