BtaINT0119397 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003934 | PSPC1
Description
Bos taurus paraspeckle component 1 (PSPC1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075277]
Coordinates
chr12:36555319-36573041:+
Coord C1 exon
chr12:36555319-36555424
Coord A exon
chr12:36555425-36572983
Coord C2 exon
chr12:36572984-36573041
Length
17559 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ACAACTATGTTTACTTACAGAGA
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAGAACAGGAAATGAGAATGGGTGATATGGGTCCCCGTGGAGCAATAAACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003934:ENSBTAT00000005134:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development