HsaINT0138319 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213079 | RBM16
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:20959]
Coordinates
chr6:155099135-155109156:+
Coord C1 exon
chr6:155099135-155099179
Coord A exon
chr6:155099180-155108994
Coord C2 exon
chr6:155108995-155109156
Length
9815 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
ATTCTTCTTTTTTTCATCAGTGT
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTATAAACATGTGGTACAGAGTGTTGAGAAGTTTATTCAGAAA
Seq A exon
GTAAGTATATAATTTTCCATACATGTGCTGTAATTGTAGATTAATGCCTGTACTCTTCTCCTTTAGATCAAATACCCAAGTTTAAATTGTTTTGATGGACTGTTAAAAAGTGATTCCAGTTATTTTATTTTCCAATTAAGAAATAAAATAAAAGTGCCTTTCAGATAATTTTACTTAGGTTTGTATTCTGCCTATGTTCATGTGCCTAAATGTAAGCAGAGCCAGTTTGAGAATCGGTGTCATGTGGTATTAAGGATTCAGCAAGGTTGCAGTGTGTTTATGTTCCACTTGGGAGAAGGGTGCGGGATTTGAAGTGAGATTTCAGTCATTCAACTGGCTAGGTAACTTTGAATAAGTTAGTTAGCCTTTATGTCATTGAGTTCTTTTTTCTTTTTTAAAATTCTTGTTTTCTCAGTATTTAAAATATAGTATTGATAGGCTGTGCACAATGGCCCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGACCAAGATGACAAAACTGTGTGTTTACTAAAAGTACAAAAATTAGCTGACCTGGTAGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATTGCTTGAACCCAGGGGGCGGAGGTTGTAGTGAGCTGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGGAACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGATAAAACATACTTGGGGATTAAGTGGTTTAGGTAACTTGAAGCTAAGATAAAGGGTTGAATAACAAGTATGCTGTCTGTTTCACTTAAAGTTTAAAAATGTTAGTGATTAGAAAATTTTATTTGGTCTAACGCTTTTAAAAGCATTTCTCAGAGATTGTTCTGATTAAAGATCTTTCTTTAAAAGTTTTAATGTCTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCAGTATCAAGATTTCGGCTCACTGCAACCTCTGTCTCCCGAGTTCAAGCTATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCCTGTAGCTGGGATTACAGACATGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAATGATCCATGTGTCTTGGCCTCTCAAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCATAAAGTTTTAATGTCTTACACTATGCCTCATAAACTTGATGAATAGGAATTTACCTAGAATTCTTGTTAAAAATGTGGATTCTAATTCACCGAGTGTGGAGAGGAACCTGAGATTCTGCATTTGTAACAGCTCCTAGATGATGTTTCTTTACAAACCACAATTTGAGTAGTAAAGGTTTAAAAGGTAAAAGTGAATTTATGGATAAATGCTTGTTGACTGATTTGATTTGTGGTAGGGTACTTTGAATAAAATGTGTCAGAATCTTAGGAAGACCTGGAATGAGCAAAGTTACTCTATCGTGAGATAATTACAGTCAATCTGAAGAAGCCAATCAGTGTATGGGGAAAAACTTAAATGCTTTGCTATTACCCTGTTTAAATCAGAGATCCAGCAACAGATTTGTGTAATGGTTAAAATAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATACACTTTTTTTTTATACTTTTGAGCTAATTGTAGATTCACATGTCATTAAATCAGTAGGAATAAATCATGTAGAGATCCCATGTGCCCCTCACTCAGTTTCCCCCTGTGGTAACGTTCTGTAGAATTGTAGTAAAATATTACAATCAGGACATTGATACAGTCACCTGTTGACACACTAACCTTATTCAGATTTTAATTGTCTTACATGCACTCATTTGTATATGTATGCATTTAGTTCCATGCCGTTTAATCACATATATAGATTCATATAAACATCACCATAGTCAAGGTACAGAACAGTTCCTTCACCACTAGGATGCCTTGTGTTTCCCTTTTATATACTCTATAGTCATACTCGACTCACCTCCTCCTCCCCATCCCTAATCCCTAATGCCTGGCAGTCATTAACCTGTTCTCTTTCTCTATTTTACATTTCAAAATGTTATATAAATTGAATCATACAAAATGTAGCCTTTTGAGATTGACTTATTTTGCCCAGCGTAATTCTTTTGAGATCTAACCAAGTTGTTGCATGTATCAAATAGTTCCTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTAAGTTCTGGTATACAAGTGCAAAACACATAGGTTTGTTACATAGGTATACCTGTGCCATGGTGGTTTGCTGTACCTATCAACTTGTCATCTAGGTTTTAAGCCCCACATACATTAGCTATTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCCTCGTCCCCCACCCCCGACTGGCCCTGATGTGTTTTGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTGTCATTGTTCAACTCCCACTTACGAGTGAGAACATGGGATCTTTGGTTTTCTGTTCCTATGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGCTTCATCCATGTCACTGCAAAGTACATGATCTCATTCCTTTTTATGTCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTGGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATCGTGAATAGTGCTGCAGTAAACATACGTGTGCATGCGTCTTTATGGTAGAATGATTTATATTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAGATGGTGTTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTTAACTAATTTACATTCCCACCAAGAGTATAAAAGTGTTCCTGTTTCTCCACAGCCTCACCAGCATCGGTTGTTTCTTGACTTTTAAGTAATCACCATTCTGACTGGTGTGAGAGTTTATCTCGTTGTTTTGCCCCAAAAACTCCTTAAACTGATAAGCAACCTCAGCGAAGTCTCAGGATACAAAATCAATGTGCAAAAATCACAAGCATTCCTATACACCAACAATATACACCAAGCAGAGAGCCACGTTATGAATGAACTCCCATTCACAGTTGCTACAAAGAGAATAAAATACCTAGGAATATAGCTAACAAGGAGTGTGAAGGACCTCTTCAAGGAGATCTACAAACCACTGCTCAAGGAAATCAGAGAGGACACAAACAAATGGAAAAACATTCTATCCTCATGGATAGGAAGAATCAATATCGTGAACATGGCCATACTGCCCAAAGTAATTTATAGAATAAATGGTATTCCCATAAACTACCACTGACATTTTTCACAGAATTAGAAAAAACTACTTTAAATTTCACATGGAATAGGAAAAGGGCCTGTATAGCGAAGACAGTCTTAAGCAAAAAGAACAAAGCTGGAGGCATTGCACTACCTGCCTTCAAACTATACTACAAGGCTACAGTAACCAGAAGAGACATATGGTTTCCTTACTTTTTATTTCTGAGTAGTATTTCAGGGTATGAATTTACCACAGTTTAATCATTCACTCATTGGGGTTCATCTGGGTTGTTTGTAGTTTTTGGTTATTATGAATAAAGCTGCTAGGAACACTTGTATACCCAGAGTGTTTTTGTGTGAATGTAAGTTTACATTTCTTTGGGATAGTGAGTACATGTTTCCATTTTATAAGAAGCTACCAAACTGTTTTCCAAGATGGCGGTACCATTTTATATTCTCTTCATATACCATAAATTGTGTGAGGGAGAAGTGTGGCTGCAGTTTGGTCATATATTATCCGTGAACCCATGTTTTAGTCATGAAAGATTTATGGAGTAATAAATGACAGTAAATGAAAAATTAACAGTAAATATGATTTCCTTTAGGCCAAGAAAACTACTCTAAAGAATACTCTGGTCTCTGGCCTTGTCCTAATTAATTTTGCCAAAAATCAGTTCATATGCTGATTGTGTCTTAGCTTTATAAGACAGAAGCACCTGGGCACTCTGGCTCATGCCTACAGTCTAGCAGTTTGGGAGGGGCCAAGGCTGGGCTCAGGCATTTGAGACCAGCCTGGGCAAACGTGGCAAAACCCTGTCCCAGCCTAAAAACTACAAAAATTAACTGGGCAAAGTGGCAAGTGCCCGTGTTCCCAGCTGCTTATGTGGGTGAGGTGGAGGGATTGCTTGAGGCTTGAGTTCAGGAGGAAGTTGAGGCTGTAGTGAACCATCATTGTGCCACTGCACTCTAGCTTGGGCAACAAAGCAAGAGCTTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAACAAACAGAAAAAATGGGGGCGGCAGCAGCAGCAGAGGCGGGAGTTAGAAACAGATAAGGAAACTTCAGAAGACAGGTTTTAGAACTTGTTATGATCCTGTGTCAGGGTTCTCTAGAGGGACAGAACTAATAGGATATGTGTATATATACACACATATATAGGGTATACATATATACAGGGGAGTTTATTAAATATTAACATAAGTATTAACTTACACGATCACAAGGTCCCACAGCAGGCTGTCTGCAAGCTTGAGGTGCAAGGACGGCCAGTCTGAGTCTCAAAACTGAAGAACTTGGAGTCCAGTGTTCGAGGGCAGGAAGCGTCCAGCACAAGAGGAAGATGTAGGCTCTGAGGCTAGGCCAATCTCTCGTTTTCATATTTTTCTACCTGCTCTATACTTGCTGGCAGCTGATTAGATGGTGCCCACCCAGATTAAAGGTGGGTCTACCTTCCCCTGCTCACTGACTCAAATGTTAATCTCCTTTGGCAGCACCCTCACAGACACATCCAAGATCAATACTTTATGTCCTTCAATCCAGTCAAGTTGACACTCAGTATTAACCATCATAGATCCCTATATTTGCATTATAAATAACTAACTTACCTTAGTTATCCTGAATCCTAAAGGCAATAAATTTTATTTTGAGCCAGAGACCTCATGATTTGGTGACTTTTCTACCATCCATAGCTCTGTTCTCATTTGCTGGTTTGAAATGCAAAAATGAAATCCTCAGCTCTGTTCCAAAAATATGTAGAGTTTACCCAACTCTTTTTGTCTGTATGAAATCCCTTGCCTTTTTTTGCATGAGTACTACAAGCAAATGTGTCTACTAGATTCAGAATAAGATCGAATATTATCATTCAGAACTATTTATTTTGATAAAATCTAGATGCTTTGTTACAGTGAAATACATTCTATGGTACTGTGGCTACTCTTAGATACGGTGAGGTCAGGAATAAATTTCATCTTTCTGGCTCTGAAAGTGGTCTGTAGATGAGTTACTATTGCCTTAATCTGTAAGCTTTTGGCTATGATTACCTTCTTCAAATTTCCTGCTACATATTTAGTAAGAGCAGGAAATGTGGCTTATTTGTGGTGATTTTCAAGTTACATTTACTTTGTAAATAATAAATGAAAAGATGGTGCTAAACTGTCTAGAGATTATCATCATGAAAGTTTTTTGTTTTCTAGAAAGTTGATCTGGTAGCTGTATGTACATGGTTGTTAATGGTGGTTGATATTTTGCAGTGGATATGTATATATTTTTCAAAGAAGCGAAACATTTATTCTTCTCTTTGATATTTTTCCAGAGGAAGGATTGAGTCCACATTGAAAGATGGCTGTTAGCTAGGTGCAGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACTTGAGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAAAATGGTGAAATCCCGTCTCTACTAATACAAAAATTAGGCAGGCGCGGTAGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCACAAAGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAATAAAAAGAAAGATGGCTGTTATATTTACTTATCTCTGGTGTCTTGAGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATTTATTTATTTTTCATGTAGGGTGCAGTATTCTGTAACTGGACTTTTATCATGAGTATACCTTTATGCTTGGAGGTAGGATACAAAGAGATTTTTGTACATGGGCACAAATAGTTTGAAAGGAGTATATTTCCAGATTCTCACTTTTCATATGTATTTTTATTAAAGTTCCTCTTCCCTAGGATATTTTAGATCAACACAAGTTCCACACTTTTTAAATTTACATTTCAAATATATCTTAAGCTTATCAGTCATTCTTAATCATTATGATTAGAGAAACTTTTGCCTCTTGCTTTATTTAAGAAACCAGGGATGTTTATATAATTACAGTCACTCTTCCGTTTCTGTGGGTTCCAACCCATGGGTTCAGCCTATTGGGATCAAAATTTGGGGAAAAAATATTCCACGAAATTCCAGAAAGCAAAACTTGAATTTCCTATACACTGAGTAGAATGTGAATGAAGTGATGTGTAGGCATTGTATTAGGTATTCACAGTAATCTAGAGCTGATTTAAAGTAGATGGGATGATGTCCGTAGGTTATATGCAAATACTGCCCATTTTATATAAGGGACGTGAGCATCCTCGGATTTTGGTATCTTCAGGGGTCTTGGAACGAATCCCCCAAGGCTACTGAAGGACAACTGTATTTCTTTTTATTCTGAAATTTCTATGTACATCTGTAGAAAAGTACAGAAAACAACATATACAGCCAAATTTTTATAAAGAGAAGACCTATGTAGCTCCCACTCATTTCAAGAAGTAGAACTTTGAAGCCCACAAGCCCCAAGTGCCTCTTCCTAATCATGTCTTGCATACCCCCTACCCAGGTAACCAGTTTGAATTTTGTGTCACGTCCTTGCTTGACATTATAGTTTTACTTTGTATAAAATGAATTCTTAAAGTGGTTTAATGTATTTTAAATTTTTTAATGTAATCCTATGGTATGTATTCTTTTTATACAGTTCTCCTACTCAACATCATGTGTCTAGGATTCATTCTTGTGGTGTGTAGCAGTATTCATTACTATCTGTTGCTGTATATTTTCCATTATGTGAATAGACGGCAGCTTGCCCACTTCTGTTGACATTGTGTGTGTTTTCTAGTTTTTGCAATTCTGAACAGTATTGCTGTGAACAGTGTAATATTTACATATGTAAGGTAATAAATATCCTCATACAGCTTGCATTTCTGTAGGAGTGGAATTGCTGGTTACAGGATATGCATTTCTTCACCATGGCTAGATAATACTAAATTAGTTTTATAATGATTGTACTGATTTACTCTCTTCCTCGCAATGCATGGGTTTGTGGTGCTCCCCATTTTTGTCAGCACTTGGTATTGTTAGATTTAAATTTTTCTAATCTGTCGAGCCATCTTTCTTACATGCCACCATTAGTATTATTCAGTGCTTTGCAGGTACAGCCACATGATTCTGTTTCTACCACTCTAGCTTTGTTGTCTTTAAATTAATATCACTTTTTAGTAGCTGCAGGTGGGAGCACAAATTCTAAAAATAGGATAATTAAGGTGTATTTGTATATTGCAAAATATATGGTCCAACTTACCTAGAAGGTTCTTTGACAAATAACCATAACTGATGATAACCTGCAGATGACAACTTGGATGACAAAATGAAAAATCATGCAAATATACTTAAAGGTGCATTCTCCCTATTCGTTCTTACCTTTCTCCCCCTAAAAAGGCTATTTCTCTATAAAATAAGAAATTGGAAATTACTAGAATATAGTTGAAAAATGGTATATCTATAAAAACTTAATGTGATACGCTTTAGGAAATTATTTAGAGTAAAAATACCGTATGCCATTGTATAACTGCCCAGTGGGTTCACCTTGCCTGCTGCCTAGACAGAGCCAATTTATCAAGACAGGAGAATTGCAATGGAGAATGAGTAATTCACGCAAAGCCGGCTGTGCAGGAGACTGGAGTTTTATTATTACTCAAATCAGTCTCCAAGAGCATTCGGGGTTGGATCAGAGTTTTTAAAGATAATTTGGTGGGTAGGGGCTCGGGAAGTGGGGAGTGCTGTTGGTCAGGTTGGAGATGGAATCATAGGGAGGTCCAAGTGAGGTTTTCTTGCTGTCTTCTCTTCTTGGGTGGGATCGCAGAACTGGTTGAGCCAGATTACCAGCCTGGGTGACATCAGCTGATCCATCCAGTGAAAGGTCTGCAAAATATCTCAAGCACTGATCTTTTAAGATAGTGATGTTATACTCAGGAGCAATTTGGGGAGGTTCAGACTCTTGCAGCCAGAGGCTGCGTGACCCTAAACTGTAATTTCTAATCTTGTAGCTAATTTGTTAGTCTTACAAAGGCAGACTGGTACCCAGGCAAGAAGAGGGTCTTTTTGGGAAAGGGCTATTATTAAATATTTTGTTTCTGAGTCAAACCGTAAACTAAATTCCCTCCCAAGGTTAGTTCGGCCCAGGCCCAGGAATGACAAGGACAGCTTGAAGGTTAGAAGCAAGATGGAGTTGGTTAGGTCTGCTCGCTTTCACTGTCATAACTTCCTCAGTTACAATTTTTGCAAAGGCGGTTTCAATTAGAGAGTCTTAGGAATTCTTGTTTTGAGTCTAATGGTACGTAAAGAGGAAAATTTTAAAGTATTTCAGATTTCTTTGTCTTGATTCTTCTCTCAGGTTTCTAGTTGATGACTTAGCCAAGTTTTCCAAGTATTAAAATTATTTAAAACATTAAATCATACTAAAGAACTTTTTTTGCCATTTTATGTAGCAAAAATGCTAATGTACCAGTGAAGGAAATTCTGTCCCACAAAATGTTAATGTATGTGTATCTAAAGATACTGTGCAGTAAGCTTGCAAGTAAAAGGATTCTTCATTGTGCTTCCCTAACTACATAGGCTAAAAAAGCTTGTGTTGAGAAAGTAGGGGAGGCAGGGCACGGTGGCTCGTGCCTGTATTTCCAGCACTTTGGGAGATCTAGGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCAAGTCTCTTCCAAAAAAACATACAGGAATTAGCTGGGCATGGTGCTGTGCACCTGTGGTCACAGCTATTTGGAAGGCTGAGATGGAAGATCATTTGAGCCTGAGAGGTCGGGGTTGTAGTGAGCCATGATGGCACCACTGCACTCCAGGCTGGATGACATAGGATAGATCCCCAGGATTATAGATGTTATATTTGAGAAAAAAAATGGAAACTCTGGCCTCTGTATTTAACAATGTTATAATTTGCCATTTGGCATTGTTCTTTTCATTTGCGTAGGAACCCTTTTGTTGTGTGTTCCAGATGAAGTCTGAGGCATGTTGGCAGTGTGTTTGCTAGAGCCCTTCTTTCCTGAATTTGCTTCTTTCTTCCATGTAGCTTTTCACAGTGGTTAAACAAATTTTAAAAATTATAATGGTACCTTATTTATCACTTTGTTTTATGTCATTGAAGCCAGTTACATAGTACTATTTTAGAACTTCTGATTGTATAGAGTAGCCAAAGTAGATTCTTTAAAATGCCATTCCAGAAACTGATGATATTGGAGTAGTCAATGTATGAATATTCATTACCATAGCATAGGCAATGTCTTTGTATTTACACAGGATTTTTGATGATTTTTGTCTATCAAGAATTTTACCTTTCCGTTTCCTTTCCTTTTCATTCTTCTTTTTTTCATCAG
Seq C2 exon
TGTAAACCAGAATACAAAGTACCTGGACTTTATGTTATTGACTCCATTGTGCGACAATCCCGACATCAGTTTGGTCAAGAAAAGGATGTGTTTGCACCCAGATTTAGTAATAACATCATTAGCACTTTCCAGAATTTATATCGTTGCCCTGGGGATGACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213079-RBM16:NM_014892:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF048188=CTD_bind=PU(72.7=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)