MmuINT0132608 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000046201 | Scaf8
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925212]
Coordinates
chr17:3148536-3159324:+
Coord C1 exon
chr17:3148536-3148580
Coord A exon
chr17:3148581-3159162
Coord C2 exon
chr17:3159163-3159324
Length
10582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TCTCACTCTTCTCTCATCAGTGT
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000046201:ENSMUST00000076734:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF048188=CTD_bind=PU(72.7=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types