RnoINT0131088 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016919 | Scaf8
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:RGD Symbol;Acc:708362]
Coordinates
chr1:44046000-44056617:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:44056456-44056617
Length
10411 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000016919:ENSRNOT00000065733:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF048188=CTD_bind=PU(72.7=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]