HsaINT0145987 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169432 | SCN9A
Description
sodium channel, voltage-gated, type IX, alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:10597]
Coordinates
chr2:167051697-167060735:-
Coord C1 exon
chr2:167060465-167060735
Coord A exon
chr2:167056375-167060464
Coord C2 exon
chr2:167051697-167056374
Length
4090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TTATTTTCCTCCACATACAGGTA
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAAAATCCAAGGATGTATATTTGACCTAGTGACAAATCAAGCCTTTGATATTAGTATCATGGTTCTTATCTGTCTCAACATGGTAACCATGATGGTAGAAAAGGAGGGTCAAAGTCAACATATGACTGAAGTTTTATATTGGATAAATGTGGTTTTTATAATCCTTTTCACTGGAGAATGTGTGCTAAAACTGATCTCCCTCAGACACTACTACTTCACTGTAGGATGGAATATTTTTGATTTTGTGGTTGTGATTATCTCCATTGTAG
Seq A exon
GTAAGAATATTTATTTTTCAGATTTTATTTTTTGAGTAAAGCTAAACTTCACTTATGCTCAAGGAAGTATATGCTGAATTCTTGAACACAAATTTACTCTTGAGTAAGTCAGTACAATGAAAGAATGAAAAAATCCTAAAAAGCAAAACAAATATCTGTCTCTCATACTACAGTGTTTCTGGGTTTACACTACAGGCCCCAAAGCCAAATATTTCTATCTATTAGAAGGAAATTATACTTGTTGATATTTAGTTTCCAATATTACCTTTGCAAAACTAGTTACCATGTTTATATATAGCTGTGTCTTGGAAAACCAATGTTGAATCTGAAATAACTTCTGGTTTTAGCACATGTGAGACTTGTCATTTGATTAATGATAATATTAATAGCCAGAATATCTGTGAATTTGTGAAAATTCTTCCAGAATTTAAAGTGAAGTTAAGATCTCTAGAAATGCCAGTTTTATTTTTTACAGCTTAATACTTCACAAGTGTATAAAATGCCAATCATTCCTCAACCAGCCATGGTGTTCATGTCTGTGAATAACAGCACATGATTTTATACTTCCTATACATTCATTGCCATGGTTGTTTTTCTATCTTCTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTATTTTCACATATCTTGCAAAGTATTTTAGGATTGTATTTCTTTTTAGAATTATAAACTTTTAAGAGAGAGAGATTATAGAGATTACTACAAGTTTAATCAACAGGTTATCAATCTGAAAAGGTTCAAGGTTGCATGACTTAGAATCATAAAATTGAGTGCCACATAACAGAGTAAGCATTTAAAATCAATAATTTTGGAAAAGCATATTATCACCAGAAGTCATACCAAAATTGATATAAGAAAATGTATTAAAATTTAGGTGAGAATTTCACACTAACAAAAATGATTCTGAAAGCATTCCTATTAAGTCAGGAAAAAAAAAAGAGTGTGCCTGTATCATCCCTGTTTTTAGTGTTGTTGGCCAATGCAATTAGATAAGAAAACAGAGAGGTACATATATAAAAACAATGGAGTAAATGATCCTTAATATAATGACCTTCTTCATATAATGAAAGAACTTGTTCATATATTGAAAGAGAATCAACTAAAAATAAATTCAATTAGAGTTCAAAAGGTACAAATTTTAAATTACATGTGCCAACACTAATAATTATCTTATACATGAAAAAAATTAGAAAATCTGATTCACAATTGCAATAAAAATAAAGTAAATTATCTAATAATAACTTTATCATATGAGACTTCTGAAGAAAACTTTAGGATATAAAAGAAAGCTAAAATAATTGAAAGGATTGTCATGTACTTAGATAAGCTTCTCTCATTGTAATTAAGACTTTCAAATTTATTAATCTATAAATTCAAGGAAAATATCAATGAGTCTTTTTATGTAGTGTGGGTAATAAATAGACAAAAACAATATAAGTCTAAATGATTCTAAATTCATCTGGAAGAAAATTAGGGTGACAAGAGGTGGCTTATTCTGCAAAATATTAAGACATATAGATGTTAAATAAAACTGTTCAAATATAAAAGCTCAGTGGGTTTGAAGAGAGTCCAAATTAAACTTTAATGTATAATTACCAATTTACTGTGTGAAAAGATCACATGAATCAAAATCTAAAGTTAAAAAAAAAGATTCTAGTAGGAAATATGTGGAAATAGACATATAACCATATACTCTTATAGTCCTTTCTATGCAAAACACAAATTTGTAAAGCCAAAAAAAAAAATGAAGAAGAAATGACTGCACAAAAAAACAAAATATTCTTTGGGGAAAAAATCATCATAAATAAAAGGTTGAAAGACAAAAAATAGGTGAAATGTTTACATAACAGTTAAGGCCGAGAAAGGATCAATACTTTAAATAGAAAATTGTTCTTATAAATTAATAAGAATATAGTAAAAATCCCAATAGACACATGGGCAAATACCAAACTAAGCCAAAAACAGAAGTTAAAAACAACCAATAAGGATACAAAATAACAAAACACAAGGAAAATTGTGGATTATTTTCACAAAAAATGCAAATAAATTACAATAGTAGATGTTTTCAAATGTCATGAAAATTTTTTGGTAAAAAACTATAAAGAAGAATGGTAGCACTCAATACTGTTGAATGTGTAAAGTATGAGCACTATCATATACTGCCATTAGAAATGTTAATTAGTACAGGCTTTCTGGAGATAGGTTCAGCTATATATTGTGTGTATATATATACACATACACACACATACTATGTATATAGTATAGAGTATGTATATATGTATACTATATATATACATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATAGTATATGCATACTATATGCTATATAGCGTATATGCATACTATATGCTATATAGAGTATACGCATACTATATGCTATATATACATACTATATAGTATACATATACTATGTACTGTATATACGTATACTTAGTATATGTATATGTATATGTATAGTATATGTATATGTATAGTATATGTATACTATATACTGTATATAGTATATATAGTATGTGTATATATATAGTATGTGTGTATATATAGTGTGTGTATATATATAAACATATATATACTGTTGACCCAAGTTCTATTAACATATTATTAAAAAGTACTCATGCAATTAGGAGAACATAGCTATTTAGATATTCATTTCAGTAACAAAAATGGAAACAGTATAAATGCTAGTCTTCAATTTGTGGTTATTTTGAGAGAACATTATACCACTATAATAAATTATTTCGTTGTCATTTTTATGAAACTATCTCCATGACATATAAAGTAAATAAAATAGGTTACAGGCTGGGCACTGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACATTGGGAGGCCGAGGTGGGCGAAATCACTTGAAGTCAGAAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACAAGGTGAAAACCGTCCCTACCAAAAACACAAAAATTAACCAGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCTGGAGAATCATTTGATCCCGGGATGCAGAGATTGCAGTAGGCCAAGATCACACCACCGCACTCCAGCTTTGGCGACAGAGCAAGACTCTGTCTTGAAAAATAAATAAATAGGTTACAAAAAAAGCTTATATAACATGAATACATTTGTTTGTGTGTGTACATGTGCTTGCACAGAAAAATGTCTGAAGTGATACTCAAAAAAATATTGATAATAGTTATTGTTGACATTTCAGGTGATTTATATTTTCTTTTTAGCATTTAACGGTATTGCTTGAATTTTCTATGTGAGTAGGTATCATTCTTAAAATGTAAAACACTATTATGGAGGGAAAAAATGGCCCATGAACTTAGTAAAAAGGAGAAAATGTCACAATGGTAATGTTAGTCATTTCTCTTTGGAATTTCTTAATCCTTTTTTAAGTAATTGCATTCAGTATAAAATAACTGTCTTGGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTCTTGAATTCATAAGAAATGAGTTGACAGATAAAACTGTTTAGAGTCATCATTTCAGGTAGCATACATCTTTAAATATTTTATTTCTATTATTTTCCTCCACATACAG
Seq C2 exon
GTATGTTTCTAGCTGATTTGATTGAAACGTATTTTGTGTCCCCTACCCTGTTCCGAGTGATCCGTCTTGCCAGGATTGGCCGAATCCTACGTCTAGTCAAAGGAGCAAAGGGGATCCGCACGCTGCTCTTTGCTTTGATGATGTCCCTTCCTGCGTTGTTTAACATCGGCCTCCTGCTCTTCCTGGTCATGTTCATCTACGCCATCTTTGGAATGTCCAACTTTGCCTATGTTAAAAAGGAAGATGGAATTAATGACATGTTCAATTTTGAGACCTTTGGCAACAGTATGATTTGCCTGTTCCAAATTACAACCTCTGCTGGCTGGGATGGATTGCTAGCACCTATTCTTAACAGTAAGCCACCCGACTGTGACCCAAAAAAAGTTCATCCTGGAAGTTCAGTTGAAGGAGACTGTGGTAACCCATCTGTTGGAATATTCTACTTTGTTAGTTATATCATCATATCCTTCCTGGTTGTGGTGAACATGTACATTGCAGTCATACTGGAGAATTTTAGTGTTGCCACTGAAGAAAGTACTGAACCTCTGAGTGAGGATGACTTTGAGATGTTCTATGAGGTTTGGGAGAAGTTTGATCCCGATGCGACCCAGTTTATAGAGTTCTCTAAACTCTCTGATTTTGCAGCTGCCCTGGATCCTCCTCTTCTCATAGCAAAACCCAACAAAGTCCAGCTCATTGCCATGGATCTGCCCATGGTTAGTGGTGACCGGATCCATTGTCTTGACATCTTATTTGCTTTTACAAAGCGTGTTTTGGGTGAGAGTGGGGAGATGGATTCTCTTCGTTCACAGATGGAAGAAAGGTTCATGTCTGCAAATCCTTCCAAAGTGTCCTATGAACCCATCACAACCACACTAAAACGGAAACAAGAGGATGTGTCTGCTACTGTCATTCAGCGTGCTTATAGACGTTACCGCTTAAGGCAAAATGTCAAAAATATATCAAGTATATACATAAAAGATGGAGACAGAGATGATGATTTACTCAATAAAAAAGATATGGCTTTTGATAATGTTAATGAGAACTCAAGTCCAGAAAAAACAGATGCCACTTCATCCACCACCTCTCCACCTTCATATGATAGTGTAACAAAGCCAGACAAAGAGAAATATGAACAAGACAGAACAGAAAAGGAAGACAAAGGGAAAGACAGCAAGGAAAGCAAAAAATAGAGCTTCATTTTTGATATATTGTTTACAGCCTGTGAAAGTGATTTATTTGTGTTAATAAAACTCTTTTGAGGAAGTCTATGCCAAAATCCTTTTTATCAAAATATTCTCGAAGGCAGTGCAGTCACTAACTCTGATTTCCTAAGAAAGGTGGGCAGCATTAGCAGATGGTTATTTTTGCACTGATGATTCTTTAAGAATCGTAAGAGAACTCTGTAGGAATTATTGATTATAGCATACAAAAGTGATTCAGTTTTTTGGTTTTTAATAAATCAGAAGACCATGTAGAAAACTTTTACATCTGCCTTGTCATCTTTTCACAGGATTGTAATTAGTCTTGTTTCCCATGTAAATAAACAACACACGCATACAGAAAAATCTATTATTTATCTATTATTTGGAAATCAACAAAAGTATTTGCCTTGGCTTTGCAATGAAATGCTTGATAGAAGTAATGGACATTAGTTATGAATGTTTAGTTAAAATGCATTATTAGGGAGCTTGACTTTTTATCAATGTACAGAGGTTATTCTATATTTTGAGGTGCTTAAATTTATTCTACATTGCATCAGAACCAATTTATATGTGCCTATAAAATGCCATGGGATTAAAAATATATGTAGGCTATTCATTTCTACAAATGTTTTTCATTCATCTTGACTCACATGCCAACAAGGATAAGACTTACCTTTAGAGTATTGTGTTTCATAGCCTTTCTTCTTTCATATCCCTTTTTGTTCATAGAATAACCACAGAACTTGAAAAATTATTCTAAGTACATATTACACTCCTCAAAAAAAACAAAGATAACTGAGAAAAAAGTTATTGACAGAAGTTCTATTTGCTATTATTTACATAGCCTAACATTTGACTGTGCTGCCCAAAATACTGATAATAGTCTCTTAAACTCTTTTGTCAAATTTTCCTGCTTTCTTATGCAGTATTGTTTAGTCATCCTTTCGCTGTAAGCAAAGTTGATGAAATCCTTCCTGATATGCAGTTAGTTGTTTGACCACGGTACATACTTGAGCAGATAATAACTTGGGCACAGTATTTATTGCATCACTTGTATACAATCCCGTGTTTGGCAAGCTTTCAAATCATGTAATATGACAGACTTTACACAGATATGTGTTTAGTATGAATAAAAAAGCATTGAAATAGGGATTCTTGCCAACTTGCTCTCTTGCCACCAACTTACTTTCCTAAATTATGGAAGTAATCTTTTTTGGATATACTTCAATGTATACAATGAGGAAGATGTCACCTTCTCCTTAAAATTCTATGATGTGAAATATATTTTGCCTCAATCAACACAGTACCATGGGCTTCTAATTTATCAAGCACATATTCATTTTGCATTAGCTGTAGACATCTAGTTTTTTGAAAACACCTATTAATAGTAATTTGAAAAGAAATAACCATAATGCTTTTTTTCGTGAGTTTATTTCAGGAATATGAGATCTTTCTTCTATAAAGTTATTCATGCACAGGCAAAAATTGAGCTACACAGGTAGAATGTAGTTTTACTTAGAAGATTTTTGTGGGAGGTTTTGAAGCAAATATATAAAACAACTTTCACTAATTTGCTTTCCATATTTAAAAAATAATAAATTACATTTATATAATAAATGTTTAAAGCACATATTTTTTGTTGTTCTGGCAATTTAAAAAGAAAGAGGATTTAAACGTACCTATAGAAACAAAGATTTATGGTTAAAGAATGAGATCAGAAGTCTAGAATGTTTTTAAATTGTGATATATTTTACAACATCCGTTATTACTTTGAGACATTTGTCCTAATCTACGTATAAAACTCAATCTAGGGCTAAAGATTCTTTATACCATCTTAGGTTCATTCATCTTAGGCTATTTGAACCACTTTTTAATTTAATATGAAAGACACCATGCAGTGTTTTCCGAGACTACATAGATCATTTTATCACATACCTACCAAGCCTGTTGGAAATAGGTTTTGATAATTTAAGTAGGGACCTATACAAAATATATTACATTTATCAGATTTTTAAATACATTCAATTAAGAATTTAACATCACCTTAAATTTGAATTCAATCTACCGTTATTTCAAACTCACAAATATAACTGCATTATGAATACTTACATAATGTAGTAAGACAAGATGTTTGACAGGTTCGTGTGTAATTTTCTATTAATGTTTTTACATTGCCTTGTTTTTATGTAAAATAAAAAATATGGGCAACTGGTTTGTTAACAACACAATTTCTTCTTAGCATTTCAAAAATATATATAAAGTTGTTCTTTTTCCTATTTCATGAACTATGTTTTTTTTTAAAATAACATGGTTAAGTTTTATATATATTTACGTTTGTTTCAGGAATGTCTACTTGTGACTTTTTATCAATTAAAAATAATATTTGGAAGAAAGAGCTTATTAAGTATAAGCTTGAAGTAAAATTAGACCTCTCTTTCCATGTAGATTACTGTTTGTACTGATGGTTTCACCCTTCAGAAGGCACTGTCATATTAATATTTAAATTTTATAATCGCTGAACTTATTACACCCAACAATACAGAAAGGCAGTTACACTGAAGAACTTAACTTAGAATAAAATGGAAGCAAACAGGTTTTCTAAAAACTTTTTTAAGTGACCAGGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAATGGCATGATCATAGCTCTCTGCAGCCTCAACTCTGGGCTCAAGCAACCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGACTACAGGTACATGCCACCATGCCTGGCTAATATTTAAATTTTTGTAGATAAGGGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGGCTTCAAGTGTTCCTACTGTCATGACCTGCCAACATGCTGGGGTTACAGGCATGAGCCACCATGCCCCAAACAGGTTTGAACACAAATCTTTCGGATGAAAATTAGAGAACCTAATTTTAGCTTTTTGATAGTTACCTAGTTTGCAAAAGATTTGGGTGACTTGTGAGCTGTTTTTAAATGCTGATTGTTGAACATCACAACCCAAAATACTTAGCATGATTTTATAGAGTTTTGATAGCTTTATTAAAAAGAGTGAAAATAAAATGCATATGTAAATAAAGCAGTTCTAAATAGCTATTTCAGAGAAATGTTAATAGAAGTGCTGAAAGAAGGGCCAACTAAATTAGGATGGCCAGGGAATTGGCCTGGGTTTAGGACCTATGTATGAAGGCCACCAATTTTTTAAAAATATCTGTGGTTTATTATGTTATTATCTTCTTGAGGAAAACAATCAAGAATTGCTTCATGAAAATAAATAAATAGCCATGAATATCATAAAGCTGTTTACATAGGATTCTTTACAAATTTCATAGATCTATGAATGCTCAAAATGTTTGAGTTTGCCATAAATTATATTGTAGTTATATTGTAGTTATACTTGAGACTGACACATTGTAATATAATCTAAGAATAAAAGTTATACAAAATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169432-SCN9A:NM_002977:26
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.222
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(20.4=47.3)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.1=42.0),PF0061222=IQ=WD(100=5.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)