HsaINT0145987 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169432 | SCN9A
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10597]
Coordinates
chr2:166195185-166204225:-
Coord C1 exon
chr2:166203955-166204225
Coord A exon
chr2:166199865-166203954
Coord C2 exon
chr2:166195185-166199864
Length
4090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TTATTTTCCTCCACATACAGGTA
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAAAATCCAAGGATGTATATTTGACCTAGTGACAAATCAAGCCTTTGATATTAGTATCATGGTTCTTATCTGTCTCAACATGGTAACCATGATGGTAGAAAAGGAGGGTCAAAGTCAACATATGACTGAAGTTTTATATTGGATAAATGTGGTTTTTATAATCCTTTTCACTGGAGAATGTGTGCTAAAACTGATCTCCCTCAGACACTACTACTTCACTGTAGGATGGAATATTTTTGATTTTGTGGTTGTGATTATCTCCATTGTAG
Seq A exon
GTAAGAATATTTATTTTTCAGATTTTATTTTTTGAGTAAAGCTAAACTTCACTTATGCTCAAGGAAGTATATGCTGAATTCTTGAACACAAATTTACTCTTGAGTAAGTCAGTACAATGAAAGAATGAAAAAATCCTAAAAAGCAAAACAAATATCTGTCTCTCATACTACAGTGTTTCTGGGTTTACACTACAGGCCCCAAAGCCAAATATTTCTATCTATTAGAAGGAAATTATACTTGTTGATATTTAGTTTCCAATATTACCTTTGCAAAACTAGTTACCATGTTTATATATAGCTGTGTCTTGGAAAACCAATGTTGAATCTGAAATAACTTCTGGTTTTAGCACATGTGAGACTTGTCATTTGATTAATGATAATATTAATAGCCAGAATATCTGTGAATTTGTGAAAATTCTTCCAGAATTTAAAGTGAAGTTAAGATCTCTAGAAATGCCAGTTTTATTTTTTACAGCTTAATACTTCACAAGTGTATAAAATGCCAATCATTCCTCAACCAGCCATGGTGTTCATGTCTGTGAATAACAGCACATGATTTTATACTTCCTATACATTCATTGCCATGGTTGTTTTTCTATCTTCTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTATTTTCACATATCTTGCAAAGTATTTTAGGATTGTATTTCTTTTTAGAATTATAAACTTTTAAGAGAGAGAGATTATAGAGATTACTACAAGTTTAATCAACAGGTTATCAATCTGAAAAGGTTCAAGGTTGCATGACTTAGAATCATAAAATTGAGTGCCACATAACAGAGTAAGCATTTAAAATCAATAATTTTGGAAAAGCATATTATCACCAGAAGTCATACCAAAATTGATATAAGAAAATGTATTAAAATTTAGGTGAGAATTTCACACTAACAAAAATGATTCTGAAAGCATTCCTATTAAGTCAGGAAAAAAAAAAGAGTGTGCCTGTATCATCCCTGTTTTTAGTGTTGTTGGCCAATGCAATTAGATAAGAAAACAGAGAGGTACATATATAAAAACAATGGAGTAAATGATCCTTAATATAATGACCTTCTTCATATAATGAAAGAACTTGTTCATATATTGAAAGAGAATCAACTAAAAATAAATTCAATTAGAGTTCAAAAGGTACAAATTTTAAATTACATGTGCCAACACTAATAATTATCTTATACATGAAAAAAATTAGAAAATCTGATTCACAATTGCAATAAAAATAAAGTAAATTATCTAATAATAACTTTATCATATGAGACTTCTGAAGAAAACTTTAGGATATAAAAGAAAGCTAAAATAATTGAAAGGATTGTCATGTACTTAGATAAGCTTCTCTCATTGTAATTAAGACTTTCAAATTTATTAATCTATAAATTCAAGGAAAATATCAATGAGTCTTTTTATGTAGTGTGGGTAATAAATAGACAAAAACAATATAAGTCTAAATGATTCTAAATTCATCTGGAAGAAAATTAGGGTGACAAGAGGTGGCTTATTCTGCAAAATATTAAGACATATAGATGTTAAATAAAACTGTTCAAATATAAAAGCTCAGTGGGTTTGAAGAGAGTCCAAATTAAACTTTAATGTATAATTACCAATTTACTGTGTGAAAAGATCACATGAATCAAAATCTAAAGTTAAAAAAAAAGATTCTAGTAGGAAATATGTGGAAATAGACATATAACCATATACTCTTATAGTCCTTTCTATGCAAAACACAAATTTGTAAAGCCAAAAAAAAAAATGAAGAAGAAATGACTGCACAAAAAAACAAAATATTCTTTGGGGAAAAAATCATCATAAATAAAAGGTTGAAAGACAAAAAATAGGTGAAATGTTTACATAACAGTTAAGGCCGAGAAAGGATCAATACTTTAAATAGAAAATTGTTCTTATAAATTAATAAGAATATAGTAAAAATCCCAATAGACACATGGGCAAATACCAAACTAAGCCAAAAACAGAAGTTAAAAACAACCAATAAGGATACAAAATAACAAAACACAAGGAAAATTGTGGATTATTTTCACAAAAAATGCAAATAAATTACAATAGTAGATGTTTTCAAATGTCATGAAAATTTTTTGGTAAAAAACTATAAAGAAGAATGGTAGCACTCAATACTGTTGAATGTGTAAAGTATGAGCACTATCATATACTGCCATTAGAAATGTTAATTAGTACAGGCTTTCTGGAGATAGGTTCAGCTATATATTGTGTGTATATATATACACATACACACACATACTATGTATATAGTATAGAGTATGTATATATGTATACTATATATATACATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATATAGTATACGCATACTCTATACTATATATAGTATATGCATACTATATGCTATATAGCGTATATGCATACTATATGCTATATAGAGTATACGCATACTATATGCTATATATACATACTATATAGTATACATATACTATGTACTGTATATACGTATACTTAGTATATGTATATGTATATGTATAGTATATGTATATGTATAGTATATGTATACTATATACTGTATATAGTATATATAGTATGTGTATATATATAGTATGTGTGTATATATAGTGTGTGTATATATATAAACATATATATACTGTTGACCCAAGTTCTATTAACATATTATTAAAAAGTACTCATGCAATTAGGAGAACATAGCTATTTAGATATTCATTTCAGTAACAAAAATGGAAACAGTATAAATGCTAGTCTTCAATTTGTGGTTATTTTGAGAGAACATTATACCACTATAATAAATTATTTCGTTGTCATTTTTATGAAACTATCTCCATGACATATAAAGTAAATAAAATAGGTTACAGGCTGGGCACTGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACATTGGGAGGCCGAGGTGGGCGAAATCACTTGAAGTCAGAAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACAAGGTGAAAACCGTCCCTACCAAAAACACAAAAATTAACCAGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCTGGAGAATCATTTGATCCCGGGATGCAGAGATTGCAGTAGGCCAAGATCACACCACCGCACTCCAGCTTTGGCGACAGAGCAAGACTCTGTCTTGAAAAATAAATAAATAGGTTACAAAAAAAGCTTATATAACATGAATACATTTGTTTGTGTGTGTACATGTGCTTGCACAGAAAAATGTCTGAAGTGATACTCAAAAAAATATTGATAATAGTTATTGTTGACATTTCAGGTGATTTATATTTTCTTTTTAGCATTTAACGGTATTGCTTGAATTTTCTATGTGAGTAGGTATCATTCTTAAAATGTAAAACACTATTATGGAGGGAAAAAATGGCCCATGAACTTAGTAAAAAGGAGAAAATGTCACAATGGTAATGTTAGTCATTTCTCTTTGGAATTTCTTAATCCTTTTTTAAGTAATTGCATTCAGTATAAAATAACTGTCTTGGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTCTTGAATTCATAAGAAATGAGTTGACAGATAAAACTGTTTAGAGTCATCATTTCAGGTAGCATACATCTTTAAATATTTTATTTCTATTATTTTCCTCCACATACAG
Seq C2 exon
GTATGTTTCTAGCTGATTTGATTGAAACGTATTTTGTGTCCCCTACCCTGTTCCGAGTGATCCGTCTTGCCAGGATTGGCCGAATCCTACGTCTAGTCAAAGGAGCAAAGGGGATCCGCACGCTGCTCTTTGCTTTGATGATGTCCCTTCCTGCGTTGTTTAACATCGGCCTCCTGCTCTTCCTGGTCATGTTCATCTACGCCATCTTTGGAATGTCCAACTTTGCCTATGTTAAAAAGGAAGATGGAATTAATGACATGTTCAATTTTGAGACCTTTGGCAACAGTATGATTTGCCTGTTCCAAATTACAACCTCTGCTGGCTGGGATGGATTGCTAGCACCTATTCTTAACAGTAAGCCACCCGACTGTGACCCAAAAAAAGTTCATCCTGGAAGTTCAGTTGAAGGAGACTGTGGTAACCCATCTGTTGGAATATTCTACTTTGTTAGTTATATCATCATATCCTTCCTGGTTGTGGTGAACATGTACATTGCAGTCATACTGGAGAATTTTAGTGTTGCCACTGAAGAAAGTACTGAACCTCTGAGTGAGGATGACTTTGAGATGTTCTATGAGGTTTGGGAGAAGTTTGATCCCGATGCGACCCAGTTTATAGAGTTCTCTAAACTCTCTGATTTTGCAGCTGCCCTGGATCCTCCTCTTCTCATAGCAAAACCCAACAAAGTCCAGCTCATTGCCATGGATCTGCCCATGGTTAGTGGTGACCGGATCCATTGTCTTGACATCTTATTTGCTTTTACAAAGCGTGTTTTGGGTGAGAGTGGGGAGATGGATTCTCTTCGTTCACAGATGGAAGAAAGGTTCATGTCTGCAAATCCTTCCAAAGTGTCCTATGAACCCATCACAACCACACTAAAACGGAAACAAGAGGATGTGTCTGCTACTGTCATTCAGCGTGCTTATAGACGTTACCGCTTAAGGCAAAATGTCAAAAATATATCAAGTATATACATAAAAGATGGAGACAGAGATGATGATTTACTCAATAAAAAAGATATGGCTTTTGATAATGTTAATGAGAACTCAAGTCCAGAAAAAACAGATGCCACTTCATCCACCACCTCTCCACCTTCATATGATAGTGTAACAAAGCCAGACAAAGAGAAATATGAACAAGACAGAACAGAAAAGGAAGACAAAGGGAAAGACAGCAAGGAAAGCAAAAAATAGAGCTTCATTTTTGATATATTGTTTACAGCCTGTGAAAGTGATTTATTTGTGTTAATAAAACTCTTTTGAGGAAGTCTATGCCAAAATCCTTTTTATCAAAATATTCTCGAAGGCAGTGCAGTCACTAACTCTGATTTCCTAAGAAAGGTGGGCAGCATTAGCAGATGGTTATTTTTGCACTGATGATTCTTTAAGAATCGTAAGAGAACTCTGTAGGAATTATTGATTATAGCATACAAAAGTGATTCAGTTTTTTGGTTTTTAATAAATCAGAAGACCATGTAGAAAACTTTTACATCTGCCTTGTCATCTTTTCACAGGATTGTAATTAGTCTTGTTTCCCATGTAAATAAACAACACACGCATACAGAAAAATCTATTATTTATCTATTATTTGGAAATCAACAAAAGTATTTGCCTTGGCTTTGCAATGAAATGCTTGATAGAAGTAATGGACATTAGTTATGAATGTTTAGTTAAAATGCATTATTAGGGAGCTTGACTTTTTATCAATGTACAGAGGTTATTCTATATTTTGAGGTGCTTAAATTTATTCTACATTGCATCAGAACCAATTTATATGTGCCTATAAAATGCCATGGGATTAAAAATATATGTAGGCTATTCATTTCTACAAATGTTTTTCATTCATCTTGACTCACATGCCAACAAGGATAAGACTTACCTTTAGAGTATTGTGTTTCATAGCCTTTCTTCTTTCATATCCCTTTTTGTTCATAGAATAACCACAGAACTTGAAAAATTATTCTAAGTACATATTACACTCCTCAAAAAAAACAAAGATAACTGAGAAAAAAGTTATTGACAGAAGTTCTATTTGCTATTATTTACATAGCCTAACATTTGACTGTGCTGCCCAAAATACTGATAATAGTCTCTTAAACTCTTTTGTCAAATTTTCCTGCTTTCTTATGCAGTATTGTTTAGTCATCCTTTCGCTGTAAGCAAAGTTGATGAAATCCTTCCTGATATGCAGTTAGTTGTTTGACCACGGTACATACTTGAGCAGATAATAACTTGGGCACAGTATTTATTGCATCACTTGTATACAATCCCGTGTTTGGCAAGCTTTCAAATCATGTAATATGACAGACTTTACACAGATATGTGTTTAGTATGAATAAAAAAGCATTGAAATAGGGATTCTTGCCAACTTGCTCTCTTGCCACCAACTTACTTTCCTAAATTATGGAAGTAATCTTTTTTGGATATACTTCAATGTATACAATGAGGAAGATGTCACCTTCTCCTTAAAATTCTATGATGTGAAATATATTTTGCCTCAATCAACACAGTACCATGGGCTTCTAATTTATCAAGCACATATTCATTTTGCATTAGCTGTAGACATCTAGTTTTTTGAAAACACCTATTAATAGTAATTTGAAAAGAAATAACCATAATGCTTTTTTTCGTGAGTTTATTTCAGGAATATGAGATCTTTCTTCTATAAAGTTATTCATGCACAGGCAAAAATTGAGCTACACAGGTAGAATGTAGTTTTACTTAGAAGATTTTTGTGGGAGGTTTTGAAGCAAATATATAAAACAACTTTCACTAATTTGCTTTCCATATTTAAAAAATAATAAATTACATTTATATAATAAATGTTTAAAGCACATATTTTTTGTTGTTCTGGCAATTTAAAAAGAAAGAGGATTTAAACGTACCTATAGAAACAAAGATTTATGGTTAAAGAATGAGATCAGAAGTCTAGAATGTTTTTAAATTGTGATATATTTTACAACATCCGTTATTACTTTGAGACATTTGTCCTAATCTACGTATAAAACTCAATCTAGGGCTAAAGATTCTTTATACCATCTTAGGTTCATTCATCTTAGGCTATTTGAACCACTTTTTAATTTAATATGAAAGACACCATGCAGTGTTTTCCGAGACTACATAGATCATTTTATCACATACCTACCAAGCCTGTTGGAAATAGGTTTTGATAATTTAAGTAGGGACCTATACAAAATATATTACATTTATCAGATTTTTAAATACATTCAATTAAGAATTTAACATCACCTTAAATTTGAATTCAATCTACCGTTATTTCAAACTCACAAATATAACTGCATTATGAATACTTACATAATGTAGTAAGACAAGATGTTTGACAGGTTCGTGTGTAATTTTCTATTAATGTTTTTACATTGCCTTGTTTTTATGTAAAATAAAAAATATGGGCAACTGGTTTGTTAACAACACAATTTCTTCTTAGCATTTCAAAAATATATATAAAGTTGTTCTTTTTCCTATTTCATGAACTATGTTTTTTTTTAAAATAACATGGTTAAGTTTTATATATATTTACGTTTGTTTCAGGAATGTCTACTTGTGACTTTTTATCAATTAAAAATAATATTTGGAAGAAAGAGCTTATTAAGTATAAGCTTGAAGTAAAATTAGACCTCTCTTTCCATGTAGATTACTGTTTGTACTGATGGTTTCACCCTTCAGAAGGCACTGTCATATTAATATTTAAATTTTATAATCGCTGAACTTATTACACCCAACAATACAGAAAGGCAGTTACACTGAAGAACTTAACTTAGAATAAAATGGAAGCAAACAGGTTTTCTAAAAACTTTTTTAAGTGACCAGGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAATGGCATGATCATAGCTCTCTGCAGCCTCAACTCTGGGCTCAAGCAACCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGACTACAGGTACATGCCACCATGCCTGGCTAATATTTAAATTTTTGTAGATAAGGGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGGCTTCAAGTGTTCCTACTGTCATGACCTGCCAACATGCTGGGGTTACAGGCATGAGCCACCATGCCCCAAACAGGTTTGAACACAAATCTTTCGGATGAAAATTAGAGAACCTAATTTTAGCTTTTTGATAGTTACCTAGTTTGCAAAAGATTTGGGTGACTTGTGAGCTGTTTTTAAATGCTGATTGTTGAACATCACAACCCAAAATACTTAGCATGATTTTATAGAGTTTTGATAGCTTTATTAAAAAGAGTGAAAATAAAATGCATATGTAAATAAAGCAGTTCTAAATAGCTATTTCAGAGAAATGTTAATAGAAGTGCTGAAAGAAGGGCCAACTAAATTAGGATGGCCAGGGAATTGGCCTGGGTTTAGGACCTATGTATGAAGGCCACCAATTTTTTAAAAATATCTGTGGTTTATTATGTTATTATCTTCTTGAGGAAAACAATCAAGAATTGCTTCATGAAAATAAATAAATAGCCATGAATATCATAAAGCTGTTTACATAGGATTCTTTACAAATTTCATAGATCTATGAATGCTCAAAATGTTTGAGTTTGCCATAAATTATATTGTAGTTATATTGTAGTTATACTTGAGACTGACACATTGTAATATAATCTAAGAATAAAAGTTATACAAAATAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169432:ENST00000409672:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.222
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(20.4=47.3)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.1=42.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development