HsaINT0147509 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137872 | SEMA6D
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D [Source:HGNC Symbol;Acc:16770]
Coordinates
chr15:48010686-48052104:+
Coord C1 exon
chr15:48010686-48011070
Coord A exon
chr15:48011071-48051941
Coord C2 exon
chr15:48051942-48052104
Length
40871 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGG
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
AAACTGCTTCTGTTTTCCAGGTA
3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGCCGCTTCCCACCGTCCCTCTCCCCTTACTGGCAGAGCGCGCTGCGGGCGGACTCCCGGGCCCGGAGCAGCCCACCGGCCACCCCACCGCCCACCCGGCTCCCGGTGTCTCCTCCCGGCCGCTCTACCCAGCAACTTTCCGTGCTTTGTTCCCCGACTGGAAATGCTTTACGGAAGCGTCTTGGACAGGGTCTCCGCCAGGCGACAAGAGCTCGGTGCTGAGATGTGTTACGTTCTCATCTCCCCATCAATTATGGATGGAAACAAATAAGGAAGAGTCAATTTTGCTGAGCCCCTTCTCCGGCAACGAGAGGCGTTCTGCAGCCGGGAGGGAGCCGCCGCTCGCGCCGGCAGCCGCTGGCAGGGGCATGGTGAGGAGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGCTCAGTGGCATTTCTGAGCAGGGGCCACCCTGACTTCACCTTGGCCCACCATGAGGGTCTTCCTGCTTTGTGCCTACATACTGCTGCTGATGGTTTCCCAGTTGAGGGCAGTCAGCTTTCCTGAAGATGATGAACCCCTTAATACTGTCGACTATCACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137872-SEMA6D:NM_153619:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)