RnoINT0133088 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004812 | Sema6d
Description
semaphorin 6D [Source:RGD Symbol;Acc:1310910]
Coordinates
chr3:116899906-116943454:+
Coord C1 exon
chr3:116899906-116900343
Coord A exon
chr3:116900344-116943293
Coord C2 exon
chr3:116943294-116943454
Length
42950 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATGGTGCTTTTGTCTTCCAGGAA
3' ss Score
10.87
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]