MmuINT0141278 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027200 | Sema6d
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2387661]
Coordinates
chr2:124436032-124479479:+
Coord C1 exon
chr2:124436032-124436796
Coord A exon
chr2:124436797-124479316
Coord C2 exon
chr2:124479317-124479479
Length
42520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATAATGCTTTTGTCTTCTAGGTA
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCGCTGACGCTCTGGGTGCGTGATGGGGGTGGGACCCCGAGCCGGGAGCCCGCAGCGCAGCTGTGTGCGGACGCGTGTGTTTGCGTGGGCGTAGCGTCGTAGCTCCCGGGAGTTCATTGCTCTCCCAAGCCACACGGTCTCCAGCGGTGCCCGAGGCGCCAGGGGAGGTCTGGCTGACCAGTCCCAGCTGGCCGGTGGGCGGCCTGGGGGCGGGGCGGGGCAGCTCGGCCCTCCTCCTAGGCGCACCCCTCCTCTGAGGCGCACCCCTAAGGGAAGAAAAGACACCCTGGGCTGCGAGGAAAAGTTTCTTCTTGGCAGGGCCGGCTCGGCGCCGCTCCGCAAGCCGTCAGGGTGAGCCCGCCTTCCTCGCTGCGGGGCTTGGAGCCTCCAGCCCGCCCGCAGCGCAGCCCGGGCCGCCGGGCCAGCTTCGGCCGGGAGAACGCAGGGACAGCCTGGGAGTGCGGAGCCACTGACTGTCCACGCGGGGACCGTGAGCACCCACTCGCGGGTCTCCCAGCCACTCTCCCCCGCAACTTTGCGTGCTTTGTTCTCTGGCTGAAAAAATGCTCCACAGAAGCGCCATAGACCGGGTCTCCTCCAGGCGGCAAGGGCTCGGCCGGGAGACGTGTTACGCTCTCAGCTCCCCATCAATTATGGATGGAAACAAATAAGGAAAAGTCAATTTTGTATGAGCCGCGTCTTTCGCAGCCAGAGGCGTCTTGTAGCCTGGAGCAGAGGCAGGCAAACCGAGCCCAACAACCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: