HsaINT0176094 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000033178 | UBA6
Description
ubiquitin-like modifier activating enzyme 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:25581]
Coordinates
chr4:68481479-68488643:-
Coord C1 exon
chr4:68488549-68488643
Coord A exon
chr4:68484851-68488548
Coord C2 exon
chr4:68481479-68484850
Length
3698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
TTCTTGCTTATTTTTCTTAGAAT
3' ss Score
6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAGTATGGAATTGAGCCAACAATGGTGGTACAGGGAGTCAAAATGCTTTATGTTCCTGTAATGCCTGGTCATGCAAAAAGATTGAAGTTAAC
Seq A exon
GTAAGTATTCAACATTATATGCAGCGATTAACAAGAATTTAAATGTAAGTTGATGCACACTAAAAAATTAAATATAGAGGTTACTATAATTCAGATAAAAGCATTAGTCTTGTCTAATGACATTAATAAAGACAGTGAATCTGCCAGGTGAAGGCCAACAGGCTACCTCTCGAGAGATTCAGCTCTTCAGTTAATAGGTTTAGAAACCTGATTTGGCCAGTACACTTAAGTAAAAGTGGATCCGTCTCTTATGTTGAGACACTTAATGACCAGGCTTATGAGTAATCTAACTGCCAAATCACTATTTTTGTTCATTTATTCAACAAATTATTGTTTAAGGTGCCAGCTGTGTGCCAGGTACTATTCTAGTCATTAGGGAGATAGCAGTTAGCAAACCAAAGTTCTTTCCTACTTAAGGAGTTTGCATAACAATAAGGCAAGTATGTTAGGTGATAGTAAGTATTATGGAGAAATTAAAGAAGAATAAAGAGAAAAGGAAATATGGGGAGTTGGGGGTGTTGAGTTGCTATATTATACTGAGTAGTCTAGGTTTTCCCTTTGCCTATCATAGTCTCACCTGTTAAGGTGGAATTTGAGCAGAGACTGAAAGGAAGAAAGAACCAAAGAAAGCTAAAGTCTTTATCGTGGTCTGCAAGACTCTAAATTTAGATTCCTAGTTATCCTTCTAAGTTCCTTCCTTACTTTCCCTTCACAATATTCCAGCTACACTGGCCTCCTTATTTGTCCTTGAATACTCACTCTAATCATGCTCCAGCATGGGACCTTTGCTTTAGTTGTTCCCTCTGCTTGTAACTCTGAGACAGTGACCTGGCCAAGTCTCACCCCTGGTCTTTGCACTTCCTAAAGAGGCCTCATTTAATACTGCAACCTGTCCTCAGCCCCAGTCTAGTATGTCTAGTCCCCTTTACTCTTCTCTACTTTTTCTTTTTTTCAGAGCACTTATTACTGTCCTATGACTGCTGTGCTGCTGTGTATTTTGCTTATATTTATTGTTTGTTTGTTTTTGAGACGGAGTCTCACTGTGTCGCCTAGGCTGGATTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATAGCTGGGATGACAGGCACCCAACACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTAAGGTGATTTCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCCATGTACTGTATATTAGCTATTTACCTGCTACTAGAACATATATTTCACAAGAGTGGGAATCTTTATTTGATCTTGTCACTGTTGTATCTCAAGCACTTAGATCAATACCTGGCAAATAAAAGGTTACCAACAAATATTTGTCAGACTAGTAAATGAATCTCTGCATGATGGTTGTGTTTAACGTATCTATTGGCTTTAACTATGATAATCAGTTGAGGTTAATCATTCTTAAATTATGATCTAGTCTGAATTATCTGTACCTTAAAAAGTAAAACTACTATTTTATTAGCTAAGGCATTAATTTGCCTTATATTATTTTTCATTAGGATCCCTCAGTATCTTTTGGATCAAGCAAGGCTAGTGTTTAGAATTCCTTTATTTTATGCTGCAGTGGACTGTACGTGATCATAAAGTGTATTGACTAGTGGAGTTTAAAATTTGCGGCAGGTTATTTAAAAATGCTTTTAAGATTTGGCCAATATTTGAAACCTCCAGCATGATAATATTTTTCATTTTATTACATTGACCTTTTAGCAAGTATTTATTGAGTACCTGTTAAGTACTGAACACATTAAGTCAGTCAGTGGGATTATGATTAATAGCATGAGGTTGGCTTTAGAAAGACCTGGGTTCACATTCTTGCTCAGCTGCTTAGTTTTGTTACCTTGAGTAGCTTTTGAAACTTAGTTTCAAAAAGCTACAAATCCACAAATAGGGATGACTGTGCCCATAGTTGAGCACTGAAATAATAGTAAGGGCTAATAGTGTAATGGCATGTAAGAAGTATTCCATAAATGTTAGTCCTGTTAATATTTTGTTATCATACATGGTCATCAAGCCCTGCCCTCAAGCAGTTCACAGTCTATTAAAGGAAATTGATTCCTAGTTATCCTTCTAAGTTCCTTCCCTACTTTGCCCTCACAATATTCCAGCTACACTGGCCTACTTATTTGTCCTTGAATACTCACTCTAATGATGCTCCATTGTAGGACCTTTGCTTTAGTTGTTTCCTCTGCTTGTAACTCTTGAGACAGTGACCTGGCTAGGTCTCACCTCTGGTCATGTTAATCATTAAAGTATAATTGAATAACTGTGATAATGAAAATTTTTACAGAGTATTGTGCTAACTCAGACCTCTAGTTCAGGGTAGATTTCATTTGAGCTACCTTTGAAGAAGGATTATTCCAGGCAAAAGCAACAGTCTTTGCAGCTAAAAAGAGCATACATACAAAAGTAAAGCTACTGTTATATTAGCTAAGGCATTAATTTGCCTTATATTGATTTTCATTAGGATACCTAAGTATCTTGGATAAATTAAGAGTAGTATTTAGAATTCCTACTAAATTCTGAATTTGGGAATTTAGAATTCACTTTTTTTTTGGAATGACTCAAGTATGAGGTGATGATCATGAATGGTGGAAAGAATGAAAAGTTTATGTACGGGACAAAATATCTTTGTGAAATGGAAAGAGCTACTGAGGATTAAATCGATATAGTTCAGAGCCTGGCATGAAGTAGGTACACAGTGTATGATAAAATTATTAGGCAGGAGAATACATCAAATTTATATTTTAAGAGAATTCTAGGAGCAGTGTAGATTGGAAGTAGAAAAGAGACTAGAGAAAGCTAGCTAGAAGCCAATACAATGATGTAAGGGGTGTGTAGATGATGACTTCATTTAAGGCAGTAGTGGCTATAGCAAAGAGTGATTTTTCAGTAAATAGGATAAAGATTGGACATAAGGGAAAAAGCTAAGAATGTCTTTTACTTTGTATTTCTAGCTTACATTTTAAGGTTTAAATTCTAGCTTGCTTTTTTACTGTTTACAGAGAAATGCTTGAATTTATGATGCCTCCAAACTTAAGAGGAAGTTTAGGAGGAAAATCAATTTTTTAAAATCGTTGCAACCTCTGTCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACGGGCATGTGCCACTGTTCCCGTCTCGTTTTTGTATTTTTAGCAGAGATGGGGTTTCGCCATGTGGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTGAGGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCTGAGCCTTTTTTTGTCTTTTAATAAATGGTTTGTATTCTTTATCATGACCAGTGTGTCCAAATTTATTCACTGTTAGGTAAATGAGTGTCTTGAGTATAAATGAGTTCAGACCTTTTAGTAAAGAAAAATGAATATGTGAAAGCAGATTATTATTAGATGTTAAAGTCTAGATACAAGTCCAGGTTCTCTGGATGGCATTAGTCAGCAAATCATTTTTTCATTTTATAGAATTTACCAAAGTATTCATTCTTGCTTATTTTTCTTAG
Seq C2 exon
AATGCATAAACTTGTAAAACCTACTACTGAAAAGAAATATGTGGATCTTACTGTGTCATTTGCTCCAGACATTGATGGAGATGAAGATTTGCCGGGACCTCCAGTAAGATACTACTTCAGTCATGACACTGATTAATACAAGTTGTCTTAACGTTACTCCAGGACCACTTGATTTTGGAAAGAGTGCACTTAATTCAGAAGCTAAAGAAAATCAGTTCATAATACTATGGATTTCTCTTTCATTAAGCCTTAATTTTAAGGGAAACATCAGTAAGAAACTGCACTGAAGAATTATAAAACATTTTGGGGCATAGCATACACTTGTCTAACGGTTCACACGTGGCTATGATCACAAGCAACTTTGAACTGGAATGCTATTTACAAAAGTTTTGTGTATTAATCTGTGTATTAATCTCTCTGGATAAAAAGAAGGAAAAAATATGTATGACCAGAACAGATATGGATGAAGAAATTGAAAGCAACGAATGCAACTATTCAAAAAGTTTAATTTTATGAATTTCTTTTTTGTTTAGTCTTGAAGACTGATTTTCTATGCAAATAGTGTTTGGCATCCTGCACCTCTGATATGATTTGGCTTTGAGAATTTAATACCACTGGGAAGAAGTATGGTAGTGGTGGATGAAGGGTGGATATTTTAAATTGTGCAGTTACAGTTTACTGTCCTATTACCTCTGCTCGTTTAACCAGTTTGTTATATCACTGTGTCCCCAAAATCAGGATTTTTGTTGATAGCATCAGTGTTGTAGGAGCAATAGGTCAGATGAGACATATTAACTTAGACTAAACGTGAACAGTATTATATGGACTCTCACAACGCTCTTAGAGAATCCGTGAATGTGAACAGACAAATGTGGCTAACCATTTGATTCTTCAGTATGCCTTCTAATGTGGCTATTTTATTTATGTGAGACTCTAAACCTGATTGTCCTAATATATAAAACTAAAAGATTTTGTAAAGGGAGTGTCTTTAGAAATAGATGAAATGTAGAATGTTAAAAATTATTGCTAGGGTAGTCTTTTTTTTTTCCAGAAACCTAATTAGGGTATTAAATTTTGTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTAAACAGAAGCATGTTATTTCATTCCCATTCCCAGAAAGGGAGTTAATGAAGATAAAAATTTATTTTTTAAGGTCTTTATTGAGAGAAACTTTGTTTTCTGATATGAACTATTGCAGATGTTTTTATAAATACTTTCATTAAAATGATGTAAACAGTAGTACCCAACACTGTAAACTCAGTGAAAATAGTAAATGATTCTTTTATTACTAAGACTGTCATGCATTCTGAAGCAGTTGGCTTTTTTTTAACCATAGGAAGTAATTTCCCTCTAGCTCCTTTCCTTCTACTCTCCTGCTCAGACCATTAGTAGGTACTTTGTTAAATAAAAAACTAGATTAACATCAATATTACTCCAATTTGGTATCTTTTACACTATGTATTATACCTACTTTCTTTTTATTTCATTTACAAATAGTTTAAATTACTTTATCAACCAGCTGTATTGTTTCCCTCTTGTAAAAGTACCATCAAGTGGGGAAAATGTATGTGGAAGTGGAGAGTGAATTTGTATGACTAAAGGATAATCTGTACATGGGGAAGTGGGCAAAAGTGGATAGGATGAATTTAAAGAAAATGACTACCTTTGGAAAAAAGAAATTAAATTTTGTTCACATATCCTACCCTTTCCCATTGTGCATATCCCAAGTGTCATATTTAAAACTAAGGTTACTTAAAACAGAATCCAGGAATATCAAGGCTCTGTGGCTTGGAATTTTAGAGGATAGGACTAATAAAAGGACTTTTGCAAAGAAGGCTTTTTTCCACGTTCACTTTGTTTTGTGTTCTTTGAAAGTAACTGATACTTTTCGGGTAGTTAATTCAGCAGTCCATAAATATGATCCAGTAACTTGCTTATATTTTATTGAAGTCTCGACAGCTCTTCAGAAGTAAATTTAGAACGATGCTGTCAGTTCATATTTATAGATATTAGTGTTTTAGCAGATAAAACAAAATCAACAAAAATTAAGTTCATTTTGTGATTAAACCTGCAACCATTTTTCCATTACTTTTTTTCTATAGTTAATGGTTATTGCCATGATTTCTTCTGTTTGGTTCTACTAAGCTAGAAAGCCAGGGTGAAGTTAATGATAATTCCCATTATTTTATTTCTGTACCATGAGATTGCTGTTGATGACTGAAATACCAGGTGCAAAAATTAATGATTTGATTTTTGTACAGTTTCAATGAGTATTTTTTACTTATTAAAAATAAATTAAGAAATGTAAGAATATCTTTGTAAATCATGTTTCATAAGTTGACTCCAGAGATTCTGATTTTGCTGTTTATTTTGTGAGTAATGTTGCTTTGGTGTTTCCTGATTTTCAAGTTTGCAATCATGGAGATACAGCAGTTATTAGGTGTGGAAGGACATTACCTCAAATGTCCTCAGATGGCTCCAGGAAATTCTTTTAAAACAGTTGGAGAGAAATAGTCGTGACCATGTAAAACCTAGAGGATCTGGTAAATCCCATACTACTGGTTAGGGATTTGTAAAGTCCATTTCTTTTTAGAGTTCAAAGCAGTTCTGTTACTTGTCCATAAGTTCCTCATAAATTGTCCCAAAGGTAGGACATGGAAATAAATGTATATCTTTATTTTTTAATCTACTATGTCACACTCTGGTGATATTCATGGAACATTAAAAAAGCAACTATGTTTATTTTATAATTAGTAAAATGAAGATAGAAAATTGTTCTTTTGAAATTTTTAGGGAAAAAAAAAATCTCGTGACCTAAATCTTTCCACTATAATGAATATTCATTGTGATTGCAAATATCTAATTTTATATAATCACTGTGTATGGATTTAGCGATTTTACTTTTCATAGATTCAAAAACATATAATCTGAATGCTTTCTCTGAAAAAAAAAAAATCAGAGTTGAGCTCTTGAGGATCAGAGTTAAGTATCCATTGATAATATGTGTTCATTTTGCTCTATGTCATAACTTTGTTTTTTTATTGAGAAATATATATTTTTCAAAAACACATATATATTCAAAAATACATAAAATATAAATATGCAGTTCAAGGAATAATTTTAAAGCAACTATATAACTAGCACTCAGCTTAGTAGAATATATTGACAGCAGTTCAGAAATTACACATGTAGTTCCTTCCCAGTCACAACCAGCTCCCTGCCACGTACCCTTTGGTAATTACCACTATCCTACCTTGTATGATAATTGTCTCTTTGTTTTTATAGTGTTACCACCTATGTGTGTAAACTTAAACAATACAGTTTGCTTGTTTTTGAGTTTTATTTAAAATCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000033178-UBA6:NM_018227:32
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF093585=UBA_e1_C=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF093585=UBA_e1_C=PD(28.5=76.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)