MmuINT0168864 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035898 | Uba6
Description
ubiquitin-like modifier activating enzyme 6 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1913894]
Coordinates
chr5:86539754-86547143:-
Coord C1 exon
chr5:86547049-86547143
Coord A exon
chr5:86541814-86547048
Coord C2 exon
chr5:86539754-86541813
Length
5235 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
TTATCTTTGCTTATTCTTAGAAT
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAACTATGGAATTGAGCCGACAATGGTGGTGCAGGGAGTCAAAATGCTTTATGTCCCTGTAATGCCAGGTCATGCAAAAAGGCTAAAGTTAAC
Seq A exon
GTAAGTATTTAACGTACGTGCAGAAGAGTGAGGAGAATCAGCATGTCATTTCTATTCACACTGGAAAGAAAAGCTACTGGAATTTATATAAAAAGATTAGTCATCACCTAATCTCAACACATGCAGTTTCCCCATTCACTATTCTTGAATTCATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTTTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTCATATACATAAAATAAGTAATATCTTTTAAAAAAAGAAAAAGATCTTTGCTCCATATGGAATTAATTGATTTTTTTTTAAGAAAAAAAGGATCTAATTCCATTCTTCATCCACTTTCTGAAGCTATTTGTTATAAAGAAGTTATCTTTTCTCCAGTATGTGGTTTTGGCATCCTTTTCAAAAATGATGTGGCTATAGATGCTTATAACTGGTTCCTCTAGTCTCTTCTTCTGATATACATGTCTGCTGCTGTGCCATTTTTATTTTGATGGCTCTGTGGTATAACTTCAAAACAAGTATTGTGATATCGCCACTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGCTGCCTAATATTACTTGCCTCTTCAGGGCCTTTTATATTTCCATATGAACTTCAAAACAAGTATTGTGATATCGCCACTTTATTTACTTATTTACTTATGTATTTATTTATTTGCTGCCTAGTATTACTTGCCTCTTCAGGGCCTTTTATATTTCCATATGCATTTTAAAGTTTTTTTCCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGAAAAATGGTCTTAGGATTTTGTTGGGAATTGCATTGAGCCTGTAGATTACTTTTGATAGGATGATCGTGCTCACAGTTGATTCTTGAACATAGGAGGTTCTCTGAATTCTGAAAGATCTCTGATTTCCTTTTCCAGTGTTTTAAAGTTTTCATTGTAAAGGTCTCACTTCCTTGGTTTTGTTTATTCTAGGGTATTCTGTAGTTTTGTGAACGAAAGTGTTTCCTTTGCTTGCTTCTCAGTATGTTATCATAGAAAGGCTGATGATTTTTGCATGTTAATGTTTTTTCTGCCACTTTGCTGAAAATGTTTGTTAGCTCTGTTTTGTGGTAGAATGTTTAAGGTCTCTAGTGTATATAAGCATGTCTTCTACAAAGAGTTTCTTTTTCCTGTTTTAAATCACTTTTGATTCTTTTTCTTATCTTACTGTTCTGGATAAGACTTTAAACACTATATTAAACAGATATCTTGTTCTTGATCTTAGTGTAAATACTTTGAATTTTTCTCCTATCCCATTGTAGACTTGTTTCATATATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACATACACACACAACACACATTCCCTCTATTTCTAGCCTCTTTGGGGTTTTATCATGAAAGGATGTTGGGTTTTGTCAATGGCCTTTTATACATCTATTGAAATGACCATGTGATTAATGTTATAAATTCTATTTATGTAATATATTACATTTATTGGATTTTTTATATTTAGTTATCCCTGGATCTCTAGAATTAAGCAAACTTGATCCTGATGGAATGATCTTTTTGATGTGTTCTTGAATGTAGTTTGCTAGTACTTTAATGAGAACTTTTTCATCTATGTTCATAAAGGAGATTGAATGGTAACTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTTTATCTGGTTTTGGTGACAGGGAAGGAGTAGCTTTGCAAAGTGGCTTTGGAACTATTCCTTTTTCTATTTTATTGACTAGTCTGAGAAAGATTGGTATTAGTTCTTCGAAGCCTGGTAGAGTTCTGCAGTGGACCAATCTGGTTCTCAACTTTTTTTTTTAGTTGCCACTTCAATCTTGATGCTCATTATAGATCGGTTTAAATTCTTTATGTCATTTTGGTTTAACTTAGATAGGCCACATGCATCTAGAAATTCATCTATATCTTTTGGATTTCCCAACATAGTGAAATATAAGTTTTTAAGGTGTGTCCTTATAATTTTATCTGTTGCAGTATCTCAGTTCCATCTCCAATTTTATTAATTTGGGTCTTTTCTCCCCCTTTTTGAGTCAGTTTGACTAAGAGTATGCAAATGTGTTTATCTTTTCAGAAAACCAACCTGTTTTCATGTGCATGTGTGTCTGTGTACACAGGGACATGTGTAGTATGTGCTGTAGACTGTAGGGTTACACGTATGATTGTGTATAAAGATATAAATGATGTCAGTTATTGTCCTCAGCTACTTTCCACCTTGTTTAGGGAGCAAAGTCTCTCATGTAACTAGAGCTGGCTTGCTACCTTGGCCAAGCTGGCTGGCCAGCAGTCCCTGTAAACCCCATCCCCACCTCCTCAATACTGAAACTACAAATGCTGCCCCTTTTATCTTTTTTTTATGTGGTGTCTAGGGACCAAACTCACATCTTCGTGCTTGCAGCATAGCAAACACTTACCTTCCCTAAGCTCTCCTATACCTCTTTCTTCATAGCACTTTCCATTATGTAATAGCTACAGCATGTTTTGCCTGTATTGTTATTTCTGTCATTATATTCTCCCCTCTCACTACAAACTAGCTTTCACAGGATATAAATCTTTATTAGATTTCTTCATTGTTGTATCTCAATCAGTTAGACCAATGCCTGGCACAAGATAGCCATGAGTAAAAACATTCATACTACCTATGCAGTATTATTTTCTTTTATACTCTCAAAGTTATTTTCTTTAACATAACTCTCAACTTTTGGTTATCAGTTGAAGTTAATCACATATACTATAATTATCTTAATCATCTTCACCTTAAAAATGGTTATATTAGTAAGCATTAATTTGTCTTATAGTTGCTTTTATTAAGACTCCTAAATATCATCTAGAGAACTTAAGAGCTGTATTTAGAGTTCTTATGATGTCTGCCACCTAGATGTAAGTGAAATGTATGGTTATGAATTGGTTAGTAATTTTAAATTTGCTGCAAAGTAACATGAGAGTTGGCCAGTGTGTGATCCCTAATTTAGCAGGTATTTATTGATTACCTAAGTGACTGGACACTTTAGAATAGTGAATGAGATCAATGGATTAAGACTTTTTATAAAGACTGATGCTCGCAGGCTTAGGTGGTTATTTATTAAGTTTTGTTTCCTTGAGTAGCTTTGAAATATAAATTCTATTCCATGATTGTTCCCATAGCTATTTAGTGTTAAAGTATTAGTAAGTATTAGTACGCCCTAAAAATGTAATAGCACAGGAGGAATATTTCATAACTTTTAGTTCTTACTATTTGTTATTATACAAACATCCCTGATAGCAAATAGTCTACTCAAAGAAACTGGCACATTAATTATTAATTCAGACTGTAACTAAAATCATTATTATAATGACATCATACCATGGACTTTGTTAAATCAAACCTCTGTTTTGGGTTAGATTTCCTTAGAGCATTTCAAGGAGGCAAAAGCAAACAGCTTATGCATATTGAAAAATAAAAAGAATACACATGATCTCTTTGGAAAGTCAGGTGATATGGATATGAATGGTTTTTACCATTTCACTCTTTTTAGAGTGAAGTTATGTATGGAACAAAGTACCTTTGTAAAATGGAAAGAGCATCATGGGGGGTTAAATAGATAACATAATTCATAGCCTGGCAGCCAAACCTTGCATAGCCGTAGATATGGAAGTGGTGAGAGTCATGCAGCCAGCACAGCTACTTGACACAGTTCCAGCAAAGCAAAGTGGAATGCTGTCATTGCTGTCTTTCTGTCTCTAACTTTTAGGTTTTGGTCTCTGCATGCTGCATTCTTGGGGGACTTTCTGTTATGATTCATTTTATGTCTTTTCCTGAGAAAATTATATCTGAGTCCTTTTAGGGAAGTCATAAACTCACTATCCCTCCTGCTTTTAGGGAAATAATTATATCTGGCCCTATTTGGAAGTCTTCCTTATGCTGTGGAGATCATGATACGCTCAGAGAAGCACAAAGTTAGGAATTTCTTTTTGAGGCCTAAGCAAACTGAAACAGTGTAACTAGAACAGGGAAAGCTTAGAGATAGCTGACAAACTCCAACTGGCAGTTGACTTGGTAACAGATGTAAGGCCTCTTTTTACAGTACACCTAGAGCTCCCCAAAAGTATAGTTTAAAGATAAGGAATCATACAGAGTATGCCCCTGGAGAAGTAGAACTTGGTAAGTAAGATAGATGGACTAAAAAACCTTTCCTACTGTATACCTTAGATGATAAAAGGAGTTAGGTGTTAGTATTTGCTGTTTGTAGAAAAGACCAGTTCAGTTATTTTCTGTTTATCTGTTTAAAACTGTAAATACTGTCAGCTTAAAAGCAGGCTATCACGTAACAGTGTGCTTGCTTTCATGGAGACAGTGTTTAGAGTCTTTGAATTGGAGTTATAGGGCTAAAAATAAAAATAGCATATTCTAATTGTACTTTCTAATTATAACTGAACTTGTAACCCTGGACACAAAATGAAAAAAATCACATGTCTGGAGACAAAGTAATATCATCTGTACTTCTCAGATAACCATTAGTCTGTCTTTGTTCTACTAAACCTGCACAACTGAAAAAGCAACCTGATCACTAGTCAGTCAGAGCTGCAAGATTCCACTGATCACCACCACATCTGACTCACTCTTCCCTCAAGGACTCCTTATCTCCTCTCAGAGAGGACACTACAGCGGCTCCCCTCCTACCCCCCATCCCTGGCACAAATCAATAAAATAAAGAATAGGCTGCGCAGTTTGTATTTTAAGATTTTAATGAACTTACTTTTTTTTTTCTCTTAAAAAAAAATGCTAGAAGATCCATTATGTCTCTAAACTTGGCAGTGAAGGAAGAA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Seq C2 exon
AATGCACAAACTTGTGAAGCCTTCCACTGAGAAGAAATATGTGGATCTTACTGTGTCATTTGCCCCAGACGCTGATGGAGATGAAGATTTGCCCGGCCCTCCAGTGAGATACTACTTCAGTCATGACACTAATGAGTAGCATTGTTACCGAGATACTCCAGCACTACTTTATTTTGGAAAGTGTACTTAATTCAGAAGCTCAGCTCATAATACTGTGGATTTCTTTTTGCCTTAATGTAAGGGAACCATCAGTAGGGAACTTACTAGAGTGGAGAATTACAAACCATTTTGAAGCATAGTACACATTTGTCTGTTGCTCCCTGCGGTTATGATCACAGCACCTTTGAACTGGAATACCATTTTCTAATACTTATTAAGCCCTGTGGATGAAAGAAGGAACAAGAAATCATTTATCTATGACCAGAAGAAATAAAGATGAAGAAATTGAAAATAGTGAATTTGTACTATTCAGAAAGTTAAATCCTTCTTCAACGTTTTCTTTTTTATTTGGTATTTGAGACCCATTATTTCAATATAAATAGTGTGGCACTGTGCTGCTTACATGATTAGGCTTTGAAAATTCCATAGCTGATAGGAAGAGGGGTGGCAGATAGGTGATGAGTAGAGATTTAAAACTGTAGTTACAGTTAGTGTCCTGCTACCTGTGCTAACAGTGTGATATATTACTCCCTTCCCTAAGTCAGGATTGTCCCTGATCTGATCAGTGTTGTAAACAGTGAGGTAACATGACATGTTAACTTGGACTAAATGTTAACAGTATTACATGCACTCTGATAGAGAATCCATAAATGTGAGCAGATAAATATGGTTAATCATTTGATTGTTAATATACCTTTATTTTATTTATCTGGAAGTCTAAACTAGTCATAGTATTTAAGACCAAAAATTTTTTATAAAGGGAATATTCTTAGAAATAGATGAAAGTTACAAATTAATTTGGTTGTCTTTTTTTCCCTTTCCAGCAATGTAATGGAGAAAAAAAAAAAATATATATATATAGTATTTTTTTTTAAAGGAGGCATGTTATTTCACTCTTCATTCCCAAATTGGGGATTGACTGAAATAGAAAAAATTATATTTTTTTAGATTTTTCTTTACTGAAAGAAATACTCCATTGCCTGATGTGAACAGTTGCTACTTATGATATAATTGGGTCCATTAAAATATATAAACAATACTTGACTGTAAAATCACTGAAAACAGCCAGTAAGTCTTTTTTACAAGGGTTATCACGCATTCTAAACAAGTGCTTACAGCCTCTGGAAGTTACTTGCCTGGAGTTCCTATTCTTAAGACCATTACTAAATACTTTGATGAATTAAAATTTAGATTGCATCAGTATTAACTCCAATGGTATCTCTTTATACTCTATACTTTCTTTCCATTTACAAACAATTTATGATCTCTGTGGTAACCAGCTTTTTGTTTCCTCCTTTTACGAAGTGTCCAGTTGGGAAATGGGGTGAGTTTGTACAATAAAATGATCTGTTCATTCAGAGGTGGAGAAAAGTGGACAGGGTTTGTTTTAAAGAACTGGCTACCTTTAAAATAAACTATAGTTTTTATCATATCCTACCTTTCCCATTGTTCATAAATTGAATCCATGAATATCAAAGGCTCTGTGGCTTAGAACTTAATGACAAAAAGAAGTCCTATTTTCCAGTTTTCACTTTGTTTTCTCTTCTTTGGTAGTAACGTATTCTGTAGGTAATCATTCAGGAATCCTCAAACATGAAGCAATAGCTTGGCTCTGTTTACTTAAGTCTACACGTATCTTTGAAAGTAAATGAGAGCCATGCTTTGTAGAGTGCTTTAGTAAATAAAATCAACCAGGTTTGGTTTGTTTCTAATTAAATCCACAACCATTTTGTCATTGGGTTTTGTTTTTGTTTTTCTGTAGGTAGTGATTATTACTGTCCTACTAAATTATACTGAACTGGAAAGCCATAATGAAGTTAATGACTTTTTTTTTTTGTTCATTTTGTACTTTAAGATTCTTGGTACTAAAATATAGCTATTGAATACTGAGTGCAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035898-Uba6:NM_172712:32
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF093585=UBA_e1_C=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF093585=UBA_e1_C=PD(28.5=74.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: