RnoINT0159015 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021931 | Uba6
Description
ubiquitin-like modifier activating enzyme 6 [Source:RGD Symbol;Acc:1308324]
Coordinates
chr14:23556416-23571446:+
Coord C1 exon
chr14:23556416-23556510
Coord A exon
chr14:23556511-23567960
Coord C2 exon
chr14:23567961-23571446
Length
11450 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
TTATCTTTGTTTATTCTTAGAAT
3' ss Score
8.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAGTATGGAATTGAGCCAACAATGGTGGTGCAGGGAGTCAAAATGCTTTATGTTCCTGTAATGCCAGGTCATGCAAAAAGGCTAAAGTTAAC
Seq A exon
GTAAGTATTTAACATGTGCATAAGAATGATGGGAATCAAAATTAAGTTCTGTACACACTGGAAAGCAAAGAAGTTACTAGGATTTATATAAAAAGCATTATTCTTGCTTTATGCCATTAGTAAAGACTGAATATAGCAGGAGGAAGGCCAACAGTCCAGCTGGCAACAGAGACTCATAGGATTACACCTTTGTGAATTTGTTACAGCCCAGTCAGTGTGTAACTAAGTAACCCATGCCTTACTTGTGAACATCGAAAACTACATTTGTCACTGAGATATAAAACAAGAGCACAAAATAATTGCTTTTATTTATTTTTTTTTTACTAAAGATGCCTGTTGTGTGTCAGGCTTTATTCTAAGAATTGAGGATACAGTTGTGAACAAAGAGTCTTCCTACTTGAGGAATTAGAGAGAGGAAAACCTATGTACAATGAGGTAGTGGTAGATGCTGTCGAGAAAATAAAGAATGAAGAGAGTAGGAGAACGAGGGCCGCATTGTTATATTTAATAGTCTGCATATCCACTCTGCGCGTTAGATTCTTTACCTGCTGATGTTGCATTTTAGAGGAAGAAAACTAATCAAAGAAAGCCAAAATCTTCAGGGTTGTCTGCAAGGCCCTAGGGGACCTAGTTCTCCATATCATTATACGGGCCTTCTCTATTTCTCTCCTGCCCTCTGCATTGGTATCTGTACTTGTGGAACATGACAGACATTCTCTGGTGAGGGCTTTGCTCTAGTTATTCCTCTGCTTGTAGATTGGAGACTGGGTTCATAGTCACTTTTGGTCTTTGCACTTTCTCAAATGGCCTTTCTGAGCTCTGTGTAGCACTGTGAACTGTCTTCAGCTGCAGTTTTGTATGCCTGCCCCATTTTGCTCTCCCTTTTTAAAAATGCATTTCTTTTTTTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTTTTTAAAATGCATTTCTTTATTCTTTAAAAGTTCATGATATGTAATGTAGTTTGATCATCATATACTTGGATCATCATTACCCCCTTATTCCCTTCCTCCACCCATTAAACCAGTAGTTCTCAATCTGTGTGTCACAACCTTTTTGGCAAACCTTAATCTCCAAAAATATTTGTTATTATTCATAACAGTAGCAAATTTACATCTATGAAGTTACATGGAAGTAATTTTATGATTGGGGGTCACACAACATGGGGAGGCATATAAAAGGATAACAGCATTAGGAAGGCTGAGAACCACTGCATTAAACTCTTTCATTTATCATGAAAGGATGTTGGGTTTTGTCAAAGGCTGTTTCTCTACATCTATTGAAATGACTGTGATTTCTATCCATGATTCTATTTATGTAATATATTACATTTATTGGTTTTTATATGTTCAGCTATTCCTGGATCTCTAGAATTAAACAAACTTGATCATGATGAATATCTTTTTGGTATGTTTGTGAATGCAGTTTGCTAGTACTTTAATGAGACCTTTTCATCTATGGTCATAATGGAGATTGAATGGTAACTTTCATGTGTATCTGTGTCTGTCTGTGTCTGTCTGTCTGTCTTTATCTGGTTTGGTGATAGGGAAGGACTGGCTTTGCAAAGTGACTTTGGAACCATTCCTTCCTTTTTCTATTTTATTGAATAATCTGAAAGGATTGGTATTAGTCTTTAAAAGCCTGGTAGAGTTCTGCAGTTGACCAATCTGGTTCTGGACTTTGTTTTTTGTTCTTGTTTTTGTTTTTTAATTACCATTTCAATCTTGATGTTCATTATAGATCCATTTAAATTCTTTATCTCCTCTTAATTTAACTTTGATAGGTCACATGCATTTAGAAATTCATCCATTTCTTTTGGATGTCCCAACATAGTTTTTATGTCCTTATGATTTTACCTGTTACAATGTGTCACTTCCATCTCCAATTTTATTAATTTGGGTCTTCCTTTCTCTTAGTCATTTTGACTAAGAGTATGTCAACTGTGTTTATCTTTTCAGAAAACCAACTTGTTTTCATGTGCATGTGTGTCTGTACACATGGAGATGTGTGATGTGTGCAGTAGTGTTAGGGTTGCACTATGAGTGTATAATGATCAGTGAATGATGTCAGTTATCTTCCTCAGCTACTTTCCACCTTCATTAGGGAGCAAAGTCTCTCACTTCGCTTAGAGCTCACTTGTGAGCTTGGCTAAGCTGACTGACCAGCAGTTCCCGTAAACCCTATCTCCACCTCCCCATTACTGAAACTACAAAGGCTGCCACGTTTATCTTTGTATGTGGTCTAGGGGCCAAACTCACATCTTTGTGCTTGCACAGCACGCACTGCCTTCCCCAGGCTCTTCTTCCTTTTCTTTGTTTCCTAACACTTCCCATTATATAACAGCTGCAATAGATTTTGCCTGTATTGTTATTTGTCACTATATTCTCCCTCACATACAATACTAGCTTTCACAGTGTGTAAATCTTTACTAATTTTTTTCATTGTTATATCTCAAGCAGTTAGACCTGGCATAAAATAGCCATCAGTAAAAACTTGCGTATTATCTCTGCAGTGGTTTTCTTTAACACGACTCTCAGCTTTTGGTTTTCAGTTGAAGTTAATCATGTAATTATCTTAATCATCTTTACCTTAAAAAATGGTTATATGAGGTAAGCATTAATTTGTCTTATACTTGCTTTTATTACAACTCCTCATTATCATTTAGAGAACTTAGAAGCTGTATTTAGAATTCTTGTGATATCTACCACCTAGATGTAAGTGAAATGTATGGTTATGAATTTTGGTAGTAATCTTAAATTTGCTGCAAAGTAACATGTTTTGAGAGTTGGCCAGTGTGGGATCCCTAATTTAGCAGGTATTTTTTGATTACTTAATTGGCTGGACACTTTGGATCAGTGGATGAGATCAATGGATTAAGAGCATGAACTTGGCTTTATAAAGACTTGTGTTCACAGGCTTGGGTGGTTGTTTATTAATACTATTTTGTTTCCTTCAGTAGCTTTGAAACATAGATTGTCTTCCATGATTGTTCCCATAGCTATTTAGTGTTAAAGTATTAGTACACCTTAAAAAAGGTAATAGCACAGGAGAAATATTTTATAACTTTTAGTTCTTCTTTTTGTTATTATGCAAACATCCCTAATATCAAATAGTGTATTCAGAGAAACTGGTACATTGATTATTAATTCAAACTATAAGTAAAATCATCATTATAATGACACCCCACCATGGACTTTGCTAAATCAACCTTCATTTGTGGTTAGATTTCATTTGAGCATTTCAAGGAGGATTATTGTAGGCAAAAGCAAACAGCTTGTGCAAGGAAAAGAGCTATCGTGTGGGGTTAAATAGGTAACCTATTTCAGAGCCTAGCAGCCAACCTTGCATGGCCGTATCTACTAGAAATGAAGAGTCATGAAGCCATCACAGCTCCTTCACATAGTTCCAGCAAAGCTGAGCCAAATGTGTCATCACTGTCATTCTGTTTCTCACTTTTAGGCTTTGGTCTCTGTGTGTTGCATTCTTGGGGATATTTATGCTATGATTCATTTTATGTCTTCTCCTGAGACAATTATATCTCCATCCTTTTAGGAAAGTCATAAACTTACTATCCCTTCTGCTTTTAGGGAAATAATTTTATCTGGCCCAATTTGGAAGTCTTCCTTATGCCGTGGAGATCATGATACACTCAGATAAGCACAAAGCCAGGAATTTCTTTATGAGGCCTAAGCAAACTCTAACAGTGTAAACTTAGAGATAGTTGACAAACTCCACCTTGCAGTTGATTTGGTAACAGATTTAAGACCTCTTTTTACAATACAACTGGAGCTCTCCAAAATGTGGTTTAACGAGATGGGGATCATAGAGGGTTTGCCCCTGGAGGACTAGAACTCGGTAAGTAAGACAGATTGACTAAAATAACCTTTGCCTTCTATATTCTGTAGATGATGGAAGGATATACATAAAAGGAGTTAGGTTAACTCCTTTTTATTTGCTGTTCATAAAAAGACCAGTTCAGTTATTTTCTGTTTATCTATTTAAAACTGTAAATACTGCCAGCTTAAAAGCTATCATATAATAAATGTGTTTGCTTTGATGTAGACATTCTTTAAATTCTTTGAATTGGAGTTATAGGGCTAATAATGAAACCAAAATATATTCCAATTGTACTTTCTAATTATGACAGAACTTGTAACCCCAGACACAAAATGAAAAAATCACATGTTTGGAGACAAAATGATGTCATCTGTACTTCTTAGATAATCATTAGTCTGTCTTTGTTCTATAAAACCTATATAACTAAAAAAGCAACCTGAATGCTAGTCAGTCAGAGCTACAAGATTCCACTGACCACCACAGCTGATTCACTCTCCCTCATGGACTCCTTATCTATCTCCTCTCAGAGAAGAGAATCCCTGAGGCTCCCCTCCCCCTGCCACAGATCAGTAAGAGAAAGAATAGACTGAGGGCAGTTTGCATTTTAACTTTTAATGAAACCTACTTTTTTCTCTTTAGGAAGAATGCTAGAGGATCCATGATGTTTCTAAACTAGGAAGTGTAGGAAGAATCACTGCAGTACTCTTGGGAGTTTTGTATCTTTTTTTTTTTTTTAAATTAACTTGAGTATTTCTTATTTACATTTCCAGTGTTATTCCCTTTCCCGGTTGCCAGGCAAACATCCCCCTAGTCCCTCCCCCCCCTTCTTTATGGGTGTTCCCCTCCACATCCTCCACCCATTGCCACCCTTCCCCCAACAGTCTAGTTCACTGGGGGTTCAGTCTTAGCAGGACCCAGGGCTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGATATTCATTGCTACCTATGAGGTCAGAGTCCAGGATCAGCCCATGTATAGTCTTTAGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGCTTGGCATTGTTGTACATATGGGGTCTCGAGCCCCTTCAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCTGATTCTTCCAACGGGGGTCCTATTCTCAGTTGAGTGGTTTGCTGCTGGCAT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Seq C2 exon
AATGCACAAACTTGTGAAGCCTTCCACTGAGAAGAAATATGTGGATCTTACTGTGTCGTTTGCCCCAGACGCTGATGGAGATGAAGATTTGCCAGGCCCTCCAGTAAGATACTACTTCAGTCATGACACTGATGAGTAGACATTGACGTGGAAACACTTCAGGACTACTTTATTTTGGAAAGTGTACTTAATTCAGAAGCTAAAATTAATCAGCTCATAATACTGTGGATTTCTTTTTGCCTTAATTTAAGGGAAACATCAGTAGGAAAGAAACTTAACTACAGTGAAGAAATGCAAAACATTTGAAGCATAGTACACATTGTCTGTTGCTTCCTACAGTTATGATCACAGCAACTTTGAACTGGAGTACCATGTTCTAATGCTTGCAAGATTGTTTGTTAAGCCCTGTGGATGAAAGAAGGAACAAGAAATCATTTATCTATGACCAGAAGAAATAAAGGTGAAGAAATTGAAAATAGTAAATTCGTGCTCTCCAAAAAAGCCTAATCCTATTTCAAAGTTTTCTTTTTTATTTGGTATTTGAGACCCATTATTTCAGTATAAATAGTGTGGCACTTTACTGCTTATATGATTAGGCTTTGAACATTTCATAGCCAAGAGGAGGGATGGCAGTGATAGATGAAGAGTAGAGATTTAAAACTGTAGTTACAGTTAGTGTCCTACCTCTGCTAGCAGTGTGGTATATTACTTCCTCCCCTAAGTCAGGATTCTCCCTGATGTGATGAGGTAAGATGACATGTTAACTTGGACTAAATGTTAACAGTATTCTATGCACTCTGAAACTCTCATAGAAAATCCATGAATGTGAGCAGATAAATATGGCTAATTATTTGATTGTTAATACACCTTTATCTATCTGGAAGTCTAAACTAGTCATAGTATATAAGACCAAAATATTTTATAGAGGGAGTATTCTTAGAAATAGATGAAAATTAGAAATTTAATACTAATGAAATTGTCTTTTTTTTTCCTTTCCTGCAATGTAATGGAGAAAATATATATATAGTATTTTTTTTTTTAAGGGAAGCATGTCATTTTATTCTTCATTCCCAAATTGGGAATTGTCAGAAATAGAAAAAATTATATTTTTTTAGGTTTTTCCTTGTTGAGAGAAATATTCTGTTTCCTGATATAAACAGTTTGAACTAATGATATAATTGGGTCCATTAAAATATATAAACAGTACTTGACTATGAAATCAGTGAAAACAGCAAGTGAGTATTTTTTACAAGGGTTATCATGGATTCTAAAACAGGGCTTACAGCCTCTAGAAGTAACTCGCCTGGAGCTCCTACTCTTGTTAGACCATTACTAAATACTTTGATGAATTAAAATTTAGATTACACCAGTATTAACTCCAACAGTATCTCTCTACACTCTGTACTTACTTTCCATTTACAAACAATTTACCATCTCTGTGGTGGTGACCAGCTTTTTGTTTCCTCCTTTTATGAAGTGTCCAGTTGGGAAATGGGGTGAGTTTGTGTAATAAAATGTTCTGTTCATTGAGAGATGGAGAGAAATGGACAGGATCCATTTTAAAGAACTGTCTACCTTAAAAATAAACTATAGTTTTTATCATATCCTACCCTTTCCCATTGTTCATACATTAAATCCATGAACATCAAAGGCTCTGTGACTTAGAACTTAATGAGGGGAAGAAGTCCTTTTTCCAACGTTTTTTTGTTTTCTGTTCTTTGGTAGAACATATTTTCTAGGTGATCATTCAGGAATCCTCAAACATGAAGTAATAGCTTGGCTCTGTTCACTTTTAAGTCTTCACATAGCTTTGGAAGTGAGTAAGAACCATGCTTTGCAGAGTGCTTTAATAAATAAAGTCAACCAGGTTTGGTTTGTTTGTAATTAAAATCACAACCATTTTGTCATTTGATTTTGGTTTTGGTTTTCTGTAGGTAATGATTATTACTGTCCTACTCAGTTTTACTGAACTGAAAAGCCATAATGAAGTTAATGACTTTTTGTTTTTGTTTATTTGTACCTTAAGATGCTTGCTACTGAAATACAGCTATTGAATACTGGGTTAAAAAAAAAAAGGAAGGAAAGAAGGAAAAAAAGGGGTTATTCCATTCACTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATACTAAAAGTAAGTCAAAGAGATTTTAGGTGTCATTCTAGACCATGCTCTGTGGTTCGTCATAGAGAATTTACTTACACCCCTTTTTCTGTGGTTAATGCTGCTACTGTTTCCTTGAGTTTATGTTTTGGGCAGACTGGTATGGGGCATATAAGCCAAAGAAGGAGTGTGTGTTTAGCAAACTCAAAGTCCTAACTTTACTGTAGAGGTGCAAAATAATCGAGAAAAAAGGCAGAAATAGTCACTCCAGGAGAAACTTAGTTTGAGGTTTCTAAAGTCAGTTCTTTATAGGATTTGGAGCAATTGTGTTACGTGTCTTAGTCCTTATATACAGTTCCAGAAGTAGAACTTGGAGTCACTATATTACATTTTGTCTTTCATGGCACATTGTTGGGACAGCATCAGTGTACAAAATTATAGCCATAGCTGGGATTGTAACTCTACAGTAGACAAGTACATAAGTCTCTGGGTTTGAGTCCCAACTCAAAAACAAAAATCACCAAGTTTAGATCTTAGGAGTCAGATGAAGTGTCAACAGGTAATTTGTGTTTGCTTTTATGTTGAGTGAGACAGAGAGTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGAAAGAGAGAGTGAGAGTGAGTGAGTGATATGTTTTGCCTGCATGTACATGCACTACATGTATGCAGTGCTAAAGAAGCCAGAAGAGGGTGTTGGATCCCCTGAGACTGGAGTTACAGACCGTGGTGACCTGCCGTATTAGTCGTTGGGAGCAAACACAGGTTCTCTGGAAGGGCAGCCAGTTATTTTAACCACTGAGCCCTCATTCCAGCCCCCAAAGCGTCCGTGTTGTAGTTGAAAAATGCATGTTGAAAGTATGTAAAATGTGAATATACAGTTTAAGGAATAATTCTAAGGTCATTTTTTAATCTAACCAATATTGAAATCAGTAAAACATTGGTATCCAATTCCTTCCGAATCCCTCTCCAGTCACAAACATTTTAAATACCCTTAATAATTACTGTTGTCTTTTTGTATTAACGGTTGCCTCATTTTTTTCTTTTGGAGTTATCCCTGGTATATATTGCAAATCTAAACAGAACAGTTTAGTTTTGCCTGCTTCTGAACTGTGTGTAAAGAATTGTCTGCATTGTTTTGTGTCTGTCATCCATCATAATTCATCCGTGTTTGTTGTAGCCATACTTTATTTACCATTACTGTAGTAGTTTACTGTTTATTAATGTACCAGTTCATTGACTGTTGTATTAACTGTGAATAATGAAGATGTTTTTAGTTCTGGGATAATTACAGTTCTAAAATAAATGTGTTTTATTCACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021931:ENSRNOT00000037509:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF093585=UBA_e1_C=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF093585=UBA_e1_C=PD(28.5=74.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]