HsaINT0185332 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169554 | ZEB2
Description
zinc finger E-box binding homeobox 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:14881]
Coordinates
chr2:145141942-145154159:-
Coord C1 exon
chr2:145153979-145154159
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Coord C2 exon
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Length
6383 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
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9.46
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169554-ZEB2:NM_014795:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.766
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=16.4)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=7.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=13.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)