Special

HsaINT0185332 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger E-box binding homeobox 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14881]
Coordinates
chr2:144384081-144396592:-
Coord C1 exon
chr2:144396412-144396592
Coord A exon
chr2:144390029-144396411
Coord C2 exon
chr2:144384081-144390028
Length
6383 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CATCTTGTTCTTTCTCCCAGGAA
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAAAGACCACATCAGTGTCAGATTTGTAAGAAAGCGTTTAAACACAAGCACCACCTTATCGAGCACTCAAGGCTTCACTCGGGCGAGAAGCCCTATCAGTGTGATAAATGTGGCAAGCGCTTCTCACACTCGGGCTCGTACTCGCAGCACATGAATCACAGGTATTCCTACTGCAAGCGGGAGGCGGAGGAGCGGGAAGCGGCGGAGCGCGAGGCGCGCGAGAAAGGGCACTTGGAACCCACCGAGCTGCTGATGAACCGGGCTTACTTGCAGAGCATTACCCCTCAGGGGTACTCTGACTCGGAGGAGAGGGAGAGTATGCCGAGGGATGGCGAGAGCGAGAAGGAGCACGAGAAAGAAGGCGAGGATGGCTACGGGAAGCTGGGCAGACAGGATGGCGACGAGGAGTTCGAGGAGGAAGAGGAAGAAAGTGAAAATAAAAGTATGGATACGGATCCCGAAACGATACGAGATGAAGAAGAGACTGGAGATCACTCCATGGACGATAGTTCGGAGGATGGGAAAATGGAAACCAAATCAGACCACGAGGAAGACAATATGGAAGATGGCATGTAATAAACTACTGCATTTTAAGCTTCCTATTTTTTTTTCCAGTAGTATTGTTACCTGCTTGAAAACACTGCTGTGTTAAGCTGTTCATGCACGTGCCTGACGCTTCCAGGAAGCTGTAGAGAGGGACAGAAGGGGCGGTTCAGCCAAGACAGATGTAGACGGAGTTGGAGCTGGGTATTGTTAAAAACTGCATTATGCAAAAATTTTGTACAGTGTTAAGGCCTAAAAACTGTGTGGTTCAGAGACTAATTCCTGTGTTTAATAGCATTTATACTTTAAGCACAACTAGAAAATTGTAAGAATTGCACTCTACTTATGTATCACTACAAACTTTAAAAAACTATGTCTAATTTATATTAATACATTTTAAAAAGGTGCCCGCACTACCATACATCAGTATTTTTATTATTATTATTGTTATTCCTTTTTAATTTAATGTGCTCGCACTACAATGCATCAGTATTATGATTCCTCTGTACTTTCCTTTCGCTATTCATCAATTTCCCATTTTTTTTTTCAGCTTAAGTAACCACACAATTTTAGGCCTCAATTTTTTTTTTTTTCTGTGAAGGAACTTGAAGTGATGCATGTGTGAATTTAAGATACCGAAGTCTTAAAGTGACCTGGACGTGAAGGAAAAAGTAAGATGAGAAATAAAGAAAGCCTTTGTAAGGTGGTTTTAAAAGCCTTATATGCAAACCTTTTAATCTGTGTTTCTGCAAGTGCCATCCTTGTACAGTGTTAAGAGGGTAACATGGGTTACCTTTGCACCAGCTTCAGTGTTAAGCTCACCCTGTTCTTTGAAGCACCCATGTCAGTATTAGAAGAATAGGCAGCAGTTCCTTAGTTTACATATGTTTGTGCAATTATTTTCTGTACTTTTTTGTTCATTAATTTTGTCAGTATTACACCAAACTGTTTTTGCAACAAAAAAATTTTTTTTGCATTCATTTAATTTTAGGTCAAATAACATTTTATTTATGTGGCTCATTTTATATTTCCTAATTTTATTTATTTCATACTGTAGTGTACAGTATTATAGTTCTTCAATATATAGATATATTTTAGTAAAAAAGGAACATGACGTTGATCATTTGGGCAAATTTTACGTAAAGAGAAGAGCATTTATTGTGTTTTGGAACATTAATTGTGAGATGGGATTTTTCAATTTTATTATTTTATTTTTGTTTTTTTCCAATTACTGGAAATTCCAAATTTGGGAACTTTTGATACGATCTTGTGAAAACACTGTATTTTCGACTGAAAATTCCACTTTCTTCATCTTGTTTTTTAGCTAAAAAGAGGGACTGTTAAATACAATGTATGATACCATGACAAAAATCTTTCCTGAATTGTCTTTGTAAAAGTATTATTGAATTTTCAATTTGTAATTTCTTTTGAAAATGACCATGCTCGAATAAAAATGTAGCCAAACTAAGAATGTAGTTAATGAGTTCTGTACTTTTAGAGAGTTTTCCTTCAATGACCATTAACATGTAACATGCTTTATGCTTATAATAATGCTAATTATGTTTTTTTCATATAATTTTAGTTTAGCAATAATTTTGACTGGTACCAATAACTGTTTTTTAAAATTCCATACCTATGTACAGCAATTTTACAGCTTTTCTCAACTGATCCTGATTCCAGATTGTGTATTTTTATGTGAGGTTATATTATTCAAATTTAGTCTATTTACTTTACAGACATTTCTACTTTTGCATTACGAGTATTTAGAGATTATGTGTTAAAAATTCACTTCTCTGTCCAAGGGGTCTTTGTGATTTATTCAAAAAAAAGTCTAATTTCAAAAAGACAGCTATTATTCAGTGTTATTTATAATATGTAACCTTTTTTAAAGGATTGGGATAGTTTATCTCACTTTTTGAAATGCAGACAGTAGTTTACCGTTTATCTGAAACTAGAAGGCGTGGGTGGGAGAGGAAAAGCTAAAAGCAAATGCTAACAAAAATAACCGTGATTTTCTAAGACAGTTTTTCAGTTTTTACAAGATGACCCTAATATTCAGAATATGAATGTATTCGTAGGTTTTACATAATGACTTTTATCAAGAAACTAGATTCTGCTTCTTAAATCTAATTGCCAAGTGAAGAATAACAGAAAAAACAGATTACCTTATCAAATTTACAGCTCTTGAATATACAGAACTATAATATAGTAGCTGTCCATGTATTTTTTCTACTTTAGAATCAAAGAAGAAAAGCATCATTTTGCTATTAAATTTGCTAAAATTTTGAGTATGATATTTCCAGTTGGCAAGAACAACATATTTATATTTATTCCTTAGCCATAATACCACTTTCCTAAATTTCACAAAAGTCATTCTTTGCAACTTGAAACTCAATAGAAAGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATACACACACACACATACACAGAAAGGATGTAATGAAGATACAGTAATAGTTGAGCAGACCTTTTTAGAAAAACATGTTTTTAGCTCTATCTTCAAACTTTCTGGCAGAGGGGGTGGGGGGGGCAGGGGGAGGAGTGGCATCAAAATGCTATGCCTCCTGTTATCCACAGCCTAGAGTTTTTATATTTGGAAAGTTTAGAAAATTCTATCCTCGTTTCTCCTTCTTTGAATGGCACAAATAAATACACTACATAAATTTTTCTGGTTTGAAAGGCTCTAGGCGATAACTTTATTAATTCAACCTGAAAATATCAAGCCATTAAATTTTGTCCGGGTAGAATAAATCCCTGTGGCCTCTTTTAAAGCAATGTAGGTCTCTGTTGCCCATGGGGCATATCTGTGTCCCAATCCACAAGAGATAGGACCAACAAACAATGAATGTGCAACCTAACTCTTTCTCCTTGGAAAGAAGAAAGTGTGCACGAAGTAGAGGAGGGTGGGCAGACCCTGCCTTGCCCCTCCTGTTACCCCCTTCTCTGTCATTTGTTCCTAACTCCATTTCATAGGCAGGCTCAGAATACCTGAGTCTGAAAATATCAGGATAACACTTGTGAATTGTGACAATCACTACAATGTCCCATATCTGAGGAGTTTTTTTTAATGCTATTTATCCGCTGGACACGATTGCACATTAGGGCTGCATAATCCTCTAACTCTAGGGAAAAATAAAAACTTTTGATTTGTCTTAAGATTCTTCTCCAAGGTCGCAAACAAGAAATTCCCCTCCACAACCAAGAGATGTGCATTTTAGTAACATCAGATGTGTTCTTCTGTTTTATCAACTACTTACTCTTCCCACACGCTTAGTTCTAAATCTAACCTTTCCCCCCTCGAATAGGGGGCAGGGGAGGATGAGGAAACACTGGAACAACTGAACACCCCTGCCCATTTTCTCCAAGAGCCTTTTGTATTCTAGCATATCTGTGCAATCTTTTCTTTTTTCTTCACATGACACTGTAAGCTTAGGCCTGAAATAACTGGGAAGAGAGATGCGTATCAGAATTTCTCCGCAAGAGCTAAACAAAACATACATCTTCCTTAGCATGAATTGGACTGGGGGCGGAGTGGGAGGGCTTGGAGGAAAGGGGAAAGAAGGGACTATATTTGAATAAATATGAATAAATGTATTAGATACTTTTCACAATCAGATAACTTTTAAAAAGGTCATTTTTTATCTTTCTAATAATGTAAGCCTTAATAAAAGCAAATCTTAGTCACAAATTTGAGGAGACTGCCCAATAATAAGTTTACATGTATTTGAACTGAAAAATTGTTAACCATGCTTTTGCTCCAAGATGTGTGAGGCCATTCAGGGGCTGTAGGGCCCTGGATATACACACAAACAAGTGTGTGTATATCTGGAGCCCCACACATTGTAATAAACACAGCTGCATTTATTTGACTATGTGATCCCATGTACATGTAAAAACATTCAAACAAACACACTCAGCGGATTTATTTATTGTGCAATGGGGCAATTATTCAAATAAACATGCTCAATGCAATTATTTGAATCTCACATTGCATGTTCATCAATCATAGCACTAAAAAAAGAGGGGGAAAAAACACCAAAGAATTCACATGGGGAAAAAATATATATATGAAAACCACCTTATTATAGATTTTATAGGGCAGCTGAGGTTATGGCTCCCTTCTTAACTGTAACTCAACTATTCTGTATTCAATGACATTTGTTTCTAATGATTAATTGGTTCACTCACTTGATCATATAATAGCAAACTTTATAAACCTGTATTGTGTAGAGATGTGAAATCTCTATATTTCAAGAGCAGAAGAGTTCTTTCTAGACACCTTACATCAAGGGACACTGGTCCAATTATTATCGCTTATATAAGCACTCCTATAAATTCTGAAAAATTTTATACATGCAACAAAACATTCCTACATTTGAAGACATTAAGAAAAATCACAGGTGACTCATCTGATCATTCTATATATT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169554:ENST00000627532:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.114 A=NA C2=0.761
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF086465=Rep_fac-A_C=PU(85.2=90.2),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=49.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=7.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=13.5)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains