HsaINT0185599 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056097 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:17277]
Coordinates
chr5:32354456-32364151:-
Coord C1 exon
chr5:32364054-32364151
Coord A exon
chr5:32356046-32364053
Coord C2 exon
chr5:32354456-32356045
Length
8008 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TCTGACTCTCTTTGTTGCAGTTT
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGTCCTGGACTTCTGGATCCTTGTGAAAAGGATCCCTTTGATACCTTGGCAACAATGACTGACCAGCAGCGTGAAGACATCACATCCAGTGCACAG
Seq A exon
GTACTGGTATTCCTAAATTCAGAGCCCTATTGGGTTACTCCATTAAGGTTTTATTTTTCTGTTATTGTCTTAAGGAATATTATAAGTCACTATATAATATTCGTTCTTCTGCTTCTGTAGTAAGCAAGCCCCTAGAAAGGATATTAAAATAGCTTGCCCAAAACTAGATTTCACTAATAGAGTTTAAAATTTTATTATTTAATTATATGGGCATTTCTAAGTAAGTGTATTGTATATTATAAAAATACAGCAATATTTTCAGTGTCTCATTAAATCTGGGTAATAGGTTATGTATCAAGATCAGCAGAAATTCTTATGTCCTCTGGTTGTACAAAAGTAATTTGCTGTGGTGTTTATGGTCATTATTGTTATAATTTAACCTTTCCTGCCACTGTCAAATAAAGTAAATAAAAATGTGGGCTCTGGAGACAGACTCCCTGGATTTGACTACCAACTCTGCCATCTCATCTGTAATATGGATATAAAAGCAGTATCTGTCTCAAACAGGATTGTTGAGAAGATTAAATGAGTTAATATGTGTAACCATCTTAACACCTGGTATATGGAAGGATCTTAAATGTTAGCTAGTATTATCATCTTATTAACCCTATTGAATAATTATGAAAAAGAAAAAACATTGAACCTAATGAATGAATGGAAAAAAATCAACCTAAGATTGGTACAGCTTCCCTTTGTTGATTCCAGAAATGTGCTGAGTAGGGGAAAAAAGCATACTAGCTATGAACAGTAATTCACTCTAAGATGCTTGGGAGTTGTTGGATTTAAGATCTTGATTGGTTATCTTGAATAATTTGGAATTTGAAAGATGTCAGGATCAAAGTAAATTGTTAGGCCAGAAATGGTATTGGGGGAGAGAGAGTAGTAATAGAATATTATGGATATCTTACAGACTCAAAATATGACCAAATTCTTATGCATTCGCTGTTTTTATTTCTTTCATTTTATATTCTAGGGAAGAAGATAGTTGCCTTAAGTGTCTGTTCTTTCTCCCTTTAGTACTTAAAGGAATTAGTTATAAATTTAAGGGAAAAGAAATTCAAAAGGAAACACTTGAAAACTAACAAAATTCATCATTAAGAAGAATGCTTACTTTTCTAAAAATGTGACCTTAAAGAAAGTGGTCTGGTTTTAAGAGGACGTTTAGGAGAACATTTAGAAGTGTTCTTAATAAAAGTGAACGAGTTACACAATATACAATGCATTTATGTAGCACTCATGACGTAATACTTGGATGAGGAGGAAAACAGATTAGTGTTTCCTAGGAGTGTTTAAGGATAGGAAGAAGGAATGGCATGGCTCTAAAGGGGGTCTTTTGGCAACAGAACAGTTACCCATCTTGATTGTGATGGTAGTTACATGACATAAGGCGGCATGTGTGATAAAATTGCATAGAGCTATACACACATGCACACATAAATTAGTGCATATATAACTGGTGAAATCTGAAGTACCAGTGTCAATTTCGGTTAGTTTTTCGGTGGCCTGTAGCGCCCATGTTAATGTCCCTCTTCCTTCCTTTGTCTCTGGAATGATTCCATATTTCCTTCCACAGTGTCTACCTTTATTCTTGTATGCCACTATATGTCTTTTCTCCAGTGATCCTTTTCAAGTTGCTTCTGCCAGATACAGCCTTTGTCATTTATTAAAATTCCTTCCTATAGGTAGGCGTACATAGTTTAACATACCTTTAATAAACAGGCAAAATTTATAGGGTTAATCATCCCTTCCCAAGAAGCAAATGGATTATAAAATAAACCTTTAATCCTCGATGATGATTAAAATTCCAAAATGTCTTTGGGAATGATTTGTATCAATCTTCAAATTTAGTTTGCTGCTAAATAATTGCCAGTAATATGGTAGAATTTTCTCTTCTTGTCAGACCTTAGAAGTACCTACAAACCACATGCAGAACAAGAGATTATAGGGTGCTCACTCAAACCTCAAATGCTATATTGGTTTTACTTACTGGAGTATTCCTTCATTTAGAAACTCATAAAATATTAGCATAGGCTGGGCCGGGTGCAGTGGCTTCCACCTGTAATCCCAGCACTTAAGGAGGTCAAGGCGGGCGGGCCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAACGTGGCAAAACCCTGTGTCTACTAAAAATAAAAGAATTAGCCGGGCGTGGTGGCATGTGAGTGCCTGTAGTCCAGGCTACTTGGGAGACTAAGGCACGAGAATCGCTTAAACCCAGGAGGCACAGGTTGCAGTGAGCCGAAATCGCACCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGCTGATGCTTAGTAAGAATATCTCTGTGGTAAAAATGTATAAATATTCATTATTATATATGAGATATCTTTTGATATTTTCTGTTAATGTAGAAGAAAACACTATTATGTTATCTTTAGGAAGGACCTTTTATAAGTCTCTCTGAATAAAGAATTAGTATATTATGATGATAAATCTTCCTAGTTCTCACCTGGGAAGTTAACAGTCTTATAACTTAAGTGAAGTAGAGAAACGGTACTGGCAAAAGTCCCTAATAATTGTAGATGAAGTAGAATGCTGTATCAAGTCCTGACTACAGATGACTTTGAGACTTTCAGGATTTTCAAAGCAGGTGTATGAGCCAAAATTCTTAGCAACTAGAATTATCTAACTTGGGGGAAAAGTTTTGGAGCAATAAATTCCCATGTGGATGACTAAACCAGTAACTATCCTTTATCTCAAAATCAGAGCAGGGATTTAAAATAGTGTGAACAGCAGTCACTTTGAAAAACAGGTTAGAGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAAGACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGATTGGTTGAGCCCATGAGTTCAAGAACGACCTGGCAACATAGCATAACCTTATCTCTATAAAAAATTTTTTTAATTAGCTCTGGGCATGGTGGCGTGCACCTGTAATCGCAGCTACTCAGGTGGCTTGAGGTGGGAGGATCACTTAAGCCCAGGAAGTTGAGGGTTCAGTGAGCAATGGCTCATGCCTGTAATCCGAACAGTTTGCGAGGCCGAGGTGGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTGCATTACCAGTTTGAGCAACATAGCAAGACCTCATCGCTTAAAAAAAGGAAAAGAGAAACAGGTTAGCAGCTCCTCAGTAAGTTAAACATGGATTGCTGTATGCCTCAGCAACTCTTTGATATCTAGATATATACTTAAGAGAATTGAAAAAAATATGTCCCCACAAAAACTTGTACACAAATATTCAAAACAGCATTATGTGTGATAGTCAAAAAGTAGCAACAACCTAAATGTCCATCAATTGATGAATGGGTGAATAAACAAATACAGTCATACGTTAGAATATTATTCAGCCAGACATTAAAAGAAAGTACTGACACATGCTATGATGTGAATGAACCTTAAAAACTTTATCCTAATTATCTCGTTTATATGAAATATTCATAATAGGCAGTGGTAGTTCTCAGGGCCTAAGGATAGAGGGGTTGGGGAGTAACTGCTGTTGGGCTTGGGGTTTCCACTTAGGGTAATGAAAATGTTCTAGGATAAGATAATAGTGATAGTTGAGTAACTTTGTAAGTATTCTGAAAACTTCTGAATTTTACATTTTAAAGGTGTATATTTTAAAGGTATGTGAATTTTACCAGAAAAAGAGTCCAGTTACATTGAAGGCTATAACTATGTAGAGAAAGTTGCTGTTTAATCAAGTGACTGTAAAATTTCCTTGAATTAGGTTAAGTGGGTATATCCCTAGAAATGGAGGGATAGATTAAATCATGTCTCTGAAGTCCCCCTAGTTTCAAGATTTTAAGAAATCTTTTGAAATTGGTGCCAAAGATATTCTTACATACACATGGTCATGTAGTGAAAGTTTATTTTTATTCATGAAGTAACAAGGAATTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCCTTAAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAAAGGCGCAATCTCAGCTCACCTCCGCCTCCTGAGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACCCCCCGGCTACTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTCGAACTCCTGACCTCGTGGTCCACCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGTCAAGGATTTTCTTTCCTAATCATAGTGATTTCAGTCATACACAATGTTTCTATACTGATGCACATTTTTTTGTGTTCTAAGGAAGGAATCTTTTGGCATTGGCTGCTGTTAGGGAGCAACTTAGACTCATTGAAAACCAGCTACAGTATCAGTACATTTTTAAGATTGCACAGTGAATGCCACATTCTTCTGGCTGAAAGTAAACAACCCATTAAATAGATATTAGCATATCTTTAAGCTTTAGGGCAGGGGTATCCAGTCTTTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGAAAGAAGAATTGTGTTGGGCCATGCATAAAATACACTGACACTAATGATAGTTGATGGGCTAAAAAGAAAAAAAAAAATCGCAAAAAAATCTCATAATGTTTTAAGAAAGTTTATGAATTTGTATTGGGCCACATTCAACACTGAGGGCCACGGATTGGACAGACTTGCTTTAGGGGTTTTTTGGTTTTATTTTTTTGTTTTTTTGAGACGGTTTCACTGTCACACAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTGGGCCCACTGCAGCCTCAACCTCCCCGTCTCACACAATCCTGCCTTAGCCTTGCAAGTAGTTGGAACCACAGATGTGCGACACCATGCCCAGCTAATTATTTGTAGAGACAGGGTCTCCTTATGTTTCCCAGGCTGGGCTCAAGTGATCTTCCCACCTCCACCTCCCAAAGTGCTTAGCCACCATG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Seq C2 exon
TTTGCATTGAGACTCCTTGCATTCCGCCAGATACACAAAGTTCTAGGCATGGATCCATTACCGCAAATGAGCCAACGTTTTAACATCCACAACAACAGGAAACGAAGAAGAGATAGTGATGGAGTTGATGGATTTGAAGCTGAGGGGAAAAAAGACAAAAAAGATTATGATAACTTTTAAAAAGTGTCTGTAAATCTTCAGTGTTAAAAAAACAGATGCCCATTTGTTGGCTGTTTTTCATTCATAATAATGTCTACATTGAAAAATTTATCAAGAATTTAAAGGATTTCATGGAAGAACCAAGTTTTTCTATGATATTAAAAAATGTACAGTGTTAGGTATTATTTGAATGGAAAGACACCCAAAAAAAAAAATGTGCTCCGACTAGGGGGAAAACAGTAGTTCCGATTTTTTCCCATTATTTTTATTTTATTTTCTGGTTGCCCTAGCTTCCCCCCCTATTTTTGTGTCTTTTATTAACTAGTGCATTGTCTTATTAAATCTTCACTGTATTTAATGCAGGATGTGTGCTTCAGTTGCTCTGTGTATTTTGATATTTTAATTTAGAGGTTTTGTTTGCTTTTTGACACTAGTTGTAAGTTACTTTGTTATAGATGGTATCCTTTACCCCTTCTTAATATTTTACAGCAGTACGTTTTTTTGTAACGTGAGACTGCAGAGTTTGTTTTTCTATATGTGAAGGATTACAACACAAAAAGTTATCCTGCCATTCGAGTGCTCAGAACTGAATGTTTCTGCAGATCTTGTGGCATTTGTCTCTAGTGTGATATATAAAGGTGTAATTAAGACAGAGTTCTGTTAATCTAATCAAGTTTGCTGTTAGTTGTGCATTAGCAGTATAAAAGCTAATATATACTATATGGTCTTGCAACAGTTTTAAAGCCTCTGCATAATTGATAATAAAAATGCATGACATTCTTGTTTTTAATAGACTTTTAAAATCATAATTTTAGGTTTAACACGTAGATCTTTGTACAGTTGACTTTTTGACATAGCAAGGCCAAAAATAACTTTCTGAATATTTTTTTCTTGTGTATAAGTGGAAAGGGCATTTTTCACATATAAGTGGGCTAACCAATATTTTCAAAAGAACTTCATCATTGTACAACTAACAACAGTAACTAGCCCTTAATTATGGTGACAGTTCCTTATTGGTGTGTGTGAGATTACTCTAGCAACTATTACAGTATAACACAGATGATCTTCTCCACACACCCCATCACCCAGATAATTTACAGTTCTGTTAACAGTGAGGTTGATAAAGTATTACTGATAAAAAATTATCTAAGGAAAAAAACAGAAAATTATTTGGTGTGGCCATCTTACCTGCTTATGTCTCCTACACAAAGCTAAATATTCTAGCAGTGATGTAATGAAAAATTACATCTTACTGTTGATATATGTATGCTCTGGTACACAGATGTCATTTTGTTGTCACAGCACTACAGTGAAATACACAAAAAATGAAATTCATATAATGACTTAAATGTATTATATGTTAGAATTGACAACATAAACTACTTTTGCTTTGAAATGATGTATGCTTCAGTAAAATCATATTCAAATTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056097-ZFR:NM_016107:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.436
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=PD(8.8=36.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)