RnoINT0168802 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011627 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:1311890]
Coordinates
chr2:62208497-62213048:+
Coord C1 exon
chr2:62208497-62208594
Coord A exon
chr2:62208595-62211324
Coord C2 exon
chr2:62211325-62213048
Length
2730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TATTCTAATTCTATTTGCAGTTT
3' ss Score
7.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCCCTGGACTTCTGGATCCTTGTGAAAAGGATCCCTTTGATACTTTGGCAACAATGACTGACCAACAGCGTGAAGACATTACATCCAGTGCACAG
Seq A exon
GTAATTGAACTCTTGTTGGATTATTGTCCCTAAGGCCTGGGAGTTTTATAATTGTTTCTTTATGTGTAATAATTATTCATTGTCATACTTATTTGGTAAGTAAGCCTTTAAAGAGACTATTAAAAAGATTTACTGCCGGATGGTGGTATTAATCCCAGCACTCAGGAAGCAGAGGCAGGCAGACTTCTGAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACTGAAACCAAGATTTACCTTGCCAGAGGTGGTAGGGCAAACTCATTTAATCCCAATGCTCAGGAAATCAAGGCAAGTAGGTCTCTATAAGTTCAGGACAGACCAGGCCTAAACAGTGGAATCCTATCTCTAAAATCAAACAAAAAAGATTTACCTTAACCTAGAATTCACTGATAAGATTTTAAATATTTACTTATGTGAATGCATCTGATTATTGTGTAATGTTGTGTTTGTCTTTATATATCATGAAAACATTATAGGGCGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCACAAGGCCCTGGGTTTGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAAGGAAAAAAAAATTATAAACTCCTTGTTAATTACCTAATTAAGGTAATTAATTACCTTTTCAGGGTAACATTTACAAAGCTACTCTCCTCCTCCCTATCCACTCTACCCCAAAGAGGAAACATCATTCAGTGATCCTTACAAGGGTACAGATACATATAGCTCAATGGTAATGTCTTGCCTAACATACACGAAGTATGCCCTCTTCCCCAGGCTCTGTCCCAGCACTGCAAAAATAAACACTTAAGTATTTGGTGGTGTCAGTCCCAAGATTGAGGCTAGAGAGACAGCTTGGTGTTCAAGAATATTTGCTACTCCTACAGAGAGGACCCAGGTTTGCTTCCTAGCATCTGCATAGCAGTTCACATCCATTCATAAATACTTCTAGGGGATCCAATATCCTCTTTTGACTTCCTTTGGCATCAGGCAGGCACTCATACTCAGAAATCTTTTTAAAATTCCAAAATTTTGGGAATAATTGGTGTTAATCTTCTAATTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGATCGAACCCAGGGCCTTGCTAAATCCCCAACCCTAATCTTCTAATTTTATTTGCTACTAATTAATACCCACTTAATATGGCAAAATTCTCTAATGTATCACATTAGAAATGTATCGAAACTGAGGTAGCTTGTGGCTCAGTGACATGCTTGTCTAAATTAAGACCCTAGATTATATACCCCAACACTGCCTGCCCAAATTGGGGAGAGGTTTTATAGGAACTGTAACTGAGTAAAATCTGAACACAGTAGCACAGGAAGCTATAAATTTAGAGGAAGCTACCATTTACCATTGGGTTAGGAAATCTCTAGAAGGTTGTTTGGTTGGTTTGGGGTTTCTGTTTGGGGTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGCCAGGATCTCACTATGTAGCTCTTAACTTGATCTCTGTGCTTTCAAGGCCACCCTGGTCTACATGCCAGGACTACATAGTCATATACAGATATATTCATACTCTCTCACAGTATAATTGTGGCACATATAAGGCGTTGCAATCGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTTATATAAAATAAATAAATGTTTTAAAAAAAAAAAAATAAGGCGTTGCAATCAAAGAACCTGATACTGGACTATTAAATATATAAGAGAATTTATATTTAATATACCTCATACTTTCAGTGAGAAAGGGCAAATCATCAACAAAATGGTTTTGAGATAGCTGACTATTATGTTAAATATTAGATACATATGTGGGGTAATGATTTAAAAAGACATATATCAAAAGACTGAGAAGTGCTCTTAACATTAAAAGATGGGCTTCTTTTTTCTTTTAGGCTAGAGTTAAAGATAAGGATTATATATTGAAAATATTGTATAAACTCTTTAAGGCCCTTGAGTCACTAAAGAAGTGTGCTCATTTCCCCCTCATTAAAAATAAGTGATGAGTAAAAATTGGGTACTTTGCCTTTTGAGGGGGGAGATTTGAGACAAGGTTTCTCTTTACAGCTCTGGCATTCCTGGGACAGTGAACTGAGCCTAGCTCCTCTGTGGGAGCAACAAGTTGTTTTAACCACTGACATCTTTCCACCACTCCCACCACCCCTTAGTACATAGGCTAAATTTATTTAAAGATTGATATTTTGTAGCTTAATTATTTGGAAAGCCCCTGCCCTAAAAATAAAATTTTAAAAGCGTATCAGGACATAGTTTATGTCCCTTCTGATTAATCAATGGTGAAACAACCCATTCAGGGTGTTTCTTCCATTACATTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTCTTCTCATATTGTTATATGGAAAAGCAAACTTAATAAGAATTGATGTGCTTCTCTGACAGTGAGATAGCAGTCTGCAGGTAAAAGGGAGAATGGCCCCAACTCATACTCTGGACGTGGCATTCATGTGCACACAAGTAAATAAATGAATAAATATAAAGTACAGATTTTAGGGTGTTTTGACTTTAAATTCTATTCTAATTCTATTTGCAG
Seq C2 exon
TTTGCATTGAGACTCCTTGCATTCCGTCAGATACACAAAGTTCTGGGAATGGATCCATTACCACAAATGAATCAACGCTTTAATATCCACAACAACAGGAAACGAAGAAGGGATAGTGATGGAGTGGATGGATTTGAAGCTGAGGGGAAAAAAGACAAAAAGGATTATGATAACTTTTAAAAAGTTTGTGTAAATCTTCAGTGTTACAATAGGTGCCAGTTATTGGCTGTTTTCCATTCATAATAATGTCTACTTTAAAAGTTTATCAAGAATATAAAGAGTTTCATGGAAGAACCAAGTTTTTCTATGATATTAAAAACTTATTGTACAGTGTCAGGTATTATATGGATGGAAAGACGTTGGAAAATAAATTTGACTAGGGGAAGTATAGTGGTTCCCCTCCCTTTTTTCCCCCATTATTTTATTGACTGGTTGCCCTTGCCCCCTGTATTTTTGTGTCTTTTATTAACTAGTGCATTGTGTTATTAAATCTTTACTGTATTTAATGCAGGATTTGTGCTTCAGTTGCTCCGTGTATTTTGATACTTTTATTTAGAAGTTTTGTTTGCTTTGACACCAGTTGTAAGTTACTGTGTTCCAGGTGATATCCTTTACCCCTTACTACTTTACAGCAGTGCGTCTTTTTGTAACGTGAAACTGCAGACTTTCTTCCTTTGTTACTCTGTATGTGAAGGATTTCAATACAAAAAGCTACCCTGCCATCTAAGTGCTCAGAACTAGGTGTTTCTGCAGATCTTGTGGCATTTGTCTATCTAGTGTGATATATAAAGGTGTAATTAAGACAAATTCGTTAATCTAATCAAGTTTGCTGTTAGTTGTGCATTAGCAGTATAAAAGCTAATATATATTATATGGTCTTGCAACAGTTTTAAAGCCTCTGCATAATTGATAATAAAATGCATGACATTTTTGTTTTTAATAGACATTTAAAATAATTTTAGGTTTAACACGTAGATCTTTGTACAGTTGACTTTTTGACATAGCAAGGCCAAAAATAACTTTCTGAATACTTTTTCTTCTGTACAAGTGGAAAGGGAATTTCTCACATATAAGTGGGCTATTGTTTTCAGAAGAACTTCATCATTGTGCAACTAACAATAACTAGCCCTAATTATGTGACAGTTCCTTATTGATATGTGTGCAATTACTCTAGCAGCTTCTACAGTATAACACAGTTGAATGATCCCCATACATCCTATCACTCAGATCATTTATAGGTCTATTAACTGTGAGATTGATAAAGTATTACTGATTTAAGAAAAATAAGAGTATCTAAGGAAAAAAAAAAAAACAGAAAATTATTTGGTGTGGCCATCCTCCATGCTTACGTCTTATACAGAGTGCTAACCCCTAGCAGTGGTGTAATGAGTTACAGCCTACTGCGATGTATGTGTGCTCTGGTGCACAGATGTCGTTTTGTTGTCACAGCACTACAGTGAGATACAGAAATAAAGACTTAAATTCATAGAATGACTTACTTGTATTATGTGGTAGGCTTGATGGTGATAACTTTTGCTTGATACTCCTTACGCTTCAGTCAAACTGTATTCATATATACTGTGTATGTATGTGTTACTCCTGACAAGTGTGTGTTGGTGGATCACATAATTCTAAAAGTTTTTTAGGTTTCATCACCATATTGGTTCATTTTTCTAGGGTGGAGCCCTTACCCAAACCAAAGTATACAAGACTGGCATTTTTGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011627:ENSRNOT00000016196:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.305 A=NA C2=0.508
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=PD(23.9=36.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]