HsaINT0185599 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056097 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17277]
Coordinates
chr5:32354350-32364045:-
Coord C1 exon
chr5:32363948-32364045
Coord A exon
chr5:32355940-32363947
Coord C2 exon
chr5:32354350-32355939
Length
8008 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TCTGACTCTCTTTGTTGCAGTTT
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGTCCTGGACTTCTGGATCCTTGTGAAAAGGATCCCTTTGATACCTTGGCAACAATGACTGACCAGCAGCGTGAAGACATCACATCCAGTGCACAG
Seq A exon
GTACTGGTATTCCTAAATTCAGAGCCCTATTGGGTTACTCCATTAAGGTTTTATTTTTCTGTTATTGTCTTAAGGAATATTATAAGTCACTATATAATATTCGTTCTTCTGCTTCTGTAGTAAGCAAGCCCCTAGAAAGGATATTAAAATAGCTTGCCCAAAACTAGATTTCACTAATAGAGTTTAAAATTTTATTATTTAATTATATGGGCATTTCTAAGTAAGTGTATTGTATATTATAAAAATACAGCAATATTTTCAGTGTCTCATTAAATCTGGGTAATAGGTTATGTATCAAGATCAGCAGAAATTCTTATGTCCTCTGGTTGTACAAAAGTAATTTGCTGTGGTGTTTATGGTCATTATTGTTATAATTTAACCTTTCCTGCCACTGTCAAATAAAGTAAATAAAAATGTGGGCTCTGGAGACAGACTCCCTGGATTTGACTACCAACTCTGCCATCTCATCTGTAATATGGATATAAAAGCAGTATCTGTCTCAAACAGGATTGTTGAGAAGATTAAATGAGTTAATATGTGTAACCATCTTAACACCTGGTATATGGAAGGATCTTAAATGTTAGCTAGTATTATCATCTTATTAACCCTATTGAATAATTATGAAAAAGAAAAAACATTGAACCTAATGAATGAATGGAAAAAAATCAACCTAAGATTGGTACAGCTTCCCTTTGTTGATTCCAGAAATGTGCTGAGTAGGGGAAAAAAGCATACTAGCTATGAACAGTAATTCACTCTAAGATGCTTGGGAGTTGTTGGATTTAAGATCTTGATTGGTTATCTTGAATAATTTGGAATTTGAAAGATGTCAGGATCAAAGTAAATTGTTAGGCCAGAAATGGTATTGGGGGAGAGAGAGTAGTAATAGAATATTATGGATATCTTACAGACTCAAAATATGACCAAATTCTTATGCATTCGCTGTTTTTATTTCTTTCATTTTATATTCTAGGGAAGAAGATAGTTGCCTTAAGTGTCTGTTCTTTCTCCCTTTAGTACTTAAAGGAATTAGTTATAAATTTAAGGGAAAAGAAATTCAAAAGGAAACACTTGAAAACTAACAAAATTCATCATTAAGAAGAATGCTTACTTTTCTAAAAATGTGACCTTAAAGAAAGTGGTCTGGTTTTAAGAGGACGTTTAGGAGAACATTTAGAAGTGTTCTTAATAAAAGTGAACGAGTTACACAATATACAATGCATTTATGTAGCACTCATGACGTAATACTTGGATGAGGAGGAAAACAGATTAGTGTTTCCTAGGAGTGTTTAAGGATAGGAAGAAGGAATGGCATGGCTCTAAAGGGGGTCTTTTGGCAACAGAACAGTTACCCATCTTGATTGTGATGGTAGTTACATGACATAAGGCGGCATGTGTGATAAAATTGCATAGAGCTATACACACATGCACACATAAATTAGTGCATATATAACTGGTGAAATCTGAAGTACCAGTGTCAATTTCGGTTAGTTTTTCGGTGGCCTGTAGCGCCCATGTTAATGTCCCTCTTCCTTCCTTTGTCTCTGGAATGATTCCATATTTCCTTCCACAGTGTCTACCTTTATTCTTGTATGCCACTATATGTCTTTTCTCCAGTGATCCTTTTCAAGTTGCTTCTGCCAGATACAGCCTTTGTCATTTATTAAAATTCCTTCCTATAGGTAGGCGTACATAGTTTAACATACCTTTAATAAACAGGCAAAATTTATAGGGTTAATCATCCCTTCCCAAGAAGCAAATGGATTATAAAATAAACCTTTAATCCTCGATGATGATTAAAATTCCAAAATGTCTTTGGGAATGATTTGTATCAATCTTCAAATTTAGTTTGCTGCTAAATAATTGCCAGTAATATGGTAGAATTTTCTCTTCTTGTCAGACCTTAGAAGTACCTACAAACCACATGCAGAACAAGAGATTATAGGGTGCTCACTCAAACCTCAAATGCTATATTGGTTTTACTTACTGGAGTATTCCTTCATTTAGAAACTCATAAAATATTAGCATAGGCTGGGCCGGGTGCAGTGGCTTCCACCTGTAATCCCAGCACTTAAGGAGGTCAAGGCGGGCGGGCCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAACGTGGCAAAACCCTGTGTCTACTAAAAATAAAAGAATTAGCCGGGCGTGGTGGCATGTGAGTGCCTGTAGTCCAGGCTACTTGGGAGACTAAGGCACGAGAATCGCTTAAACCCAGGAGGCACAGGTTGCAGTGAGCCGAAATCGCACCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGCTGATGCTTAGTAAGAATATCTCTGTGGTAAAAATGTATAAATATTCATTATTATATATGAGATATCTTTTGATATTTTCTGTTAATGTAGAAGAAAACACTATTATGTTATCTTTAGGAAGGACCTTTTATAAGTCTCTCTGAATAAAGAATTAGTATATTATGATGATAAATCTTCCTAGTTCTCACCTGGGAAGTTAACAGTCTTATAACTTAAGTGAAGTAGAGAAACGGTACTGGCAAAAGTCCCTAATAATTGTAGATGAAGTAGAATGCTGTATCAAGTCCTGACTACAGATGACTTTGAGACTTTCAGGATTTTCAAAGCAGGTGTATGAGCCAAAATTCTTAGCAACTAGAATTATCTAACTTGGGGGAAAAGTTTTGGAGCAATAAATTCCCATGTGGATGACTAAACCAGTAACTATCCTTTATCTCAAAATCAGAGCAGGGATTTAAAATAGTGTGAACAGCAGTCACTTTGAAAAACAGGTTAGAGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAAGACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGATTGGTTGAGCCCATGAGTTCAAGAACGACCTGGCAACATAGCATAACCTTATCTCTATAAAAAATTTTTTTAATTAGCTCTGGGCATGGTGGCGTGCACCTGTAATCGCAGCTACTCAGGTGGCTTGAGGTGGGAGGATCACTTAAGCCCAGGAAGTTGAGGGTTCAGTGAGCAATGGCTCATGCCTGTAATCCGAACAGTTTGCGAGGCCGAGGTGGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTGCATTACCAGTTTGAGCAACATAGCAAGACCTCATCGCTTAAAAAAAGGAAAAGAGAAACAGGTTAGCAGCTCCTCAGTAAGTTAAACATGGATTGCTGTATGCCTCAGCAACTCTTTGATATCTAGATATATACTTAAGAGAATTGAAAAAAATATGTCCCCACAAAAACTTGTACACAAATATTCAAAACAGCATTATGTGTGATAGTCAAAAAGTAGCAACAACCTAAATGTCCATCAATTGATGAATGGGTGAATAAACAAATACAGTCATACGTTAGAATATTATTCAGCCAGACATTAAAAGAAAGTACTGACACATGCTATGATGTGAATGAACCTTAAAAACTTTATCCTAATTATCTCGTTTATATGAAATATTCATAATAGGCAGTGGTAGTTCTCAGGGCCTAAGGATAGAGGGGTTGGGGAGTAACTGCTGTTGGGCTTGGGGTTTCCACTTAGGGTAATGAAAATGTTCTAGGATAAGATAATAGTGATAGTTGAGTAACTTTGTAAGTATTCTGAAAACTTCTGAATTTTACATTTTAAAGGTGTATATTTTAAAGGTATGTGAATTTTACCAGAAAAAGAGTCCAGTTACATTGAAGGCTATAACTATGTAGAGAAAGTTGCTGTTTAATCAAGTGACTGTAAAATTTCCTTGAATTAGGTTAAGTGGGTATATCCCTAGAAATGGAGGGATAGATTAAATCATGTCTCTGAAGTCCCCCTAGTTTCAAGATTTTAAGAAATCTTTTGAAATTGGTGCCAAAGATATTCTTACATACACATGGTCATGTAGTGAAAGTTTATTTTTATTCATGAAGTAACAAGGAATTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCCTTAAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAAAGGCGCAATCTCAGCTCACCTCCGCCTCCTGAGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACCCCCCGGCTACTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTCGAACTCCTGACCTCGTGGTCCACCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGTCAAGGATTTTCTTTCCTAATCATAGTGATTTCAGTCATACACAATGTTTCTATACTGATGCACATTTTTTTGTGTTCTAAGGAAGGAATCTTTTGGCATTGGCTGCTGTTAGGGAGCAACTTAGACTCATTGAAAACCAGCTACAGTATCAGTACATTTTTAAGATTGCACAGTGAATGCCACATTCTTCTGGCTGAAAGTAAACAACCCATTAAATAGATATTAGCATATCTTTAAGCTTTAGGGCAGGGGTATCCAGTCTTTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGAAAGAAGAATTGTGTTGGGCCATGCATAAAATACACTGACACTAATGATAGTTGATGGGCTAAAAAGAAAAAAAAAAATCGCAAAAAAATCTCATAATGTTTTAAGAAAGTTTATGAATTTGTATTGGGCCACATTCAACACTGAGGGCCACGGATTGGACAGACTTGCTTTAGGGGTTTTTTGGTTTTATTTTTTTGTTTTTTTGAGACGGTTTCACTGTCACACAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTGGGCCCACTGCAGCCTCAACCTCCCCGTCTCACACAATCCTGCCTTAGCCTTGCAAGTAGTTGGAACCACAGATGTGCGACACCATGCCCAGCTAATTATTTGTAGAGACAGGGTCTCCTTATGTTTCCCAGGCTGGGCTCAAGTGATCTTCCCACCTCCACCTCCCAAAGTGCTTAGCCACCATG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Seq C2 exon
TTTGCATTGAGACTCCTTGCATTCCGCCAGATACACAAAGTTCTAGGCATGGATCCATTACCGCAAATGAGCCAACGTTTTAACATCCACAACAACAGGAAACGAAGAAGAGATAGTGATGGAGTTGATGGATTTGAAGCTGAGGGGAAAAAAGACAAAAAAGATTATGATAACTTTTAAAAAGTGTCTGTAAATCTTCAGTGTTAAAAAAACAGATGCCCATTTGTTGGCTGTTTTTCATTCATAATAATGTCTACATTGAAAAATTTATCAAGAATTTAAAGGATTTCATGGAAGAACCAAGTTTTTCTATGATATTAAAAAATGTACAGTGTTAGGTATTATTTGAATGGAAAGACACCCAAAAAAAAAAATGTGCTCCGACTAGGGGGAAAACAGTAGTTCCGATTTTTTCCCATTATTTTTATTTTATTTTCTGGTTGCCCTAGCTTCCCCCCCTATTTTTGTGTCTTTTATTAACTAGTGCATTGTCTTATTAAATCTTCACTGTATTTAATGCAGGATGTGTGCTTCAGTTGCTCTGTGTATTTTGATATTTTAATTTAGAGGTTTTGTTTGCTTTTTGACACTAGTTGTAAGTTACTTTGTTATAGATGGTATCCTTTACCCCTTCTTAATATTTTACAGCAGTACGTTTTTTTGTAACGTGAGACTGCAGAGTTTGTTTTTCTATATGTGAAGGATTACAACACAAAAAGTTATCCTGCCATTCGAGTGCTCAGAACTGAATGTTTCTGCAGATCTTGTGGCATTTGTCTCTAGTGTGATATATAAAGGTGTAATTAAGACAGAGTTCTGTTAATCTAATCAAGTTTGCTGTTAGTTGTGCATTAGCAGTATAAAAGCTAATATATACTATATGGTCTTGCAACAGTTTTAAAGCCTCTGCATAATTGATAATAAAAATGCATGACATTCTTGTTTTTAATAGACTTTTAAAATCATAATTTTAGGTTTAACACGTAGATCTTTGTACAGTTGACTTTTTGACATAGCAAGGCCAAAAATAACTTTCTGAATATTTTTTTCTTGTGTATAAGTGGAAAGGGCATTTTTCACATATAAGTGGGCTAACCAATATTTTCAAAAGAACTTCATCATTGTACAACTAACAACAGTAACTAGCCCTTAATTATGGTGACAGTTCCTTATTGGTGTGTGTGAGATTACTCTAGCAACTATTACAGTATAACACAGATGATCTTCTCCACACACCCCATCACCCAGATAATTTACAGTTCTGTTAACAGTGAGGTTGATAAAGTATTACTGATAAAAAATTATCTAAGGAAAAAAACAGAAAATTATTTGGTGTGGCCATCTTACCTGCTTATGTCTCCTACACAAAGCTAAATATTCTAGCAGTGATGTAATGAAAAATTACATCTTACTGTTGATATATGTATGCTCTGGTACACAGATGTCATTTTGTTGTCACAGCACTACAGTGAAATACACAAAAAATGAAATTCATATAATGACTTAAATGTATTATATGTTAGAATTGACAACATAAACTACTTTTGCTTTGAAATGATGTATGCTTCAGTAAAATCATATTCAAATTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056097:ENST00000265069:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.212 A=NA C2=0.458
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=PD(8.8=36.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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