HsaINT0186775 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr17:15611469-15624100:+
Coord C1 exon
chr17:15611469-15611561
Coord A exon
chr17:15611562-15619372
Coord C2 exon
chr17:15619373-15624100
Length
7811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GCATTTCCAATGTCTTTCAGACA
3' ss Score
7.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCCAGTTTCCAAACCTGAGAGCTACAACTTGGAGAATGGAAAAGAACCATTGAAGCTTGAGAGAAAAGCCCCCAAAAGCAGCTATTCAG
Seq A exon
GTGAGCCAGATAGATGGGAGTCTTCATAAATGATAGCCCAGCAGGACAATGAAGAAATACTTTTCAGTGCTTAAGAAAGTGCCTGTGTGCCCTTATTTTTAAATTTTTTTAAAATTCTAAAGCATTTAAAATATATACAGAAGTCCAGAAAATAAAATAACATTCATGTATCCATCACTGAGATTAGACACGTACTAATATTTTGCTTCGTTTGCCTCTTTTCTTTCTTCCTTTCTTTTTCTTACAATATAAAACTAATAATTATACAGTTGGATGAATTTTCACTAATTTAGCACATTCATGTAACGATTGCCCAAATCAAGAAAATAGCCTTACCAGCGCCTCTAGAAGCACCGGTGTGCCCTGTTTCAGGACCCTCCCTTCTCCCAAGGGTCACCTTATCCTAACTTATAGCACCAAGTTTTGACGGTTCTTGAACTTTCTATAAATGGAATCATATTGTATATACTCTTGTGTCTGGCTTCCTTCACTGCACATTAGCTGTGAGATACATCTTTGTTGCTGCATATCATCATAATTTATTCATTATCATTGTATAATTTTTTGTTTTGTTAATATACCCAGTTTATTCTTCTGAAGATGAGTATTTGGATAGTTTCCAGTTTTTAGCTGTCTGAATAATGCCACTATGTACACTTTTTAAATGCCTTTTGGTGAACAAATATATGCATTTCTTCTGGATATATACATACAAGTAGACTTGTTTTATCAGAGGATAGATACATACTCACTTTTGGTAGATAGTGCCAAAGAGGTTTCTAGAGTCATTGTACCAATTACATTCCTAGCAGCAGAGTATGTGCGTTCTAGTTGTTCCACATGCTTGTCAACACTTAATATTGCTTGTTTTCATTTTAGCCATCCTTTTGAGGTGTGTGATGTCTTTTATTTTTTAAGAAATAAAAATATTACATATTCAGTTAAAGCCCTTTTATTCTCAGCTGGGTGTGGTGACTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGAAATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTACAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGACAGGCACCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGGGAGACTGTGTCTCAAAAAAAAAACAAAAAGCAAAGAAAAGAAACCCTTTTATTCTCTTTCTCCCCTAGAAGTAACCATTATATCTTGAAATTGGTGTGAATCATTTCGGTGTTTTTGTATGTGTGTGTATACACAGAGATATATACATATGTATGTAAAACAATCTGTATGTTTTATTGTTACACTTTTTCTTATGTAGTCTGATTTCTTAAAGTTCACATTGTATTTCGATATTAATCTATGTTAATATATATGAATTATGTTATTCATTTTAACTACTGTGGAGTCATAAGTCCACTGTATGAATAAACTGAACAGTTTATTTTTTTTCTGTTAGCAGTTGCAGTGATCATCCTTTTTTTGATTCCTTATGTTCATCTTGAGAGCTGGTTTAGGGAGATAACTGGAAGAAGAATTAGTAGGTCTTAAATCATCACATGTTTAGCTTTACTAGGAACTGCCAACAGTTGAGTTATCAGACTTGTTAATTTTTGTCAATCTGACGGATGCAAAATGATGTTTTAAAATTTTCATTTCTCTGAGTGATAAATACAAGTTTGAGCATTTCATGTTACTTGGCTATTCAAGTTTCTTGTGAGTTACCTGTTGATACCCTTTGCCTGTTTTTTGAGATTGGGCTGTTTATATCTTTTCTCTTGATTTGGTGGAGTTCTTCATATATTTTAGGTACTAATCTATGACAGAAGTAGCATTGCAAGTCAGTGAGAAGAAATTGGTTCTTCTAATCTTTGGCTTATTTTATTTTCTGGTGTGTTAGGCATATAGAATTAAACATTTTTAATAACAAACTTTTTTTTTAAATAGTGCTTTTTGTGAATTGTCTATCTACTTTATCCCAGTGTCAGAAAGATTATTTTATTCCAAAATGTTCAATTTTGTTTTACAGGTATTTATTTTTGTATATGATGAAATGGGAAAACTAATTTTGTCTTTTTCCATGCTGAAAGCCAATAAGTCCAGCATTGTTCATGGAATAATCTTATGTTACTGATTTGTAATGCTACCTGTGGTAAACCCAGTTCCTCAGCATACTTAGTTCTATTTCTTGTCTCTCTGGTTTACTTGTCTGTCTATGTCTAATACCAGACTGTTTTATTTACTATACTTAGTATTATATATAGCTCATAAAGAAAATCCTTCCTGGATATTATTATTTTTAAAAAAGTTATACTTTTGAATATTGAAAGAGTTTAAAAATCTTTCCGTGATTATGGATATATCTGTTTCACCCCAGAGACCTATTAGTTTCTGTGACTTACCCACTCACCACCCATCTCCCTTTTTTGGGGTATTGCAGTTTTCATAGTGATCTGTTAAGAGGTCCTTATATATGAGGTTTTTACCTTTTCTTATGTTACAGATATTTTTTCTAGTTTTTGACTTTCAGTTTTGCTATGCATTTTGATGTACAAGTTTAATTTTTTTTTTTTTTGACGGAGTCTTGCTCTGTCTCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCGGCCTCCACCTCCTAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATACGCCACCAAACCCGGCTAATTTTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGGTGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCCTCAAGTTTAATTTTTTATAATCTTTTTTTTTCTGCCTTTTCAGTGCTGCTTAAAATGTGTTTCATTAATCCAAGGTTACATATATATTTGCCTCTGTTTACTAGTATATTCTTTAATTTTTTCTTTAGATTCTTAATCCATTTGGAATTGCTTCTTACTTCTCTGAGTGTATCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGAACAATTAAATATTCTAATTACTCAAAATTTGATTTTAATCTCCCTTCCTTTTGTATACCTGGAGTCATAAACTTGAGTACTTACATGGGCCAGGAGGTAATAACACTGAGTTAAGCAAGCAAGGTGGAAACTGGTGAACCAGAGGAGTACAGGCCTCAACTGAAAGGAGTGGCTCTAGCTCAAGGGCTGGCAAGCTTTTTATGTAAATGGCTAGACAATAAATAATTACCCTTTGTGGGACATGGTGTCTCTGCAGCCATTCGATCTTCCACAGTAGTATGAAAGCAGCCCTAGAAAATGCATACATGAATGGGTATGTTCCAGTAAAAAATTATTTAGCAAAGTAGGCAGCAGGCTGTAGTTGCCAATCCCTGCTCTAAATGGTGGTTGTTGTTCAGTACGCTTCCAGTTTTTTTCAAGAGAGAAACTCTAAATTTGCATTTATCTGTAATCTGCCCCCCCCCCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCGGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCGGGATGATCTCAGTCTCCTGACCTCATGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGTCCAGCAATAATCTCCCTATTTTTAACTGTGTATAACTAGTTTTAAAAGTTTGTATAAAAAGTGTGGCCCAGAGAAAATGTGTCTAAGGTCTGATTTGGCCAACTGATCAACTGTTTGCAGCCTCTACTTACTACTTCATTAGTCTCATCATTCCCACAACCAGTTACCTTCTATCAAGATGAGTCCCAAATTGGTATTTCCATCCTAGAGCTCTCCTCAGGGCTGTTCTCAACATCTTAACTATTTGATTCCTTTGTTTGCTTATGTCAAAGATACTTCAATACAACATGTTTAAAACTGAATGTCTAAAATAAGTCTAAATTTCCCATCTCCCCAACAGCATCCTTTTCCAGTAATTGTTTTAATGGTACTTACTGTCATCAAATTGTACGTGGTGGAAATCTACGCACAGTCTTTACATCACCCCCTCTCTCCTTTATCCAATTAATCACTGTATTTACCTAATTATATTCTAAGTATTTCTTCACTGTTAATTTTCCTTCATATATTTTTTGTTTTCCTGGATTACTGTGATAATCTTTGTGATTCCGCCTTTGCCCTCATATACTTCATTCTCAACATTGTAGTGAGACTGATATTTTCATAATCAAATCTCATCTTGTCATCACTCTGCTTGGAACATTTGAATGGCTTCTCGCTGCCTTCACGGTAACAGACAAAATCCTGGAGGTCTACAAAATCTTGTGAAATCTGGCTTTTACTCATTATCCCAACCTCATTTCACAGCTACTCTTCTTCCATCTCTGTGCTCTAGTGTAGCAGTTCTGAATGCTTTGGCATCAGAGGACCTACTGTAACTATAAAAATTGTTAAAGACCCTAAAGATGTTTGATTTATGTAGGTTACATCTACCAATAGTTACTATACTACAAGTTAAAACAGAAAAATTTTAAGCTATTAGCTAATTCATTTAAAAATAATTGGCCGGGTGTGGTGGTCCACACTTGTAATCCCAGTGCCTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGGTTGATTGAGCCCAGGAGTTAGAGACCAGCCTGAGCAATAAAGTGAGACCCCATCTCTTAAAAGAAAAATAGAAATAAAA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Seq C2 exon
ACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATTCAACTTCAGTGCAAGATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATAATAGACAGACTGACACGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGCCCTTGAATGTGAAAATTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGACATTTGAGAGAAATGTTCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGACCATAAGCATGATGTATACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTATCACTGAAGACAGAGTTCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAAAAAGCTTGAAACAAAAATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAAGAGAAAAAACCTCATAAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCATTCAGTGCTTATTCGACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATACCTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAACACCAGAGAACTCATACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAAAACCTTCACAGAAAGCTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTGGAGAGAGACCTTATGAATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGTACACATCTTGTGCAGCATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGAATGTAATGAATGTGATAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAACATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCATTGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAGCCATATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGAGCACACATCTTGTTCAACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCAATTTTGCTAAACATCAAAGAATTCATATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTCATTCATCAGCTCTCATTCAACATCAGAGAACTCATACCGGAGAGAAACCCTTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTGCAGTTCATCTCTCATCAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCCTGAAAAATTACTGAATGTGAAGAAATGTAAGTTGGTTTTATCACTGTATTAAATACTTGAGTGTTTAGGTGGAAGGCGCATCCATAATATGCATGTGAGGACCAATTCTGTATGCATCTAATTTCATTTGCGTAATACATAGTTTTGAGCCATAAGCAGGTTCTTTATGTCCGTTAATTTGATAATTATGAAATCTAGCCAGCGATTTCAAAATTTTAATCTCCAACGTCCCAAATAGCTATCTGTGGAAATTCAAGAAGTCCCTGAGAGTAGGTAGCAGTACGAACATTGTGAAATCCAGTTTTCCCCTCTCTTGTTTATGTCAGAGCTTTGTTGTAAGCCTCTCACTTTGTAAGGAAATTCTTATTGGGTAGGTTAGGCTGAGGGCTTACATCCTTATCATCAGGAAGACACAATGTTGTTATTTATTACTCCTTGAGATCTAGATACACATATGGTATAATTCATCTAGAGTGTAATTTCTTTTATATTAGCCTTAAAAACCAAAAATGCTGGGTTCAAAGTCCTTAGAATTCCCTTCCTCCCTCAACAAGCTGCTGTCTATGTTGATGACCATAACTGGGATGTATAATATTTACAGACAACTCTAAGTTACGTTCACATGGATTATGTACATCATTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCGGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCTTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCAGTACGCCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCATCATCATTGATTTATGTCATTGTTATCCCTCTACCGCGGAGACCTTCTTTCATTTTCCATTTCCCTGGGAGTTCACGTGAAGTAGTGAATGGGTCAAAATCTTAACAGTGGTTGTTGATCAAGTCCTTCCTTTCTTATCCTTGGCACTGAATAAATCTTTGGTTTTCCATAATCAAAGGGTGAGGGAGACTTCTTTTGTCTACATTATTCAGCTTTCTGAAAGCTATGCTGTGTCCATTTGAGAAAAAGCCCCAGGGATATTGAAGGTCTGAGAAGTTGAGTGGTTCAGTGTGTTATTATATTTAGGGTCCCAGTAAAGAAGAACTGAAGCAACTGTGAGACACCAGGGCATACTTCCCTGTATGAGTGGAAAACAAGGCACGGAAAATAGCTCACAGGATAGTCCTCAACTGACTTGCTTGAGGATAAGCAGCTTCCCTTCGTGAAGAAGTTGCCATTTCTCTGGCCTTCATATTTATCTACTTTTTGTTATTGTTGTCTGTATCGGTTCAATCTCACACTGCTATAAAGAAATGCCTGAGACTGGGTAACTTATAAAGAAAAAAGGTTTAATTGGCTCATGGTTCCATGGGCTGTACAGGAAGTATGACTGGGGAGGTCTCAGGGAGCTTTTACTCATGGCAAAAGGCAAAGCCAGAGCAGGTATCTTCACAGGGCTAGAGCAAGAGGAAAAGAGAGAGGGGAGGTGCTACACACTTTTTATGCAACCAAATCTCATGAGAACTCTATCACGAGACAGCAGTAGGGGGACAGTGCTAAATCATTCATGAGAAACTACCTGCGTGGTCCAGTCACCTTGCACCAGGCCCCACCTCCCACATTGGGGATTACAATTAAACATGAGATTTGGGTGGGGATACAGATCTAAACTGTATCATTACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAACACAGGAAAAGGAACTCACCTCTTTTATCATCTTAGTATTTAGTACTAATGGTTTAGAGCAGGAATTGACAAACTGTGGCCTGGACTCATGGACCAACTCTGGCCCACCACCTGTTTCTCAGAAGAAAATTTTATTGGAACTCAGCCACACTTACTCATTTACATGTTGTCCTTGACTGCCTTTGTGTCCAGTGTCAGAACTGAGTAGCTGCAGCGGAGGTTGTGCCTCTGGGCTTTAATATCACAAACAGAGCAGCTTATAAGCAACAGAAACTTACTTCTCACAGTTTTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGTGTCAACATATTTAGGGTCTAGGGAAGGTCTGCTTCTTGGTTAATAGAAAGCACCTTTCACTGTGTCTTCACATGGTAGAAGGGGAGAGCTCTGGTATCTTCAGCCCCTTATAAGGGCACTAATCCCATTCATGAGAGCTCCACCCTCACGACCTAATCACCTCCAAAAGGCCCCATTTCGTAATACCGTCAGTTAAGTTTCATTATATGACTTTGATGGGGATATAGCCCATAGTAGGTTGTATGTCCCTGAAAGCCTAAAATATTTACTGTTTGGCTCTTTACAGAAAATATTTTCTTGGCCCCTGTTCCAGAGCATTCATCAAGTCAGATAAAGGGTTTAAACCAGTCAGAGAAACTAGGTGGAATGGAAAAGTACTGAGAGATAATTGGGGACAGAAAAATAAAAGAGATGGGAAATGCTGCATCAAAATACTCCTACCTCTAGGATGTTACTATATATTGTTAGGAGAATTCAAGTTATTGAAACTTGCCAAATTCTTGAGTGAAGAGGAATTCATTTGAGAGCCAAAATTTGACTAAGGAAAGAAGACCAACATGGGCTTTCCAAAGTTGAGTTTGAATTCTGCCATCCCCACTAAGCAGTCATGTGACCTTGGAAAAACTCCCTACTCTGAGTCTCAGTTTCTTTATCTGTATTAGGTTTCAACAAAGGGAATAAATCATTGGCTTCTCATGAGGTTGTCATAAGGATTAAATAAGACAATGCATATAAAAGAACTGGCAGACAATAAATATAGAGTCCCCCACTCCTGCTTGGTGCTCTCTTTCTCTCTCCTTCTCTACATAGAGAAGTGCCAGAGCATCCGTCAGTAGAAGTTACTTAAGGTTGGCTGTGTCTTCCACATCTTTTGTTTACCCATGAAGAACTGTGACCATCTTGTTCTGTGTCTTGTCATAAAGATGGGACGTGACTTCTTTCTGCTCTTGCTTCCATCTGGTGCTGTTTTCTGCACAGCCTCCTTGAGACCTTCCAGAACCTTCTTTTTTCCTACTTCATATCACTTAACCAGTAGCTATCTGGGATGGTTCCAGAGGCTGAAGTTTGCAGTTGAATAACATTTTAAATAGTGTTAAGCGACTTGGGATCTCTGGCCCTTTGCGTTTCAGTATTTGTCCTTTTTATGCCTGATGTTTAACCTGCCACATGTTTGTACTGCAACATGAATCTTGGAAATTTTAATGTTATGCATTTCAAATGTTTTTGGTTATCTGTAAACTAAATGTGCCCTTATTGGCTCACTTGTCAATAAAGATGTTTGTATATGTATTGTCAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZNF286A:NM_001130842:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)