HsaINT0186775 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000187607 | ZNF286A
Description
zinc finger protein 286A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13501]
Coordinates
chr17:15708155-15720787:+
Coord C1 exon
chr17:15708155-15708247
Coord A exon
chr17:15708248-15716058
Coord C2 exon
chr17:15716059-15720787
Length
7811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GCATTTCCAATGTCTTTCAGACA
3' ss Score
7.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCCAGTTTCCAAACCTGAGAGCTACAACTTGGAGAATGGAAAAGAACCATTGAAGCTTGAGAGAAAAGCCCCCAAAAGCAGCTATTCAG
Seq A exon
GTGAGCCAGATAGATGGGAGTCTTCATAAATGATAGCCCAGCAGGACAATGAAGAAATACTTTTCAGTGCTTAAGAAAGTGCCTGTGTGCCCTTATTTTTAAATTTTTTTAAAATTCTAAAGCATTTAAAATATATACAGAAGTCCAGAAAATAAAATAACATTCATGTATCCATCACTGAGATTAGACACGTACTAATATTTTGCTTCGTTTGCCTCTTTTCTTTCTTCCTTTCTTTTTCTTACAATATAAAACTAATAATTATACAGTTGGATGAATTTTCACTAATTTAGCACATTCATGTAACGATTGCCCAAATCAAGAAAATAGCCTTACCAGCGCCTCTAGAAGCACCGGTGTGCCCTGTTTCAGGACCCTCCCTTCTCCCAAGGGTCACCTTATCCTAACTTATAGCACCAAGTTTTGACGGTTCTTGAACTTTCTATAAATGGAATCATATTGTATATACTCTTGTGTCTGGCTTCCTTCACTGCACATTAGCTGTGAGATACATCTTTGTTGCTGCATATCATCATAATTTATTCATTATCATTGTATAATTTTTTGTTTTGTTAATATACCCAGTTTATTCTTCTGAAGATGAGTATTTGGATAGTTTCCAGTTTTTAGCTGTCTGAATAATGCCACTATGTACACTTTTTAAATGCCTTTTGGTGAACAAATATATGCATTTCTTCTGGATATATACATACAAGTAGACTTGTTTTATCAGAGGATAGATACATACTCACTTTTGGTAGATAGTGCCAAAGAGGTTTCTAGAGTCATTGTACCAATTACATTCCTAGCAGCAGAGTATGTGCGTTCTAGTTGTTCCACATGCTTGTCAACACTTAATATTGCTTGTTTTCATTTTAGCCATCCTTTTGAGGTGTGTGATGTCTTTTATTTTTTAAGAAATAAAAATATTACATATTCAGTTAAAGCCCTTTTATTCTCAGCTGGGTGTGGTGACTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGAAATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTACAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGACAGGCACCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGGGAGACTGTGTCTCAAAAAAAAAACAAAAAGCAAAGAAAAGAAACCCTTTTATTCTCTTTCTCCCCTAGAAGTAACCATTATATCTTGAAATTGGTGTGAATCATTTCGGTGTTTTTGTATGTGTGTGTATACACAGAGATATATACATATGTATGTAAAACAATCTGTATGTTTTATTGTTACACTTTTTCTTATGTAGTCTGATTTCTTAAAGTTCACATTGTATTTCGATATTAATCTATGTTAATATATATGAATTATGTTATTCATTTTAACTACTGTGGAGTCATAAGTCCACTGTATGAATAAACTGAACAGTTTATTTTTTTTCTGTTAGCAGTTGCAGTGATCATCCTTTTTTTGATTCCTTATGTTCATCTTGAGAGCTGGTTTAGGGAGATAACTGGAAGAAGAATTAGTAGGTCTTAAATCATCACATGTTTAGCTTTACTAGGAACTGCCAACAGTTGAGTTATCAGACTTGTTAATTTTTGTCAATCTGACGGATGCAAAATGATGTTTTAAAATTTTCATTTCTCTGAGTGATAAATACAAGTTTGAGCATTTCATGTTACTTGGCTATTCAAGTTTCTTGTGAGTTACCTGTTGATACCCTTTGCCTGTTTTTTGAGATTGGGCTGTTTATATCTTTTCTCTTGATTTGGTGGAGTTCTTCATATATTTTAGGTACTAATCTATGACAGAAGTAGCATTGCAAGTCAGTGAGAAGAAATTGGTTCTTCTAATCTTTGGCTTATTTTATTTTCTGGTGTGTTAGGCATATAGAATTAAACATTTTTAATAACAAACTTTTTTTTTAAATAGTGCTTTTTGTGAATTGTCTATCTACTTTATCCCAGTGTCAGAAAGATTATTTTATTCCAAAATGTTCAATTTTGTTTTACAGGTATTTATTTTTGTATATGATGAAATGGGAAAACTAATTTTGTCTTTTTCCATGCTGAAAGCCAATAAGTCCAGCATTGTTCATGGAATAATCTTATGTTACTGATTTGTAATGCTACCTGTGGTAAACCCAGTTCCTCAGCATACTTAGTTCTATTTCTTGTCTCTCTGGTTTACTTGTCTGTCTATGTCTAATACCAGACTGTTTTATTTACTATACTTAGTATTATATATAGCTCATAAAGAAAATCCTTCCTGGATATTATTATTTTTAAAAAAGTTATACTTTTGAATATTGAAAGAGTTTAAAAATCTTTCCGTGATTATGGATATATCTGTTTCACCCCAGAGACCTATTAGTTTCTGTGACTTACCCACTCACCACCCATCTCCCTTTTTTGGGGTATTGCAGTTTTCATAGTGATCTGTTAAGAGGTCCTTATATATGAGGTTTTTACCTTTTCTTATGTTACAGATATTTTTTCTAGTTTTTGACTTTCAGTTTTGCTATGCATTTTGATGTACAAGTTTAATTTTTTTTTTTTTTGACGGAGTCTTGCTCTGTCTCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCGGCCTCCACCTCCTAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATACGCCACCAAACCCGGCTAATTTTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGGTGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCCTCAAGTTTAATTTTTTATAATCTTTTTTTTTCTGCCTTTTCAGTGCTGCTTAAAATGTGTTTCATTAATCCAAGGTTACATATATATTTGCCTCTGTTTACTAGTATATTCTTTAATTTTTTCTTTAGATTCTTAATCCATTTGGAATTGCTTCTTACTTCTCTGAGTGTATCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGAACAATTAAATATTCTAATTACTCAAAATTTGATTTTAATCTCCCTTCCTTTTGTATACCTGGAGTCATAAACTTGAGTACTTACATGGGCCAGGAGGTAATAACACTGAGTTAAGCAAGCAAGGTGGAAACTGGTGAACCAGAGGAGTACAGGCCTCAACTGAAAGGAGTGGCTCTAGCTCAAGGGCTGGCAAGCTTTTTATGTAAATGGCTAGACAATAAATAATTACCCTTTGTGGGACATGGTGTCTCTGCAGCCATTCGATCTTCCACAGTAGTATGAAAGCAGCCCTAGAAAATGCATACATGAATGGGTATGTTCCAGTAAAAAATTATTTAGCAAAGTAGGCAGCAGGCTGTAGTTGCCAATCCCTGCTCTAAATGGTGGTTGTTGTTCAGTACGCTTCCAGTTTTTTTCAAGAGAGAAACTCTAAATTTGCATTTATCTGTAATCTGCCCCCCCCCCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCGGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCGGGATGATCTCAGTCTCCTGACCTCATGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGTCCAGCAATAATCTCCCTATTTTTAACTGTGTATAACTAGTTTTAAAAGTTTGTATAAAAAGTGTGGCCCAGAGAAAATGTGTCTAAGGTCTGATTTGGCCAACTGATCAACTGTTTGCAGCCTCTACTTACTACTTCATTAGTCTCATCATTCCCACAACCAGTTACCTTCTATCAAGATGAGTCCCAAATTGGTATTTCCATCCTAGAGCTCTCCTCAGGGCTGTTCTCAACATCTTAACTATTTGATTCCTTTGTTTGCTTATGTCAAAGATACTTCAATACAACATGTTTAAAACTGAATGTCTAAAATAAGTCTAAATTTCCCATCTCCCCAACAGCATCCTTTTCCAGTAATTGTTTTAATGGTACTTACTGTCATCAAATTGTACGTGGTGGAAATCTACGCACAGTCTTTACATCACCCCCTCTCTCCTTTATCCAATTAATCACTGTATTTACCTAATTATATTCTAAGTATTTCTTCACTGTTAATTTTCCTTCATATATTTTTTGTTTTCCTGGATTACTGTGATAATCTTTGTGATTCCGCCTTTGCCCTCATATACTTCATTCTCAACATTGTAGTGAGACTGATATTTTCATAATCAAATCTCATCTTGTCATCACTCTGCTTGGAACATTTGAATGGCTTCTCGCTGCCTTCACGGTAACAGACAAAATCCTGGAGGTCTACAAAATCTTGTGAAATCTGGCTTTTACTCATTATCCCAACCTCATTTCACAGCTACTCTTCTTCCATCTCTGTGCTCTAGTGTAGCAGTTCTGAATGCTTTGGCATCAGAGGACCTACTGTAACTATAAAAATTGTTAAAGACCCTAAAGATGTTTGATTTATGTAGGTTACATCTACCAATAGTTACTATACTACAAGTTAAAACAGAAAAATTTTAAGCTATTAGCTAATTCATTTAAAAATAATTGGCCGGGTGTGGTGGTCCACACTTGTAATCCCAGTGCCTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGGTTGATTGAGCCCAGGAGTTAGAGACCAGCCTGAGCAATAAAGTGAGACCCCATCTCTTAAAAGAAAAATAGAAATAAAA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Seq C2 exon
ACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATTCAACTTCAGTGCAAGATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATAATAGACAGACTGACACGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGCCCTTGAATGTGAAAATTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGACATTTGAGAGAAATGTTCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGACCATAAGCATGATGTATACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTATCACTGAAGACAGAGTTCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAAAAAGCTTGAAACAAAAATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAAGAGAAAAAACCTCATAAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCATTCAGTGCTTATTCGACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATACCTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAACACCAGAGAACTCATACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAAAACCTTCACAGAAAGCTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTGGAGAGAGACCTTATGAATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGTACACATCTTGTGCAGCATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGAATGTAATGAATGTGATAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAACATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCATTGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAGCCATATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGAGCACACATCTTGTTCAACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCAATTTTGCTAAACATCAAAGAATTCATATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTCATTCATCAGCTCTCATTCAACATCAGAGAACTCATACCGGAGAGAAACCCTTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTGCAGTTCATCTCTCATCAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCCTGAAAAATTACTGAATGTGAAGAAATGTAAGTTGGTTTTATCACTGTATTAAATACTTGAGTGTTTAGGTGGAAGGCGCATCCATAATATGCATGTGAGGACCAATTCTGTATGCATCTAATTTCATTTGCGTAATACATAGTTTTGAGCCATAAGCAGGTTCTTTATGTCCGTTAATTTGATAATTATGAAATCTAGCCAGCGATTTCAAAATTTTAATCTCCAACGTCCCAAATAGCTATCTGTGGAAATTCAAGAAGTCCCTGAGAGTAGGTAGCAGTACGAACATTGTGAAATCCAGTTTTCCCCTCTCTTGTTTATGTCAGAGCTTTGTTGTAAGCCTCTCACTTTGTAAGGAAATTCTTATTGGGTAGGTTAGGCTGAGGGCTTACATCCTTATCATCAGGAAGACACAATGTTGTTATTTATTACTCCTTGAGATCTAGATACACATATGGTATAATTCATCTAGAGTGTAATTTCTTTTATATTAGCCTTAAAAACCAAAAATGCTGGGTTCAAAGTCCTTAGAATTCCCTTCCTCCCTCAACAAGCTGCTGTCTATGTTGATGACCATAACTGGGATGTATAATATTTACAGACAACTCTAAGTTACGTTCACATGGATTATGTACATCATTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCGGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCTTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCAGTACGCCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCATCATCATTGATTTATGTCATTGTTATCCCTCTACCGCGGAGACCTTCTTTCATTTTCCATTTCCCTGGGAGTTCACGTGAAGTAGTGAATGGGTCAAAATCTTAACAGTGGTTGTTGATCAAGTCCTTCCTTTCTTATCCTTGGCACTGAATAAATCTTTGGTTTTCCATAATCAAAGGGTGAGGGAGACTTCTTTTGTCTACATTATTCAGCTTTCTGAAAGCTATGCTGTGTCCATTTGAGAAAAAGCCCCAGGGATATTGAAGGTCTGAGAAGTTGAGTGGTTCAGTGTGTTATTATATTTAGGGTCCCAGTAAAGAAGAACTGAAGCAACTGTGAGACACCAGGGCATACTTCCCTGTATGAGTGGAAAACAAGGCACGGAAAATAGCTCACAGGATAGTCCTCAACTGACTTGCTTGAGGATAAGCAGCTTCCCTTCGTGAAGAAGTTGCCATTTCTCTGGCCTTCATATTTATCTACTTTTTGTTATTGTTGTCTGTATCGGTTCAATCTCACACTGCTATAAAGAAATGCCTGAGACTGGGTAACTTATAAAGAAAAAAGGTTTAATTGGCTCATGGTTCCATGGGCTGTACAGGAAGTATGACTGGGGAGGTCTCAGGGAGCTTTTACTCATGGCAAAAGGCAAAGCCAGAGCAGGTATCTTCACAGGGCTAGAGCAAGAGGAAAAGAGAGAGGGGAGGTGCTACACACTTTTTATGCAACCAAATCTCATGAGAACTCTATCACGAGACAGCAGTAGGGGGACAGTGCTAAATCATTCATGAGAAACTACCTGCGTGGTCCAGTCACCTTGCACCAGGCCCCACCTCCCACATTGGGGATTACAATTAAACATGAGATTTGGGTGGGGATACAGATCTAAACTGTATCATTACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAACACAGGAAAAGGAACTCACCTCTTTTATCATCTTAGTATTTAGTACTAATGGTTTAGAGCAGGAATTGACAAACTGTGGCCTGGACTCATGGACCAACTCTGGCCCACCACCTGTTTCTCAGAAGAAAATTTTATTGGAACTCAGCCACACTTACTCATTTACATGTTGTCCTTGACTGCCTTTGTGTCCAGTGTCAGAACTGAGTAGCTGCAGCGGAGGTTGTGCCTCTGGGCTTTAATATCACAAACAGAGCAGCTTATAAGCAACAGAAACTTACTTCTCACAGTTTTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGTGTCAACATATTTAGGGTCTAGGGAAGGTCTGCTTCTTGGTTAATAGAAAGCACCTTTCACTGTGTCTTCACATGGTAGAAGGGGAGAGCTCTGGTATCTTCAGCCCCTTATAAGGGCACTAATCCCATTCATGAGAGCTCCACCCTCACGACCTAATCACCTCCAAAAGGCCCCATTTCGTAATACCGTCAGTTAAGTTTCATTATATGACTTTGATGGGGATATAGCCCATAGTAGGTTGTATGTCCCTGAAAGCCTAAAATATTTACTGTTTGGCTCTTTACAGAAAATATTTTCTTGGCCCCTGTTCCAGAGCATTCATCAAGTCAGATAAAGGGTTTAAACCAGTCAGAGAAACTAGGTGGAATGGAAAAGTACTGAGAGATAATTGGGGACAGAAAAATAAAAGAGATGGGAAATGCTGCATCAAAATACTCCTACCTCTAGGATGTTACTATATATTGTTAGGAGAATTCAAGTTATTGAAACTTGCCAAATTCTTGAGTGAAGAGGAATTCATTTGAGAGCCAAAATTTGACTAAGGAAAGAAGACCAACATGGGCTTTCCAAAGTTGAGTTTGAATTCTGCCATCCCCACTAAGCAGTCATGTGACCTTGGAAAAACTCCCTACTCTGAGTCTCAGTTTCTTTATCTGTATTAGGTTTCAACAAAGGGAATAAATCATTGGCTTCTCATGAGGTTGTCATAAGGATTAAATAAGACAATGCATATAAAAGAACTGGCAGACAATAAATATAGAGTCCCCCACTCCTGCTTGGTGCTCTCTTTCTCTCTCCTTCTCTACATAGAGAAGTGCCAGAGCATCCGTCAGTAGAAGTTACTTAAGGTTGGCTGTGTCTTCCACATCTTTTGTTTACCCATGAAGAACTGTGACCATCTTGTTCTGTGTCTTGTCATAAAGATGGGACGTGACTTCTTTCTGCTCTTGCTTCCATCTGGTGCTGTTTTCTGCACAGCCTCCTTGAGACCTTCCAGAACCTTCTTTTTTCCTACTTCATATCACTTAACCAGTAGCTATCTGGGATGGTTCCAGAGGCTGAAGTTTGCAGTTGAATAACATTTTAAATAGTGTTAAGCGACTTGGGATCTCTGGCCCTTTGCGTTTCAGTATTTGTCCTTTTTATGCCTGATGTTTAACCTGCCACATGTTTGTACTGCAACATGAATCTTGGAAATTTTAATGTTATGCATTTCAAATGTTTTTGGTTATCTGTAAACTAAATGTGCCCTTATTGGCTCACTTGTCAATAAAGATGTTTGTATATGTATTGTCAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000187607:ENST00000464847:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.565 A=NA C2=0.164
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains