HsaINT0187532 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000189164 | ZNF527
Description
zinc finger protein 527 [Source:HGNC Symbol;Acc:29385]
Coordinates
chr19:37871179-37883966:+
Coord C1 exon
chr19:37871179-37871274
Coord A exon
chr19:37871275-37879207
Coord C2 exon
chr19:37879208-37883966
Length
7933 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GCTTTCTTGATATTTTTCAGACT
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTCCATTTCTAAGCCCAACATGATCTCCTTACTGGAGCAAGGGAAGGAACCGTGGATGGTGGAGAGAAAGATGTCACAGGGTCACTGTGCAG
Seq A exon
GTGAGTGACAGATCACCAGGCAGGGAGGACTATTGTAAGGTACTCAACCAAGTAGTAAGTAGGAAACTGTTTTGAGCTTCAGGTGGGATGAGAACTGAAATCTCCATAGTATGTGCTTCCCTAGAAACCTCACCACACCCTGGGGTTTTTTCTTTTTCTTTCCATCAAATTATACTCTCCGGTCTTCCACCTATACCTTGAATCTCAATCCTTCTCAGCTCTTCTTTTCCTTTTATGGTTAGAATTGTATTACATTTCTAGATTTCTTTTTCAGAGTTTTTATTTTTATCAGAATTATCAAAGATATGTACACACAGTGTTTAAAGAATCAAGTAGTAGTATTAGGTTGGTGCAAAAATAATTGCAGTTTTGCCAAAAAACGCAATTACCTTTGCACCAAAAAGCCTATACAAGGCTTTTTCCCTTAAAGAAGGAATTCTTGTTCCCGGCTCCCCAGTTTCCCTCTTCCTAGAGCGATCCACTTTCTTTTCTTTTGTAGTTTATTTTGGTGTTCCCTTCATGTCTCCAAAAATATGTTAATGTTGCTACTCTTGATTTTTTTTCAGGGTGAGCCCTTATTCGGTATCTTCTTATAAGAAAATAAGGAGTTAGCACTTTCTTCTCCTGAATCCAACACATAAGGCACACACACAAATACACACATTTCCCATCCCCTATCTTATCAATGTCATCATTTTGATTAAGTCACTATTCAGCATTTATTTTATTATGGCCATTTAGTGCTAGTCATAGCTGTGCTGTGCATATGGCAAGTTACTTTTTCTCTACTCCTTTTTATTTTTCCTGGAGTTAATAATGACTTGGGAATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTCAGTTTATATATACATAACCCTAATCCAGTTCCCGACTTACCATCAATTGTCTGAGTCTTTCAAGATACTTGGACATATTAGGTGATCTATCCACTTCATCTTCTTGGAGAAATCTCTCCTGGAATCCTCAGATACGCTTCACTCTACACAAATGGCTCATTATATTTGCATGCACTCAATTTGGATCTATCTGATTTATCTGATATTTTCTCATAATTAGATTGAGGTAGTGCATTTTTGCAAAGAATGTCACAGAAATAATGTTGTATCTCTCTCAGTGCATCATTCCAAAGGATGTATAATATCGATATGTCTTATTATCGGTGATGTTAACTTTGCACACTTAGTGAAGGTAGTGTCTGCTTGGTTTCTCCATTATAAAGTTCTTATTTTTCTATTTGTAGTTAATAAATATCTTGGGGGAGATACTTTGAGATTATTCAGTTTCTTCTGTAATTTTTGCCCATTTATTTTAGCATTTATTGCTGGATCTCTTCAACTATTATTACTGTGGTATTAACCTAATGTTGATTTGTTCCATTTCCCTCTTTTCTTTGTGTATATTAATTGGGATTGTTCTGAAGGAAGAGCTGCTCTTTCTCCTCCATTTACTTATATATTCAATTATATTTATGGATTTTTTTCCTATGAGGTAAATCTAATTTACCTCATAAAATTTAATGACTTCATAAAATTTAAATGGATTTATTTTTGGATTTATGGATTTTTATTTCTATGAAGTAAATCCAATGAATCATTATGTTTCTCAAATCGTTCCAGCTTTGAATGTTGGAATCTCCTTCACATTGGTTCCTTTGACCTTCTGACATGCCCCCATGCATTTTTTGGGCACGTCCTTCCTTCTGGCACAAGGTATTCCAGGTTCTCTTATTTTCCTTGCCCCAGCCTTGAATCAACCACTTCTCCAAGGAGCCCTCATTGCTTTATTGGGAAATGGTGTTTAGAAACCAAGCTAGGTATGCTCTAGGCTACTGGGATATCACTCTTTCTGGCCCTGACAGCAGCTAAAGCTAGGAAACAGATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATTTACACACACACCCCTATATTTATTTCTGCCTCTTTTTTTCCCATTTTTTATTACCTCTATCTTTTTATATACTAAAACTATCAGTTTATATTAATAACTTGATTTCTAGTCCTGCTTTACAGGGTTTATTGTAGCCTTCCTCCTTGACTTATTTGTAATTTCTTTTTCTGATAATGAGAAAAAATATATTTACCTATTTGTTCAATTTTAGTATACACATAAAGTAGTTTCAGAATTTCTAACTTACTTCTCTGTGAGAAACAAATTTACCAACTAGATTTAGGTATTTGTATATAGTACTTTTTGTTTTAGTCTTATAGTGTCCAGTCAAAATACTATTTCCAAAATTACTTAGGTTGGTTATTTCAGGTCCATTTGTTACTGTTTTTGTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGGGTAGCTGTGACTACAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCCGTGCCAGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTTATGAGCCACCATGCCCGGCCGTATATACGTAGTTTTATAAGGAATTGCTACATTCCCCTCCAGAAAAGTTGTCTGCTTAGTTTTTTTCCTGCTGTAACAAATTAGCACACATTTAGTGGCTTAATCCAACACAAATTTATTGTAGCTCTGGAGGTCAGAAGTAAAAAGTAGGCCTTACAGAGCTAAAATCAAGATGTCAGCAGCCTATATTCCTTCCTAAAACTGTATGGGAGAATGCGTTTCCTTGATTTTTTATGCTTTTTTTTTGAGATGGAGCCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCCAGGTACAAGGGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCTCACCATCATGCCCAGATAATTTTTGTAATTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGTTGATCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCTTCTTGGCCTCCCAATGTGCTGGGATTATACAGGTGTGAGCTACCACACCCAGCTGATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTTCTCTTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTATCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGTACCACCACACCCAGTTAATTGTTGTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCTGCTTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAGTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCTATTTTCCACTTTTTAAAATAACTTTAAGTGTAGGGCTTATATACAATACAGATTTGAGTTTTACTATATAAACCAATCTGATTTTCTTTTCATTTTAATAAGTGAAAGTCTAATTACATTTTTGGTAAATTTGGGCTTAATCCTATATATTGTCTTATGTTATATTTTCTGGGTTTTATAGTTTTTAAAAAGCACTTTCAGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCAGTCTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAAGAATTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGCAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGTGTTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTAGGAAAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTCGCAGTGAGCTGGGATCGCGCCACGGCACTTCAGCTTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCGGAAAAAAATTAAAAAGTAAAAATAAATAAATTAGCCTGACATGGTGCTGTGCACTTATTATTCCAACTACTTAGGAGACTGAGGTAGGAGGGTCACTTAAGCCTCGGAGGTCAAGGCTGCAATGAGCTGTGATAGTGCCACTGGACTCCAGCCTAGGCTAGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAACAAAATGTGTACCTTGAAGTAAAATTGCTGGAACATGGAAGTGCATGTTTTAATTTACAAGATACTCAACTTGTTCTGGGAAGTGATTGTATCAGTTTATGCTCGTACTAACAATGACAGTGTCTGAGAATGGCATTTCCTTCCTCTCTTGATATTCTTCAACTTAAGCTTTTGATATTGTCCTTAATATTGTCTAAGTGAAATTTCTGCTGATATGAGGAAGGGAAATGCTGTTATGGTTTTAATTTACTAGTGATATTATTGAGCATCTTTCCAGGAATGCATTGTCTATAAAGTTTTTCTCTTCTGTGAATTACCTGCTCATACATTTTTTTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGTTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAGCCTATACCTACGGAACTCAAGCAATCTTCTCACCTCAGCATGCACACCACTGCACCTGGTTAATTTTTTTGTTTATTTTTCTTGTAGAGACGAGGTCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTAGCACTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCATCTTGGCATCCCAAACTGTTGGGATTACTGGCATACTTCCACTTTTGGAGAATTAGATTATTTTTCTTTTTCTTACTGATTTGTAGTAGAACTAAATTCTGGGCATTATTCATTTTTCTATGATATATGTTTTAGTTGTTTTTTCTCAGATTGTCCCTTGCCTTTTGACTTTGTGTTTTCTCCCGCACACAAGTTTTCAAGGTTAATGTCAAATTCATTCCTTTCAACCAGATGTCGTCAGGATGGTAGTGAGGAGGTCATGCTCCCCTTCACTGTGTTCTCTGTGTCTTGCAGGTTTT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Seq C2 exon
ACTGGGAGTCTTGGTGTGAAATTGAGGAATTATCTCCAAAATGGTTCATTGATGAAGATGAAATATCCCAGGAGATGGTAATGGAAAGGCTAGCAAGTCATGGCCTTGAATGCTCCAGTTTCAGAGAAGCCTGGAAATATAAGGGTGAATTTGAGCTACATCAGGGAAATGCGGAGAGGCATTTCATGCAAGTGACAGCTGTTAAGGAAATCTCTACTGGGAAAAGAGACAATGAATTTAGTAATTCTGGGAGAAGCATACCCCTGAAATCAGTATTTTTAACACAACAGAAAGTTCCTACCATACAGCAAGTACATAAATTTGATATTTATGATAAACTCTTCCCCCAAAATTCAGTCATAATTGAATATAAAAGACTCCATGCTGAGAAGGAATCTTTGATAGGTAATGAATGTGAAGAATTCAACCAGAGTACGTACCTTAGTAAAGATATAGGAATTCCTCCTGGGGAGAAACCTTATGAAAGTCATGATTTTTCAAAGCTCTTAAGTTTCCACTCATTATTTACTCAACATCAGACCACTCATTTTGGAAAATTACCCCATGGATACGATGAATGTGGTGATGCCTTTAGCTGTTACTCATTCTTTACTCAACCTCAGAGAATTCACAGTGGAGAAAAACCATATGCATGCAATGACTGTGGAAAAGCCTTTAGCCACGACTTCTTTCTCAGTGAACATCAAAGAACTCATATTGGGGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTAACAAAGCTTTCAGACAGAGTGCTCACCTTGCTCAACATCAGAGGATCCACACTGGAGAGAAACCGTTTGCGTGCAATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCCGTTATGCCTTCCTTGTTGAACATCAGAGAATTCACACAGGTGAGAAACCATATGAATGTAAAGAATGTAATAAAGCCTTCAGACAGAGTGCTCACCTTAATCAACATCAGAGGATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATCAGTGTGGAAAAGCCTTCAGCAGACGCATAGCCCTTACTCTACATCAAAGAATTCACACAGGAGAGAAACCCTTCAAATGTAGTGAATGTGGGAAGACCTTTGGCTATCGCTCACACCTGAATCAACATCAGAGAATTCATACCGGAGAAAAGCCCTATGAATGCATCAAATGTGGGAAGTTTTTTAGGACTGACTCACAACTTAATCGACATCATAGAATTCACACTGGAGAGAGACCATTTGAATGCAGTAAATGTGGGAAAGCCTTCAGTGATGCTTTAGTTCTAATTCACCATAAGAGAAGTCATGCAGGAGAGAAACCCTATGAATGTAACAAATGTGGAAAGGCCTTCAGTTGTGGCTCATATCTTAATCAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAGTGAATGTGGGAAGGCTTTTCATCAGATCTTGTCCCTAAGACTACACCAGAGAATTCACGCTGGAGAAAAACCTTATAAATGTAACGAATGTGGGAATAATTTTAGCTGTGTCTCAGCCCTTAGACGACATCAGAGAATTCATAATAGAGAAACGCTCTGATTATAACAAGTATAGGAAAGAAAACATGTGGTTACCACTCAATCCTTATTAAATATTAGTGAGTTCTTTTTGGTTAGTAATTCTTTGAATGTAGTTCATATTTCAGTTCATGAGTATCCGTTATTTGAAGTAGCTCAGTAGTAGACATCTGTTACTTTTTTTTTTTTCAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTAATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACATTGGTCAGGCTGATCTCGAACTCCTGACTTTAGGTGATCCACACGCCTCAGACTCCCAAAGTGCTGGGATTATGGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCACATCTGTTACTTTTTGATCTGTTCTATACCTGGCTTAGCCCACCCTCAATGCATATGATTCAGATGAAACTGTTAATCAGGGACAGCAGTGGACTGGTCACAGGCTGGCCAATTATTTCCCCCAACCTAGTGATAAGGGATTGGCAAATGGCCCTGTCTGGATCAATGAAGTCCTTTGCGGGTATTCCTATGGGCAGTAAGAGAGGTTTTATTCTGGAACTGCAAGTTTCAAGGATTTAATAAGATTAAAAACTCACCAGTAGCCTTTTTGCCACTCATGAGGAAAGCTTTCCCAAAGAGAAATCTAACAGAGGAAAATGGAGATGAGAGACAGAAATATGATGATACAGCTTGATCTCCTGGATCCAGTCATTCCTGACAGCTACACCATCACCATCCTTTTTCATTTTTTGTGATCCAATAAATTTCCTTTTTTTGCTTAATTTGGATTATATTTTTGCCTCATGGAATTAGAGTGCTGATTCACACATTCTATGTTTGCTATACATAAAAGAAAGCCTTAATTTTTTACGTGGCATAATTATTTATCCTGAGGAGCAACCTTCTGATATAACAAGTTTATGAAAGTTGAATACACAGCCTTCATAAAACTGAGATAATTGTTACATTTTATTTGTCGATAAAACTATTTTAGTGTTTCTTAGTTTTTTTCACATTATGGCTGAATATTTTAAAATTCACCAAGTAAAATTCTTTAACAGGCTTCCCCTTAAGGAGTTAAAATCATTTGTCACAGTGACTCACCATTTGCCTGTAAAGAGAGAATGGAAAGCTAAGAGAATAATACTTTCATTTGTTTAATGAATGGCTCTTCATCTTCAAGGAATTACTTGATTTTCTTCTTTCAGTATGGGTCTAAACATATTCTGTGGCAGAATATAATAACAATTAAATTGTAAATGAGGTCTTTTGTGGGTGGGCTCTAAATTTGGTTTAAGACCCAGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCGAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGCGTGCTTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGGTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAAGTGGAGGTTACAGTGAGCGAAGATCGCGCCATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATTTGGTTTAAGAAGTGTATGGATAACTTCTTTGCAGCTAGAGATATCAAACAAAGATATTGCTGGCAGAAAGAATGAGTCATTTTTAACAAATGGTAAAAGTAAAGCAGTTAATGCCTAAAATTTTTAGAGACTAAATCATTTCCATTATTGGGAGTAATGAGGAAGATGAAGGTGTAGGGCAATACGTTTCTTTTTTATCTGAGTGGATATAGGGAAATAAACTGGTGATATGGCAGCTGGGCCATCTTGAATAGTGAGAACCAGTAAGAATATTGGGTATTGCCTGAAGAGCATCTGTAAAAACATATCAGAACAAATGAAAGAGGAAAGAATGAAGGATTTATATGTGTGCATAGAGTGAATATATGTGTGCATAGAGTGAAATATTCAACTTATACTTATTTCTAATAAAATCTGAAAATTATTTTTCATAAATATTCAAATTCCCTTTAAACAGCTTAAAATACAGATTTAGTGACTCAGTACTTCAAACCTTGAATAGAAACAAATATGATTATAAAATATTTCCAAACTTATGTTACATCTAATCTGAAACATATTAATATTATAAGCTTAATTCATGTCATCATTTCTTTATTTTTTATTATATTTCCTGGAGGTATAAGGATATTTATTTTTATAATTTCCAAGCACTGAGTAATAATTTATTTCAGAAAGTTTCAGAAGGTTACAGTAAACTTTACCAAACTTGAAGAAGAATGACTCAGATCAGTAAGAAGAGTCTGAGTTACTCACTAATTGATTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTTATCCAGGCTGGAATGCGGTGACACAATCATGGCTCACTGCAGCCTCAACTTCCCAGGCTCAAGCGACCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCTCTACCACACCTGGCTAAGTTTCGCGTTTTTCTGTAGAGATGGGGTTTCGCGAGTTGCCCAGGCTGGTCTCCAACTCTTGGCCTGAAGTGATTTGCCCATCTCGGCTTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGGGATGAGTCACTGTGCACAGCTACTAATTGATTTTTGATCTATGTATGGCACCTGATTTCATCCTCGAGAGTGACGTAAACCTAAGCTACTGGTTCATTCTCTGTTTATATAGTTAAACTTCACTTGTAATGTTGATAAAATCTTTTGTACCCATGTGTTTAGCTTCAGTGTATTTTACAATCTGATGTTTCTCCTCACAATGAAGTACTAAATTTTGTTTCTTTTCAACTGTACAACCCATTGTCTTGTGATATATTGACCTGATCTCTTAGGATTAGTGAAAATTTATGCTTTATTAATATTTGATTGTTATTAGGACCATCTAGAGATTTCTGTTTATGTGTGTGTATGTGCATCTGAAGATGTGTATTTTATTTAAATTTTTTGTATTAAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000189164-ZNF527:NM_032453:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.013 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(2.6=11.1)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)