HsaINT1047401 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000130684 | ZNF337
Description
zinc finger protein 337 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15809]
Coordinates
chr20:25674215-25685662:-
Coord C1 exon
chr20:25685567-25685662
Coord A exon
chr20:25677038-25685566
Coord C2 exon
chr20:25674215-25677037
Length
8529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
ATTGTTGGTCTATTCTCCAGGAA
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTCTCCATTCTAAACCAGAACTCATCAGGCGGCTAGAGCAAGGGGAAGTGCCCTGGGGAGAAGAGAGAAGACGCCGGCCAGGCCCCTGTGCAG
Seq A exon
GTGAGGGGATAGACAGGGCAGACAGAGCACAAGGCACTCCGCCTTTCAGGAGGGAGGAGGCTTCTCTGAGGCCAGGGGACCTGGAAGCTGTTCTGGCCTCCTTGGCTGCTCTTCAGACCACCTGGCCCTGCCTTCCTTCCAGTCCTTGCTGAGTGAGAGGTTCTCCTGAGGTCCCTGGACTCCTTCTCCCAGGAAGCCTCCTTTCCCCCTACTTGCTAGACTTCTTTCTCCCACTCAATCTCCTCATTTGTGACTTTCCTCGTGACTGCCCGACTGCAAGCCTAAGTCTATTGCCCCTTCCTGATACTGTCCAGGTATTCCTATTTTAGCTTCTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAATTATTTTTCTGTGTAAGTAAATATAAATTTTTTGATACAATTTGCATCTCATTCTTCTATATACTGATTTTCTTTTTTTTTTTTAATTTAAGTTCTGGGGTATATGTGCACAACATGCAGGTTTGTTACATAGGTATACATGTGCCATGTTGGTTTGCTACATCCATCAACTCGTCATTTACATTAGGTGTTTCTCCTAATGCTATCCTCTCCCCTGCCCCCTACCCCCCAACATGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTTTCATGGTTCAACTCCCACTTATGAGTGAGAACATATAGTGTTTGATTTTTCTCTTCTTGTGTTACTCTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGTTTCATCCATGATCCTGCAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGCCACATAGTATTCTATGGTATATATGTGCCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTGGGTTGGTTCCAAGACTTTGCTATTGTGAAAAGTGCTGCAGTAAACATACCTCTGCATGTGTCTTTATAGTAGAATGATTTATAATCCTTCGGGTATATACCCAGTAATGGCATTGCCGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATCGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCACCAACAGAGGAAAAGCATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCAAGCATCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCGCCATTCTAACTGGCGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTTTTTTTAATTTTTTTTAATATTTTTTATTTATTTGTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGTGCTGCACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAGTGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCATCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTATTTGTCCTTGAGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAACTTCATCCATGTCCCTGTAAAGGACATGAACCCATCATTTTTTACGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGTATAGTGCTGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATATTCCTTTGGGTATATACCTGGTAATGGGATGGCTGAGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTATGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCTAAGTTTGTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGGAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCATTTTTTGATGGGGTTTTTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTAAGTTCTATTTTAGCTTCTTAAAACCTCTGTCCGTTATTCTCCTTCTTCAATTCCCATAGCTTTTTTTCCTTGTCGTTTAATGTTTTAAGCAGTACTACTGTTGCCAGAGGTCACTTCACCTTCCTCCTTCCCCCATTTCCCCCAGATGTACTGCCTGAGTGGGGCTGTGGTCTAGAATTGTGCACCCTCTTAAGTCCCTGTAGTCACCGCAGTGGTTCATCAGGACTCATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATTCTTACCTCTAGGGTGGACTTGTTCTCTCTTGGAGCAGTTTTAGTTCACAGTTAGGCCCTGTGTTCCTCTCTTCTCTTTTCATGCTGTTTTACTGGCTTTCCTCACTCCTCACAGTGGGACCACAGGAGACTGCTGAAAAGTGGTGTTAAGTTTTCTGCTTATGACAATGATAAATTTAGTTTTCTCTATCTTGTTATGTGTCAGTTTCAGGGGTCATCTGTTTCTATTGACCTTTATATCCTATTTGGAGAATGTGTGGACAGATTTAGCCTTACACAGCTGCAGTTCTCCTCGAGTACTTGGAAGTCTCTTTTATGTCTTGTTTAAGAAACCCTTCCTAGATCAAGTTTATAAAGATACAAAGATTTAAAGATATAAAGTTTTTTTTTTTTTGAGTCGGAGTTTCACTCTTGTAGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTTGGCTCCTTGGAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGTCTTAGCCTCTTGAGTAGCTGGGACTACATGTCCTCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATAAGCCACCATGCTTGGCCAATATATAAAGATTTTTGTTGTTGTTATTTAACTCTTCTGTGGCTTTATAGTTTTTTTTGGGAGGGCAGTTTGAACTATCCAATACTTGAAAAGATGATTTTTACATCTTCTATATTCATAGTGGATTGTTCCATATCTACTAAGTTTTGTAGGACTTTATATATTTTAGCCTACTATTAAATACATGCAGGGTTAGAATTATTATAATTTTATTGGCTCACAGGGAATCTTGTGTCCTCTGTACTTTCACCCTCATCTCCCATTCCTGGATTATTTTGAAGCAAATCCTGGTCATCATATTTCATCTGTAAAACCTAATAATAGTTACTGTATTATAATCTATTTCGTTTAATATTAATATTAGTTCCTAAGATTTTTTTTGGTGACTGTAACCCTCATTTAACTTTCCTTATTTCATGGCATATATATTTTGAGTTTACATCCTATAATACTTCCTTTCCTCCAGCATTTTTTTGTGAAGCAAATGTTGAACAATTATATTTTGGTGGATACTAAAAAGTTGAAAGGCTTATAGAATGAACACCTGTCGATCTGCCACCTACAGTCAGCATTTAGCTTTGTGCTCCGTATTCTTTATCGCTTACTTACCCAGCTGTGCATTGCTCTCTCCATCCATAAGTCCATCTTCCTTTTGATGCTCTTTAATATTGTGGACATCATTATCCTTTACGCATAAACACTTCAGCATGCATATCAATAAGTAGTATTATAATGTTTCTTTGTGGTTCTTTTTAGGATTTATATAAGATGCATAAATCTTAAGTGTAACATTCAGTGAGCTTTGACATATGCATAACTTTGTGTAATCTGGACCCCTATGACAACACAAAAGAATTACTCTCACCCCAGAAGTGCTTTTGTGCCTTTTTCCAGTCATTTCCTGCCCCCACGTCCACCAGAGAAAATCACTATTCGGATTTTGTTCAATATGCCTTAATTTCACCCATCTTAGAACTTCATGTAAGTGGAATTACACAGTATACTCTCTATCAGAAAATTAGCAGGTTGATTTTTTTTTATGGTTATTGTTGTTGACTTTGTCCTATTGTCTGCAAAAAAAGCAGGTTCATACAGACTGTGGAGTTCTTTCCCATTCCTTGCTTCCCACCACCCCATAAAAAATGTGGGGGCATCCACTGAGAAATTTGGAGCTGGCCTGAGTTTTCACGTGCATAAGGTCTCTGCTTTTGGATCGGGGCCACTCCCTCAGTTTACATAGGTGGGAAGGGACTCCTCTGTCATCTTGAGTATCGTAGAAATGACGAAATATCATAGACTGGGAGGCTTAAACAACAGACATTTATTTCGTACAGTTCTAGAATCTGGGAATTCCAAGATGAAGGTGCTGGCACCTTTGCTTCATTGTGAGGGTCCCCATCCTGGCTCACAGGCTGCCGCCTCCTTACTGTGTCCTCTCATGGGCTCACCCCACGATCTCAACTAAACCTGTTTATCTCCCAACAACTCCACCTCCAAATACCATCACATTGGGGGTTAAGGCATCAACATATGAATTTGGGGGGGATGCTAATGTTCAGCCCATTATCAACTCCCTTCTCTCGCCCCCATATCAATTGCTTGCTGATTTGTCTGTCAGTGAATTAAAATAAAAGGCTTCTTGTCTACCACTGACTTCTGAAAGTGTGAATGTTTAATGTAATGGGAGCATATGTTAGGATTTTATTTAACTCATAAGTGAGGTTACTGGCAGGATGACAAAGCTGGTTCAGTGCAGGTATGAGAAGGTGGGATGTATGTGGATAGTGCCAAAATAACACCATTGTAAGTTACCCTGTAACTTTACAGAATCAGCAAACTTAACTGTCATTATCCGAGTGATCAGAAAAATTAAAAATTATACAGATGATGTAGGAAAGGTCATATAATCATATATCTGACAAGTTTTGGAGTATTTTTCCTGAATAATAAGCACATTGACTGTCATAGTACCAGCAGTACTTT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Seq C2 exon
GAATATATGCAGAACATGTCCTGCGGCCCAAGAATCTTGGACTTGCACATCAGAGGCAACAGCAACTACAATTTTCTGATCAAAGCTTCCAGAGTGACACAGCTGAAGGTCAAGAGAAAGAAAAAAGCACTAAGCCCATGGCATTTTCCAGCCCACCCCTAAGACATGCAGTAAGCTCAAGGAGGAGGAACAGTGTAGTGGAAATAGAGTCTAGTCAAGGCCAGAGGGAAAATCCTACAGAAATAGACAAAGTATTGAAAGGAATAGAAAATTCAAGATGGGGAGCATTCAAGTGTGCAGAGCGTGGGCAAGACTTCAGCCGGAAGATGATGGTAATCATACACAAAAAAGCACATTCCAGGCAGAAACTTTTTACATGCAGGGAGTGTCACCAGGGCTTTAGAGATGAGTCAGCATTGCTCTTGCACCAGAACACACACACAGGAGAGAAGTCCTATGTGTGCAGTGTGTGTGGGCGAGGCTTCAGCCTCAAGGCCAACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACTCAGGAGAGAAGCCTTTTCTGTGCAAGGTGTGTGGACGAGGCTATACCAGTAAGTCATACCTCACTGTGCATGAGAGAACACACACAGGAGAGAAGCCTTATGAATGCCAGGAGTGTGGGCGAAGGTTTAACGATAAGTCCTCATACAACAAGCACTTGAAGGCGCATTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGAGTGTGGGCGAGGCTATACTAATAAGTCATACTTCGTTGTGCACAAGAGAATACACTCAGGAGAGAAGCCTTACAGATGCCAGGAGTGTGGCCGAGGCTTTAGCAATAAGTCACACCTTATCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGCCCTTTGCGTGCAGGCAGTGTAAGCAAAGTTTTAGCGTGAAAGGAAGTCTCCTCAGACACCAGAGAACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGATTGTGAGCGAAGCTTTAGCCAAAAGTCAACTCTTGTCTACCACCAGAGAACACACTCAGGGGAGAAACCTTTTGTTTGTAGAGAATGTGGGCAAGGATTTATTCAGAAGTCAACCCTTGTGAAACATCAGATCACACACTCAGAGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGACTGTGGACGAGGCTTTATCCAAAAGTCAACCTTCACTTTACACCAGAGGACACACTCAGAGGAGAAGCCTTATGGATGTCGGGAGTGTGGGCGAAGGTTTCGGGATAAGTCCTCCTATAACAAGCACCTGAGGGCACACTTGGGTGAGAAACGTTTTTTCTGCAGGGATTGTGGGCGAGGCTTTACCTTGAAGCCAAATCTCACCATACATCAGAGGACACACTCAGGAGAGAAGCCCTTCATGTGCAAGCAGTGTGAGAAAAGTTTTAGTTTGAAGGCAAATCTTCTTAGACATCAGTGGACACACTCGGGGGAAAGGCCATTTAATTGCAAGGATTGCGGGCGAGGCTTCATCCTAAAATCAACTCTCCTCTTCCACCAGAAGACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTCATCTGTAGTGAATGTGGGCAAGGATTTATCTGGAAGTCAAATCTTGTGAAACACCAGCTTGCACATTCTGGCAAGCAGCCTTTTGTATGCAAGGAGTGTGGGCGAGGCTTCAACTGGAAGGGAAATCTCCTCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGCCCTTCGTGTGTAATGTGTGTGGGCAAGGCTTCAGCTGGAAGAGAAGTCTCACCAGACACCACTGGCGGATACACTCAAAGGAGAAGCCTTTTGTTTGCCAGGAGTGTAAGCGAGGCTATACCAGTAAGTCAGACCTCACTGTGCATGAAAGAATACACACAGGAGAGAGGCCTTATGAATGCCAAGAGTGTGGACGAAAGTTTAGCAATAAGTCATACTACAGTAAGCACTTAAAGAGACACTTACGTGAGAAGCGTTTTTGTACAGGGAGTGTGGGTGAGGCTTCATCTTGAAGTTATATCTCACCATCCATCAGAGGACACACTCAGGAGAGTAACTTTGCTTTGTTACAAGCTTTAGTTGAGGCTGCATAACTTGTTCGTGAAGATATAACAGAGGCAGACAGAATCCAGAGGGCTACAGAGAACCTGAATTCAACCCATGTGTCCCCAAGAGATTCAGAGAAAAGAGGTCAATGTTTAGGGAACAGAGATGCCAGTTGAGGGGAGGGCATTACCTGGGCTATTGGGGAAATGTGGTCTCTTTCCTACTGAGCACATATTCTTGTTGTATTTGTGCCAGGCTGTGCTTTCTAAGGACTGCTCTTAGCCAGTGACTGCAGAGCAGGGATACCAAGGCAGGCCTGTTACACTCTCCCCAACCTCCTTGGACTGCAAACAATCTAGGACACCTCCACCAAACCTCCTCTTGCACTTTCCCTCTGGCTTCCCTCCCAGCCTTCCTTGGTTTGGATGTTTTGTCCCCTCCTTAATTTATGTTGAAACTCTACATAAACTGTTTACTGTTGAAACAGTGTAAGTATTAGGAGGTGGGACCTTTGGGAAGTGATTAAGTCAAGTCACGAAGATAGAGCTTTGCGAATGGGATCAGGTGCCCTTATGAAAAGGCTTGATAGAGGGAGTTTGTCCTGTGGCCCTTCTATTTTCTGCTCTGTGAGGACACAATGCTCCTCCCTTCCAAAAGATGCAGCATGAAGGCATCATCTTGGAAACAGACATGAGCCCTCAACAGACAACTGCACCTACTGATGTTTTGATGTTGAACTTCCCAGCCTCCAGAACTCTGGGAAAATAAAGTCCTCTTTATACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000130684:ENST00000376436:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.509 A=NA C2=0.124
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains