MmuINT0101695 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029267 | Mtf2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:105050]
Coordinates
chr5:108510156-108516113:+
Coord C1 exon
chr5:108510156-108510237
Coord A exon
chr5:108510238-108516017
Coord C2 exon
chr5:108516018-108516113
Length
5780 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAGGT
5' ss Score
2.53
3' ss Seq
TACTGCTTTATGTATTTCAGGAG
3' ss Score
7.82
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAACATATTGAAACAGAGCTGCTTCATCATATTTGAGGACAGTTCCAAATCCTGGGTTCTCTGGAAGGACATCCAAACAG
Seq A exon
GCAGGTGCTATGTTACTCTTGAACATGATTGATATCGAAACTTAGTTTTCTTCAACATGACTTTTTCTGATGCCAGTGATACTGAATATACTGTTCTTCAGTGGCTGGGTAGCATGTATAAGACGTTTAAAAATTTATTTTATAAACAAAACTCTATAGTTTAATTGAATCATTTAATACTATTTTCTGTTATTCTTCTACATGCTGAATCAGTTTTAGCCTTTCTACTTTGGAGATTTTGGTAGGTTTGACATAGGTCTTTATGTCTTTCTGTTTTTTTTCTAAGGCAGTTTTTCTGTGTGGCCCTGGGTGTCCTGGAACTAATTCTGTAGATCAGGCTGGCCTTGAACTCAGATCTGCCTGCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACTTACCTACCTCTTTTTGCCTTTTAAATCCCATCTTTTTCCATTTTTCCATTCTCTTTTTTTCCTCTTCATTCATATACATACATATATATATATGTACATATGTATATGAGAATGGTTGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATGATTCATGAAATCAGAATCTGGTGATTCTGGAGGTCAGAAGAGATGTCAGATTCCCTGGAATTTGAGTTTCAGATGGTTGTACGTCACCATGTGGGTGCTGGGCACTGAATCTGGATTCTCTGCAAGAATAAGCTGAGCCATTTTTCCAGTCCCCTTAAGTGGTATGCAGAGATAGAAAGGTGTAAAGGCTTGAAGTCCTGTCAAACAAGCACCTAGTTAGTGGGTGAGGTGAGTGGGTGCTCTGTGCTTGAAAGTGCTGTGAGAAACTATTGTCTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGCAGATATATAGTTCTACAGTGCTTGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACATAGAAAACCTGTCTTGAAACACAACAAAACACAAAAAAGAAAGAAAAAAAGAAGAGAAAGAGAAACCTGTTTATAATTATGATTTATAATTATGAATTTTAGGTAATAAGCTATGTTCTAAAAGTTTACATAAATCTGGGAAAAAATAGTCATGCTAATTGTTTAAAGTAATGTACATTATGGGTTGGATAGGTAGCTTTGTTGTTAAGAGAGCACTGGCTGCTTTTCCAGAGATACAAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGTAGCTCACAACTGTCAATAACTCCAGTTCCAGGTGATCTGACACCCTTGCAAAGAAGACACTTGCAGGCAAAACACCAGTGCATATAAAATAAAAATAAATTTTATATTAAAAAGAAATGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCTGTTAAGATGCTTTTCCAGAGGTCATGAGATCAGCCGTGTGGTGACTCACAACCATCTGAAGGGGGATAAGATGCCCTCTTCAGGCAGGCGGATGTATATGCAGCAGAGCACTCATACATTAAATAAGTACAATTAAAAAAAAGAAATGAATATTATAGCAGGGGCATGTTTATTATGTTAAGACAGAACTTTAGTAAAGTTTTAAATACCTAGTATTTATTTGTTTCTATGAAATGATATATTCCTGCATTGCTGTTGACAGTAAGTTTCTGTTTTGGCTATTTCAGTAATTGCATTAAATGAATAAAAATATTCTAATTTATTTAACTTTTCTAGAAACTTATTAATAAAATATAATTGAAAAGAAACCAGGTGAAAATGTTTATTATACCTTTATATTTTTTAATTAAAATTGAATTAAAAAATAAAATTAATTTAAAAATAGAGAAAAAAAGTGTTTGAGTGTAGGTGACTGAAGAGGCCAGATGTGTCAGATAACCTGAAGATGGAGCACAGGCATTTGTGAGCCTCAGCTAGAAGTGCAGGAAACTGCTCTGTGGTCAATTTTTTTTAAAAAAAGATTTATTTATGTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTAAGGGTGGTTGTGAACCACCATGTGGTTTCTGGGATTTGAACTTTGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGAAGTCCTTGATAGATACTTTCAAGATTTATTATTTATTCATGTGTGTGGGGTGGGAGTATTTGTGGAGGTCAAAAGAATATGTAGGATTTCATCCTCTATAACTTTCTATTATTCATTTGAGGCAAGGTGCTCTTACCCACTGAACCATCTCACCAGCCCTCTCTGGTCAATTATAAGAGCAGTATCTGCGTCTAGCCACTGAGCTGTATAGTAGTTTTCTTGATTGGTTTTTGGTAGTTGCTTTTTTTTTTACCACATGGTTTCTCTTTAGCCTTGGATCATCTGGGTCAGGCTGGCCTGGATTAAAAGTGTGTGGCACTGCTTCCCAGCTGGAAACTAAGAGATCTGCCTGCTTCTCAAGTGCCCAGCCATTTTATTTTATTTTTTGAGATAGAGTAATGTACCCTTGACTGGCTTGGAACCTGCTATATTGAATAGGTTGATTTTGAACTAAACAGTAAGTAGGGTTGCCTCTGCTTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGCTGCTTGCCACTATGCCCACTTTATTTGAAGTAAATCCTTGATAGATACTTTCAAGATTTATTATTTATTCATGTGTGTGGGATGGGAGTATTTGTGGAGGTCAAAAGAACATGTAGGATTTCATCCTCTATAACTTTCTATTATTCATTTGAGGCAAGGTCTCTTCACTGAGGTCTCTTCACCTGAGGCTAGTATGTCATCTGTGCTAGGAGCCAGCAATTCACAGTGATCTTCCTGTCTGTACATTCCACCCCCCACCTGAGCTGGTTTTTTCAATATTTGAGGGAATGCTAATGATTGCTGAGATCTAAGCTCTTGATGTTCGTGGTTGAGGAGTGGAACAAGTTCTTAATCACTAAACCATCTTTCTTTTCTTTGGTATTATTAAAATGAAAAAGCTAAGACTTCATAGATAGCTTAATTTGTAGTAAGGAAGACAGTAGGCAATTAAGTTAGGCTAGTAATCTTGTAATTTGATAGTAAAAAAGACAGACTTGGATTTTACAGATAAAGATGATTTTCGGGTTTCTTAGGCTTGTTTCTTGAGTACGTACAGTTTATTGGATTAATAACTTCCTCTTCTGCAGAATTACCTTCTTCCTTACCAGTCCACATGGAAATGGTGGGAGTTATATTAGGCATCTACTCCTCATGGAGGCTATACAACCCTTTCTTTTGAAGATTTTTAAACTTATTTATTTTATATATGTGAGTACAGTGTAGCTATACAGATGGATGTGAGCCTTCATGTGGTTGCTGGGAATTGAAGTTTAGGATCTCTGCTCAGTCTGGTTGGCCCCGCTTGCTCCCTCAGACCCAAAGATTTATTTATTATTATACATAAGTTCACTGTAGCTGACTTCAGATGCACCAGAAGAGGGGATCAAATCTCATGTGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAAGACCTTCAGAAGAGCTCTGACCTGCTGAGTCATCTTGACAGCCCAACCCTTTCTTTTGAAACAACACATTTACCATGATAAGGCTCAACTCATATTGACTAATTGTAGCCATAAACCCAGAAGCTATGGAACAAATCACAGTAAACAAAATTTGGAAGAGACAGAGGACCTAAGTAGACAAATAGTCAATAATACAAAAACAGGCAAAGTAATAAAATAATAATTGGTAACTTCTATGTTACCTATATCTTACAGAATAAAGAAGTAATGAAGAAAATTTGTTTTCTTCCACTAGATGGAATATTATGCAGCTGTTAGAGGTTATAATTTGAAAAACTGGCTATGTGAAAATGCTTTGGTAGAAGTATTTCCTTGTATTGGTGAGAAGAATCAGTGTATGGTGGGAAGAACATGGCTTCTGGCACATCAGGGTTTGACATCTAGTGTTGATACTTTCTAACTGAGACTACTTAGGTCAGTTCCTTCATCTGCTTGACTATCACTTCTTTATGAATAGTATATTAACATAGTCTGTTGGTCACTGCTGTGACCCAGATCTGTATCTTAGTAACTCAGAGTCTGAGGGTGAAACATTCCAACAGGAGTTTAAGGGCAACAAAGTGAGTTCCAGGCCAGCTTGGGATACACAGAGAGACTTCCCCCAAAAAACCCATCAAATAAAGTTAGTTCTAAAAGAGTGAAGTGTAACATGATGTTTGATTTATAGCATAAAAATATAAGCATTTATTGTTTATGTATAGATAGTGTATATCATTTTTGCTATATTGAAATGAGAAAGAGGAAGATGCTAGAATTGATAATTATGTTGAGATGGTAATATATCCAAATTTTGAAGTTTAATAGTAACACTTTTGTGTTACTATAAAAAATTACTTATTTTATTTATATGAGTACACTTTAGCTGTCCTCAGATCCACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCAGGGAATTGCACTAAGGACCTCTGGAAGACCAGCCAGTGTTTGCTGCACCATCTCTCTAGCCCGAAGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTCTTCATTTTGAGATGGTCTTACTATGTCAGGGTCTCACTATGTAGTAGGTCTAGGTGTCTTGAACTTACTGTATAGATCAAATTGGCCTTGGACTCACTGAGATCCACCTGCCTCTGCCCCCTGAGTGCTGGGATTACATATTTGTGTTACAACACCCATCCTTGAAGTGTCCTCCTCACGCCCCAAGACATGGTTTCTCTGTGTAGCCCTAGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACCCTTCTGACCTCAAACTCAAGAGATTCTCCTGCTTCTGACTCCTGAGTCCTAGGATTAAAGGTGTGTGCAACCACACCTTTTTTTTTTTAAAGAACAAAATGTTCTTAAATGTTAAGGAGACAGTAATTTCTTGCTTAGGTGACACGTATAAATAATTGGTACTCCAACTTTTGTTGCAGTAGAATTCTCTGTGTACAGTATTAGACACTATAT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Seq C2 exon
GAGCCACTGGGAGTGGGGAAATGGTCTGTACAATATGTCAAGAAGAGTATTCAGAAGCTCCCAATGAAATGGTTATATGTGATAAGTGTGGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029267-Mtf2:NM_013827:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF150571=DUF4537=FE(45.0=100),PF0013017=C1_1=PU(6.0=10.7)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=PU(49.0=92.3),PF144461=Prok-RING_1=PU(54.3=96.2),PF0013017=C1_1=PU(61.0=96.2),PF036048=DNA_RNApol_7kD=WD(100=92.3)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: