MmuINT0139169 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035236 | Scai
Description
suppressor of cancer cell invasion [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443716]
Coordinates
chr2:38921735-38935697:-
Coord C1 exon
chr2:38935597-38935697
Coord A exon
chr2:38930677-38935596
Coord C2 exon
chr2:38921735-38930676
Length
4920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGC
5' ss Score
7.5
3' ss Seq
TGACTTTCCTTATTTACCAGGAA
3' ss Score
9.57
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAGGCCTTCCTCCAGTTTTTTGGAGATGAATTTCTTCGATTGCTTCTCACAAGGTTTGTCTTCTGTTCAGCCACCATGAGGATGCACAAGGCCTTTCGG
Seq A exon
GTAGGCAGAGAACCATTAAAAACCAAGTTCACCATTTTAATTTGTTATTGAGTGTTTTTTATTATATTTTACTTGCGTTAAATAAAGTTTAAATAGATACAGAATAGTATTTAAAAGTAAACGTGTAGCATTAAGATGAATAGTATTATAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATACCAGAACTCAGAAGTTCAAGGTCAGCCTGGAAGTCACAGTAAAAAGTTATCTCAAAAAGCTGAAACTAATAGATAGAAAACGATTAACAATACTGTGGCACATGTCCCCATTAGGAACAGTTTCATGAGCTGCTTAATTCCCAGTACTTCAGAGGTAGAGGTCCAAGTTCAGGGTCACCCTTGGCTACCTATTGAGTTCGAGGGTAGGCTGGGATATATAAGACACTGTCTTTACTCGGGGATACTGCTGTGGGTCCTGCCAAATCTCCCCTCAAATGCAACTGATCCCCTAGGTGCTCTAACCATTTGCTTTTATTAAAACCTTGTATATTTTCATTTCTGTCTAGTATATGACTGGATTTATATTGCTTTATTTCAGTCAGTGGTATTCTAAGGGCTAGAGATATAGCTCAGTGGTAGAATGCCCACATCGTGGGCACAATGTCCTTAGTTCAATCAGCAGCACCACTAAAAACTAAAATACATATATGCCCAAGTACATGTATATATAGGTACATGTATGAATGGCATGTTGCTACAATGAGCCATGTTGTTTACAGTTTGCATTCTTTAGTATTGACTCAGTTACTTACCATTCTGCCAATAATAGATATTTGGATTGCTTCCAGATGTTTATTATTGTATAAATGATACAGTAATAGTTGGTGTACGCCTTTAACCTCAGCATTCAAGAGGCAATCAGGAGGATCTCTATGAGTTTGAGGCCTACCTAGTCTACATAGTGAGCTCCAGGCCAGCCAAGGCTACATGGTGAGACTTTGTTTAAAAAAACTAACAATGAATAAAAAGATCAATAAGACAAAGAATAGTAATAATAAACAAAACAAAATGCACACAAAATACATATGTTTTATATTGGCCGGCTACTCTTGGCCATGGGACCTGTCCTGGAGTATGATAGATAAACATAGTAATACATCATTGTAGAAACTCATTTTCCTTTTCCCAGAAGGTGACAATTACAAAGAGGTTCTTGATGGGGTTAGGATTTTATCTGGTTTGTACCTGTGCTAGTCCTTCTGCATCTATCAGTCTCTGTGAGCTCATGTGTACATTACACCTGTGTGTCTAGAAAGTCTTTTCACCTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAGATGTATTTATTTTATATATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTACTGCGAATTGAACTCAGGGACTCTCAAAGAACAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCTTTTCACCTCTTTGTCTGCATAGACCCCTGAGCTCTGGGTATTATAGGGCTTTCTTGGACCAGGTCTCTATTTAATTAAGCATGGGGCTTCTTAGATAGCTTAAAGCATTTATCATTTAGCTGGGGCAGACTCTCAGCTAGCTTCTAACTTTTTTTCGGGCGGGGGTGGGCTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTTACTCTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTCAAATCCGCCTGCCTCCACCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACTCAGCAGCAAGACATTGCCAGATCCTTCTCTTAGGGTTGCCTTTAGGCAATGAGGGTTCATCTTTTGGGCAGGTGAGGAAAGACAAGCATTTACATATGGAAAATTGGGTGATGGGCCATAGATATGAAAGTTCCAAAATCCTGCCAGCATGTAACTCTCTGCCAAGAATTAACAACTGAAAATACAGTTACATACCTTCATACAATGTGAAGAAAGGTCATCCCAACACCTGGGGGTGGAGTAATGAAGATATCTGTTTAGGATGGAATGCACCACAATCCTGTTCTCTCCACATTGTCCAGATGCAGGTCTTCATGTTATACTATATTTACTACAATAAGTTTTCTAATAAGATTTGAGAGAATGCGCTGAACTGAGTCCTGGCCAAGTTGGTACTCAGGGTTTTGGGGTTTTAATGTTATCATTGCAATTTTTTTTTGCTTCACTATAGAACATTAGAGGGTTTTTTTTGGGGGGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAAGCTTTCTACAACTTGTAGTTTCAAAGTATTCTGCCACATACCTGCATCTTGTTTCTAGCTTGGCTTTCTATAATTGATACAGTCTCACCATGTAGTCCAAGCTGGCCTTGAACTTCTTATCCACCTGCCTCAGCCTCCTGAGTGCCAGGATTATAGGTATGCCCCACAATGTATGCTTACAGTGAAATGCAAAAAGCTGAAGTATACCACTGTATACATAGTATTATTGTGAATGCAAACTTCTACTACACCATACAACAGCATCATTCCAGAATGTTTTCCTCTCTACCCTTCTGGTGAGTCTGGGAACCACTGCATCACAGATCTACTCAGATGATAGTTTTTACACTGCCATATCATCAACCTGAATCACATTGGATAGAGTATTGTATAAAGCTGTTACTAAGATTAGTGCATTTTTTGTTTCATATATCACTAGCTTGTTTGTCATTATTTTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTATAAGTGTTTTGCTAGTGTGTGTATATGTGTACCACATGAATGCCTGGTGCCCATAGAAGCAAGAAGATATCATCAGATCTCCTAGAACTGGAGTTGGGGGTGGTTTTGGGAACCAAGCCCAGATCCCCTACAAGAGCAACAAGTGTTCTGAACCACTGAGCTGTCCCTCCAACTCTACTCAGTTTATTTTGTTTGAGTAGTAGTCCATTGTTCTGTTGTTGCTGATCACCTGGACAGCTGTAATGTAGCTATCAATGAAACTCTGCTTCAATGCAAAGTAGAAGACCTTGTGTGAGTCTTTGCATATTTTCAGTTTTGGCTTTGAATTTTTGTTATGTTCCTCACATACAGAGAAGACTTTAGTAAAAAGTGTCTTTTGTGCGGGCTGGAGAGATGGCTCAACAGTTAAGAGCACCAAGTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCACATAAATAAAATAAAAAATAAATCTTTGTAAAATAAATAAATAAATAAATGGGACCATGCAACGTGGCCCTTCCCAATTAAACTTTTTTTTTTTTTAATGCTGACTTACCACTTCGCTTCAGCTTGGTCAGCAACTTTAAATTTTCAACTTGTATGGAAACACAAGATCTTTTTATTTTCAGTCTCTTCAAAGGTAATTATTAGGAAACTCAGACATGGCTGCCCTGCCTCTATTCCTACTCCTTGTTTTACTGGCTGGTTTTATGTGTCAACTAGACAGAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTGGGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGCGGAGAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGATTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGGAACATCTCTGCATGGTCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTGTGGAAGTGTAAGCTGAGTAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGTTTGTCCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACTTGTCCTCTCCACTGGCATGACCCAGTGTCTCCTGTCACTAGTTTGCTTTTCTTTCGTGGTTGTTTGACATCCAGTGTGAGTTCACTTTGTAGAATGTGTCTTCTTACTGTACTGTCCATCAGGACCACTTGCCCCTTCCCACTTTTTGAGTTTTATTGGCAGAAAGTTTTAGTGTGTTCCATTTCTAGAAACGGCCAGACTAGTTTTCAAAACAAGTCATTAACCCTCCCTTGGCAAGGTATGAAAGGTGCTGTGTACAGGCTGCACTGGGTGCCATCCCAGTGGGTGGGTTCAGTCTGCATCTTACTCATCAGGAGTGGTGGGGAATATCTTTCCACTTAACAGTAAGTTTTTGAAGACTAGGCTTTTAAATGCTGAGGAAATTCAACTAATTAGGCTTTCTTTTGTGTTTGGTTTGTTTTCTTCAGGTACCTAAGAAATCTTTTCTGGTCTAAGTTTACAAAGGTTTTTTTCTCTTCTCTTCTGGAAGTTTTTATTTTAGATTTTGTCTTTTTACACATTTTGATTTCTACTACAGCTTTTTTCATACATGCAATGAGTTTTGGGTGGCGGGGCTTGTTTAGTCCCATATGTGGATCTCTCTGAGGATTTGTATCAATTTTGATGGTATAGAATATAGAGCCTAACAGTCATAAAGGTTAGCAAATATTTGTGAAATAATTCAGTATGCTAATATATTAAGCTAGCCCATATGAAGCTATATTAAGAGGTTAAAAGTGTCACTTGTTAGTAATTCAGTACAGTAGCCAAATGTGATTGTGCTCTCCAGAAGGCTAGCAAAAGAGCATTACCACGTGTTTGAGGGATAACAAGATCCCGTCTAAAAGTCAAAAAAATAAATAAATATACTAGTAATAATAACTGGTAAGAGAAGAAAATAAACATTTAACTTAACATTTAATACTGTTAAGCCAAGTAATTTCCTCGCAGCACTCTGTGAACCTGACTTTCCTTATTTACCAG
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035236-Scai:NM_178778:17
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120703=DUF3550=FE(6.7=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: