Special

HsaINT0145305 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
suppressor of cancer cell invasion [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26709]
Coordinates
chr9:124942608-124971470:-
Coord C1 exon
chr9:124971370-124971470
Coord A exon
chr9:124952954-124971369
Coord C2 exon
chr9:124942608-124952953
Length
18416 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGC
5' ss Score
7.5
3' ss Seq
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3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAACACGAAATTATCCAGAATCATATCCACAACTGCCAAGGGATGAAACAGTGGAGAATCCTCATCTCCAGAAGCACATTTTGGAATTAGCATCCATTCTGGATGTTCGAAACGTGTTCTTTGAGAATACCATTGATGACTATTAAAACAAAAACCCTGTTGTCGAAACAAGTTTTCATTTTCCACAAATTTTAAATGGTGCAGTTTTCTAACGTGATAAGACACATAGTGGTGTTACTTAGTTTTTATTTTTTAATTTAGGGCCACCATTTTAAAAACAAACAAAAAAATGTTCACACTTTTAGGGTAACTGTTTTAAAATGCAACCTTTCAGGTCTTTTAAAATCTTAACCTTGGAATTTTTATTTTTTGATTTTGAGGGATGGATATTTACCTCCAACTTCTAATCCTACACTCAAATAGTCACTATTCTCACCCTGAGAAGAGTAAATCATTTATTTTTGTATAATGAGGTAAATCCAACTCTTATACTTGGACCTAAGTTAAATGTCTGGATTTGGAAATATGTAATGGTTCATAATGATGAAGCTAGCCACCATGGACTACTGAAAATCAAGAACAGAGTCCCTCCATAATATATTTTTTCTCATTCCAACTTAGCTGGTAGAAAAATGTTTGATCCTTTGAAACATGATCAAGCCAGTTTTTTGAAATCATTTAATTTCTTTCAATACTGTCATAATTTCAGAAATTGGATTGAATTGCATCTGAAAGCTACATCTTGATTGAGGACTTGAGGTGGTAATATTACTTGGAATGTATGAGTATTATGAGATTTATTTGCATATTTTCTTTGTAGTCTGTGAATGCTGGAAATGAAAAAGGAAACAACTTTGAAATATTTTAGTCAAAAAACCATGTCATTGGTTTCATAATACAATGTCTCCAATAGGAATTCTATTTAAACTCTTGGTTTATGAGATCACATTTAAAGACTGGATTGATGTCTGTGACATAAAGTTTTAATTTTTTGCCTCATTCAAATTTATGAGACTTCAAAGTCATAGATGTTTTAAATTTTGGTAAGGGGTAACTGGGTGTTATGAAACCTAAAATGTAAGTTGATTTTGCATTGGTAATTTGGAAATAAGATTTATTAACATTCCCTGTATTTAGTATTTTATATTCATGCACAAAATTTTTATTATCTTAAATAGGACTCAGTGTATATTATAAAGATTTTTCTTTTTTGTGTTTTCCTTCCCTGTCATTCCCTTTATAATTTCACAGTCACTTGCTATGAAGTCCTCCCTCCTTTTTGATTATGCAGCATTCAATTTCAGAAATCTATGAATGAGAAGGCCTTATACCTAATTTTCTGTACAGGATCACATCTGGCAGTCCCAGGAGAAGTGAGCTGATTGCTTTTGATATCTCTTTCCCATGGCCCTAGGTAAATTATACTCTAAATTTATTTATTTTTTTTGAAACAGAGTCTTGCTTTTGTTGCCCAGGTTGGAGTGCAGTGGGGCTATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCTATTATTTTTAACTTGGTTTTCATTTCTGGCATAGAGACTAATTTGGGTCTAAGTTATTCCCATTCCTGCTTTGATTTGCTGATTTTTCAAACCTGAAGTCCAAAGTTACTGTTTTTGGGGTTTGGGGACTTGGGGAGTATTTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGACAGAGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGTTGGGGTGCAGCGGTACATTCATGGCTCACTGCAGCCTCAAATTCCTGGATTCAGGCAATCTTCTCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCATGCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTCTTTATTTTTTAATTTTTTGTAGAGACATGGTCTCACTTTGTTGAGCAGGCTGGCCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCAACCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTACCTGGCCTGTTTACTTTTTAAAAATTTTTTTGTTTGTTCTTTCAAACAGTATTTCAGAAAGCTTGGGAAAAGTTACCCTGGAAAGATTTCCTTTGCTAGTGGGTTTTCATTTTCAGGTAAAGACTGCTTTCCTTTTTTTTCAGTATCTTAATAAACTTCATAGCTTTCCTTTAGTAACAGTGTTCATTGAACTACAGCAATAGACTATCTTCGGTTTTCTGACCTCTTGTTTCAATTCCCCTTAAGTCCTGTGCCAGTTATGCTCCTACCAACACAGAGTTTCCTGTCCTCTAATGTTTAAAATAGTATTTACTGTTCTGAGCTTTATCCTCCCCCGTTAAGCATAAAGAACACTGGTCTGAGAACTAGGAGACCTAAGTTCTAGTCCTGGCTTTCCTGGTAACTTAAGCGTTATGCCCTTTGACAACTGTCTTCATGTCTCTGCTTGTTAGCACTCTCATCTGTAAAATGAAGAGGTTGGCCCAGGTCTTCTCCAACTCTGATTCTGTAATTTGGACTCTTGGTTCCAAAAATATTGATTTCCCCACTCCAACCACCAAGAGAACTATTTACCCTGTTTGTAGTGTACACAACCTTTTCTTTTGTAAGTCATATTTACCTAGATTTTGTTCAAGAAAATCTGGGTCCCACTTAGCTGTTTTAGAAACTAGTACAGACAGAGACTCTCCTGAGGAAATTAGAGCTTTTATGATTAGAAACATGCTTGTCTAAAAATGAGGGTCTTAGAAATCACAACATTGACCCTTATGATGTTGCCCCTTAAGCTAATAGTGTAATTCCTTACTGGTAGTTAAAAATCTAAAGTGGACTGAAGTGATCTTGAATCTTCAAAGAGAGGAAAACTGTGCTGGAAAATGTTATTGTTTCATTGATGCCTTCAAAAAAATGCGTATTAAACAAAGACTATACTCCAGATTTTCTTCTGGGCATTGGGGAAGCAAACAAAATAGACTTAAAAATCCTCATGTTCATGAAGCTTACATTCTAGTAGAAGGAGTAAGGCAATAAACATAAGTAATTTATGTTAGAAAATGTTAAGTAGGATGGAAAAGTGTAGATTATGGTAAGGTAAATCTTTTGTTTGTTTTCTTAAGAGAAGAACAATGTTTAAAAGAGTGATCAAGCAGGGCATGGTGGCATGACCCTATTAGTCCCAGCTACCTGGGAGGCCGAGGTGGGAGGGTCACTTGAGCCCAGGAGTTTGTGGCTGCAGTGAGCTGTGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGATGGCAAAGCAAGACCTCGTCTCTGGAAAAAAAGAAAAGAAAAAGTGATGATCAGGGTAGGCTTCATTAGGAAGGTCACATTTGCATGAACACTTTGCCTTTTCTTTCTTTTTATGAAAGTTTTAAACATAGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTGAGACGGAGTTTCACTCTTGTTACTCAGGCTGCAGTGTGGTGGCAGGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTTCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTGTGTTTTGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATTTGAGGTGATCCGTTGGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCTAAACATACAGTTTAATAAATCCTCCTTGTACCTTACCCAGCTTCTGTATTTCTTTAATCAAGGGAGAAGAATTATCTAAAAGGACAGTTGCCCAATGGGCTTGAGCTGATGATAGTGGCAAAGAATTTCATTTTTTAAAAATGCATACCACCTGCCCTTTATAAAAAAATTTAAACCCTAATGTATTTAATTTTATAATTCATAAAAATTTAAATATTGGAACTAAGAACAGAGCAAAGCAAAGGGAAAAAGCACTCCTTTGTTTTCAAATTGCACAAACTGTCCCTGGAGATTCTGATAGTCTCTCATCTCTCTTAACTATCACTGTAAACAACATAGAAAGCATAAGACTGCAAGAAGTCAGTTATACACAAAACAAAATGAAGCACAGTGGAATTTTCTCTTTCTTTATCTGTATATTTCTGAAGTTGGTAAAGCAACTATCTTCTCTATTTTACAGAAGAGAAAGCTGAGACCCAAAAAGCTATTCATAGTGATAGAGCTAGAACTAAAACTCAGATCTCCTCATCTCAGCCCAGTCTTCTCAGTAGCTCAGACTGCTTTCTATAATGAACAAGAAAGAATAATTAGGGATTTGTATTTTGGCACAAAACAGTATCAAATTTTTATTGTAAAAATCCACAAATCTGACATTTTATCTTTTATTCTAGCCAGGATGTATTCTTCATTTGCATGTGTGTGTTTCTCTTAGAAAGTGGTGCTCTCAAACCTTTCAAAGCACAGAATTTATTGTACCCTCTTTATTTTTACCAAATTGAAACGTTTCAGGATTTCAGAAGCAAAGTGCAATCCAATTGTGGCTGGAGTTTTCCTGATAGAGGATCCGGGTGGTTCCCTCCCCTCCAACTTCTGGCTACTGCCCTTTATTTCCTTTGTGCAATAGAATTCCCTGAAACAGATTATGTCGTAATTATACTGATTTAGTCAGGATAATGGGAAAAGCGACAAATCGGATTTATGTATTAGGTATTATGGAGCTTTCTTTAGCACTCTCCTCCAAGTTTAATCTCTGACATGTGTGATATAGTAACTTTCTGTCTCTGAGAAGCAGTTTGGACCCAGCTGAAAAATTTTATTTATGGAGACTTGTAATCAGCCTGATATACAGAGAACACTCTGGACTGGAAATATAGTCAGGTACCAAGGTCTGCTAATTTGGCCATTGCCAGTGATTCAAAACCACCTCCCCACCCTGAGTAAAAGATTTGATATGAATATGAATGCTATGAGTCTCCTGGTGATGTTTTGGGTGTATATGTTCCTGTGTGTGTTTGGAAATCATAGAGGGTATTTACCTTGAGGGCTCTTTTGTTGACCTTATTTATTTGAAATTCTTATTTTATTTGTAATGGCATATGTATATTTTTGTGATGCTACATGCAATCTCTGTGTATACTTTTTGTATATATGTATACATATTTGTAAATATATTGGTATGCAGTGATACAGTATGTGTATATTATGTACCCATACCCATTGTGGGCTGAATTTATTTAAGTTCTGTGAGGACATCCTAGTGGCATTGTTCATGCTGCTGTAATTAGGTTGTGGCTGTATCTCATTCATAAGCCTCTATTTTGAGAGGCTTGTGTTTGGATAAAATGGGCTAATTTGGAGTTGAAATTAGGATATGAAGATCTTAACAGAAAGCTAGATATTTATTCTTAGCTTTAAAATCACCTGCAAATTTTTATTTAAACTGATGATAAATTAGTGATATAACCTGAAAAACCTAAGTATGTGAAACTGAGACACCAGCAGATTCTTAGGCTGTAGTAGTCCTTTATTTTCTTGATCCATATTTAAGTATTATTACTGAGTAGTAAATTATGTATATTGGGGCTTAATAGAGAGGCTGTGGAAAAAAATTGCTTTAATCACATTTAAAAACATAGGAAAATGTCCATTAAATAGGGGAAATATATTCCCAGTTGTCATTTTTATGCCTCATACTGAATTTTGATTTTGGAACAATTCTTTTTTCATCAGTGTTTTATGTGTCTCTATGAGGCAGAAAAGGGGGCATTAGCTAAGGGATGGCCTAACCTAAGTAGGATAGGATTTAGTGAGGAACGGGAGGTTGTTAATTTGTATATTTGCAGCAGCTATGATTAATTTAGTCCTGTCTTGGCATTTCCGGCTACAGATTTTTTCTTACTGGACTTGCATATCAAAGGTGAGTAGGCTCATCTGAGAAAATGCTTCCACTGAATAAAATGCCTTCACTCGTATTGCTGTGTCTCTATGAGACCACTTGTGTTCTGCAAGTTGATGATATATTCGCACATGAAGTAGAGTTTTTAATATTAGATGCATGGTGTGCTATAAAAATCTGGGCCTTCAAACCTCTCCCAAGGATGATAGGGTTGGGGAGGATAAGAGGATAGTAAATACGTGCAATGCCAATTTGTGAACCTATAGAATGTTGCCAAGTATCAATGTTTGGTTACTTCAGTTGACATATTTATTTGCATGAAAGAGTGTAGGAGATGTTTAATATACACTTAAATACATTCACTGCAGAAATTAAGTAGAGGTTATTTTTGCATGATAAAATATAACTGCAAAGCAACTTTTTACACCGTATTCTTTGGAAGATTAAATCTATCTGATCCAATATTATCTTAAAATAGAGAAATTATCTCAGGAGTCTGTTTTACCACCCAAAAAAATGTTACATTTGCTGATTCATTATATTTTAAATAAAACAGCCAACTATTCATAAGACTTTTCAATTATAGTATTAAATTCAGAAATAATTATAACAGCATTTTTCTTGAATAAATATTAAAATTTGGTAATTTATTATTTCTGAAAAATCAGTGAAAACATCCATAGGATCTGATGGTTTGTTGTTTGAATAACCAAATCATTGTTTTTGCACTGGAGAGTAGTAGAGCAGATATTATACCATTTAAAATTCATGGAACTGACTCAGGCTCCTTGTGGATATTAATTTGAGGACAGTAGTGGTAATCAAAAGTACAGTAGAAAACACTTGACATTGTGAATGTGACCTCTGACCCCAACCGTTGTAAAGCCAATAACTTTGAGGGTGAATAAGGTAACACTTGCTTAGAAAACCCAGCCCTTTCCCCCAGTCTCCTGCGCTCTTATACATTGATACTTTACAACTATTTTTGCTGTACCTCTCAGTCTTTCCTGGATAATGGGACCACTTAAAAAAAAAAGTGATTCATCTTCCTCAAACTAGAATTTCAAAGCCTAATACTACACTATGTTCCAGCTTCACTGAGTTTTGAACAAAAAGACTTAAGCATGCCTTGTGTTTAAGGAAAAATAATTGATGTGTGAATGGAATCAATCACCTATTGACGGGAAGGGTGTCAGGATGATGTAGGGTGATATGCCTTTAATTGGATAAAGAGAACTGTATTAAGTATAACTAATTTAATAACTGATTGAAGCACCATTCTTAATTTTAAAATATTTTTGTTAATTTCTTTTGTGGTTTTAAAAATTAATAATTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCGTTGCCCAGGCTGGAATGCAATGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGACCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGGCCGGCCTAAAAAAAATTCTTTTTAATAGTTATCAGACTACTTTAACCAGTGCCATGTTTAAACATACTTGGACAATAGACTCAGTTTTTTTAATAGTTTGAAGTACATTATATTAAAACTACAAACTCACTTATTCAAGCCTAAATTTCATCATAGACTATAAATTGGGTATCAATTTCCTATTTTGGTGGACAATTCCAGTCTGTCTACTACGACAATCATCTTTTTAGGTGTAATATTGTTTAAGACATAGGTAATTTTAGGTTTTATACTTTTCTCCTAGGCTTATGGAATGAAAGCTAATAGGATATCACTTTCAGAATGAAATAGGGAATTATGGCTAGCCTTCTTATAGGGCTGCCGTAAATGATACTTAAATGTTTGTTATATCACTGATTTTCTTTTCTCTTCTGAAGCTGTTGTGAATGTCCACTTTGCCATGATTAAAAGTTGAGATTTGTAAACATTACAATTTGAACCATAAATTTTCTCAAACATGAAATCAGTATGAATAAGTATAAAATTTGAAATGATCATACATGAGAATCCCAAAAGTAAATACTTCCAAACCATAGAGGGATAACCACTGTATTTTTAAAAAGCTTATTTCCACCCTTAAAGAAGCATGCTACTAATTGCTTTTTTTCTAAATTAAAACTATGTACTGTGGTAAATTAAAAATCTGCAGGAAAAATTGCTTAGTGTTTTAGCACAATAAGAATTTTTATTACTCAGGAGTTGGAGACCAGTCTGGGCAATACAGTGAAACCCTGTCGCTACTAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGTGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAACTGCTTGTAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGTCTGGGTGACAGAGCAAGACTCATTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTTTATTACTATTTCCTGAAGAATGGTTTTTGTTAACTTGTTACTGTATCATTAAAAAGACCTTCTAATGGTTCAGTACAATAATCTAGAACTTGATTTATGTGGCTTTTTATAGTTATCTGAATGCATTCCTTTTGCCACATAGACCATATGGCTAGTTCTCCAACTTTTTTGCTTATTTTTAATAAACCTTGCTGTTCAACAATCAGAGAAACCTTTAGATTTTGGATGATTCTTCCAGTTGAGGTAGAAACATCTTAGATAATAGGAAAGGCAAATACAAAGTCCTAACATTTTCATAGTAGAGTTTACAAGTAAAATAACTTATCCATATAGGTTATCTTCGTTGTGTAGCACCAGTATAAATAGTGATTTCATTAATCATTGAATCAGATGAAGCAGTTATAAATCACTTTTTACTTTGTGCTAAGAATTATTGTAATTTCAGGACACTTTATTATTTCCTCTGAGCAGTTTCCATTGGAAGGTTGAGTTTCCCTTTTTTAAGTTCTAATCATCACTAAAGGTTAAGATAATCAAATAGGAGTTAAAATAAGTTATGTTTGATCTTTTTCCCTTGAAAATAATGCTGAACTTATTGTCTACATTCTGATTATTAGGCAGAAATGCACTTGTTTAAATCATAGAAGTAATTCATTTGGAGGATATAATTACTCGATTTTCTAGTGGTGTGAAATACTTTTTAACAATTGTGCTTGTCTGTAACTGAAATGTTATAGAATTTTAACACTATAGGGATTATAGAGTTATATTAGCTCTCCTCAAGAGACTGAAGCACAATATTTTTCATGTAACAATTCTTATCCAAGTGCTGCTAATCTGTCGTGCAAATAATGAAGCTATTTGGTTGCCTATTTAGCTATTCACAAATCACTGTAATCTTTGAAACAATCTTGTCGTTCATTTGTATTAATATTTGGATATTGTGAGTTAATACTTTAGAAAAAAATCCATCAACTCAGCCCCGTTAGCAAAACTGTTTGGATTCATAGTTTTTATATGTGTTAACAGTAGAATAAATTTTGAAGGGGCTATTTACTACCAATGACTAAGGGGAAAATTATACTGTCACTATCATTTGACTTGAACATTTGTGGTATTGTAAAAGTCTTGTCAGTTGTGTTCTAAATTGCTTAAGCCATACGTTCTCTTAAACAGGATGTTTTTTTCTTCCTTTCCAGCAGCCTTTTTCTTCTTTGTCTGTTATGGTTAATACTCCATAGATTTTAGAAATTGAGAAGTTCTTGAAACATTTTATTTTCTTGAGTTCATCACTTTTGACTCTTGTATGAGATGTGATTTGTCATAAAAGATAGCCTTCCACTACTTCACTAAATGAATTTCAGAGTAAACACTGTGATTCTGCAGAGCGGATTCAGTAGGCTTTCCAATGTTTTCTCCTGCTATACAGTGCCTACCACCTTGAGGGCACTTCAGTACTAGAGGATGAAAACTGAAACGTTGTTTTGATGTTTATTGAATAACGAGATTAGAGAATATTTGATTTTTGTTGTCAGTGTATTAAAGAAATTTTCACATTGATAAATGTTCTCTAGGAATGTGTCTACATTCATCAGGTGTGAACTCTTGTACATGAATTTTGTACCTTGAATCCACATATATATTAAGTGTATCATCAATATAAAAATAAACATTATTTGCTTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000173611:ENST00000336505:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.104
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF120703=DUF3550=FE(6.7=100)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains