Special

RnoINT0044387 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 10 [Source:RGD Symbol;Acc:1563215]
Coordinates
chr5:115021723-115076524:-
Coord C1 exon
chr5:115076424-115076524
Coord A exon
chr5:115022135-115076423
Coord C2 exon
chr5:115021723-115022134
Length
54289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTCTGTTTTCTCTCCTGCAGGAA
3' ss Score
13.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACCCCAAAGAGTGGGCCACCCCGGACACCTTCAACCCAGAGCACTTTTTGGAAAATGGACAGTTTAAGAAGAGAGACTCTTTCCTGCCTTTCTCAATGG
Seq A exon
GTGAGTAGTAATGAAAAGGAAACAGGTCTGAATCCTATTCATCCCTTCCCTTCTCTCATACCTAGAGTTCTCTGCTATAATTTGAGCCTCTCCTAATGGCCTCACCTTGTTCAGCCCCAAGGTGTTGTTTGCAGCCCAGTGTTCTCTGGCCCTAGAACTGCTTCATGCCTTCTCTCTCTCTCCTGCTCTCCTTCGCCTCTGGTGGAAATTTTGGATTCTGTTGTTTTGTTCTCCACAAATCTGGAGAGTACAAACTCTCTGACTCCTTGCCATAATATAATCTAAATATATGCCTTCTTTTCAAAGTCTTTAAATAACCAAATACTTTCTAAGTAATTTGTGCTCAAAGGTAAATATCTTAGATCTTATGGGGAGGAGTGGGGATGCTATATGTGTAAGGGGCTACCAATTCACTATGATGGGATAATCAAACAATAGTTGTAACTGGGTTCTCCTACTCCTTGAACAGGTAAGACATTTGTCTTTTATGACCTTAATCACACCTTTAAAATTATAATTAGACATATTTGTCTTCTGTGATTTGATATTCATAATTAGGGATGTAGTGATGACCCTCTCTCTTGTGTTTTTTTCTAGCCAATTATGAACAGATACTTTCAGTTTTACAATTTTTGAGCTTGTATCAAATGCCCTGATGTTTTACAGCTATATTGCACATCTATTTTCAAATTTTTTTACAGTTCCTTAGTTCAATAATTAACCATGTATTACATGTAAAAGCACATATGTGTGAGCATGAATGACATAATGGGATAGGTGATGTTGCAGCANNNTCTCCCTCTTGGAGCATGTGTCCGACTGCAGCCTTTCAAGCTAGAGTCAGTGAGCACCTCTGAAATAAAGACAAAGACCTAGCCAAAAATACTACATCTGGAGTTCAATATCCATAAGATTTTCTCACACTGAAGCTTGTGTTTCCTAACACTGCCTCCAGAAGGTGACTAAATGCTGCCCAGGAGCCACACTGGCAAACTGTGGGCTAGGAGTGCCTGCCTGGTACTGCTTCTCCTCCCATTGCCTTTCCCTGTGCTTCTGAGGCACCTTTGTTGACCTTTCACAATTCACATTAATAGGAAAGCCCTCAGATATTGGACTTCTGTCCAGTCTTCCTGTTCACAAAACAATTTAAAAGATTTGAATTACAGTTCAAGATCTCTGTGGTATATTTCACTTCTAATTATGCTCAGTCATTGAGTCAGATCCTGAAAATCTAGAATGTGACTCCTTTTCAGTGATCTGTTTCCTAGGTCTGCAGTGAAAGGAAAGCTAGCCATATCCCCATGGCTTTCACAGGAAGTTGATCCTCTAGGCCAGGTGAGGCCTGCATACATGCAATCTCTCAATATTGCAAAAAATCATTTCCCTGAAGAGGATTCATATCTCATTTTCTTTAAAATGTTCTCCTGCCTACAGCAGCTATAAATAGAAAGCACCACTGATGCTTTGCTACTGACAGTTGCATTGCTCCCTCTTAACTAGAGGGTCCATTAGCACACAAATTATATCGGACAACCAAGGTAATGTAGATGTTAGTAATCCAATAGAAAAGGAGGATTAGTATTTATTTAATCTTATAAACAAACTCCAGGTTACAGGAGAGCTTTTTCTCACTCAAGACCATGTGCCCAAACAATTGGCAAAATTGATCAGGATTGAGTTTTCACTCCTATTTTCTTTCTTTCTCTACTAGATATACATGATATCTAACCTCCCCACCTTACAATTCCAAAAGTTCTATGCATTAGTTAGAATTTTTCTGTATGATAAGCATTCAATACTATATTATTTATAAAAGCATGTTATCTATAGTGGTTTTCAAGTCAGTAAGTGACTTAGCTAATCTGGGTTAATGTGACATACATGTTATACTGGCCATTCAAATGGTGTTGCTAAAGATTCCTAGAGACAAAGTAAAAGCACATAGGCCTGGTAAGATCTATGCCTGGACTTTCACGAATGAGCATGACTTCTGGTGAGCTATAAAAGCAAGAAGACCTCCCCCAGATCTGAAGGAAAGTAAGTCCTACAATCTTTGGGAAATCTGTGAAGACCCAGTGCAAATATCAAGATGGGGGGGGGGGGTCGAGAGATCAGTCAGATGTTTTGCTTTCAACATTTCTTCCTGATAGAGGTGAGTAAGTTCAGTTACATGCTCAGTGCTCAATGGGAACCAGAAGGGGCAAACCTGAAAGACTCAGGGTTGACAAAGCAGCAATCTGGATTTTCTATTACTGCCCTATATTTGATGTGTAGCTGTTTTCCTTCACCATTTCTAGGATGTTATAAAGCCAATGTCCCTGGAGCTGTTACGTTAGGCAGCTTCTTTCTCTTGGAAAAGAAAACCAGTTATATTATTGTGACTTATATATTATCACAGAAGATAGGAAACTAAATCATACATTTACATGTTGTCCTGATTTATGCCCTCGTGTGCTGTAGTCAACAATTAATAGATAGCTTCAGATCTATTAACATAGTTAATATTGATTAATATAATTATTTTAGTATAAGTAAATTATATAATATGAAATAAGAGGTTTTTAAAAATTTATAAGTGGTGCCCTAGAACGTATGGTCAGGGCTAGTGAAGACCATTGGTGATAGCCTAGGTTAATCCTTTTAATTCAATCAGTAGGTCATTTTTCTGGTTTGCAGGGGTGGGGGTTAGTCCAGGCTGCGTTTTTCAGCTTACCCACCTTGATATAATATTTGAGACGAACAACCTCTTAAGAGGAAGTTTTGTTTGTCTCATCATTTCGGTGGTCTCAGTCTGTGGTCAGCAGGACATGTGGCCTGCGTGCACCTGCGGTGATAGCGAGCATTTGTTAGATGTGTATGGCTGAAGAACATGACAACCTATGGTTGCCAGAAAAGAAGGAAAAGGTGCTACCAGATTGTGGATATTCCATTAGGGACCTGGCTCAAATGACTTTAGGCACATACCTACTTAATATTGCACCACTTCTTAATAGTGTCACAATTGTCAACCAAGCCTGCAGTGGAAGTCCTTGTCAACAAATGAGCAAAGCTAACCTGCGTCCATTCAGGTTGCATGGTCTAGGTGAATACTGTGATATCATTCAAGTTTCCCAGTCGAGTGACTGAATTCTACAGGGAAAGATCAGATATGAGCCCTGAAAACATGTATGCTTCACTGATACTACGAGAGACATTAGTGAAGGCTTCAGCTTGAGTTTTTCCAAGGGTAGGGGTGGGGTCTGTTCAAATGTAAGTGTTATCTTACCAATTATTCCAAAATTCCAGTCTTCCTCAGTCACTGAAATGCCATGTTGGTTACTTGCTATTGCTGTGATAAAAATTATGACCAAAAAGTAACTTGAGGAGGAAAGGGTTTATCTTATAATTCCTGATCACAGTACATCACTGAAGGGAATCAAGGTAGGAACTCAAAGCAGGCACCTGAAGACAGAAACTGAAGCCCGGGTCATAGAGGCCTAGGCTTTCCTGCTCATCCCCAGGTCCATTCAACTTTATAACACTGAGGATCGTATGCTCAAGGGTGCTTTACACAATAAGCCCTTCATAGAGAGAAATAAGGAAAAAGGGAGGCCAAGAGAAAGAAAAACAGAAAGAAATTCTCTCGCAAGAGCTGACACTAACATTGATCAGGATGATCTAGGAACAGGCTCTCTCACCAGCATGTGTTATTATTACTAGTCTTATTTACTCAGTCACTGGTGCATAATGACAAAATTGCCTTCGGTAATTTGGAGAGTAAGACAAGTTGGTAACTATGCTGCCCAGTCCACGTACCCTGAGAACTTTGAGATAAGGGGGACATATGATGCAACTTGTCCCCAGAAAGCCTAAATGTCTTCCACAGAATTGGAGAAAGCCCAAGTATTAGACTGAAGAAGCTGGAGTGATGGCCATGTGAAGACGCAGCAACTCACAAAGAAGCAGCCTTGCCACGTGGCATGTGCCAACAAACTGGATGCTACCCTAAATGCTCAGGACAGGATTTTCTTCTCACTTCTATGACATACATGCCAATCATCTCACAGACAGACCCCAGCTTTGTAGGACTGTCTTGTGACTAAGCATTCAAATCTATGAGCTTATGGGAGCCATTTGTACCTAAAACACATGGTAATCAGGATTGCTTGTCTCATAAGCCAAGCTTTAATTTCATGCTTCAGGCTAAACAAGTTCCCAACTACCCAGCCATGTTCAGGAAGAAAGAGACTATTTCACTTCATTGCCAAAGGAGAAAGGCTTAGCTTCATGAAGAGGAGAAGTTTAGTCACAATCACAGAGGGGTTGCCCACAGGTCATGTCACTAACCCTGTGCCAGGGTCAGCCTCAGCTTGGAGAGGGCTTCTGAGAGGAGTGTCTGGGAGCAGAGGAAATGAATGACTTGAAGTCAAATAGTGAGTCCAAGCTGGTGGCCTATGTTCTACTCAAGAAAGCTCTCCAGACTCCTCTCTCTATGCTCTGCTTCCTCTGGACATCTTCGAACAGTTCTCTCTTTATTTTCTGCTCGAAACAGTTCCAAGAAGTTCTTTCTTGCTATTCTAAAAAAAATTATCTGATAGCTCTTCTCTTGTAGGTTATAAGCCTAGTCTTCTATTTTTCACATCAGTCCAGTCATTCACTCTAGATTTCCTTTTGATTATTCCTATGAATCAGCATCTCATGACCCCAGCCCCTTAATTCTTAGAATGCAACAAGTATACATTTTTTTTTTCACATTGCAAAAGAATTCAGACATCTGCTGGCCTCTTATAAGCACAGACTATAAGCTAACTGGGTGGGACCCTGACCTGAAATTACTACTTCTACCATGCCTGGACCTGGACGTAAACTCCTTCTATTCTGGGATGACCTTGAACTCAGGAATCTGCCTACATTTGTATCTGCCTCTCTTTGAATCTGACAAATTGGTTCATAGAACAGCTGCTTCTCTTTCTTTAGATTTGTGAAGCCCCTCATATAATTTATATTACATCCTTAGATTT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Seq C2 exon
GAAAGCGAGCTTGCCTTGGAGAACAATTGGCCAGGTCTGAGCTCTTTATTTTCTTCACGGCTCTCATGCAAAAATTTACCTTCAAGCCGCCAACCAATGAGAAGCTGAGTCTGAAGTTCAGATTAGGCATCACCATTTCTCCAGTCAGCCACCGCATCTGCGCTGTCCCTAGACTGTGATGTTGGAGAAGAAAAGGAGAACAGGAAGAACTGAAGAACTCACTGAGCCACTGCCGTGAAGGGAGAGAAAGAAGGTGACTGGGAAAGCTGGAAAGAATTAGACTAAAGTCAGTGGACCATATTCTGGACTACTGAGACCTCCAAATTGGTTGAGGATAAATAACTTATGTGCTCAATGATAAATCTTTTCATCTACAAGTTGCAAAGAAAATAATGGTTCTTCCTGTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000042224:ENSRNOT00000012503:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.197 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0006717=p450=FE(8.5=100),PF0006717=p450=PU(1.9=2.9)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=PD(1.9=1.7),PF0006717=p450=PD(94.7=90.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]