RnoINT0118322 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004864 | Prpf40a
Description
pre-mRNA processing factor 40 homolog A [Source:RGD Symbol;Acc:1311401]
Coordinates
chr3:38690166-38695502:-
Coord C1 exon
chr3:38695369-38695502
Coord A exon
chr3:38690281-38695368
Coord C2 exon
chr3:38690166-38690280
Length
5088 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CATGTGTTTGTTTCTTGCAGATC
3' ss Score
12.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATGGATAAAGAAGATGCATTAATATGCTTTGAGGAACACATCCGAGCTTTAGAAAAGGAAGAAGAAGAAGAAAAACAGAAGACTTTGTTGAGAGAAAGGAGGAGGCAGCGTAAAAATAGGGAATCTTTTCAG
Seq A exon
GTAATAGAAAGATGCCCCCCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCACCTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCTGAAAGATGCCTTTTCTTAGTTCTGTAATATAGTCATTGAGTGTCAAGAAGGATCAAGACAGTTTTGAGATACTTGTTTCCGGTTCGTTACCTAGACTTCACGGGTGGTCCAGTATGTTGAACTCTTTAATTTTTATAACTTAGTTTTTGTTCTTGGACATTTGAGGAGAGTGAACATAGCTGGGTGCAGCAAGCATTGTTTAACTTGAGCGTAGGTTTCAGCTGAGCAAAATAGCATAAGGGCTAGGTGGAAACAAGATGAGTGATTGAGTGCTTTGTAGCAGTTGATATTTGGTTCTCAAAGGATGTACTGTACAATTTAGGCATGGAACATAATTAAGCCCTTTACATGGGAGCTAAACTGTGTTCCGTAGTCAGTGACTCCTTTTTTGCTTCTAGTGCTATTCTTCCCATTACAAAGAAATGAATTTTTGCTGTTTAAATTCTTATTCTCTTATTTCTTTGGGATAGGATCCTAGGTGACCTAGGCTGTCCTCAGTCTTGCTATGTAGCCCAAAGAATTTTGTACTCTTGATCTTTTTCACCTTTCAAGTACAGGGATTACAGATAAATGCCACAATGCTCACCTAAGATATTTTACTTGTATAACCTGTGTTTTGAAACTACTTCTTAATATATCATGTTTGTTGAATATATTCAGATAAATAAGGAAACAGAACTGGTGAGATACTACTAAGCATGGAGCTAGGATTTAAAACTATACAGTCTTGGTTACAAGCAGTCTTTAGTCTTGTGTATTAAACTTTGTGTTAGGGTGACAACAAGGTTGCAGTGGCTTACTTAAGCTTGTTGTTTATCATTTGATCTATTGTTATTCTTTAGGGCAATAGTTCTTGAAATCTCTTTTGTGTTAGACTCATGTAAAAGACTTTTTAAAAACAATTATTCCTACCATGTCAGTGGTTACTAACTCTATTGCCCTCAGCTGTTGAACAGCAATTTACTTTTGTTCTGTGAAACTCACTATTCTGTAAGTTACTTTTTCAGTAGTTCTGCATAAGATTATTCATGACTACTAAGAACACAGATTATTAAGCCTCCTCCTAAGAATTTGATCCAGTCAATACATTAAGTTTTAATATGTAGTAATACTGATGCTCTTTTGTACACCAGTGATTTCTGGAATTGTTCCTTATTAGTGAGAAAGATCATTTCTTTGATCACATTTAGCATGGAAATGACCAGTCAAAGACCAGTCTTATTAAAGCCATGAAAGTAGACATTCTGTTTACCTATGTTCCTATAATTTTCATAGCTAGCTATAAAATAGGCTATCCCTAGTTTTAAGATAATCAACTATTTGTAACTATGTGGCAAAAAATGTTTTTTAGGAGAGCTCTTAGACTTTTGCAGCTTGTAAGCTTCAAGACTGTTTTAAGGTTTAAAGTTTACAATAGTTTAAATTTGAAGTAGACATAAAATAACAAATAAAATAGATATAAAATAGACATTAAATGGCTGTTAAAACAGAAATCTGGGTCATAGAGCTTAAAATAATGATACAGAGTACCAAATGCTAAAAGTTCAGGCCAAGAGATTCTAATTACAGGCCATGTGGGCCTTCAGCTAAATGTAAAATATGGCTTCAAATCCCATTGGTCTGCATATAGCATGTTTGCGTTTAATCATAATGTAAGTGGTTATTAAATCACTATTGGTATTCCTTAAGATATATATGTAGCTCAGTAATTCTGCAGTCATATTTCACCTTTCAAAGATTTGTTTAGAACTATAGTAAAATGAATTATCAAAACTGTCTTTTCTAAAATTAATCATGAGTGGAAAGAACCTATTCAAATATTGTGGTTTGGTGATTACAGTCTTTATTGTTTTGATTTGATTTGACCTGTCAGTTAACACTTAAATATTAAGTTTGTTACATCTTTGCTAGGAACCTGGCAAGTTGTTTTCTTAAAGTCTTAAAGTACAATATTTGAACTCATGTCAACTGTAATAGAAAGGTTTGAGACAAGTCTTTAAATGGAATGAAGGGGAAATGTGTCACAAAGAAGAAAGTGTTGTAAGACAAAGTAGTGCTCCTCTTGAGAATGAGCCCTAGATGCACAGAATCTCCATTAAATTACAAAATGTAAATTACTAAACCCTAAAACAAACTAACTAAATAGGATTCTGGGGTGGAGCCTAATGATAGGTTGATTGTATCATCCTTCAGATGATTAGCAAAGCCTAAGGTACAGGAAAATCTACCAAAATAACAAATACTAAAAATTTGTAAATGTATGTTATAAAAATTAGAAAGGATAGCTATATAATCAATCTGAGCTACTTCCTCCCTGTTAAATTATGACCATTTCTAAATTCCTCATAAAACAACCTTAGGATAACCACCTTCTATCAATTTCAATACCAATAAGAAGTAAGCAACTTCTTCAAACCAGGACTTTAGCCCAAAATATATTGATCTGTTAAGCTCAACCTGGAGCGTCAGATTTTTATTTATTAATAGCTTCCATAATACCTGTTGCAATAATATTTAGAAACGTTTTCTATCAGTTCCCAAGAGCCGGATCCTCTTATTCCAGCTGCTACTCTACTACTTGGTCCACGAGCCGTCCTCTCCTGGCTGTCTCCCTTTTAGTTGCCCTCTCCACATGGTTTCCTAGGTGGCACGCGCACGCACACAAACACACACACCTCGTTTTGCAGAGCATGTTCCCACAGGCAACAGAACCAGATCCTCACGCTCCAACTGCCTCAAAGCCATTTCCTTCACACACTGTCCTCTTTAGCCCAGTAAATCAAAGTTCCAGAAACTTGTAATTTAGCAATTAGATTTACATGTTGAATTCTCAAACAACAGTACATCCACAGAATAATTCACTGCCAATTAATAAAGATAGAAACCGACACCTAAACAAGATAAAATTGACCTAGACAGACCATCTGGACCATCATCTTCCTCTGTCTTCTCCATCTTGATCCTTCCCTGACTCCTCCTCCTCCTTCCTAGACTTTTCCCCCGCCCGCTCTTCCTCATCCAATGATAGGCTGGACTCACCTTGCTGTATAATGACATTATCCTATATGTGTAGACTTAAAAGATACTTAAGATAATTAGTAATCACTAGCATAATAAGGAAAGGTACAAGATTTGACAAATAGTTGAAACTTACAATTAGACTTTTTAGATATTGTGGCAAGCAAAACCTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTCAGAGTGGATGTGGCGATACCATATACCTAATCCTTGCACTCTGTAGACAGAAGTGGGTGGATCTCCTGAGTGCTCATGGCCAGCCTGGTCTGCTTTAAAGATCCAGGACAGCCAAGGGTACAGGATGAGATCCTATCTCAAAAATAAAAAAAGGAAAAAGTATTTTAATGGATAAGAGAAAAATAGTCAAGGGGGAAAAATAAAGGAACAATTTAAAGATGAGGGATATCTCACAAAAATCTATGAAAGTTCATAATTCAAGCACACATGAATAGCAACATGAATGAATAAGAAAAGTTAATACTGAGTTGAATCTGAGGTAGAGATCTTCAACCAAGGGAAAATTTATTGGTGATCACTATTCAAGGTAAAAGTAAACTGGAATTTACTGAATACCAGCTTTAAATAAATTAGCAAACTTCATTTGACAATTTTTCAATTAGAGATCCACTGTTGAAATATGATCAGACTCAAAATTCAGTGACTCAAGTGAAATATCAACAAAAATACATGATAGAAAGGAGTAGATTTAAAATCTTATAGCAAATCCCTGAAGGTGTTTTTAATGCATTAAGATTGAAATGCCTTGGGATTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCACTTGCCTAGCAAGTGCAAGGCCCTGGGTACGGTCCTCAGCTCCGAAAAAAAAAATAAAAAATAAAAAAAGATTGAAATGCCTTAAAAACACCTTCACCACTTTTGTTGAAAAAAAAAAAAAACAGTGGAGATGTAGGAATTATAGGAGCTAAGGACTGGAAGACCAGCAGTAGACACTGATAGTACTGAAGCCACAGTGTGTAGTCCTGACTGTAGCCATAGGAAAGGAAGTGGATGGTGTAGACTAAACATTTTTTAAAGACAGAATTAAGGTATAATAATAAACCCTTATATTAAGGAAAGGAAATGGTTGGAGGTCAGATAATGATTTAAATCCTAATTTTCCCAGATGCTTTGAGGAAAGCAAATATATAACTATACTAGATTCATTTTTTAAAGATTATTTTATGGGTATGAGTATTTCCTGCTAATATGTATGTATCATTCACTTGCCTGATAACCATATAAACATGCATGCAAAACATACATACAAATGATACAAAAAAGTACAATAAAAAATTTAAAAAGCCATCAATGAAAGGCAGTTTCTGAACAGATACATTGTGGCTGGTATAAAGAATGATCTGTCAGATGGTAGTAGTGCGTGCTTTTAATCCCAGCTGGAACTGAAGTTACAGGTGACCAAGTCACCTTATGGATGTTGGGAACAGCCTCAGTACCAACTGCCCCTAACCACAGAGCCATCTCTTCAGTTCATCCTTTAAAAATTAACCTAAATAGAAATATCTAAAACAAAAGAAGCTATTTGTACAGAACATGCACATGGTCACTCTTCAGCCTCATTCGTTATTTGAGAATAGATAATCCCATTTAGTATCTTTGATTTGTGGTTACGTACACACACAGCATTGTATGGATTTAGTTGTTCTCGTTTTTTTAACCGGAAGTGGTTGCCTTTAGGGATAAGCAACTGAAGACTAGAAGGATAGTACAGTGTTTGAAAGATCTCTTTCTTTGGATGGCTTGTTTATATTATTTGTGGTCTAGAAATATTTTTGCTTACATCAAATAGCAAATATTCTTTGCACCTAAACATACTTAAGCATTTTAGGTTTTGCTAGTACCTTGTACCATGTTTTTGTTGTATTTCTTGTAACATTCCACATGTGTTTGTTTCTTGCAG
Seq C2 exon
ATCTTTCTAGACGAGTTGCATGAGCACGGGCAGCTGCACTCTATGTCCTCTTGGATGGAGCTGTATCCGACCATTAGCTCTGACATTCGATTCACTAATATGCTGGGTCAGCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004864:ENSRNOT00000006549:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.267 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0184614=FF=PD(23.2=28.9),PF0184614=FF=PU(10.7=13.3)
A:
NA
C2:
PF0184614=FF=FE(67.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]