RnoINT0120000 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002061 | Ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:RGD Symbol;Acc:1563360]
Coordinates
chr14:7768810-7783047:-
Coord C1 exon
chr14:7782502-7783047
Coord A exon
chr14:7768906-7782501
Coord C2 exon
chr14:7768810-7768905
Length
13596 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
ACTTTTAAAAATTGTTTTAGAGC
3' ss Score
6.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGAAGCTCCACTTCTGACGCACTAGACACACACAAGGCTCCACTCTCTCAGCAGACCTTTCTTAACAAAGGGCTTAGTAAATCTATGGGATTTCTGTCCGTCAGAGACACACAAGAGGAGGAAGATTATTCCAAGGAAATTCCCTCCGATAATAATTCCAGGCATGAAGACTCTGAGCCTTTCTCCTCCCCTTACCAGTTCAAAACTAGTAGTCCACACATTGACGTACTCTCTAAGAAGAAGACCTGGGCTTCGTCCATGGACTTGCTCTGTGCGGCCGACAGAGACCTTTCTGGAGAGATTGGAAGGTACCAACACTGTGACCCTGAGACAGGGACGGGACGGACGTCGATCACTTCTAGGAAGAAAGAAGGACGGTACTCTGACGGAAGCATTGCCTTGGATGTCTTCGGCCCTCAGAAAGCAGAGCCAGTGATCCACAGCCGAGAACTGCCGGCTTCCTCCGCTGTTTCGAGCGCTTTGGACCGAATTCGAGAGAGACAAAAGAAACTTCAGGTTCTGAGAGAAGCCATGAATGTAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCCAGTCCGAAGATACAAAACTTACCACAGCGATCTGTTCAGCACTTCCAGTGAAAGCCCGTCTATTATTTCCTCGGACTCAGACTTCAGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002061:ENSRNOT00000061162:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.607 A=NA C2=0.515
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]