RnoINT0147918 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000036598 | Tbc1d12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:RGD Symbol;Acc:9377071]
Coordinates
chr1:257572688-257584958:+
Coord C1 exon
chr1:257572688-257572770
Coord A exon
chr1:257572771-257584877
Coord C2 exon
chr1:257584878-257584958
Length
12107 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATAT
5' ss Score
7.3
3' ss Seq
ATGAATTTTTTTTTCTCCAGAAC
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AACTTTATGAAATCTTTCTTTCAAGAGCAAAAGAACGGTGGAAAAGCTTCAGTGAATCAAGTTCTGATAGTGACATGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000036598:ENSRNOT00000018668:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.207 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PU(2.4=17.2)
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]