RnoINT0151412 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006285 | Tlk2
Description
tousled-like kinase 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1310907]
Coordinates
chr10:93441420-93451644:+
Coord C1 exon
chr10:93441420-93441515
Coord A exon
chr10:93441516-93451476
Coord C2 exon
chr10:93451477-93451644
Length
9961 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGC
5' ss Score
8.8
3' ss Seq
GTTTCTTTAATGTTTTCCAGCGT
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGCTGGGGGAAGCGGGCCAGGAACCAGCCCTGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCG
Seq A exon
GTAAGCATTCACCTGGAGAATTTGACACCTATTATATAGGAGACCAATAGCCCAGGAACACTAAAGCCATTTTTCTTCCATTAATTACCCATAAGGAATGAGGGAGTAAACTTTGTACTATTGCCTATAAATCACTTACTTAGATTGACATCTTTTATAGTAAGTCAACTCTGTAAGAGTTGGTTCATTCTTTGATTCTTAATGGCAGTTGTTTAATTGCCTTTAAGCCTGTCTAGTTCACTAATCTGTCAAAAAAGTAATTCTAATGAGACGTTGGGTTTTAAACCATTGCCAAATTCAAATTTCTTTTCTTCCTTTTAAAAATTTAATCAGCTTCTGATATATCTTTTCGGCTTTCTCACTGATGTGGTAGAAAACATAATGTATTTGAGATTGGTTTGTTTTCATCCTTTAAGTGAGATTTCAAGGTTTTAGAAAAGGAGGACAAAGGCTAGGGAAGCCAGTGAACATTCTTATAAAGATAGCTCAGCACAGCCCCATGAGGCAAAGGGTTATCTGAGCAAAAATTGAGTAGTACTAATGTTGATCTTCCTGAACTAGCTAATGTAGGGTTTTGTATTACTTTGCCTCAGTGCCTTTAGATAATTTGTTGATTTGATAATCAGTCTACATGTGACTACCTGTCTTTATGTGAGATTTAAGGAGCTGGGGTAGAAGTTAAGTTAAAGGAGAGGTTGAGATGCAGCTTTGTAGGATAGTGTGCTTGCCTAGAATTTGCAAGGCCCTAGTTCAGCCCACAGTATGGCTTTCGCCTTGTCTCATGTAGTTTCATAGCTCAAGGGATTGTAAAGTTCAGTTGCCAACCCTGCAGATTGAGTGGCTTCTGTAATAAAGTTCCTACCTGGTTAACAGTGCCTGATGCTCTTTGTTCTTGCCCACCTGTGTACGGTACAGCAGCAGTCTTCCTGTACAGCACAAGGCTTCCCTGAGTATTGTGAAGCATTCTCCTGCTCAAACCCTCTGTATTGCTGTTCTCTTTTCCAGAACCATTCAACCTCTTCAATAGGATGTTGTTCAAAAATGACCTTAACAGAGGTGCTCTACCCTACCCAGCCTCTCTAAAATATCATTTTCTCATACCTGGTCACTTGTAGTACTGCTTTGTGTGTGCGGGTGTGCATGCTTAGGTGTGCACTTGCCACAGACTATAACTTGCGGTGTCTGTCCTTGCCTTGCACCTTGTTTAAGATAGGATCTCACCACTGCTGCGTGTACCCAGTCATCTGGCCTGAATGTTTTTGGATATGCTGTCTGTGCTTTTCCACTATAAGAGTATTCAGGTGGCAGACATTCATTCCCTTATGCAACTTTTTTTTTGTGAGTACTGGGGATTGAACTCATGTCACCATGCTTGCATGGCAAGTGCTTCTACCATCTAGCCATTTCTTCATCCTAATGGTGCTTTAAGACTTAGTGTTTGTAATTGCCCCTGTCCTTCTGTCTCTCTTAGTTTCTCACTCTACCTCCCAGAGGTCCCTTCCCTCCATGCACAAAGTTTAATATATACTTAATTTTTTAAATTGGTGTCTATTTTCAGAAGAATACACAAACAATAGTCCATAGTTTTCACAAAATGTACCAGCATAAGAAACCAAACATTACTAGCCCTAAAACATCACATTGTGTTCCTTGCCATTCCAGCCCTTCTCTGCCACTAGGCATAGCTGCTATTCATAAGAATCATAAATATGTATTGTTGTGTTTGGCTCTCTTTGTTCATTATTACTTTTGGGAGATTTATTATTGATATTGTCCTGCTTATTGTAGATCATTTATTGTTATTAGTATATAGTATAGTTTTAATATTTTGTGTAAGGGTGTACCTGCTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTCCACATGTACACATGTGAAGGCCAGATGACAACCTTGGATGGATGTCATTCCTCATGTGCCATCCATCTTTTTTTGAGACATGCTCACTCGCTGGGCTGGAACTTGCCAAGTAGGCTAGGCTGACTGGCAATGATCTGTCTGTCTCTGTTTCTTCAGTTTTGGAATTTCATGTTGTGTTACCATACGTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGGGGGGGTGTGTGTGTGTGTGTACCTCACAGTAAGTATGTATAGGTGGGAGGACAACTCATGGATGTTGGTTCTCTCCTACTGTATGGATTCAGGAGATCAAACTCAGATTGTCAGACTTGGCTTCAAGCATTCCATGCCCAGCTCTCTCTGCCTCTTTTAAGTTTTGTCCTTTTGGTTTTGTTTCATTTCATTAGGGGGCTGGTGAGACAGTTTCGTAGACCAGGCTGGCCTCACACCTGCCTCCACCTTCTGAGTGCTGGGGTAAAAGGCATGGGCCACCATGCCTGGCTATTCTTTAGGTGGGATCTGGGAACCCACCTCAGCTCTTTGTGCTTGCAGGGTAAGTGCTTTACCAACTGAGCCATCCCCTCAGCCTTGATATTAGTACATATTTATTTAATAATTTGTATGTTCTAATTTTTAACTATTAACTTACTACTTATCTCTTCCTGCTAAAGTATTAGCCTTATGAGAGAAGGCACCTTGCTGTATTTCTTGTTTGTTGCTATTTTTATCTGTTACAGTTTTTGTTTTGTTTTTTTCCAATTTCATTCCCGTTATTTGACATGGAAAAAACACTATCTTGTTCAGTTTTCAACCTCTAGCATTGAAAATGCTTGGGACCTAGGGGCCTCTCAAAATTGTTCAAAGAGAAGATAAATAAAGTGATGAAGTGTCATTTGTGTCCCTCTCCTTTGCAGGGGTGTATACTGAGTACAACTGAACTTTGGGGCCTTGTATTTTCTTAGCAAATGTTCCATTGCCGACCTACTTCCAAAGCCCCATTAATGATTTTGTTTTGTATTTTTGTTGAATATTTATTTTAAATTAAAAAATGTAAATAAAAGGTGAACATTTTCATGAAGGAGTTGATAAAAGTCATGACACCTGGCAAGCAGGGAATGTTTAAAATTTTAACAACAAAGAATATATGATTGAAAAGAATGGTCCTTTAAAGCTTAAAATATTTTCTTGGGCCCTTCAATAGTATTATAAAGATAGTTCTAGCCATCACATACAACAAGTAAACTGTTTTCAGCAATCTGTAAACTTAGATGTCCTTCCTTAAGCCCCTGAATGTATCCCACGTCTATCCCAGAGTAGTCGTGTTTCTGTAGGAGGTAACTGCTCTTCCTTAGAGTTCCACTGTTACCCCCAGCAGGCATGTTTAACTGAGTCACCTTTGTTAAGAACTGTTTAGACCTGTGTTTTGAGCTGGGGAGCGTAGCTCAGTTTAGAATATTGCTTGCTATAGTGGTGATACACACCTTTAATCTCAATACTCAGGAGGCAAAGGCAGGCAGATCTCTTGAGTTCAAAGCCAGTCTGGCCTACAGAGTGAATTCCAGCATAGCCAGATCTATACAGAGAAACCCATCAAAGAAGAAGAAGAAAAGAAAGAACATTGCTTGGTACTCGCTAGGCTTTAAATTTGATCTCTGCTGCTTGTTTTATCAGCTACTAAGACAGTGTGGGTACTTCTCTTATGACTGTAGAAGTTGCTCGTGTATTTATGTTAAACTTTACCTATGTATTAGGTGACTTTATTTACTTGAAGCCATTTATTTTAGGTCATTTCATTTGTATGGCCTGTATTTGTATATTTGTATACCACTTCTGCGCAGTATCTGAAGAGTCCAGAAGAGGGTGTCTGATCCCTTTACCTGAGTTATAGATAATTGTGAACTGCCGTGTGGTGCTTGGAATCAAATTCAGGTCTTCTGGTAGGGCAGACAGTGCTCTTAACTGCCAAGTCAATTCAGAGCTCTTGTTCAGATATGGTTTGTATGATTTTAGTAATCCGAACCATTATGTGTTCTTAATATTTCATTTTATATACAACCAGCTTTTATGATTCCTGGCCAATATAATATAGTTTGATTTTTCCTTCATATTTATATAAAATTTTCTCTTAAAGAAACTGCTATATTTACTCCATTTATTTAATTCTTTTGGTATTGATAATTGATTGAGACAGTGTCTCATGTGGCACGGGCTGGCCTTGAAATTGCTATGTAGTGTAAGGATGAACTTACTTTCTGATCCTCCTGCCCTCACCTACCGAGTTCTGGGATTGCAGTTGTTTGCCTCTATGCTTGGCTCCATGCCTGCTCTTTACTCTTGGTTTTTTATTGTGCTGGGAATTGAACTCAGGATCTAACTCCTACTAGGCAAGTGCCCTATCATTAAACTATATCCCTAGCCCTCTGCTGTGGCTGCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTAATTCTGAAGTTTCAATATGTATCATTTTTAATTATCTTCTTCTTGGTTATGACTCTTTGGAATCTGAGTTGGTGTGCTTCTCCAGTTTTGAGTGATTAATAGTTATTGTCTTCTTTCTAGATACCATCTCTGCACTGTGCATTTTCTGCCGTTAGCAGAGCACATAGGCATCATTTCCCCTTGTCTCTTGACTTCATTTCTATTCTTTTGATTGTGTTTGCTTCTTTGTAGATTATTTCTTCTTGCTCCTCAGTTTCCAGACTGTTTCACTGTCTTTTGTTTGCTATTAGCTGCACTGAGTTCTTTGTTACTGCTCCACCCCCTTGCCTCTGCCTCAATCTCCAGGATCTTGCTACGTGCTAAGTGAGTGCCCTACTGTGAACTCTTTCTAGCCTGAGTCCTGCTACTGCTTTTAAAAACAAAAACAAAACCTCTTTGCTGTTTACTTTTTTCAAGCTTTATTTATTCATTCTTTATTTTAAAGATTTAAAATTTTAATGTGTGACTGTTTGCCTGTGTGTATGTGTATGTATGTGAACCGTGTGTGTATCTTGTGGCCATATCAGAAGATGATGTCATAACCCCTTGGCATGAGGTTATGGATGGTATAGGTGCTGGGAACTGGACCAGGTCCTCTACAAGAGCATAATATGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCCAGTCCCCTTTATTGTGATTCTAGGTGTCAAACCACAGGTCTTGCTCAGCAAGTATTTTACCACTGATCTCTTATTTTTCTAAGTCTTGTACACATGACTTTATAGTCTGTACCTGATAATTCTGGCATCTGAAGTTTTTATTGGTTTGTTTCTGCTCTTCCTTTTTTCTTAGTTTTTTTTTTTTTTGTGGTTTTAGTTAACTGTACACTATTTGCTAATGATGTATAACTTGAAAAATTACTTTTGACTGAAGATGTTTGTTCTTTGAGGGAGAATTTTTGTTTCTTAGTTCCTAGAGAGTTTAGCTTTCTGATGCAACCTCATCATACTTAAGGACCATGTTTGTTTGTTTGGTTTATTTTGGTTGTTTCTGCTGTGAAAACTGGTTTGGATTGTCCTAACACTTTCTAAGCCTAGTTCCTACATTGCCAAGGCAACTTCCTTGAATCCCTGAGGATAGAAGAAAGGTCCCTCTTAGTTTACCCTTCCCTAAGAACTGCTATGCTGGAGGCCCAGGTTGAAATGGAAAGTGTTTCCTGTTGAGCTCTCTGCTTGGGTGGCTTTGGCTCATCATGGCGCCATAAATGAGTTTGATGGTTTTTTTTATTTATCATATGCTCTTAGGTTTTGTCCTAGCAGATCATGTTATATGTCTATCAAATCTTTGATGTTTGTATGTTCTTTAAAGATGTTCATCCCACCCTTTGAAAAATTGCTGTTTCGATAAAAAGTCTTAACTGTGCTGGCCTAACTGGCCTGGAACTTGTGGATTAAAGGCATGCATCCAGCCATGTTTGTCCATCTGCAATGTCTAGGAATTGAAGGACTTAACTATATGCCTGGCCTGTGTCATGTCTTTAAATTTGCTTTCTGAGGAAAGGTTTATTCAGACATCCTAACCTACCTTTGTTCTGAGAATGTTTAAAGGTTTTAGACCTTAATGGATAATTATTGAATATAGTCAACTTTTGACTAATGAGCTTGTTGTGATGAATGCTTGCCACAGTGTTATAGAGCATAAACTCAAGCCGCTATGTTTGGTAGGGTAAGAGTGATGATACTGAGGAGGACTAGTTACTTACAGATTGGGAAACTAAATTCATTTGTCAGTAGCATTTGATAAATTTATCTTACTTTTACTTTCTATAATGAGTAGTTAAGTAGCCAGGCATTGTGGTAGACAGCTGTAATCCCAGCACTTGTGAAGTTGAAGATAGAGAGTCATATGTTTGAGGTTAATCTGTGCTAAATAGCCAGACCCTGTTGTAAAAATTAAAGGACTACAGAGATGGTGCAGCATTTATGAGCACTTGTTTCCAGCACCCACACAGTGGCTCATAATCATCCATAACCTGTAACTCAGGGGATCCAACAAGCTTGCATATACTGCACATACATGCCTGCAAGTAAAATATTCATACAAATAAAATTAATTATTTTAAAGTAAGATAAAATTAGATGTAGGTTAAAATACATACTATGACTTAGAAGTTTTTTCTGATAAACAGATTAAAAAGTCCCCACAAAGCAGCCATTTCTACAGTGGGCCCTTAGTTCAGTGGGGACTGAGACAGGAAGTTCAAGGCCCACCTTGGCTGTAGAGCACGTTGAGAACCAGTGCATGCCTTCAGTGAGACTCTGTCTCAGAGAAAACAGAAATGATCTGGGGAAAGCCAGGTGTGGTAGTGCACACCTTTAAACACCAGTATTCAGAGGCAGGCAGATGCAGACAGATCTGAGCTGGAGGCAGCCTGGTTACAGAGTGAATTCTGTGACAGCCAGAGATACACAGTGAGTCATTACTCCCACCCCTATCCCCACCCCCAAAGAACTGGGGATATAGCTAAGCACATGCAGGGCAATCATCAGCCCTACCCTGGGTCTCCAAAGGCAGTTGACATGCAGTTGACAAATGTTTTTAGACTCTTCAGGTTATATACATGTGTGTGTGTACTAGTTTGTGCTAGTCTTCCTTATTTCAATGATATTAATGTATTCAGTGTCCTATATTTATATTTTATAAGTAGCGTTGTCATTGTAATTAATGTCTTTTTTGTATATATTTCATTGTTTTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTCTCTCTGTAGCTTTGGCTCTCCTGGAACTCACTCTGTAGACTAGGCTGACCTTGAACTCAGAGATCCACCTGCCTCTCCTAGGCACTGGATCAAAGGTGTGAGCCATCACTACCCAGATGTCTCAGCCAATAAAGGTTAGGCTCACATCCAAAAAAAATTTCTGTATAAGTCCTAAGTCAAAAAGTGTATTTATTTACAAAAGATCACTCCAAGCCAGGCATTGGTGATGGCACTCCTGTAATCCTAGCACTTGGGAGCTGAAATGTAGGTAGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAACTTGGTCATCAACTTGTCCTTCAGTTTTAGGACATCCAGGACTACACAGAGAGACCCTGTCATTGTGTAGTTATATAGAGAGGATATATGTAGATATACATTATATAAATAATAAATAGTGTTATGTAAATTTCTAGACAATTGCGAGCAGCTAGTTTCTCTTGGCATATCCAGCCAATACTGAATTTTGTCTTACAATTTTTCTACTGAGAAAAATACTTTGATTTAACTTTGATTTCTTCTCTAGGGATATTAAACATCTCTTCATATGTTGAATGGCCTTTTCAATTTAGCTTGGAGGACATTTTAAGTGTCATATATGCTGTATTTATGTTTACAGATTTGTGATATGTTTATGTTGACTTTTTTCATTCAACTTTATAAGCATCTTATTATTTTATACATTTTTAATGTCACTATGATTCAAAAACACACATGCATGTTACATTCCCAGGTGACCACTAAGTTATAACAGCATTTGCTTATTTTCTTGTATAATTTTTTTTTTCCTGAGACAGGGTTTTACTGTCTAGCTCTGACTGTCCTTGCTTTGAACTCACTTTGAACTTACATCAGACTGGCCTCAAACTCATGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGCGCTGGGATTAAAAGTAAGTGCCACCACCACCCGGCTTCTTGTTATAATTTTTATATGTGTGCTTGTCTTTTTTCCCTGTATAACTTCAGAAGTAAGTGTGTTCATCTTAAAAATACATTCCCTTTACTATGAAATATTATTTAGTCAGAAATTTTGTAGCCATATTTGAGACAATTATCACCCATGTAACTCAAAGCTGACCAAACTCAGTGGCCCTCACCTCATCCTCAAGTTTTGGAATTACAGGAATGTCATTCTGAAAGGAGTTTTGTAGTATGTTTTGATATCTAGTAAGATTTTCCTAATGCTCTTTTTTGGGGGAAGAGAGGTTCAAGACAGAGTTTGTCTGTGTAGCCTTGTCTGTCCTGGACTCCTGTAAACCAGGCTGGCTTTGAACTCATAACAGAGACCCACCTGCGTGGGATTTAGCACAAGTGCTAAGATTAAAGATGCATGCACACCACCACTGCCCGGCTTCCTAATATTCTCTGTTAAACATTGTGATTTTTCATGTAATCCCCAACTATAATCTAAAAACCAGTGAGAATTTATCCTTCCCCTCCAAGGCCTAGAGTAAGATAAGTAAAAACTCTATTGGCTTTAGAGAAATTTGGAATTTGTGTATTGTGAATTCAGAATAGGATATTACCATTTGGGTTGTCTTTCTGTTTGTTGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTTGCATGTTTGTTTTGACAGGATCCCCACATATCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGAGTGGTCATGACCTCACAGAGATCTACCTGCCTCTCCCTCCCTGTCCAGTGTAAATTGTCTTTTACGTTCATCTGTGAAGCTGTTTGGTTTTCTTTACATGTATTTTCATAGTCATTATTTTACATGTTTTTTGTTGTTTTGTTATTTTCAACTATTAATTTGCTGATGGTAACTGTTGGTGTTGCCTATACTTACCTTGTACTTGTGTATTTACTGAAGGTTTTTTGGCTAATTTGCTTGGTTTCCTTTGTGAATGTTTACGTCATCCAAAAGGGATACTTTTAAATATTTCCCAGTGTTTATATCACATTTTCTAAATTTTCTTTATGCCATATGTTACCTTTGGCCTATTCAACTGTAATGAAGGGTCTCTGCTATAGTACTCTTAATAATATTTTTAGTGACTTTGAGAAAATACTCACTTAGGTATTAAAATGGGATACTCCTAGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTATCTGATAATATACAAGCTGATTGATTTCTATTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCACTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGGTAAATCCCCAACCCCAGCTGATTGATTTCTATGATCCAAAGAGAAGAGTCATAATTTTTTCTACCATTAGGGTAATGAATTATTTTAGGAAATTTGCTAATTTTAACCGTCCTTGCATTTCTAGAATAAAGTACACATGCTTGTCACATGCGGTCCTTTACTGTCCTTGCTGTGCTTGCATTTAGAGTTTTGTGGGTGTGAGGTGTGAGAGTAGAATTCAGAGTGCAATAAGCCCTTGTCTACATAGCTGCACAGCAGTTAGTTTAATTTTTTGTTTACTTAGAGAAATAACGTTTCATTTGTCAAGATCGAGACGTTTATGAAGGTGACTTATTGAGCAGTACAAAGTAATCTGCACATTGGGAGTTTGTACAATTGAATCATTAGAATGTCTCTTATATACTCCGAGTGAGGTGTGCACTCAGGTTTGAAGATAGTGGCCGTGTGGTTGCGCTCTGTTTTCAGAGATGTTTTGTAAACCATACCTGTTCTAGCCTGTTGCATGCTTGTATTTTCAGATTATCTTTTCTCACATCAGTTGTGTGTTTCTTTAATGTTTTCCAG
Seq C2 exon
CGTCGAGTAGAACAGCCTCTCTATGGTTTAGATGGCAGTACTGCAAAGGAGGCCTCAGAAGAGCAGTCTGCCCTGCCAACCCTCATGTCAGTGATGTTAGCAAAACCTCGACTTGACACAGAGCAGTTAGCGCCAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCACTTTCGTCTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006285:ENSRNOT00000066484:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.726
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]