RnoINT0168159 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004268 | Zfp386
Description
zinc finger protein 386 (Kruppel-like) [Source:RGD Symbol;Acc:2985]
Coordinates
chr6:143901320-143909948:+
Coord C1 exon
chr6:143901320-143901386
Coord A exon
chr6:143901387-143909821
Coord C2 exon
chr6:143909822-143909948
Length
8435 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGC
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
TGTGTTCATTTTGATTTCAGGAA
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATTTCCAGCTTTTGGAAGCCCCGGTGCTTTACGAAATCACGGTAGCCGGAGAGCCATGGAGATG
Seq A exon
GTGAGCGATGGTCGCTAGGCTGAGCGGAGGGTTGGGTAGGCGGGAGTCTGCGCTCCGAGGGGCGCCTGGTCCGCTCGGCCTAGGGCGGAGTTGGGCGGCTGCGCGGACCTAGCGTCCTCGGGTGCCCCGGAAGGAGGAGCAGAGCAAACACTGATTTTGCTTCCAGTCCTTTCCCCTGCAGTGGCCTCTCTGTGTTTGCAGCCAGCAGACTGCTGGAGATGGCCTGAAGGACCATCAGAAAATCCAGTCTCCGTGGCGAAGGTTCCTGCGGGACAGCAGCTAGGCTCTCGGGTCTTCCTCCTCCCAGAGTTTTCCCGTTCCCCCCTTGCGCCCTGTGGTTGTCTCGGAAATAGGAGGTCAGCTCCGAAACCCTTTCCCCAGCCTGCAAATATGTGCGCCATTCCCAAACAGTATCAGTTGGTAGGCCACCGTGTCTTCAGTCAGACAGCTTTTGACGTCGGGTTTTTTTTTTCCCCCTCCAGATAATGAATGGCACTTTATTATTGTTTTTTAAAGTTTTCGTGTCAGTGAATCTTGGTTATACACCCTAATGAATTTCATTATGACGTTTTCATCCGTGTACGTGTATTTTGAACATATCTTCCATTATTCCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCACTGTAAACCGCTTCTTTCCTAACTGTCTTAGGGTAGACAGTTATCTTTTAGGATAGGTAGTCTATCTTTTGGTGAGCCGAGGAACTTCATTAGGGTTATTTACCGAAGGGTTAGTTACAGGAGCCTGGGTATCTAACTAGTGACAACACCAGACTAGAAAAACCTCTCAACCACTTATCAACGTTCACTGCCCACAAATCCTCAGGGAGGGGTGTGGCCTCGCGACCCCTCCCCCATGAAGTATTGTTAGGGCCAGTCTTTTGCAGGTCTGTGCATTTAATCACATTTGCTGACATTTTAGGTATAAGAGCCATGTCATACGTGCGAGATATCCTCAGGGTGGCATTTTCTAGGAATTTGTTTCTTAATAGGTCCCCCTTTCAACACCCTGGGTTTTTGTTTGTTGTTGTTTTTTAAGTCTTTTGATTTGATTTTTGTACTTTTCTTTTTTTGTCTTCTGAGCCACAGATACCTTCCCACAATATTTTCGGATTGAGTCTTCCCCTTACACGATGCCAACGCTCTGTGCTTTAGTGATTTCCTGCACCTGGGCCCAGCACTGTGTCCACAGCGTAGCATATACTGACCACTATGCCCTCTCCTTACACAACAACCTGAGCTGTGAGGTGCACCGAGAGAACAGCTAGATGCCCTGAGCCTGACAGGAAGCCCTCTTGTTGTATGCATGCCTTGGCTACTAAGAACAGTATTGAAGTCAACCTGTTGGAGTAGCCATTTTTTCAACACCAGGACTTCAATCCCTTAGTGACTGCTAGATTATGTGTTCATTCTGCTTCACGGTTTTAAAAACAGCTGTACCGAATTTACAGTTTAAACGGTTCTGTGCCTAGGTTTCCTTTCGAACACAATGGAATACTTTTTTTTTTTTTTTACTTCGACTCTCATATTACATCCCATCTGCAGTTCCCCCTCCCTCTTCTCCCAGCCCGCCCCGACATTACCTCTCTCCCAGATCCACTCCTCCCTTGAGAATAGAGCGGGCCTCCCAGGAATATCAACTGAACAAAGCATAATAAGTTACAGTAAGACTAGACGCATGTCAAGGCTGGAGCAAGGCAACTCAATAGGAGGAAAAGGGTCCCAAAAGAGTCAGAGACAGACCCCGCTCCCATGTTAATAGTCCACAAGAACAGCAAGCTACACTACTTTAACAAATATGGCAGAGGATCTAGGTCAGACCTTTATAAACTCCCTGATGGTCACTTCTTCAGTTTTTGTGAGCCCCCGTGAGCTCTGATCAGTTGGTTCTGTGGTCTGTGGAACACTTTATTCATCATGCTGGCCTGGCACCCGCTGGCTGTGTATTGAATCACAGGTTCAAGGCCTTAGAATCCACCTTGTCAGGTAGCCACTGGTACAATGCGTTATGAAACTTCTTCCTGGAAGAAACAGCGGTTGGTGCTTCTTGGAGTTATAGCCCATAGAAAACTTGGCCATCCGTTTAAGCCAGAAGATTTCCATGTGCTCAGTTCCCCCTTCTCCCAGAGCCTGGGGGTTCAGGATATAGGTCAGTGGAAGGGGTTAGCTCGGATCCTTCACTACGCAGGCAAACTCTAGGAAGAATAGGTAGACCTGGAGTCAAGTAGTATGGCCAACTTGAGAAGAGGGCCTGAAGAGTACGGAGCTCACACTCTGAACTTCCAGAAGCCCGTTAATGAGTAAGGTACGGGGAAATTCAGAACTCAAGGCATGTCCAGTCTGCGTGTGAGACCTCATCTCCAAGCAATAAAGACACAACCTCGTGAACTTGGCAGTGGGTTTCGTGACCCCAGGAGACTCAGGGAGCTGGGAGAGGGATGGCAAACAGGCACATTCAGATGTCTAGTGAAAGAGCGGACTTAACAGATGAGGGGTCTGAGTCACAACGAATGTGTCCTTTCTTCCCTTCAGCCCCAAAGCTTTTTCTCTCAAAACCTACACACTTTGTCGCTCTTCTTTTCCTTGGCAGATGTGAGCGAAAGTGTAATCAATCTAGTTAGGGCACCATGGTCAGAGTACAGCAGGGATTCCACTGAACCCGGCTTTGAAAACCGTGAATTCATTGGGTTTGCCTTTAGGAACATGGGTAACTGCACTGCCGCTGTGCCACTGAAAAGTCTTACCCCATAAAGTATGTCCAAACATAAAGGCTGTATGTATCGAGGCGTCGCACTTTAAATTAACCTTTTCACTCCTGCGTCTTCTAGCATCTTCCATGGTCTTGTGCAAATGGGAGGAAAGAGGATGAGACAGACGGAATCCCAGAATCGAGTCCTATGATGCCCCCATCTCATTCGGTCTCTTAGGGATATGAGCAGCCACATCTTCTTTGTGGTAGACCTAATATCTACTGTGTTTCTTTGTTCTTTTCTCTCATGCCTGCTTGACCAGGGTTAACTTAGTCTTGGTTATCTCTGTCCTGTATTGGGATAGTGGAAGAAATAATTGTTCTACACCATGACAGGGAAGCTACATAATACCTTCCTTTCTGGCCTTTACCACTCGTGTGGATTTTACATAAGACGTGTGAGCTCCAGGAGCTGTGGGCCTGCTCAGCAGCTCTCAGAGACTTGTTAGCCTTCTGACTTGTGCTTCTCGGTTCAGGATTCCTGAATTCTCCCACCAGCTTCGTAGGCCCAGTCAGTTCTGTATACTATTCCTTCTGTGGTCTGGGGCTGATGTCAGAGAAAGGACTGACAGTTACCTGAGAGCAGCAGTGGAGAACTTGTCAGCAAGTGAAGAGGGCATGGTACTAAAGCTTTTTCTCTGTAGATTTGTAAGTCTGGAGCACTCCCTTTCTGGTCACATCTATCTTTGTGTAGGGGTCTTAGCTGTCAGTTGTGTGTGCAAACTGTATGTGTGTTATGTAGCTTATATATAAAAAGGTTATGTAGCTTATATATAAAAAGGACTCTTGTCAGTATAGCACTCATCTGAGTCATGTTCTGATCTAGGCCTACTGGTCTGTGAAGAACTGAAGAAGCACTAATAAAATGTCTGTTGTCTTGAGAATGTACCGTGTGTGAGGGGATGGTCTTGATAGCTATTGTAGGAGCCAACTGATTAAACTGGAAGCTTTCTGAGTACCTCCTGTTTGTTCCAATGAAGCCCTGCAAATTGAGCCCCCTCTCCCTATGTCTTGAAAGTGGTTTGTCAGAAACATGAATGGGCACATTTCCAAAACTGAATGCTTTTGCTGGTTTTGTTAGCTGCTATCTGCCAAGCAGTCTGATGTTCTTTGACAGTTGCCATTAGCAGTTACATGTTCTTTTAGAGGGGCCTTACTGCAGCCAGGAATAGAAAGCTGATGTATATTAAAAGGCCATTGCAGGTGAGGACATTAGCAGCGCAGGTGCACACAGGACACGGTCTCATGCTGCTGCTTGTAAAGCTGGGGTAAATTCTTCATCACAGAGGAATTTCAGGATAAGCCATGTCCCAGACTTGGAGTTTGTTAGGAAGAGGTTCTAAGGTAGGTTTGAGCACGAAGGTTAATAGAAACAGGTTCTCAGAAAGGGGCACATACACCCATGTGTGGATGTCTGTAACAATTGCTTTAGACTAAACAATTATTTTTACGTTTTCAGTGCATTTTGAAGTTGCATCTCAGTGCTTGCTTGAAGAACTTAAATAAGATCTTACACCAGTTCCCATTATCCATGAGGAATGCATGAATAATTAGCGTTTTAATGCAAACAGTAATTGATAGCCTTTTGTGAAATTCTCAGAAAACATGTGGGAAAGGACTAAGGCCATTCTTGGAGATAGGCTCTATTTAGGTGCTGAGCGTTGTTCGTTGGTGTTTCGGTATTTTATTTGCAATGTCTGTATGGAAGGAACGCTGTCTCTGTGAGAGCAGCTGATAGCAGTGATGTCCGGTTGTGATTTGTGACTCATCTGAGTTGACATCAAGCAGACTCCAGAGTGAGAGGCTCCTTTTGCCTTCATTGTTCCCTCAGTTTCCCCCATCTCTCTGGCCTGTCCAGCTTGATACTAATGAACGCAGCAGTGGAATTGCCAGGGAAACACAAGAGCGCTGCCATGGAGACAGGGCTCCTTTTTTCCTAAGGAGCAGAATCATTCACGAGGGAGACCATGTAAAATGAAGCCTAGGGAAAATCCGGGATTCTTTGATGATCCTTGACACATGTACTGGGGTCAGGTGTCCTTAGGATGGATTCCAGGTGAGGGTAGTTATGCTGTTGATTGCTCTGACTTCTAAATTAGTTCCCAGGTGTGGCTTCTCTTTAATATGTCCCCAGGTCACTGTAGTTTACAGCCTACCCTTTGAAATCAGTAGTTGATGGCCTTTTGACTTGTCACTAGTTTTTGCTTTGTGGTTAGTACACAGATGAGTCAGCGTCAT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Seq C2 exon
GAACAGTTGACCTTCCGAGATGTGGCTGTTGACTTCTCTCCGGATGAGTGGGAATGCCTGGACCCTCCTCAGCAGAGGCTGTACAGGGACGTGATGGTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004268:ENSRNOT00000005648:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]