RnoINT0168180 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006703 | Zfp398
Description
zinc finger protein 398 [Source:RGD Symbol;Acc:1562129]
Coordinates
chr4:77523517-77535739:+
Coord C1 exon
chr4:77523517-77523912
Coord A exon
chr4:77523913-77535612
Coord C2 exon
chr4:77535613-77535739
Length
11700 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATA
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
CTATGTGATTATAATTTTAGGTG
3' ss Score
7.42
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTCTGAATGGGACTCGGAATGCCTTACATCCCTGCAGCCCCTTCCTCTTCCTCCACCTCCAGCAGCAAATGAGGCACATCTGCAGACTGCAGCCATTTCCCTGTGGACAGTGGTGGCTGCTGTGCAGGCCATAGAGAGGAAGGTGGAAGTCCACAGCCGGCGACTCCTCCACCTAGAAGGCAGGACAGGGACAGCAGAGAAGAAACTAGCAGGCTGTGAAAAGACAGTGACAGAGCTTGGGAACCAGCTGGATGGCAAGTGGGCCGTGCTGGGGACCTTGCTGCAGGAGTATGGGCTGCTGCAGCGGCGGTTGGAGAACTTGGAGAACTTGTTGAGAAACAGGAACTTCTGGATCCTGCGGCTGCCCCCAGGTATTAAAGGAGATATCCCAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCCTGTGGCATTTGATGATGTCTCCATCTACTTTTCCACTCCAGAGTGGGAAAAATTAGAAGAATGGCAAAAGGAACTTTACAAGAATATCATGAAGGGCAACTACGAGTCTCTCATCTCCATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006703:ENSRNOT00000008743:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF124173=DUF3669=WD(100=60.6)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]