BtaINT0063366 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004383 | FNBP1L
Description
formin binding protein 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20851]
Coordinates
chr3:50097517-50106635:-
Coord C1 exon
chr3:50106432-50106635
Coord A exon
chr3:50097627-50106431
Coord C2 exon
chr3:50097517-50097626
Length
8805 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GATTTAGATTCTCTTTTCAGGGC
3' ss Score
7.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTCAGATGGTAGTAGACTCCTTTAAGTCTGGATTTGAACCTCCCGGAGACTTTCCATTTGAAGATTACAGTCAGCATATTTATAGAACCATTTCTGATGGGACTATCAGTGCATCCAAACAAGAAAGTGGAAAGGTGGATGCCAAAACCACAGTAGGAAAGGCCAAGGGCAAGTTGTGGCTCTTTGGAAAGAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAAAGTCATTAAAATTTTCTGAGCTGATGATTTTGTTCTAGTCTGTCATTTAAAATAATATAGATATTGGATGGATAATGGTTTACTATTAATAGAGAATAAATATTTTTATATGAATGATTCAATTAACTTTTCACTTAGAAACATAGAATTTTGTACCTTAATAATAAAAATTAATTCTGAATTTAACATCATTTAATGAGTAAAAATATTAAATAAGTAGTATCTCTTAAATTATATACTTTTGAAATTTCATTTGTATGTAGTTTCAGTTCAAATTTTTTAGGAATCATGATGTGACTGTGAGATCACTGAAATTGCAGTTCTCAATTGGAATGATTGATCACAGCAAAAATAAATGTCAAATTAGGTCTTACAGATCATACTAACAGTTATTTTTATCATCCATGTGAATATTTTTATCATCCATGTGAATATTTAATGGGAAGGGGCTCAATGCGTGTAATTATTTGAAGTTTTAAAAAATCTCTAGTTTATTAAGAGAGTCTCTCTCTTAACTTCTTGTCTAAACCCATCTTTTGATGTGCTGGTTATTTTAGATAAATTTAGCTCAGCCAGTGAGCAATTGGAATAAATGAGTATTTAATCTTATCAATTTAATGGCTATAAAGTGTCATATCAGTAGGAGAATAGATAATCTGATGTTCTGTATTTGTTAAAGTATAGATTATTTTAATTCATTTTTCTGCTTTTGACATATGAATTTAGATAACATTTAACTCAAATTATAATATACCTATAAAAATCTTTAAAAGCACAATTAACTCAAGCTTTATTTATGCTTTTCATAACATTGTTCCATCGAGAAGTTGAGAGGTGAGACTTTTTTAAGACAGATCAGAGTAGCTAGGAAAACTTAGATAAACAAGGAATACTGAAAATTTTTTTTAAAAAAGAGGTGCAACAGGGATGAAATAGAAACAGAGATGAAAGCCACAAATGTAATGAATTTTTTTTTGCTTGTTTATGATAGTAGTTACAGTTTTAATACTTTATTTTAATAGATATTGCCTGTTTAGATAACTTTAACTATAGCTTCTGCCGTTATCTCTGACAAGTATAGGTTAAGTGTGACTAACTAGGTGGTTTTAATAATCTATAAATCAGAAGATATTTTTTTATCTAGGTCATATTGCTCTCTCTAACCTTATAATTTGTATACTCTATATTTTCAGTCTGTTAGCTTGTAAAAAAGTGACCAAATGAAATGGTACATTTTTAAAAGTACATTTGACTTTAAAATGACAGTTCTGGCAAAACTGTGTTAAGATTCTTATAATATTTTTACAGAAAACTATTTGAGATATATTTTGTAAAAAGTATGTTGCCAAAAATAGAATTTTCATTTAGGAAAAAAAGGTATGCACATTTGGCTTATTGATTCCTTTCTTTATTTCCATATTAGCCACAATCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACATTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGTCTCAAAAGAGGGGTAAGTTTAATAATGGGTTAAAATGCATGACGGCCTATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCTCCTATAAATATATAGTTTAAAACACCACAGAATTAAGTATAGCTGCCCTCAAGTTAAAAATAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGCTCAACCATAAAAGAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAATCATATTAGCTATTTTTCTTTTTTTTTGTTTATGTGAAGTCATATGTCCACCATTGTCTTGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGAAATTATTCATGTAATAATCTGTCACTAGTGACTTCTGTGAATTTTATAAAGTATTATTTTGTTGGCAAAAAAAAAATAAAGTTCCATTTTAATTTTAATTGCCCTACTTTCAGAAACATAAAACACAATTGCCAATAGTTAAATTTAAAAAATCAAAGACAGGCATGTTAAATAATCAAGATTGTAGATCAAATTAAAATAATATATTGCAAAGTATATTGTATAAGTTATAAAGCCTATAAAAATACTAGATTTTATTGAGTAATGGATACATGGAATTTGTTTTCTTAAACTGAAAAAAAAAAAAAGTTTTTTACCAAATTTTTCATTTTTTTCCCCATAAGCTAGCCTTTATCATTTACTTATAACTAAAGATTCCCTTGGAGAAGGAAATGGCAACCTACTCCAGTATTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTGGGATACAGTCCATGGAGTTGCAGAGAGTCAGACAGGACTGAAAGACTAACACAAAGATACTCTGCAAATGAAAAGTTTTAGGATAGTGAAAAACAAATACTAAACTGTTTCTTAGCAACAACTGTTAAATACTACTGATAAATTAGTGTTAATTCATTATGTTAGACTAATTTCTGTTGTTTAAGATCTGATTTGAAGGGCATGGTTGTAATATTCATAGCTCGTAATTTAGATACATTTAGATTTGTATGAGCATTTGTTTAGACATATAAAAATCTTAGGTGTAATAACCCACAGATGAGAACTCAAGAGTTTGTTAGTGTCATAAGAAGTCTAGTTGTTAACAGCATTGCACTCACTCTTGGACTTACTCTTACTTTCAGTCCCTCTCTCCTTTCTCTCTCCCTGCTGCTACTCCCTTCCTCTCTCCCTTTCTCCCCTTTCTTTTTCCTGTTCTGTCTAGCCTGTATGCTTCTCACTCTTCGGTAACAGTTTCTATCTTTAAATTGCTTTAGTTGGGTTTCTCTTTTGGTCATATGTAGAACAAGATACATATCTTATAGGGCAATATTATATTATTATTTGCTTTTCTACTCAAACAGTATGACAAGCTAATTGGTGTTAACAAGGCAACAGAAATGTCCCAGTGTATTACATTCTTTTGGGGACTTCCTTTTTTTCCTGTAATGACCTGAACTTCTTTGCATTACCTTTCCTAATTCTGTGTGTGAATGTAGGTTAATTCATGGCATTCTGAAAAGTCCCTGTGAATGAGTCTGTGTTACCCTTACAGGCACTACAGGTGCCTGTAATCAGTTTTAAAAGCTCTTTTCACTTGTTTAAAAGACTTTAAGAAATCATACTTGGGATTTTTGTTGCCTGAATTATGAGAGTAGAATTAATTCCCATCTTTCTTCTTTGTGATGACTTAGACTTCATTAAATATTATGCTCTTGCAGAAATCAATGGTAATCAAAAATTGCAATTATGTTTGTAATTTCTAGGAGCCATATTTTTGGAATCTCTCAGGTATCCTGCATATCGAGTCTACCAGGGCCAGTTACAGTACCTTGCACAGCATAGTCTTAGGGATATGAAGTACATACAATTCTGTGAAAAAAAGTTTAGTTAGTTAGAACTGTGAGCCCTGGAGAAAGAAGCTTAAATAAGTGACATCTTTATTGTTACTGAATAAATTCATAGGTAGAATTTTATAACTGTTGAACTTAAAAGTGTCTGTGTGGTCATTACTTATTATATTTCCACATATTGCTTCAGCTTTAAATACTAGGACATTTGTTGGGGTAGGGAGGCTAATTCCAGTAGGCCAAAATGGTTGCATTTATTATTAGTTATCATGCCAAAGAAAAAAGCAGTATGCAAGATAGAAAATATGATAGACAAACCAGCTGGAGAATGGAGAATAGAACAGGAAGTATAAAGTTCATTACCTTGGCATTGAGAAGTTTCTTTCTGCTTTGATTGATATTTGGTAGTTTAATTGATACTATTTCAAAATTGTGTTTTATTTCCACTTAAGAATGTTCTCAATATAGAAAAGGAAGAAGATATGCTTTAACAAACCATTTATGTGTTTTTACATGAATTTACATGTAAGTCCATAAAACTGAAAAAGTCTTATGGTTTATTAAAGCTGATGAGTTGTACCATTCAAATCAGAATCTTGTTTTGAGCTATATTTGTTTCATCATTTTTCTTAAATATCTGCTTTTGGCTTTTATAAAAATTTATAATTTCTTTCATTCTTAAGAAAACCTGCAGTTTCCATTATCTTTAAGGACATGAGAAATGTTATATTGGACCAGTGTTTTTTAATTTGATGGTGGTACTGGTAGACTTTTTCTGAGGGATGAGGGTCTATAATTTCCTTCTGTGACATCAAGGTCTAACCTTAAATAGATATTTAGTGCACATTCAAAAGCTATTTAATATAGAAATGAATAATTTTTAACTACTTCATTGGTGCTTACTGGGTGCTCCTTTTTCTTAGTGTATATATATATATATATATTTATCTAGCAGTAGTGAGTCCATCTAGCAAGTCCATGTTTACTGTCTAAATTATTCATGATCTTATAGGCTTATAGAGTCATTTTTGTAAGCTTTTATTATCCAGAATACTGTTCTCAGGATTTTCCTACCTTAAAGTTAAATACACGTAATAATTTGAATTGCCTAACTGATTTCCTTTTTAGCTCCCTTATGTATTTATTAAGATATAGGAGGTATGTGAAATTTTCAGTATAGTATTTCTCTATTGAACATGAATTGCTTTAAAAAAGACAAAATATATTTCTAATATTTACGAAGAACTTGAGTTTTTATATCCCCAAATCTAATGAACTGTGATTTTACTGTCTAATTAATAGTAAAACTAAGTTAGCTAAAAACTGAAACATTTAATATTTCAGTTTTAACTATATTACTCTTTTCTCTAAAATGTATTAATAAAGAAACTGGAAAAATAAGCTGCTTGAGATTATCATAAAAGAAATTCAAATAATTTACCTATTTTGTTTCTTATTGATATGATTTTGTTTTAATAATATTTATAGAAGACCATAAATATCTTATAAAAATTTAAAACTCGAATCTTAACAGGAATTTTGTCATAGC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Seq C2 exon
GGCCCAGCACTAGAAGATTTCAGTCATCTGCCACCAGAACAGAGACGTAAAAAACTGCAGCAGCGCATTGATGAACTTAACAGAGAACTACAGAAAGAATCAGATCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004383:ENSBTAT00000005756:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.255 A=NA C2=0.973
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF103924=COG5=FE(36.4=100),PF127872=EcsC=FE(32.1=100),PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.1=78.4),PF0218511=HR1=PU(25.0=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]