MmuINT0065323 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039735 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925642]
Coordinates
chr3:122252074-122261024:-
Coord C1 exon
chr3:122260821-122261024
Coord A exon
chr3:122252184-122260820
Coord C2 exon
chr3:122252074-122252183
Length
8637 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GATTTAGGCTCTCTTTTCAGGGC
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTCTCAAATGGTAGTAGACTCCTTCAAGTCTGGCTTTGAACCTCCAGGAGACTTTCCATTTGAAGATTACAGTCAGCACATTTACAGAACCATTTCTGACGGGACCATCAGTGCAGCCAAACAGGAGAGTGGCAAGATGGATTCCAAGTCCACAGTGGGGAAGGCCAAGGGCAAGCTGTGGCTCTTTGGAAAGAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAAAACCATAAAAATCCCCATATGCTAATCAAACTCTTACTTAGTAAGTTGAAAAAGACGTTGAATGGATAATAATTTATGACTGATAGAGGAGTAATTTCATTCAGCTTGAATGATTCAATTAATCTTTCACTAATTAGAAAACAGTCTTGTACCTTGAGCACTTAATAATGTGGAAGAATATTAACTGAGTTTTAATATCTAGTTAAATTACATGTTTTTACAATTTTATTTATATAGAGTGTCAGAATTCTAAGGCAATGTTTTATTGTTACTGCTTACTACAGTGGAGATTCTTAGTTGGGATAAATGATAATCAGCGTCAAATTACCTGCTATAGCTCATACTACTATAACCTTTTATTATCCATATGCAACTTTAATGAGAAGGGCTTAGTGTTTTTGATTTAACTTCAGCTTTTAGGAACCTCTAGTTTACTAAGAGAATCTTGCTCTTCTTGTCAAGCCTCAGATCTTGATGTCCTGTTAATTTTTGGAAGCTAAGCAAACATAGCTCAACACAAGAGCAAATAGGATAAACCAGCACTTTGTCTTTCTTGTCGATTTAGTCGTTGTGTTGGACCAGTAAGGAGAGATGTATTCCTTCTGTCTGATACACTGTAATTTTTAAAGTGTGCTTAATTAATTTAATTTAGTACTTAGATCTTGGCATATGAAAGTATATAACATTTAACTCAAATTCTCTAACTGCTACTGTCTTTAAAAAACACATTTATTGGTAACTCGGGCTTTACTTATGCTTTTAATAATACTGTCCAGTGAAGAGGTTGAGTGGTGAGACCTCTCTTGGTCACAGCAGAGGAGCCAGAGCTTACAAAGATGAGAATACCGGTGCTTATTTAAGAGGAAATGACCTGAGAGGAAAGCTAGGGATGGTGGGAAGATTTGCCTATTTATAGTAATCAGATACAGTTTTAGAAGTATTTTGTGTGATAACTTTAACTATAGTTGATGCCTTTATCTCTTGACAAGTACAAGTTAAATATAACCTATATAGAATCCATTATGATGCTAACATGCTGAAATCCAGAAAAAATTATTTTAGTCTAGGTTATATTGTTCTAATATAATTTGTATACTCTTTATTTTAATCTATCAGTTTGTAAAAAAAAAAAAGTGAAATGGTATTGTTTAAAAGTAATTGGCTTTTAAAAGATAATAGCTTTAGCAAAACTTTGTTTATTCTCTATTTTCATAGAAAACTTTAAAGTGTATTTTGTGAAAATATGTTGCCAGAAATAGAATTTTCATTTAGGACAACAAACTATGCACATTTGGCTTATTGATTCCTTTCTTTATTTCCATATTAGCCACAGTCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACACTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGGGTAAGTTTAATAATGGGTTGAAATGCATGATGGCCTAATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTCAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCCTATAAAGACACAGTTTAAAATCACCACAGAATTAAGTATAGCTGCCCTCAAGTAAAAACAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGTTCAACCATAAAAAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAGTCATATTTTAGCTTTTTTTGTTTATGTGAAATCATATGTCCACCATTGTCTTGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGGAGTTGCTTTGTAATGATTTGTCACTAATGCTGACTTCAACAACTTTATAAAATCTTGTTTTGTTGACAGTAAAATGTCAAGCTTGTTTTTATGCCCTCTTATTTTCAGATGCATAAAATATAATTTCTAATACCTTAATAAAAAACTAAAAAGCCGATGTGAGTGAAACACAGCTTTATAATTCCAGTACCTGGAAGACTGAGGCAGGAGAATAGAATTTGAAGCTAATCTGGGTTACATATGAAGTTTAAAAGCAGTCTTGGTTATACAGAGAAATGATATCTCCAAAAGCAAAAATAATTTTAAAAAGATTAAGTATATTAAATACAGAATCTTATATATCAAATTAATATACTAAATGGTATTATTTAATTATAAGGCCTATAAAATACTTAGTTATTATTGAGCAATATTCATATGGAATTTATTTTCTTAAACTAAATATAAACCTTTTTACTGGAGTTTTCCTTTTGCTTTTTATTAATTGACCAGCCTTAGACATCTAGTTTTTTAATAGTACTCTGCAAATGAAAATGTATAGACTAGAAAAATTCAAGTGCATTGTCCCTTAGCAATGACTGTTACACTACTAATAAATTAATGGTACTTCATTATGCTAATAACTTTTGTTTTTCTTGGTTTTGAAGATTGAACCTAGGTCCTTGTGTATACGAAATACTTAATCATATCACTAAACTACTTGCCTGGCCTGCTACATTTTCACTTTTATGTTTGAATTTTAGGTAATGCTCTTAATTATACAGCTACAATTTAGATTAATTTATTGAAGTTTTTGGCCATTTGAAAGACAGGTGTGCTAACCATACATAGCATCAGATCATTAACAGTAATTAATATACGAATACTAACAGTAATATACAAATATTAACAGTAATACACAAATAGTGTGTTCTTTCTCTTTTCTTTTTGTAGCTTTTCCCAGAATTAAAGTGCATTTTAGACACCTGATGCTAGTAATAACAGACCAGCCCAGTGTATTAGCATCTCCTTCAACTTTTTTACCATTCAGCTTCACTAGCTGAGTGTGGATAATAGAGGCAAGTCATGACCCTTAGAAAGGCTCCTCACAGAGACGTTTATTCTTGTGTGAGAGGTTTATTTGGTATCTCTTTTGCCTTAGTTATGAGGTAGAAGTTTTAAGTTGCTTCTTATAGAGAGACATAGTAAATTTAATTATATGGAAAAAATAATGCAGTTTAAAACTATAAGGCCTGGAGAGAGAATCTTAAATGTGCAGTATTCTTATTGAACAATTTGCAGTTAGAATTTTACAACAGCAATACTTAAAAATGGTTAGCTTACCCATTATTAGGTTTATTTTCATATGTTGCTTTAAATTGTCACACATTGTTTTTATAATTCTGGAAAACTTAAATTTCCATGTCTTAGTTGCCATAGTAACTGACTAGCGGCTTAGAGGACAGAACAGGGAGGAAAGTGTTTATCTTTGGGATTGACATTTTTATATTTTGATTGATATTTCAAAGTTTACTGGATAATATTTGAAAACTAATGCTAGAGATAGAAATGTTTTCTTGGCATTCAAGAATTCCACAAAGAAAGTAGGCCTTAATAAACTGTTTTCTTAACATATATTTACATGGATTTTTTTAGTCCACTAAGCTTACAGTGTAGGTCTTTGGACAGCTTCTAGCTGCTGAGTTGTACTTTCAGTTCAGATGCTATTTTCTGTCTTGTTGGATATTATGTTTCCTAAGTAGCTTCTCTAAAACACATACATATAATAAACATATACATATGTTTACTTTTAAAGAAAAACTGGTATATGCAGTCTTATAATTACGGATTTGAAAAGTGTTCCATCAGAAGGATGAGTTTGAGTTTGACAGCTGTGCCCCTAGACCTGTTCCAAGGGGAAGGTTCTATAGTTGCCCTCTGAGCTCAACTTCTAAGTGGGGGTGTGGGAAATACACCCAAACTTGACTGCTTAATACACAAATTAGCCTTTTTCTAATCTCTATAACTACTTTCTTTTGTTTTCGTAGCCATTCCTTTTTAAAGTAATAGAATTACCTAGCTTATAATAGGAGTCCATATTTGTGTCTTAATTATACATAATCCTACAGAGTTCAGAATACAGCTCCCGGGGTTTTGGCCTTTGTTAAGATGACACAACCTGAGTGTTTTCATTCCTTTACTTAATGTTAGTTCTCCTGTATTTTGCACGACCTTAAGATGTAATGGTTATATGAAGTTTTCTAATTTGTAAACTATTTCTATAAGAAAGTCTGATACTTTTACATTGAACATGTATTAAAACCAGATTTATGTTGTTCTTCTTATAGAGAACTTTTTCAGTGAATTTAAATTTATTTTCTACTTAGTAAAACTAGATAAGCTAAAATAGAAACATATGCTATTTCAGCTATAACTACCCTATTTTCTCTAAAAGATTAAAATACAAATTAGGAAAGTAATTATATCACTCAGTAGTGAAAATTAGTGTAAAAGATAAGGCAACTCAGTTAACTATTTTATTCCTTGTCATATTCAGTTTTGTTAGTGTTTAATAATACTATTGATATCTTTCCTTAATTACCTGGTTTTCTTACTATGAATTTTGTGATAGCAAAATAAAATGATTTTTTCTTCTTTAAAGTACTGACAGTCTAAAGAATGTTAAGCGTAGTTTAGAAAGACAATGGATAGCAAATGTCATCTTTTTGTCATGATCATTAATAAACATGGCCAACTCATCAGAGATAAGGGGTAGATATTTTTGCTAGATATTAATTAAATTTCTTTAAATTTTTTATGTGAAAATTTTATCTGACATATATTATCTTTCTTTAAATAAATTATGATTTAGAAAATAGGGACTGTTTTATTTTTTTATGAGGGATACTGAGGATTAAACCCATGGCCTTGCACGTGTGAGGCGAACGTCCACCCCTGACGTGTGTCTCCAGAGCTCTGCATGAAGGCATTTTAAGACTAGCTAAATGTGCTGAGTGTGAAAATTTGTAAATTTTGATGAATATTCTAGGCCACTGTGTGTATGTGCACTTGTGTGTGTGTGGTCCTGTGTGATACATTCTGGGCCATTTGCAGAATCCTGGTGTCAGAATGGTGTGTGATATGTTGATTCATAAGAGGACCCATAGTTGATCTCTTCAGACTCTGCTCATGCCGTGTCTTCTGAAAGGGTAA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Seq C2 exon
GGCCCAGCACTAGAAGATTTCAGTCATTTGCCACCAGAGCAGAGGCGGAAGAAGTTACAGCAGCGCATTGACGAGCTTAACCGAGGGCTGCAGAAGGAAGCAGACCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039735-Fnbp1l:NM_153118:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.279 A=NA C2=0.939
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.1=78.4),PF154561=Uds1=PU(36.8=86.5),PF0218511=HR1=PU(25.0=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: