HsaINT0065335 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137942 | FNBP1L
Description
formin binding protein 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:20851]
Coordinates
chr1:94000262-94009773:+
Coord C1 exon
chr1:94000262-94000465
Coord A exon
chr1:94000466-94009663
Coord C2 exon
chr1:94009664-94009773
Length
9198 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GATTTAGATTCTCTTTTCAGGGC
3' ss Score
7.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTCAAATGGTGGTAGACTCCTTCAAATCTGGTTTTGAACCTCCAGGAGACTTTCCATTTGAAGATTACAGTCAACATATATATAGAACCATTTCTGATGGGACTATCAGTGCATCCAAACAGGAGAGTGGGAAGATGGATGCCAAAACCACAGTAGGAAAGGCCAAGGGCAAATTGTGGCTCTTTGGAAAGAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAAAGTCATAAAATTCCTATATGCTAATCAGTTTAAGTGTACCAACTAAAACAATGTGGGTATTGAATGCAAAATGATTTACCATTAATGGAGAATAAATATTTTCAATTTGAATGATTCAGTTAACCTTTCACTTATATTAGGAATACCTTAACAGTAACAGTTATTTATGGATTTAACATTTGACTACCGCTTAATAATGGGTAAGAGTATTAACAAAGTTGTTAATATCTAGTTAAGTTATATGCTTTTGAAGTTTCATTTGTATGTAGTTTCCATCAGAATTTTTAAGGAAACATGATCTAACTAAAATAGCACTAAAATTGGAATTCTCAAATGGAATGAATGACCACAGCCATAATACATGTCAAGTTAGGTTTTATAGATCCTACTACTAAAATTATTTTTATCATCCATATGAGTTTTTAATGGGAAAGGTTCAGTCTTGGTTAATTGAAGTTTAAAACAATTTCTAGTTTGGTAAGAGAATCTCACTCTTAACTTCTTGTTAGAACCCACCTTCTGATGTGCTCTTTATTTTAGATAGATCTAGGTCAGCATGTGAGCAAATGAAATAGATGGGTGCTTTGTCTTTCTTATCAATTAAGTGGTTGTACTCGTGTCTTATTAGTAAGGAGAATAGAGAAATACTTTTAATCTGATGTGCTGTATTTATTAAAGTATACTTGATTATTTTAATTCATTTTTTGATCATGGCATATGAGTGTAGATAAAATTAAAATTTAACTCATTATAATATACCTGTATCTTTAAAAGCACAATTATAATTAACTCATGCTTTATTTATGCTTTTAATCATATTGTCCAGTCAAGAAGTTGAGAGGTGAGACCTGTTTTAAGTCAGATCGAGGTAGCTAGAAGAGCTTAGATGTACAAGGAATACTGGAATTAAAAAAAAAAAGGTGAAATAAGGATGAAATAGAAACAGCCTGAGAGGAAAGCCATGAATGTAATGAAAATTTTTTTGCCTATTTTTGGTAATAATCAGTTACAGTTTTAATATTTTATGTGCGACATTACCTGTTTAGATAACTTTAGGTGTAGCTGCCAGCTTTATTTCTTGACAAGTACCATGGTAATGCTAATATTCTAGAAATTAGAAGAGAATTTTAAAATCTAGGCCATATTGCTTTCTTTGACAATATAATTTGTGAACTCTGTGTTTTTAATTTGTCCGATGTTAAAAGTAATCAAGTGAAATGGTACATTTTAAAAAGTAAATTTGATTTTTTTAAATAATAGTTTTGGGCAAAACTATGTTTACTTTCTCATAATATTTTTACAGAAAACTTTATTTGAGATATATTTTGTGAAAAGTATGTTGCCAAAAATAGAATTTTCATTTAGGAGAAAACTATGCACATTTGGCTTATTGATTCCTTTCTTTATTTCCATATTAGCCACAGTCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACATTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGGGTAAGTTTAATAATGGGTTAAAATGCATGATGGCCTATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCTCCTATAAATACACAGTTTAAAAACACCACAGAATTAAGAATAGCTGCCCTCAAGTTAAAAACAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGCTCAACCATAAAAGAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAATCATATTTTAGCTATTTTTTTGTTTATGTGAAATCATATGTTCACCATTGTCTTGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGGAGTTACTCTTGTAATAATTTGTCACCAATGCTGACTTCACCTGCCAATTTTATAAAATATTATTTTATTGACAATAAAATGTCAAGCTCAATTTTAATTGCCCTGCTTATTTTCAGATGTATAAAACAGTTTCCAATAGTTAAAAAAAATTAAAGATAGGCATTTTAAATATCAAGATTGTTGTAGATCAAATTGAGATAATATATTAGAAAATAGATTGTAAATTGTAAAGCCTACAAAAATACTAGATATCACTGAGTAATGTTTACTAAACTGTTGTTTAGCAACAACTGTTATACTACTAATAAATACATTAGTGTTACTCTATTTAATGTTAGTGAGGCTAATTTTTCTTGTTTATGTTTGATTTTAAGGGTGTGCTTTTAATATTCATAACCTGTAATTTAGACTCATTTATAAGATTTGAGCATTTGTTGGGACATTTGAAAAACATAGGTTCATTAACCCATAGATGAGAAATCAGTCTTTCAATGTCGTAAGAAGCCTAACAATAATAATCTAAAATTAGGTTGTTTCGTTCTTCCTTCTTAGACCCTTCCCTCCCTTCCTTTCTCCTCTTTTCTCTCTTCTTACCCCTCCTTCCCTTCTATTTTTCTTCCTTTCTGTCTTCACATTGCATTTTGGCCTCCTATAGAACAAGATATATTAGTTTAGGGACAAGATTACATCTATATTGCTTTAAAACATTATGACAAACTTAACTGATGTTACTAATGCAGCAGAAATGTCCCAGTGTATTATGTCATTTTCTGGACTTCTTTTTTCCTCCAGTGACATGAACTTCTTTGCATCTGTCTTACCTAATTCTATATGTGGATGGTAGGTAATTGATGACATTTTGAAAAGTCCCCATGGATGAGTCTGTATGATAACTGTAGGCATGCCTATAATCACTTCTAAAAGCTCTGAACACTTGTTTGAAAGACTTTGAGAAATCATATTTGGGATTTCTATTGCCTGAGTTACAAGGCTAGAACTCATTCCCATGTTGCTTCCCTATGGCAGTTTATTTATTACTTATTTTTAATTTAAAATTGTTTTAAAGAGATGTGGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGATCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCAGTCCTCCCACTTCAGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGCATGAACCACTACTCCTCTGGCAATTTAGACTACACTAAATATTATATTGTTACATAAATCATGAGAAATTACTATGTAGTAGTCACGTTTTTGTAATCATTTGTATATCCTATATAATGAGTCTACCAGGCCCAGTTAAAATAGTCATATTTTACACTATATAGTCATAGTCATATTTTCCACATGTAGTCATAGAGATGCGAGGTAAGTGTAATTCTAAGGAAAAAAAAAACTCAGGCAATTAGAGCTATGAACCCTGGAGAGAAGCTTAAATATGTGTCATCTTATTTTTTTTTTTTTTGAATAAGTTTGTAGGTAGAATTTTATAACTGTAAAACTTAAAACTATTTGCTTATTGTTTCTCACAAATTATAGATATTCATAAGTTATTTACGTAAGATAGCATAAGTTATTTTTGTAGGGATCTAGTTTTAGAAGGCTGAAATCCCCTCCCAGATTTATTATTAGCTATACCACTCCAGAGAAGAAAGCAGTGTGAAAGAGAAAATATGACAAACCAACTAGGGGTTTAGAGGACAGAGCAGGGAAGAAAGTGGATTACAACTTGGAGGTTGAGAAATTTTTTTCTTTTGATTACCGTTTGGTATTTACTAGATATTTATCTCAAAAATTAACCTATAGAGATTTTTTTTCCACATAAGAATTTTCTCAATATAGAAAAATTCAAAAAGAAGAAGGTAAGCTTTAGTAAGCCTGCTTATATGTTTTTACATGGAATTTTCAGTCTATTAAGATTACAAAATAAGTCTAGAGGTTTCTTAAAACTGATGAGTTGTACCATTCAGTTCAGAAACTCCTGTTTTGTGCGATATTTGCTGCACATTGCTTTTCCTAAATAACTTCTTAAAAATTATGATTTTTTCTTTTTCTTTTCCTTTTTTAAAGAAAAACTCGTGTGTACAGATCCCAGTATAAATTAAGGATATGAAAAATGTTTTTGAGTTTGACAGTGGTATCAGCAGATCTTTTCTGAGGGAGGAAGTTCTATAATTTCCTTCTGTGACATTAAGTTCTAACCGTTAATGGATATTTGAGGATATACTCGAACTTAACTACTTAAAAACAAACTAATAATTTTTACTCTATTGCTACTTTGAGTTTTATTGGATACTGTTTTTTAAGTTATTTATTTAGCAATGAGTCCAGGTTTTCTCTCTGAATATTTATGACTTTATAGACTTTCAGAGACATTTTTCTAAGCTTTTATCTCTCCAGAGTAGTTCTCATGAAATTTTGTCCTATTTAAAATGAAATACACCTAATAATTTTAATTGTCTAAATGATTTCCTTTTTAGCTCTCTTGTGTTTATTAAATGTAGTTGAGTATATGAAGTTTTCTAGTTTATGAGTATATAATTGTATATGAGAATAAGATATTTTTGTATGGAACATGTATTACTTTAAAACCTTACACAGAACATATGTCTAATATTTTTACAAAGAACTTGAGCTTTGTATATCCCCAAATCTAATTATCAAATTTCCAATTGATAATTTAGTAAGACTAGATTAACAAATAGCTGAAACATTTGATATTTCAGCTATAATTATCTTAATGTTTTCTCTAAAATATTAATATAGAAATTAGATAATTTGCATCACTTAGAAATTTCACTGGTGAAAATTATTGAAAGATAAGTCAAATTCATATACTTCAAATATTTTGTTGCTTGTCCTATGTATAATTTCATTTAATAACATTTTTGAAAGACTGTGAATATCTTTCTTCAAACCTTTCTATTTCCTTACCAGGAGTTTTTTAATAGCAAAATAAATTTTTTTGTTTCTCAAAAATACTGACAGTCTAAAGAATGTTAAGCTTAATTTGGAACGATAATGCATAAGCAGTGACCAACTCATCAGAGATAAGGGGTAGATATTTTTGTCAGATTATTTATTAAAATTCATTCATATT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Seq C2 exon
GGCCCAGCACTAGAAGATTTCAGTCATCTGCCACCAGAACAGAGACGTAAAAAACTACAGCAGCGCATTGATGAACTTAACAGAGAACTACAGAAAGAATCAGACCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137942-FNBP1L:NM_001024948:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.292 A=NA C2=0.954
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127872=EcsC=PU(16.8=32.4)
A:
NA
C2:
PF127872=EcsC=FE(27.5=100),PF103924=COG5=PU(36.8=86.5),PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.1=78.4),PF154561=Uds1=PU(36.8=86.5),PF0218511=HR1=PU(25.0=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)