RnoINT0061845 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013798 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:RGD Symbol;Acc:1305386]
Coordinates
chr2:226698916-226707777:-
Coord C1 exon
chr2:226707574-226707777
Coord A exon
chr2:226699026-226707573
Coord C2 exon
chr2:226698916-226699025
Length
8548 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GATTTAGACTCTCTTTTCAGGGC
3' ss Score
7.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTCAAATGGTAGTAGACTCGTTCAAGTCTGGCTTTGAACCCCCAGGAGACTTTCCATTTGAAGATTATAGTCAGCACATTTACAGGACCGTTTCTGATGGGACCATCAGTGCCTCCAAACAGGAGGGTGGCAAGATGGATTCCAAGTCCACAGCAGGGAAGGCCAAGGGCAAACTGTGGCTCTTTGGAAAGAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAAAAATTATAAAGTCCCGATACACTAATCAAACTCTTCTTAGTAAGTTGAAAAAGACATTGAATGGATAATAATTTGTGACTAAATAGAGGAATAATTTCAGTCAGCTTCAATGATTCAATTAATCTTTCACTAATTAGAAAAGTCTTGTACCTTGAGCACTTAATGTGGAAGAATGTTAACTAAATTTTAATATCTGAAGTGTCAGAATTCTAAGGCAGTATTTTACTGTTACTACTTACTGCAGTGGAGTCTTAGTTGGGACAAATGATTAAACTCACTGATTAGCAGTGTCAAATTACATGTTATCGCTCACACTACTACAACCTGTTATTATCCACATGTGATTTTGATGAGAAGGGCTTAGTGTTCTTGATTGACTTCAGCTTTTAGGAACCTCTAGTTCACTAAGAGAATCTTGCTCTTCTTGTCAAACTCCAGATTTTGACGTACTGTTAATTTTTGGAAGCTAAACAAACAACAGCTGAACACACGAGCAAAGGAAGCAGAGCAGTGCTTTGCCTTTCTTGTCGATTCAGTGATTCTGGTGGACCAGCAAGGAGAGCTGTATTCCTCTGTCTCATACACTGTCATTTTTAAAGTGCGCTTATTTAATTTAGTACTTAGAACTTGGCATATGAAAGTATATAAAACTGAACTCAAATTATGTAACTGCTGGTATCCTTAAAAACACATTTATTGGTAACTCAGGCTTTACCTATGCTTTTAATAATACTGTGCAGTGAACAGGTTGGGCAGTGAGACCTTAGAAAGATGAGGATCCCAGTGCTTGTTTCCGAGGAGATGGCCTGAGGAAAGCTAGGGCGTGATGGGAAGCTTTTTGCCTACTTATGGTAATCAGATAGTTTTGGAAGTATTTTGTGTGATAACTATAACTGTAGTTGATGCCTTTATCTCTTGACAGGTACAAGTTAAATATAACCTGTATAGAATTCGTCATGATGCTAACATGCTAAAATCCAGAAAACATTTGTTAGTCTAGGTTATATTGTTCTCTCTAACATAATCGGTATACTCTATATTTTAATCTGTCAGTTTGTTAAAGTAAAATGGTATTGTTTAAAAGTAATTGACTTTTAAAAGATAATAGCTTTAGCAAAACTATGTTTACTCTCTATTTTCATAGAAAACTTTATTTAAAGTGTATTTTGTGAAAATATGTTGCCAGAAATAGAATTTTCATTTAGGACAAAAACCTATGCACATTTGGCTTATTGATTCCTTTCTTTATTTCCATATTAGCCACAGTCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTCCTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACACTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGGGTAAGTTTAATAATGGGTTGAAATGCATGATGGCCTAATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTCAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCCTATAAAGACACAGTTTAAAATCACCTCAGAATTAAGTATAGCTGCCCTCAAGTAAAAATCAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGTTCAACCATAAAAAAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAGTCATATTTTAGCTTTTTTTGTTTATGTGAAATCATATGTCCACCATTGTCTCGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGGAGTTGCTCTTGTAGTGATTTGTCACTGATGCTGACTTCACCTACCAATTTTATAAAATCTTGTTTTGTTGACAGTAAGATGTCAAGCTTGATTTTTATACCCTACTTACTTTTAGATGCATAAAATATAATTTCTAATACCTTAATAAAAAACTACAAAGCCGATGTGAGTGAAATATAATTTTATAATTCCACCACCTGGAAAGCTAAGGCAGGATAGAATTTGAAGTTTAAAACCAGTCTTGGTTATACAGAAATGATATCTCCCAAAGCAAAAAAGTAAAAGTATAAAAAGAAGATAAGTATATTAAATACAGAATCTTATGTCAAATTAAATACTAGAAAGTATTATTAAATTATAAAGCCTATAAAGTGTTACTACTATTAAGTAATGTTCATATGGACTTCATTTTCTTGAACTAAATATAAACCTTGTTACTGGATTTTTCCTTTTACTCTTTTTAGATTGGCCAGCCTTAGACGTCTAGTATTCCTGATAGTACTCTGCAAATGGAAGTGTATAGACTAGAAACATTCAAATGCCTCTTAGCAGTGACCGTTACAGTACTGAGTAATGGCATGTCATTGTGCTGATAGGACTAATTTTTGTTTTTCTTGGTTCTGAAGATGGAACCTGGGTCTATGTGTACATGAAAACGCTGTCATTATGCTACTTCTAGCCCGCTAACTTTCCACTTTCATATCTGAGTTTTCGGTAATGCTCTTAATTATACAGCTGCAGCTTAGATGAATTCATAGCAGCTTGGTCATTTGAAAGACAGGTGTGATAACCGTATACAGCATCAGATTGTTAACAGTGAAATATGAACAGTGTGCTCTTTCCTTTCCGTTCAGTAGCCGTTCCCAGAATTAAAGTAGATTTTAGACACCCGAAGAACAAAATGTACTTGTTTAGGGCAAGATCACATTTTTTTATTCTAAACTATTAAGACAACGTGACAAACTTCCCAGATGGCAGTAATAACAGACCAACCCAGTGTATCAGCATTTCCTTCAACTACCCTTTTACCTCTCAGCTTCCCTAACTGTGTGTGGGCAATTCACGACCCTTAGGAAGGAAAGTTGCTCACAGATAAGTTTGTTTTGTGGACAAGCACCCTGGCTGTCACTTTGTATTCTTGTGTGAGAGACTTAATTTGCCGTGTCTTTTGCCTTAATTATGAGGTAGAATTTTTAAGTTGCTTCTCATAGAGATACATAGTAAACTTAATTACATGGTAAATTTAATGCATTTTAGAACTATAAGGTCTGGAGAGAGAATCTTAAATGTGTAGCATTCTTATTGAACAATTTGCAGTTAGAATTTTACAACTGCAGCACTTAAAAATTGTTAGCTAACCCACTATTAGGCTTATTTTCATATGTTGCTTTAAATCGTCACACATTGTTTTTATAATTCTGAAAAACTGAAATCTCCCTCCATGTCTTAGTTGCCATAGTATCTAACTAGAGGATTAGAGGACAGAGCAGGGAGGAAATTGTTTATATTTGGGATTGAAATTTTTATATTTTGATTGATCTTTCAAAATTTACTAGATAATATTTGAAAATTGATACTAGAGATAGAGATGTTTTCTTTCCACTCAAGAATTCCACAAAGAAAGTAACCTTTAAAGAACTGTTTTTTTATGTGGATTTACATGGATTTTTTCAGTCCACTGAGCTTACAATGTAGGTCTTGGGAGAGTTTCTAGCCACTGAGTTGTACCTTCAGTTCAGAAGCTGTTTCTGTCTTGTGGGATATTGTGTTTCCTAAGCAGGTTCTCTAAAACACATACATATAATGTACATATGTTTACTTTTAAAGACAAACTGTTGTATGCAGTCTCATCCTTAAGGATGTGAAAAATGTTACATCAGAACCATGTTTTTCAGTTTGACAATTGTGCCACTGGATCTATTCCAAGGGATAAGGTTCTATAATTGCTCTCTGTGGTCTCAAGTTCTAAGTGGGTGTTTGGGAAATACACCCAAACTTGACTGCTTAATACACAAATTAGCATTTTTATCTCCATAACTACTTTCTTTTGTTTTCATAGATACTCCTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTCTTTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCACTTGCTAGACAAGCGCTCTACCACTGAGCCAAATCCCCAACCCTAGATACTCCTTTTTAAAATAATAGAATTACCTTGCTTATAATAGGAGTTCATGTTTATGTTTTAATTATACATAATCCGACAGAGTTCAGAATACAGTTCCTGGGGTTTTGGCCTATTTTAAGATGAAACACTCCTAATTATTTTCATTCCTTTACTTAATGTTAGTTCTCCAGTATTTTGTACTACCTTAAGATGTAGTAGTTATATGACATTTTCTAATTTGTAAACTTTCTATATGAAAATCTGATAATTTTACATTGAACATGTATTAAAACCAATATTTATATTCTTCTTATAGAGAACTTTTTCAGTGACTTTAAATTTATTTTCTACTTAGTAAAACTAGATAAGCTAAAATAAAAACATTTGATATTTCAGCTATAATTCTATTTTTTCTAAAAGATTAAAATATAAATTAGGAAAGTAATATCACTCAGTAGTGAAAATTACTATAAAAGATAAGGCAACTCAGTTAATTATTTTATTCCTTGTCATATACAATTTTGTTAGTGTTTAAGAATTCCATGGATATCTTTTCTTAATTACCTGTTTTTCTCACTGTGAATTTTGTGATAGCAAAATAAACTGATTTTTGCCTATTTCAATACTGAAGTCTAAAGAATGTTAAGTGTAGTTAGGAAGACAATGGGTAGCAATTGTCATCTTTTTGTCATGATCATTAATAAACATGGCCAACTCATCAGAGATAAAGGGTAGATATTTTTGCTAGATATTTATTAAATTTCTTTAAATAGTTTACGTGAAAATTTTATCTGACATGTATTATCTTTCCTTAAATTATGATTTAGAAAACAGGAACTTTTTTTAAATGAGGGATACTGAGGATTGACCCCCATCCCCATGGCCTTGCACGTGGGAGGCAGGTGGTCTAGCACTGACGTGTGTCCCAGGCCCCCTAAGTGAGGACATTTTAAGACTAGCTAATTGTGATGAGTGTGAAGATTTTTAAAGCTTGATGCATATTCTAGACCATTGTGTGTATGTGCACTTGTGTGTATGGTCGTGTGTGATCCATTCTATGCCACTTGCAGAATTCTGTTGTCACAATGGTATGTGATATGT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Seq C2 exon
GGCCCAGCACTAGAAGATTTCAGTCATTTGCCACCAGAGCAGAGGCGTAAGAAGTTACAGCAACGGATTGATGAGCTTAACCGAGGGCTGCAGAAAGAATCAGACCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013798:ENSRNOT00000019244:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.373 A=NA C2=0.955
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.1=78.4),PF0218511=HR1=PU(25.0=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]