MmuINT0065323 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039735 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925642]
Coordinates
chr3:122549156-122558106:-
Coord C1 exon
chr3:122557903-122558106
Coord A exon
chr3:122549266-122557902
Coord C2 exon
chr3:122549156-122549265
Length
8637 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GATTTAGGCTCTCTTTTCAGGGC
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTCTCAAATGGTAGTAGACTCCTTCAAGTCTGGCTTTGAACCTCCAGGAGACTTTCCATTTGAAGATTACAGTCAGCACATTTACAGAACCATTTCTGACGGGACCATCAGTGCAGCCAAACAGGAGAGTGGCAAGATGGATTCCAAGTCCACAGTGGGGAAGGCCAAGGGCAAGCTGTGGCTCTTTGGAAAGAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAAAACCATAAAAATCCCCATATGCTAATCAAACTCTTACTTAGTAAGTTGAAAAAGACGTTGAATGGATAATAATTTATGACTGATAGAGGAGTAATTTCATTCAGCTTGAATGATTCAATTAATCTTTCACTAATTAGAAAACAGTCTTGTACCTTGAGCACTTAATAATGTGGAAGAATATTAACTGAGTTTTAATATCTAGTTAAATTACATGTTTTTACAATTTTATTTATATAGAGTGTCAGAATTCTAAGGCAATGTTTTATTGTTACTGCTTACTACAGTGGAGATTCTTAGTTGGGATAAATGATAATCAGCGTCAAATTACCTGCTATAGCTCATACTACTATAACCTTTTATTATCCATATGCAACTTTAATGAGAAGGGCTTAGTGTTTTTGATTTAACTTCAGCTTTTAGGAACCTCTAGTTTACTAAGAGAATCTTGCTCTTCTTGTCAAGCCTCAGATCTTGATGTCCTGTTAATTTTTGGAAGCTAAGCAAACATAGCTCAACACAAGAGCAAATAGGATAAACCAGCACTTTGTCTTTCTTGTCGATTTAGTCGTTGTGTTGGACCAGTAAGGAGAGATGTATTCCTTCTGTCTGATACACTGTAATTTTTAAAGTGTGCTTAATTAATTTAATTTAGTACTTAGATCTTGGCATATGAAAGTATATAACATTTAACTCAAATTCTCTAACTGCTACTGTCTTTAAAAAACACATTTATTGGTAACTCGGGCTTTACTTATGCTTTTAATAATACTGTCCAGTGAAGAGGTTGAGTGGTGAGACCTCTCTTGGTCACAGCAGAGGAGCCAGAGCTTACAAAGATGAGAATACCGGTGCTTATTTAAGAGGAAATGACCTGAGAGGAAAGCTAGGGATGGTGGGAAGATTTGCCTATTTATAGTAATCAGATACAGTTTTAGAAGTATTTTGTGTGATAACTTTAACTATAGTTGATGCCTTTATCTCTTGACAAGTACAAGTTAAATATAACCTATATAGAATCCATTATGATGCTAACATGCTGAAATCCAGAAAAAATTATTTTAGTCTAGGTTATATTGTTCTAATATAATTTGTATACTCTTTATTTTAATCTATCAGTTTGTAAAAAAAAAAAAGTGAAATGGTATTGTTTAAAAGTAATTGGCTTTTAAAAGATAATAGCTTTAGCAAAACTTTGTTTATTCTCTATTTTCATAGAAAACTTTAAAGTGTATTTTGTGAAAATATGTTGCCAGAAATAGAATTTTCATTTAGGACAACAAACTATGCACATTTGGCTTATTGATTCCTTTCTTTATTTCCATATTAGCCACAGTCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACACTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGGGTAAGTTTAATAATGGGTTGAAATGCATGATGGCCTAATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTCAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCCTATAAAGACACAGTTTAAAATCACCACAGAATTAAGTATAGCTGCCCTCAAGTAAAAACAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGTTCAACCATAAAAAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAGTCATATTTTAGCTTTTTTTGTTTATGTGAAATCATATGTCCACCATTGTCTTGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGGAGTTGCTTTGTAATGATTTGTCACTAATGCTGACTTCAACAACTTTATAAAATCTTGTTTTGTTGACAGTAAAATGTCAAGCTTGTTTTTATGCCCTCTTATTTTCAGATGCATAAAATATAATTTCTAATACCTTAATAAAAAACTAAAAAGCCGATGTGAGTGAAACACAGCTTTATAATTCCAGTACCTGGAAGACTGAGGCAGGAGAATAGAATTTGAAGCTAATCTGGGTTACATATGAAGTTTAAAAGCAGTCTTGGTTATACAGAGAAATGATATCTCCAAAAGCAAAAATAATTTTAAAAAGATTAAGTATATTAAATACAGAATCTTATATATCAAATTAATATACTAAATGGTATTATTTAATTATAAGGCCTATAAAATACTTAGTTATTATTGAGCAATATTCATATGGAATTTATTTTCTTAAACTAAATATAAACCTTTTTACTGGAGTTTTCCTTTTGCTTTTTATTAATTGACCAGCCTTAGACATCTAGTTTTTTAATAGTACTCTGCAAATGAAAATGTATAGACTAGAAAAATTCAAGTGCATTGTCCCTTAGCAATGACTGTTACACTACTAATAAATTAATGGTACTTCATTATGCTAATAACTTTTGTTTTTCTTGGTTTTGAAGATTGAACCTAGGTCCTTGTGTATACGAAATACTTAATCATATCACTAAACTACTTGCCTGGCCTGCTACATTTTCACTTTTATGTTTGAATTTTAGGTAATGCTCTTAATTATACAGCTACAATTTAGATTAATTTATTGAAGTTTTTGGCCATTTGAAAGACAGGTGTGCTAACCATACATAGCATCAGATCATTAACAGTAATTAATATACGAATACTAACAGTAATATACAAATATTAACAGTAATACACAAATAGTGTGTTCTTTCTCTTTTCTTTTTGTAGCTTTTCCCAGAATTAAAGTGCATTTTAGACACCTGATGCTAGTAATAACAGACCAGCCCAGTGTATTAGCATCTCCTTCAACTTTTTTACCATTCAGCTTCACTAGCTGAGTGTGGATAATAGAGGCAAGTCATGACCCTTAGAAAGGCTCCTCACAGAGACGTTTATTCTTGTGTGAGAGGTTTATTTGGTATCTCTTTTGCCTTAGTTATGAGGTAGAAGTTTTAAGTTGCTTCTTATAGAGAGACATAGTAAATTTAATTATATGGAAAAAATAATGCAGTTTAAAACTATAAGGCCTGGAGAGAGAATCTTAAATGTGCAGTATTCTTATTGAACAATTTGCAGTTAGAATTTTACAACAGCAATACTTAAAAATGGTTAGCTTACCCATTATTAGGTTTATTTTCATATGTTGCTTTAAATTGTCACACATTGTTTTTATAATTCTGGAAAACTTAAATTTCCATGTCTTAGTTGCCATAGTAACTGACTAGCGGCTTAGAGGACAGAACAGGGAGGAAAGTGTTTATCTTTGGGATTGACATTTTTATATTTTGATTGATATTTCAAAGTTTACTGGATAATATTTGAAAACTAATGCTAGAGATAGAAATGTTTTCTTGGCATTCAAGAATTCCACAAAGAAAGTAGGCCTTAATAAACTGTTTTCTTAACATATATTTACATGGATTTTTTTAGTCCACTAAGCTTACAGTGTAGGTCTTTGGACAGCTTCTAGCTGCTGAGTTGTACTTTCAGTTCAGATGCTATTTTCTGTCTTGTTGGATATTATGTTTCCTAAGTAGCTTCTCTAAAACACATACATATAATAAACATATACATATGTTTACTTTTAAAGAAAAACTGGTATATGCAGTCTTATAATTACGGATTTGAAAAGTGTTCCATCAGAAGGATGAGTTTGAGTTTGACAGCTGTGCCCCTAGACCTGTTCCAAGGGGAAGGTTCTATAGTTGCCCTCTGAGCTCAACTTCTAAGTGGGGGTGTGGGAAATACACCCAAACTTGACTGCTTAATACACAAATTAGCCTTTTTCTAATCTCTATAACTACTTTCTTTTGTTTTCGTAGCCATTCCTTTTTAAAGTAATAGAATTACCTAGCTTATAATAGGAGTCCATATTTGTGTCTTAATTATACATAATCCTACAGAGTTCAGAATACAGCTCCCGGGGTTTTGGCCTTTGTTAAGATGACACAACCTGAGTGTTTTCATTCCTTTACTTAATGTTAGTTCTCCTGTATTTTGCACGACCTTAAGATGTAATGGTTATATGAAGTTTTCTAATTTGTAAACTATTTCTATAAGAAAGTCTGATACTTTTACATTGAACATGTATTAAAACCAGATTTATGTTGTTCTTCTTATAGAGAACTTTTTCAGTGAATTTAAATTTATTTTCTACTTAGTAAAACTAGATAAGCTAAAATAGAAACATATGCTATTTCAGCTATAACTACCCTATTTTCTCTAAAAGATTAAAATACAAATTAGGAAAGTAATTATATCACTCAGTAGTGAAAATTAGTGTAAAAGATAAGGCAACTCAGTTAACTATTTTATTCCTTGTCATATTCAGTTTTGTTAGTGTTTAATAATACTATTGATATCTTTCCTTAATTACCTGGTTTTCTTACTATGAATTTTGTGATAGCAAAATAAAATGATTTTTTCTTCTTTAAAGTACTGACAGTCTAAAGAATGTTAAGCGTAGTTTAGAAAGACAATGGATAGCAAATGTCATCTTTTTGTCATGATCATTAATAAACATGGCCAACTCATCAGAGATAAGGGGTAGATATTTTTGCTAGATATTAATTAAATTTCTTTAAATTTTTTATGTGAAAATTTTATCTGACATATATTATCTTTCTTTAAATAAATTATGATTTAGAAAATAGGGACTGTTTTATTTTTTTATGAGGGATACTGAGGATTAAACCCATGGCCTTGCACGTGTGAGGCGAACGTCCACCCCTGACGTGTGTCTCCAGAGCTCTGCATGAAGGCATTTTAAGACTAGCTAAATGTGCTGAGTGTGAAAATTTGTAAATTTTGATGAATATTCTAGGCCACTGTGTGTATGTGCACTTGTGTGTGTGTGGTCCTGTGTGATACATTCTGGGCCATTTGCAGAATCCTGGTGTCAGAATGGTGTGTGATATGTTGATTCATAAGAGGACCCATAGTTGATCTCTTCAGACTCTGCTCATGCCGTGTCTTCTGAAAGGGTAACTCTGGATTCTGGTTGCCAAAGGGTGAAATTGTAAATTTAGGGCAATTTTTCAGGCACGTTGATTTCAGAATAAAACCTAAAAAATAGAAAACTCAAAGCAAAACTCAATGTTTGAGCCTAATAATATAGAGAGAATTTGATACTGAGTACCTCATTTGTTATTTTTATTTTTTAAAAAACAACACCATAAGAATGTTACCGTTACCAAACTTTGATATATTTAAATCCAAAATAGTGTTTAGATAATGAAACTTCAGGAAATCATGCTTTCTGTGAGGCATTGAGAAGGACATTTTGGATTATAAAGATTTCATAAATTTCCTTTTAAATGGCTAACATACGATCTTTTTCAGTCAGCACATTTCAAATATCAGTGCTTCTGAAAATGAACAATCTGAGTAAGCAAACACCTTCACAACAGTCTCCTTAAAGAGAACACAGGACGGCAGGAGATGGACTTGGTTTTGAGTTTTAGTAAATTTAGAAAATATCTGCCCATTATCAGTGTGTGCTTTCCTTTTTTCTTCTTCTTCCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTGTGTGTGTGCAAGCAATTTGCTTTCCCAAATGTGCTTACATTTTTTTTTCTGGCATAATTGTTTGGATTGTAAAGTGTACATAATTTATTTTAATACTGTAAAAAATATGGGTTATTGCATCTTCTGTATTATGATTTCATGTGAATAATTTACCATTTCTTTCTGTTTTCCATTGAACTATTCAGTGGTCGATGAAGATGGTAAGCCCTGTGTGCTGATCTATATACTATACCAACATTTAATATTCCAAAGACATTGTTTGATTTAATTCAGAGCACGTGTTAAAGTACATTCCACATTTCAACTTGTATGATTTTTTTCAAATAATTTAATCCATAGTCCAACATATGCCAATACCTTTGGATGTCATAGATTAGATAATAATGTGCTTAACTATCATCAACCCATCAAATTCTTAGATGTTATTAGATAGAGACCATGTAATGTTAAAGAGAATTAATTTTTTTAATTAAAATTTTAAACGTACATGGTAGAGCAAAAGTTGATGTTTTACAGAAGTAAAATTTAGAAATACACTTTTAAAAATTTACTTTCTTTAAAAGGTCATACAAATTTAATGTTTACTTTATTATAAGAATTATTAGGTTTTTCCAGAAAAGAAAAAAGTTTTGCTAATTTTATAATGGGTTTTGTTCTTTGTTGGGAAGCAAAAGTATTCTGTTTTGTGTGAGAGTGTGTGTGAGTATTTGTTTCCCATCCCTCTGTGTTTGAGGTGTTCCTGTATGCCTTTATTTCATACAAATGGATGGATTTACATTATGAAGAACAACTGGGTGCTTGCATAGCAAGCTATGTTCACAGATGTAGAAAGCAGATTACTGTTGTAAACATTTCTAGTTGAGACATTTATAAGACAGGTTAAGTGCCTTGCATGGCTTTTTGAAGTTCTTAGTAAATATAATGGAATTGCTTCATGTTCTTATGTAAGAATGTGTTACAGTGTTGAAATGAGATGTTAGGGGTGCACGTGTCTTGATTCCTGTTGTTAAAATATTAGGTGTCAGTTATTAGGTAATAAACGCATTAGCGTTACACAGATATTTGGAGATTTACCCACTGATAATGATAACTCCCCCCCCCCAAAGCCTGTTAAACTGAAATATGTTTTCATTTCCTTAAACTATTTTCAGAATTATTTTTCAAAATATGAAGTAGGTTATCTTTGTACTGTTACATGATAGTGTAATCTCTGGGCCCCAAATTAGAATGAATCTGGTAAATTACATTGGTCATTAGCTAGTAAGTTTAAAGGAATTTTATATAGGAAATTTTGTTGTTCCATCATTTAGTTTAGGTTTGGTTGATTGACAGTACCTGATATAAAATAAAAGCCACTTAAACAGTGGCCCCACTTTTAGTCATTATGGTTGTTGAATGCCCATAGTCTATGGGCCACTGTGGAAAGAGTCTTGGAGGTACTTATTATTAATTAATGGTAACATTTGATCATGGTTTTTCCTGTAAATGGGTTTTCTTTTGTTTAAAAGTAAATGACACAGGTGTGGAGAGGTGGCTTGGCCATTAAGACCATTAGCTGCTCTTACAGAGGACCCAGGTTCAATTGCCAGCACTCACATGGTAGCTCACAACTGTCTGGAACTTAAGTTCTAGTAAAAGCCTATGCTCTCTTTTGGCCTCTGCAGGAACAAGGTGTATAGAGATAGATGGAGGTGGGAAATCACACATTACTCAAATACAATAATTTAAAAGTGAACAGAGTGTCCTTGTAACTGGTAAAATCAAGCTATTAAGCATCTGTTAAAGACGTAAGTAGTCAAGAAAGAAAGAATGCATTTTATTTTGTAGGCTTGTCTCAGTAGCACTTAAAAATTGAGAATAGTATTCATATTCAACCATTTTGAGAAAAATAAAGAATAAGTATTATTTTGGAATGTAATATATTAATACAGGTTTTATTAAATGGATTCTGTAGTTAATAATATTCTACTATAATCTCTATAGAATGTAGCTGAATTAACAATGACTAACATGACATTTAAGAAGAAAATGGGACTGAGTGTGGTGATAGTGACACACTCCTGTAACCCCAACACCTGGAAACTAAGACCAGAGCTGGGAGTCCAGGGCAAGGCTACACAGTGAGGCATGGTCTTTAGGAGAAAGACATGATAGTAGAAGACTCTGCACCTTTATACTAACTAACATTTAATTCACCGAGATTGAGAAGATTAAAACCTTTCTGATGAGGAATGTTCCCTAAAGCACTGCATGCGGCCTGGGCATGGTGTCATGCACTTGCAAGGGCAGTACTGGGGAGACTGAGGCAGAGCATCTGGGCGTGAGTTACACACTGTAGCTAGAGCCTGCTGTTTCACCCAGAGAGGAGGGAGACAGACAGACAGACAGAGAAAACAGGGGTTATAGCTTTCAGAAACACCTGAGGTCTGTCATTTGGTTTCACATAAGACCAGAAGTGTATTCCATGTATGTAATTTCTGATCCGTAGACTATACCTTTAATTTTTTAATGATCAGATTTTAATTTGTTTCCAAAGAATGGTCTAGAAAATATAATCATTCAAAAACTAACTGCAGTATTGAAATATATATTAATTAGTTGTCTTCATGCGGTAAGTTGCTTATGTTGCTCAGCTATGAATCTCGTATTTTTATTTAGCATATTCATGGCATTCTAAATGTCATGACTGGATTTTTTTCCTTAAGAATTCTATGTAAGAGTACATACAGAGTAGTTCAATAATATAAATGAGAAATGTTGTGTGTTCCCATTTTGTTGTTGCTGTAAGAAGACTTGTGTGTATTCATTTTAACTGTCAAGACTTGAAATAATGTAATATAGTTCATAATTACCTGTATTTGGTAAGATTTCTTTTTTTTTTCCTGCCTATTTTCATGTTTTTATAAATATGAAATTTAAGCTTTGAATTTTACTAATACATCTGTATAGATTTTTTTTTAAGTTGAAGCTAAATAAAAATTGAAGTTAGTTGCTTCATTTATAAAAAAGGTAAAGTTAAGAAACAACATATCTGAAAGTGTCTCAATAATGATTTAGGCTCTCTTTTCAG
Seq C2 exon
GGCCCAGCACTAGAAGATTTCAGTCATTTGCCACCAGAGCAGAGGCGGAAGAAGTTACAGCAGCGCATTGACGAGCTTAACCGAGGGCTGCAGAAGGAAGCAGACCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039735:ENSMUST00000162409:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.288 A=NA C2=0.946
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.1=78.4),PF0218511=HR1=PU(25.0=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types