GgaINT0035271 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005850 | FNBP1L
Description
NA
Coordinates
chr8:14568193-14575901:-
Coord C1 exon
chr8:14575698-14575901
Coord A exon
chr8:14568303-14575697
Coord C2 exon
chr8:14568193-14568302
Length
7395 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACA
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
AATAGTATCTATATTTTCAGGGC
3' ss Score
6.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCCCAGCTAGTGATAGACTGCTTCAAATCTGGTTTTGAACCTCCTGGAGATTTTCCATTTGAAGACTACAGTCAGAATATTTACCGGACTATCTCTGATGGAACCATCAGTACACCAAAGCAGGAAGGAATGAGAATTGATTCAAAAACTACAGTGGGCAAGGCGAAAGGAAAGCTGTGGCTATTCGGAAAAAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAACAATTCTGAAATTACTATTTGGAAAATTAAAACGGGAAGGTTCAGAGTAAATGGAAGTAGCAATAATTTATTTTTAAAATACATTGTCCATGTACTCATCTGTTTTTTGATGACGTACAGTTTGAGTAAGGTTGGATATTTTTTATCATACTAAAAATCGGGTTTCAGTGGAAGGAAGTTTTGCGATTCCTGTAGTGAGCTGTGTCCTGTCATGATTTTTATTCATTATTTGATGTTCTGCATAGGTTGAAATACAGTAAATAAAAGTAGCTTCCAACTTCTCTAATTTTTCGGAGTTGCTGTAAAGACTTTCTGTGATTGCATAGAAAAAGTGTTGATTTTGAACGTAAAAATAAGCAGAACAAATGGAGAGGATGTGTTTTATGCTTTGGAATCAGGCAGGCTTCATATCTCTTTAATACTACAAAAAGCAACCCCCTTTAAAATGTCCTGTTTTATATATGTTTATCAATAGGAATAGTACATAATTTTATTGCTTTTAACTTAACGTGCTAGTTTTGAAAATATTAAAACGTACCGTAATTCCCTGATAAAACATCCTGTTGAAGATCTATACAGGTAAATATCCCAGAGGAAATGTAACTATGAAAAAAGTAAAAATATGCCTATGCTCAAGAAAAAGTGCAAAGCAGGTACATATTTAAATGTTATGCTAGGATTTCAGCTAGTATCAGAGCATGTAAGTGAGTCTTTTTAATGATTCCCTCAGAGTTCAGTGAGATTGTTTTAATGTTCCAGATTGGTTTCTGCTACATTGTAGAAAGCTGCTCTTACAGCTCATGAGGGCTGGGATTTATTTTCCAGTTGACAGCATTCCAAGCAAGCAGATCTTTGCAGAAAAGGTTCAGCTGATTCCTTTTCTCCTTCTCAATACCTTATGTGTAACTGCAGCTGTGTGAAAATGAAAACTGATTCTTTACCTTTCATGCAGTATAATTAATGATTGGTAGTAGTTTATCATTTCAGCATGTTACCATCTTTATTGCATTTGGCTGCAGTCACGACTACCAGTTTGGTAACAAGCCCTCTGTCCAAGAATTTTGCATGTGTGCTCATGCGCACACACACCCTCTTCCACAGACAGTAAAACAGGGATGATCTAAATGTGCTTCTGCTCTGGATGTTTACTGTAGATATAAGATACTCTGTAGCATGATGACAGCTGGAGAAAGCTGTCGGGACTATTTCCCTACTCTTTCTTCTCCCCAGGTTGTTCACCTCTTCATAGAGGTGACTATGAATGCTACATACTATTTCCTATATGGAATCACAGACGCACAAATATGTATAAATTCTACATATTCTTCCTGAAGTACCTGGGATAAATGGAAGATTATGTTCAGTTTTTATTTTGGGGCAGGAGGAAGAGGTGTGGGAGGGAGGGATTTATGAACACACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCAATTGGAAGAAAAATATATATCAAAATATATATATATATGTTTGGAATTGTATGTATTTTATATAAATAGTATGTTATTTGTAATATTTCCTATAAGAATATAAATACATAACATTATTAAGGCATTTCAAAATTTTAGCTAATAGAAAACCAAAGCAAAAATACTAACTTACTGTATTTGAGGTATTTGTGGTGGCATTTGGACCTTCATTTAGCTTGAACTGTGGCTGGTCTTCCTTATGTATGTTTACCTATTTTTTGATGTTGTCAGACAGAAGAGCCTTTTGGAAAGGGAGTGAATTGTGTAGCAGAGAAAATGGAGAAACTGAAATAGGCAACAGCAGCCAGAGCAGGAGAGAGAAACAAACAGTCAGAGGATAATATTTAAAAAGGGGAGGAAGAAAGCAGGGGAAGTTCTAGTGATGATGTTGATTAGGAATGCTGTGCAGCCATTTTGCAAGTCCAGTTTGATCACAGAGGTCTCAGTAGACCTCTTTCTTGGTCATTCTCCATGTACGTACGTACTGTTTCTATTTCTAACTTACCTGATAAGGTACATCAAAATGTAGGAAGAAAACGTGAGCACAGTTGCACAAATTTCCAGAATGACCATAACTAAAGTTGGAAAAAGCAGAACTTCCTGTTCTAAAAGAACAGAGAAACAAGTTTGGAATCGTTTTAAGATCTGAGGAAAGTTGAGTCTAGAGCTCTCTTAAATATTCCTCTGTCTCTGAAGATTAATTCGTGACAGCAACCTTTTAAAACCCGCACAGTAATGGCATAAACGTGTCTGTGAAACATTAAAGGTGTCTGTGATAGATGGAAATTTTGCTTTTATAAGACAGAATTTTCATTTTAAAATCACTATGAACATTTGGCTTATTTGTTGCTTTCTTTATTTCCACATTAGCCACAGTCCCCACCCCTAACCCCTACTAGTTTATACACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTATCCCATATTCTCCATTGAACCAGTGCATTATTGCATGAGTGACATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGGGTAAGTTGGATAAAAAGTTGAAATGCATGATGGGCTATGAACAATGTGTTTGTGATGTGGCTTTTCTAATGCTCTTCACCCTCATTATAAGGCTTATGCTTTTTTAAGTAATACTCAGCTATAAGGTCACTTTTAGAATACTGTGGTGGTTGTTGGTTTGTGGGTTTTTTCATGCTATACGGACCTTACCAACAGATGAAAATTAAAATAATAGAAATATAAAATTCCATACGCTTATGCCTAAAATAAAGGTGTTATAAAGAGGGTGCTCAGCATGTTTGATACACTTTTTCATTGTTGTTCACATTCGCAAATGTTTTCCTACCATCATAGAACATATTTTTGCAGTACTACATCACAATATATAAATAGTATCCATAAAAAAGCTTACAGATCATCACTTTATTTGCTGACTTCTAATAGATATAACAGTAGTTGATGTTGAGACAGAACGGAGGATGGAGAAGTTTCATTTATTTTTTTATACATCAAATGTTTCAGCACACAGGGCTTGTAGATTTTGCAATTCTGATTTTCTGAAAAATTACCCTCTTACTATTATGATTAACAAATTGTTTTTCTTTGTCCAAGGTACTTTTGGGTAAAGGTATTGAAAAATTACTGCCAAATGCTACTTTCTGAGATTTCTTGATTCATTTTTTCAATTATTAGTGGCATATTCTGCAAATAGAATTTGTTTGGAAGACAACAGAAGAGAATTGTTAAGTGGTTTCTTAGCAACATCTACAGTACAAGTGAGAAATGTATTAGCACTTTCCTGTTATTTCAATGAAATACAGGCTGCCCAGTTTGTGTGTTTTAAGATGCTTCATGATCTTTATAATGAGATAATTGGACGTATCTGATTATATTTAATTCATGATTTTCTCATATTTGAAAACAAAATCAGCTTGCTGTCTCGTGTGCATCAAGAATGGCTGGTTACTGTAACGTGGAGATCAAAGTACAATGTAGTATTGCAGTGAAGTTAATGATTTAGAGGCTCTCTTGCTATCATTTAGCAATGAGTTATACTTTAATCTGCTTTATTTAAATCATGTTGTGGCATCTTATATCAGGCCCCCAGATATTTTATATGTATTGATGAAGGGAAGCTTCTTTTATTTTCTGAATTACATTATAATCTATTTTGGCTGTGAAGATCGTATTCCTTCCTCACCTACTCAGTGAATAACCAAATTAAAGTTGCTGAAGTAGCAAAGATCTTGATTAACCCCCACCTTTTTGATTATTATTGGATATATCAGCTCCTCACAAACTGACACCTTATAACCTTAGTAGGTCTAGAATTTGTTACTGAAGCAAAAGATAGAACAGTATTCTGTAAGATTAATAAGGCTTGCTAATATCATCCAAATGTGGATTATCTCAATTGTCCCACAGTATCAAGTATTTTGAATTTTCAAAGTCTTCCAGATGAACATTTTGTTTTATGTAGTTTGAAAACCTTGCAAACATTTTAAGACATCACATATCGAATGTCTTTAAATGTGTACTGTAATTTTAATAGATTTTATGTCATCGACCAGTTTTATCTTTGTAATACTTTTTGTTCAGTTCTTAATAGTTCCTAATACAAAGTGCTGTTTTCCATGGTTTTGTCCATGGAAAACTATGTCCAAGTAGCATTGACAGGCAGAACTTTCAAATGATATTTTAATTTGCTTTGAGATTTATCCATGAGCAAAGATCAGATAATAAGCATACCGGTTATGCTGTTTTTTATGCCCCAGATGTCATTTGAAGCACGAGAGATCACAAAACCAAGCTGCTCTCATTCTGTGCTCCATGCATTAGAATTTTTCCTGCCATCTGCTGTACAGAGAATGCAGTGTACAGTAGCTGAAGTTATCACTCTATACAAAACAAACAGGCTATGGAAAAAGTCTTAGGTATAGCCACGCCTCCCTTTCATTAATACATTTATTCCATGCAACTTATTATTATTTTCAAAATCTTAACGTTTCCATTTACTTATGAGGTCTTTCCTCAGTGCTACTTGATACATAGATGGTTGTGTTGAGAGCAGTGATACGTAAACCTTATTTTGCATTTTCTTGGAAGGCTCTTTGTAGAGAGAAAATGTAGTTTATTCTGTAGCTATTTTACATCTTTGGACTTTGTTGAGGTTTCTACCATGTTATTATTTGTGAAGGATGTTAATTTTCTTTATTGCTAGAAATTCTAATCATCAACGGTCGTAAGAATCGCTAAGAGTCACATAAACACAGATATCTGTCTGTCTCCTAAGTTGCTTAGCCATTCTCTAGAAAGGCTTGTAAGAGGTCACGGAGAGCATCAGGAATGTTAAAGCAAAGCTATAACACCTCTGCTTTTTTTTATTTACTTCTTCCAGATTGAATAACTAAAACATTTTAGGGTAGGGATGCTGACCCAAATGTTTGTTTACAAAAAGTAAAATCATTACCTTGAAAAAGATCTTTGTTTATTGTAGCT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Seq C2 exon
GGCCCTGCACTGGAAGACTTCAGCCACCTTCCTCCAGAACAAAGACGCAAGAAACTTCAGCAGAGAATTGATGAACTCAACAGAGAACTACAGAAGGAAACTGACCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005850:ENSGALT00000009401:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.235 A=NA C2=0.955
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF103924=COG5=PU(35.2=86.5),PF143891=Lzipper-MIP1=PU(33.3=78.4),PF154561=Uds1=PU(34.8=86.5),PF0218511=HR1=PU(25.8=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]