BtaINT0108044 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013801 | PBX1
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8632]
Coordinates
chr3:4228463-4264686:-
Coord C1 exon
chr3:4264597-4264686
Coord A exon
chr3:4228556-4264596
Coord C2 exon
chr3:4228463-4228555
Length
36041 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTAAGA
5' ss Score
4.57
3' ss Seq
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3' ss Score
13.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTAATGGAGGTTGGCAGGATGCTACTACCCCTTCATCAGTGACCTCCCCTACAGAAGGCCCTGGCAGTGTTCACTCTGATACCTCCAACTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013801:ENSBTAT00000018349:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.733 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]